BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-088C10
ChromosomeX (Build37)
Map Location 140,050,605 - 140,243,600
singlet/doubletdoublet
Overlap genePak3, Capn6
Upstream geneLOC100039086, EG436235, Tmem164, Ammecr1, Rgag1, LOC209541, Chrdl1
Downstream geneDcx, LOC666628, LOC666633, LOC100039378, LOC100039243, Alg13, LOC100039407, Trpc5, LOC100039436, Zcchc16
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-088C10.bB6Ng01-088C10.g
ACCDH901085DH901086
length1,1501,139
definitionDH901085|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-088C10, 5' end.DH901086|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-088C10, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(140,242,443 - 140,243,600)(140,050,605 - 140,051,749)
sequence
gaattcacatctccttttaaccttacctgtcatctgtctgtaggaagaag
tttctacgtggactagcatttatcagcatagcctaagcctagaaagcttt
cattgtaatctcaaagcatttcccacttcatatacagggaaaaactagct
ggtaaagtcagaacaagaattgctttcattcttgggagcatgacgacctt
gaactggagaactaatttcaccaagataactgcatacttgctttcaggct
gctgggctgttatgaggctttggatggtctgaccatcactgatatcatca
tggacttcactggcacactggctgaaatcattgacatgcagaaaggacga
tacactgatcttgttgaggagaagtacaagctgtttggagaactgtacaa
aacgttcaccaaaggaggtctaatttgctgctccattgaggtttgcattc
accctaaacaatcactcgatgctcacatctgccaccaaagataacaaaat
ttatcagggaacattgtacttaacccagaaacccacaaaaagagtcagtg
tttaaactcagaaagcttacataggcattaagtcctggcttggagactcg
ggagtgttaattttttttttatccctttgaaccactcgattcattaaggg
ccaaggcaccatcaaaggtggtgtaaataccttatggtaagctattacta
tcattttggctcctggatattgaaggtatagctagctgttccctcaaaaa
atgaatccgctttaccacatttttaaaaaccacagttcatattaatatag
gcaagtgattgtttggaatttaaaattttaaagtaagttgttatattaca
ttattttctctctttgacttgcttatgtggtagattggacattaggatca
aatttccatctgcacggggagaacttgattcaatcatactgggatgaacc
aaccaaaatagaaggggatccagaacttggctcctccaattcttatgccc
ttacatatctttatttgctatcagtctccagccaggaggaacaagaagtt
gaaacagactggggactacctgaagggttatcctcaccatgactgatatt
cgcagctcgtctcgaaaaagactgtggagctcagtactgagaagctgtat

gaattccactgcccagtctagaacccacaaaaacatggatttggtagctc
atgtacataatcccagaccttgatggcaaacaataagggactctctttta
aatacggtacaagtagaggaactcttggttgtactctgacctaggcacac
atggtgtgtgctttcacagacatgaacactactcatacacaaacacatgc
acacatgtcatatattcacaaatattttaaaagacaaacccattactgta
tgtgctaactttataaatcagggaaagaataattcttactgagactaagt
acaacatcaccgatgggacaccaggaaaaagaagaactaagatcagtaag
gtggaagcttcaaggaaactgcccggtctcagctcaataaaacgcacctt
ttatactgcagtggttacatgcatagaggtagaatccacactgcccagac
cagaatcctcccttggacatttactagctatacaatctaaggcaagtatt
tcagcttctctggcactcagcttcctcctctataacataaaggtaataat
actggctatatcagagagtagctatgaagatgaaatagattgttatttac
tttaatgagtatctgacatatataaagcacaatataaggctactttataa
aaaactgagcaggcaaaagtgagagctcattggaaacaactgaaagctgt
gctttaaggaggtagtagtgagttccctttcattcatcggacattcacag
aagtcagtggtattgaatatattcaagaatcaacaaaggagtagagaagg
tagatgttgttattgcctcctggtcacaagtcagtgggagccatataatt
tttggggagaacctaggttaagtcggaactttgtggtgggagtgttgtgc
caatctcattttctgttgggatctttggtgagccttttacacccatccac
aaattcactggtgtaaaaaccaagcatccctgctccaaaagcagctttta
ctttgaaatgcaggtttactcatcagatatgacacatattgattaacaaa
gggcttttggtgaccactttcatatggtgtagagttatttcctgaatcct
accctccccatttgtgaggtttctgttgttatttaataa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_140242443_140243600
seq2: B6Ng01-088C10.b_50_1199 (reverse)

seq1  ATACAGCTTCTCAGTACTGAAGACTTCCACAAGTCTTTCTCCGAGACGGA  50
      ||||||||||||||||||   ||  ||||| ||||||| | |||||| ||
seq2  ATACAGCTTCTCAGTACT---GAGCTCCAC-AGTCTTT-TTCGAGAC-GA  44

seq1  GCTTGCGAATATCAGTCATGGTGTAGGTATAACCCTTCA-GTAGTCCCCA  99
      || |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||
seq2  GC-TGCGAATATCAGTCATGGTG-AGG-ATAACCCTTCAGGTAGTCCCCA  91

seq1  GTCTGTTTCAACTTCTTGTTCCTCCTGGCTGGGAGACTGATAGCAAATAA  149
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GTCTGTTTCAACTTCTTGTTCCTCCTGGCT-GGAGACTGATAGCAAATAA  140

seq1  AGATATGTAAGGGCATAAGAATTGGA-GAGCCAAGTTCTGGATCCCCTTC  198
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AGATATGTAAGGGCATAAGAATTGGAGGAGCCAAGTTCTGGATCCCCTTC  190

seq1  TATTTTGGTTGGTTCATCCCAGTATGATTGAATCAAGTTCTCCCCGTGCA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTGGTTGGTTCATCCCAGTATGATTGAATCAAGTTCTCCCCGTGCA  240

seq1  GATGGAAATTTGATCCTAATGTCCAATCTACCACATAAGCAAGTCAAAGA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGAAATTTGATCCTAATGTCCAATCTACCACATAAGCAAGTCAAAGA  290

seq1  GAGAAAATAATGTAATATAACAACTTACTTTAAAATTTTAAATTCCAAAC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAAATAATGTAATATAACAACTTACTTTAAAATTTTAAATTCCAAAC  340

seq1  AATCACTTGCCTATATTAATATGAACTGTGGTTTTTAAAAATGTGGTAAA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCACTTGCCTATATTAATATGAACTGTGGTTTTTAAAAATGTGGTAAA  390

seq1  GCGGATTCATTTTTTGAGGGAACAGCTAGCTATACCTTCAATATCCAGGA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGGATTCATTTTTTGAGGGAACAGCTAGCTATACCTTCAATATCCAGGA  440

seq1  GCCAAAATGATAGTAATAGCTTACCATAAGGTATTTACACCACCTTTGAT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAAATGATAGTAATAGCTTACCATAAGGTATTTACACCACCTTTGAT  490

seq1  GGTGCCTTGGCCCTTAATGAATCGAGTGGTTCAAAGGGATAAAAAAAAAA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCCTTGGCCCTTAATGAATCGAGTGGTTCAAAGGGATAAAAAAAAAA  540

seq1  TTAACACTCCCGAGTCTCCAAGCCAGGACTTAATGCCTATGTAAGCTTTC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACACTCCCGAGTCTCCAAGCCAGGACTTAATGCCTATGTAAGCTTTC  590

seq1  TGAGTTTAAACACTGACTCTTTTTGTGGGTTTCTGGGTTAAGTACAATGT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTTTAAACACTGACTCTTTTTGTGGGTTTCTGGGTTAAGTACAATGT  640

seq1  TCCCTGATAAATTTTGTTATCTTTGGTGGCAGATGTGAGCATCGAGTGAT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTGATAAATTTTGTTATCTTTGGTGGCAGATGTGAGCATCGAGTGAT  690

seq1  TGTTTAGGGTGAATGCAAACCTCAATGGAGCAGCAAATTAGACCTCCTTT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTAGGGTGAATGCAAACCTCAATGGAGCAGCAAATTAGACCTCCTTT  740

seq1  GGTGAACGTTTTGTACAGTTCTCCAAACAGCTTGTACTTCTCCTCAACAA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAACGTTTTGTACAGTTCTCCAAACAGCTTGTACTTCTCCTCAACAA  790

seq1  GATCAGTGTATCGTCCTTTCTGCATGTCAATGATTTCAGCCAGTGTGCCA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAGTGTATCGTCCTTTCTGCATGTCAATGATTTCAGCCAGTGTGCCA  840

seq1  GTGAAGTCCATGATGATATCAGTGATGGTCAGACCATCCAAAGCCTCATA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAGTCCATGATGATATCAGTGATGGTCAGACCATCCAAAGCCTCATA  890

seq1  ACAGCCCAGCAGCCTGAAAGCAAGTATGCAGTTATCTTGGTGAAATTAGT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCCCAGCAGCCTGAAAGCAAGTATGCAGTTATCTTGGTGAAATTAGT  940

seq1  TCTCCAGTTCAAGGTCGTCATGCTCCCAAGAATGAAAGCAATTCTTGTTC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCAGTTCAAGGTCGTCATGCTCCCAAGAATGAAAGCAATTCTTGTTC  990

seq1  TGACTTTACCAGCTAGTTTTTCCCTGTATATGAAGTGGGAAATGCTTTGA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTTTACCAGCTAGTTTTTCCCTGTATATGAAGTGGGAAATGCTTTGA  1040

seq1  GATTACAATGAAAGCTTTCTAGGCTTAGGCTATGCTGATAAATGCTAGTC  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTACAATGAAAGCTTTCTAGGCTTAGGCTATGCTGATAAATGCTAGTC  1090

seq1  CACGTAGAAACTTCTTCCTACAGACAGATGACAGGTAAGGTTAAAAGGAG  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGTAGAAACTTCTTCCTACAGACAGATGACAGGTAAGGTTAAAAGGAG  1140

seq1  ATGTGAATTC  1158
      ||||||||||
seq2  ATGTGAATTC  1150

seq1: chrX_140050605_140051749
seq2: B6Ng01-088C10.g_69_1207

seq1  GAATTCCACTGCCCAGTCTAGAACCCACAAAAACATGGATTTGGTAGCTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACTGCCCAGTCTAGAACCCACAAAAACATGGATTTGGTAGCTC  50

seq1  ATGTACATAATCCCAGACCTTGATGGCAAACAATAAGGGACTCTCTTTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTACATAATCCCAGACCTTGATGGCAAACAATAAGGGACTCTCTTTTA  100

seq1  AATACGGTACAAGTAGAGGAACTCTTGGTTGTACTCTGACCTAGGCACAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACGGTACAAGTAGAGGAACTCTTGGTTGTACTCTGACCTAGGCACAC  150

seq1  ATGGTGTGTGCTTTCACAGACATGAACACTACTCATACACAAACACATGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTGTGTGCTTTCACAGACATGAACACTACTCATACACAAACACATGC  200

seq1  ACACATGTCATATATTCACAAATATTTTAAAAGACAAACCCATTACTGTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATGTCATATATTCACAAATATTTTAAAAGACAAACCCATTACTGTA  250

seq1  TGTGCTAACTTTATAAATCAGGGAAAGAATAATTCTTACTGAGACTAAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTAACTTTATAAATCAGGGAAAGAATAATTCTTACTGAGACTAAGT  300

seq1  ACAACATCACCGATGGGACACCAGGAAAAAGAAGAACTAAGATCAGTAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACATCACCGATGGGACACCAGGAAAAAGAAGAACTAAGATCAGTAAG  350

seq1  GTGGAAGCTTCAAGGAAACTGCCCGGTCTCAGCTCAATAAAACGCACCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAAGCTTCAAGGAAACTGCCCGGTCTCAGCTCAATAAAACGCACCTT  400

seq1  TTATACTGCAGTGGTTACATGCATAGAGGTAGAATCCACACTGCCCAGAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATACTGCAGTGGTTACATGCATAGAGGTAGAATCCACACTGCCCAGAC  450

seq1  CAGAATCCTCCCTTGGACATTTACTAGCTATACAATCTAAGGCAAGTATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATCCTCCCTTGGACATTTACTAGCTATACAATCTAAGGCAAGTATT  500

seq1  TCAGCTTCTCTGGCACTCAGCTTCCTCCTCTATAACATAAAGGTAATAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCTTCTCTGGCACTCAGCTTCCTCCTCTATAACATAAAGGTAATAAT  550

seq1  ACTGGCTATATCAGAGAGTAGCTATGAAGATGAAATAGATTGTTATTTAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGCTATATCAGAGAGTAGCTATGAAGATGAAATAGATTGTTATTTAC  600

seq1  TTTAATGAGTATCTGACATATATAAAGCACAATATAAGGCTACTTTATAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATGAGTATCTGACATATATAAAGCACAATATAAGGCTACTTTATAA  650

seq1  AAAACTGAGCAGGCAAAAGTGAGAGCTCATTGGAAACAACTGAAAGCTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTGAGCAGGCAAAAGTGAGAGCTCATTGGAAACAACTGAAAGCTGT  700

seq1  GCTTTAAGGAGGTAGTAGTGAGTTCCCTTTCATTCATCGGACATTCACAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTAAGGAGGTAGTAGTGAGTTCCCTTTCATTCATCGGACATTCACAG  750

seq1  AAGTCAGTGGTATTGAATATATTCAAGAATCAACAAAGGAGTAGAGAAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCAGTGGTATTGAATATATTCAAGAATCAACAAAGGAGTAGAGAAGG  800

seq1  TAGATGTTGTTATTGCCTCCTGGTCACAAGTCAGTGGGAGCCATATAATC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TAGATGTTGTTATTGCCTCCTGGTCACAAGTCAGTGGGAGCCATATAATT  850

seq1  TTTGGGGAGAACCTAGGTTAAGTCGGAACTTTGTGGTGGGAGTGTTGTGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGGGAGAACCTAGGTTAAGTCGGAACTTTGTGGTGGGAGTGTTGTGC  900

seq1  CAATCTCATTTTCCTGTTGGGATCTTTGGTGAGCCTTTTACACCCATCCA  950
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCTCATTTT-CTGTTGGGATCTTTGGTGAGCCTTTTACACCCATCCA  949

seq1  CAAAATTCACTGGTGTAAAAACCAAGCATCCCCTGCTCCAAAAGCAGCTG  1000
      | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| 
seq2  C-AAATTCACTGGTGTAAAAACCAAGCAT-CCCTGCTCCAAAAGCAGCTT  997

seq1  TTACTTTGAAATGCAGGTTTACTCATCAGATACTGGACACATA-TGATTA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||| ||||||
seq2  TTACTTTGAAATGCAGGTTTACTCATCAGATA--TGACACATATTGATTA  1045

seq1  ACACATGGCTTTTGGTGA-CACTTTCATTAATGTGTTAGAAGTCACTTCC  1098
      ||| | |||||||||||| |||||||||  |||   ||| ||| | ||||
seq2  ACAAAGGGCTTTTGGTGACCACTTTCAT--ATGGTGTAG-AGTTATTTCC  1092

seq1  TGATTCATACTCTCCCCATATGTGAGGTTTCTGTTGTTATTAAATAA  1145
      ||| || ||| |||||||| ||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TGAATCCTACCCTCCCCATTTGTGAGGTTTCTGTTGTTATTTAATAA  1139