BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-097B04
ChromosomeX (Build37)
Map Location 16,357,145 - 16,574,471
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMaob, Ndph
Upstream geneLOC100043949, LOC100043950, Cypt6, LOC100038939, LOC668993, Maoa
Downstream geneLOC100043063, Efhc2, Fundc1, EG278181, EG668994, EG436196, EG331391
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-097B04.bB6Ng01-097B04.g
ACCDH907542DH907543
length1,0761,205
definitionDH907542|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-097B04, 5' end.DH907543|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-097B04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(16,357,145 - 16,358,227)(16,573,240 - 16,574,471)
sequence
gaattcactatctctggtctagaataaattgtctagcacagactcctggg
aaaatgctgatatttgtaccatagcccttaacctgatcctcatacaaata
tacagcacatccccaaagaaatagaagatggtaatgaagaaattaatcag
tctccttccagatcaaataaagtttacattctttctctacagcaatcatc
tctttggcattaattatgaagagaggacttctgagcccgattttagaagc
ccagggatgaaattgcccaaggacacacattttagagtgtgatccaattc
ttatataaagtaggtttatatttggaactggaagcacacttagtacaact
gagttgatgaaaagtgagagatgataacatgagagtgagaaatatagtgc
cttctaatgaaaggcacaaggattctgctttcttctttctcaggattgtg
atgcaacaaaagcaggccacagaaaacagaaagtccaggactctggaaag
cctggggcaaacccctctgctggaatgttcaggaaaaggaaagttttgtt
ctcacccctgaggagccatgagctcctcagatgagtaaatttgggtagca
caccattacacactgaatacagtgtacctcccccacctctcaatttctct
agaaccacaaaatgtacccttatttggaagcagtcttttcatgtatatta
agttaatttcactggtaatagcacttatttgaggatatcacaaagataaa
tatcctgattagccacactaggctggcatttcatgtgtttccaggactat
cggggtcttaggggatgataagcaaaggggaattcctacaaaaagttcta
tttcagaaggcatggatgacttggagaatggaacattggcctaaacagtg
ccaatgttagctcaaataccaggtgactcagtgagaaagctcaaggatgg
gcatttaaaaaaaggtttacctttcaacacaaacagtcagtacataataa
tgagggtaagtgatgtctagcacctaggagaggactacagttttattagg
tagacatttgaaatgagctatggcca
gaattccaatgctggaaggcgagacaggaagaaaaacattctcttagaga
ttaaatgttgatctgttctatcccagaattaccacttatacagcctaagt
tacaaaaataactattaactcttgatctctctctttatgcagacctccac
aataagtcttacagactattagtttgccatttccctaaggatctgctaga
gtggatagagtttgatgaaatacacatggtcctatctgaacatgatttga
tcacaagatgatcttttttaaatccttgattgtgatgtcaaccatcgtaa
ttccagtttcagggaatatgaatctgttttacctctgtgggcacatgcat
gcatgtggtacatataaacttaagaagacacacacacacacacacacaca
cacacacacacatgcacaaataataagtaaatctttgagaagggatttgg
ggaaatacgtccaaagaacccttactttcctaaaagtaaagctggattaa
agtgtatctttacaagaacttctatcaactaggggctttgcaagctcagt
tttggaagtttcctgaaagggtcctgcagtaggaaacttagtcccatttg
cttggcttaatatcttaccgtttctctgcatgcacttgcagtagttaata
aaggaactatgataacggtagattacaaattataaaaaagtaagtagtcc
tccctgttgctccccacctagaacttagcttccagactccatgctcattt
tgcagcttgatgtgcctcaatatatactgtcttctaggtgtccctgaaaa
atccagacatgctattatgtggatgtctcaagcagggttctaatgaggaa
cagctgacacaagcaggagaggataatgcagaaggatttatttgcagagt
tggcacaggggaatcacaaaggagagagcaataccttgtactcctagcag
ccaaatgtttttgccttagcctgagggttgagagaggatggtctcagaat
tagaaaggggctagtaagttgctagtccatatcaggaagaagatgatcag
ggcactttcccaggctgtaagagataggcagtggcatatggacatggcct
ttggctcctcttgtcatgacttctggagcgtgtctcagtggtcaacctat
tggaaggtggaggctgagactgtgtaagttgaactacagagtctggcaga
ctggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_16357145_16358227
seq2: B6Ng01-097B04.b_44_1119

seq1  GAATTCACTATCTCTGGTCTAGAATAAATTGTCTAGCACAGACTCCTGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTATCTCTGGTCTAGAATAAATTGTCTAGCACAGACTCCTGGG  50

seq1  AAAATGCTGATATTTGTACCATAGCCCTTAACCTGATCCTCATACAAATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGCTGATATTTGTACCATAGCCCTTAACCTGATCCTCATACAAATA  100

seq1  TACAGCACATCCCCAAAGAAATAGAAGATGGTAATGAAGAAATTAATCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGCACATCCCCAAAGAAATAGAAGATGGTAATGAAGAAATTAATCAG  150

seq1  TCTCCTTCCAGATCAAATAAAGTTTACATTCTTTCTCTACAGCAATCATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTTCCAGATCAAATAAAGTTTACATTCTTTCTCTACAGCAATCATC  200

seq1  TCTTTGGCATTAATTATGAAGAGAGGACTTCTGAGCCCGATTTTAGAAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGGCATTAATTATGAAGAGAGGACTTCTGAGCCCGATTTTAGAAGC  250

seq1  CCAGGGATGAAATTGCCCAAGGACACACATTTTAGAGTGTGATCCAATTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGGATGAAATTGCCCAAGGACACACATTTTAGAGTGTGATCCAATTC  300

seq1  TTATATAAAGTAGGTTTATATTTGGAACTGGAAGCACACTTAGTACAACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATAAAGTAGGTTTATATTTGGAACTGGAAGCACACTTAGTACAACT  350

seq1  GAGTTGATGAAAAGTGAGAGATGATAACATGAGAGTGAGAAATATAGTGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTGATGAAAAGTGAGAGATGATAACATGAGAGTGAGAAATATAGTGC  400

seq1  CTTCTAATGAAAGGCACAAGGATTCTGCTTTCTTCTTTCTCAGGATTGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTAATGAAAGGCACAAGGATTCTGCTTTCTTCTTTCTCAGGATTGTG  450

seq1  ATGCAACAAAAGCAGGCCACAGAAAACAGAAAGTCCAGGACTCTGGAAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAACAAAAGCAGGCCACAGAAAACAGAAAGTCCAGGACTCTGGAAAG  500

seq1  CCTGGGGCAAACCCCTCTGCTGGAATGTTCAGGAAAAGGAAAGTTTTGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGGGCAAACCCCTCTGCTGGAATGTTCAGGAAAAGGAAAGTTTTGTT  550

seq1  CTCACCCCTGAGGAGCCATGAGCTCCTCAGATGAGTAAATTTGGGTAGCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACCCCTGAGGAGCCATGAGCTCCTCAGATGAGTAAATTTGGGTAGCA  600

seq1  CACCATTACACACTGAATACAGTGTACCTCCCCCACCTCTCAATTTCTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCATTACACACTGAATACAGTGTACCTCCCCCACCTCTCAATTTCTCT  650

seq1  AGAACCACAAAATGTACCCTTATTTGGAAGCAGTCTTTTCATGTATATTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACCACAAAATGTACCCTTATTTGGAAGCAGTCTTTTCATGTATATTA  700

seq1  AGTTAATTTCACTGGTAATAGCACTTATTTGAGGATATCACAAAGATAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAATTTCACTGGTAATAGCACTTATTTGAGGATATCACAAAGATAAA  750

seq1  TATCCTGATTAGCCACACTAGGCTGGCATTTCATGTGTTTCCAGGACTAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCTGATTAGCCACACTAGGCTGGCATTTCATGTGTTTCCAGGACTAT  800

seq1  CGGGGTCTTAGGGGATGATAAGC-AAGGGGAATTCCTACAAAAAGTTCTA  849
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGGTCTTAGGGGATGATAAGCAAAGGGGAATTCCTACAAAAAGTTCTA  850

seq1  TTTCAGAAGGCATGGATGACTTGGAGAATGGAACATTGGCCTAAACAGTG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGAAGGCATGGATGACTTGGAGAATGGAACATTGGCCTAAACAGTG  900

seq1  CCAATGTTAGCTCAAATACCAGGTGACTCAGTGAGAAAGCTCAAGGATGG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATGTTAGCTCAAATACCAGGTGACTCAGTGAGAAAGCTCAAGGATGG  950

seq1  GCATTTAAAAAAAAGGTTTTACCTTTCAACACAAAACAGGTCAGTACATA  999
      |||||||||||||  | ||||||||||||||| ||||| |||||||||||
seq2  GCATTTAAAAAAA--GGTTTACCTTTCAACAC-AAACA-GTCAGTACATA  996

seq1  ATAATGAGGGTAAGTGAATTGTCTAGCACCTAGGAGAGGACTACAGTTTT  1049
      |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATGAGGGTAAGTGA--TGTCTAGCACCTAGGAGAGGACTACAGTTTT  1044

seq1  ATTAAGGTAGACATTTTGAAATGAGCTATGGCCA  1083
      ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  ATT-AGGTAGACA-TTTGAAATGAGCTATGGCCA  1076

seq1: chrX_16573240_16574471
seq2: B6Ng01-097B04.g_67_1271 (reverse)

seq1  CCCAGCTCTCTGCCAGGACTCTGTAGGTCTAGACTATATCAACAGGGCTC  50
      |||||   ||||||| |||||||||| ||   |||   |  ||| | |||
seq2  CCCAG---TCTGCCA-GACTCTGTAGTTC--AACT---TACACA-GTCTC  40

seq1  CAAAGCCTCACACTGCCAATTGTGTTTGACCCATGAAGAACAGCTTCAGA  100
         ||||||   || |||||   | ||||||  || |||   ||| ||||
seq2  ---AGCCTCCACCTTCCAAT--AGGTTGACCACTG-AGACACGCTCCAGA  84

seq1  AGGTCAGTGAC-AGAGGAAGCAAAGGCAATGTCATTATGCCACTGGCTAT  149
      | |||| |||| ||||||  ||||||| |||||  |||||||||| ||||
seq2  A-GTCA-TGACAAGAGGAGCCAAAGGCCATGTCCATATGCCACTGCCTAT  132

seq1  CTCTTTACAGCCTGGGAATGTGCCCTGATCATC-TCTTCCTGAATATGTG  198
      ||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| |
seq2  CTC-TTACAGCCTGGGAAAGTGCCCTGATCATCTTCTTCCTG-ATATG-G  179

seq1  ACTTAGGCAACTTACTAGCCCCTTTCTAATTCTGAGACCCATTCCTTCTC  248
      |||   ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||  | ||| 
seq2  ACT--AGCAACTTACTAGCCCCTTTCTAATTCTGAGA-CCAT--CCTCT-  223

seq1  CTCAACCCTCAGGCTAAGGCAAAAACAATTTGGCTGCTAGGAGTTACAAG  298
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||
seq2  CTCAACCCTCAGGCTAAGGCAAAAAC-ATTTGGCTGCTAGGAG-TACAAG  271

seq1  GTATTGCTCTCTCCTTTGTGATTCCCCTGTGCCAACTCTGCAAATAAATC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTGCTCTCTCCTTTGTGATTCCCCTGTGCCAACTCTGCAAATAAATC  321

seq1  CTTCTGCATTATCCTCTCCTGCTTGTGTCAGCTGTTCCTCATTAGAACCC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTGCATTATCCTCTCCTGCTTGTGTCAGCTGTTCCTCATTAGAACCC  371

seq1  TGCTTGAGACATCCACATAATAGCATGTCTGGATTTTTCAGGGACACCTA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTGAGACATCCACATAATAGCATGTCTGGATTTTTCAGGGACACCTA  421

seq1  GAAGACAGTATATATTGAGGCACATCAAGCTGCAAAATGAGCATGGAGTC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGACAGTATATATTGAGGCACATCAAGCTGCAAAATGAGCATGGAGTC  471

seq1  TGGAAGCTAAGTTCTAGGTGGGGAGCAACAGGGAGGACTACTTACTTTTT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAGCTAAGTTCTAGGTGGGGAGCAACAGGGAGGACTACTTACTTTTT  521

seq1  TATAATTTGTAATCTACCGTTATCATAGTTCCTTTATTAACTACTGCAAG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATTTGTAATCTACCGTTATCATAGTTCCTTTATTAACTACTGCAAG  571

seq1  TGCATGCAGAGAAACGGTAAGATATTAAGCCAAGCAAATGGGACTAAGTT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATGCAGAGAAACGGTAAGATATTAAGCCAAGCAAATGGGACTAAGTT  621

seq1  TCCTACTGCAGGACCCTTTCAGGAAACTTCCAAAACTGAGCTTGCAAAGC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTACTGCAGGACCCTTTCAGGAAACTTCCAAAACTGAGCTTGCAAAGC  671

seq1  CCCTAGTTGATAGAAGTTCTTGTAAAGATACACTTTAATCCAGCTTTACT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTAGTTGATAGAAGTTCTTGTAAAGATACACTTTAATCCAGCTTTACT  721

seq1  TTTAGGAAAGTAAGGGTTCTTTGGACGTATTTCCCCAAATCCCTTCTCAA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGGAAAGTAAGGGTTCTTTGGACGTATTTCCCCAAATCCCTTCTCAA  771

seq1  AGATTTACTTATTATTTGTGCATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTTACTTATTATTTGTGCATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  821

seq1  TGTGTGTCTTCTTAAGTTTATATGTACCACATGCATGCATGTGCCCACAG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTCTTCTTAAGTTTATATGTACCACATGCATGCATGTGCCCACAG  871

seq1  AGGTAAAACAGATTCATATTCCCTGAAACTGGAATTACGATGGTTGACAT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAAAACAGATTCATATTCCCTGAAACTGGAATTACGATGGTTGACAT  921

seq1  CACAATCAAGGATTTAAAAAAGATCATCTTGTGATCAAATCATGTTCAGA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAATCAAGGATTTAAAAAAGATCATCTTGTGATCAAATCATGTTCAGA  971

seq1  TAGGACCATGTGTATTTCATCAAACTCTATCCACTCTAGCAGATCCTTAG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGACCATGTGTATTTCATCAAACTCTATCCACTCTAGCAGATCCTTAG  1021

seq1  GGAAATGGCAAACTAATAGTCTGTAAGACTTATTGTGGAGGTCTGCATAA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAATGGCAAACTAATAGTCTGTAAGACTTATTGTGGAGGTCTGCATAA  1071

seq1  AGAGAGAGATCAAGAGTTAATAGTTATTTTTGTAACTTAGGCTGTATAAG  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAGATCAAGAGTTAATAGTTATTTTTGTAACTTAGGCTGTATAAG  1121

seq1  TGGTAATTCTGGGATAGAACAGATCAACATTTAATCTCTAAGAGAATGTT  1198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAATTCTGGGATAGAACAGATCAACATTTAATCTCTAAGAGAATGTT  1171

seq1  TTTCTTCCTGTCTCGCCTTCCAGCATTGGAATTC  1232
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTCCTGTCTCGCCTTCCAGCATTGGAATTC  1205