BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-099G09
ChromosomeX (Build37)
Map Location 101,626,112 - 101,755,363
singlet/doubletdoublet
Overlap geneUprt, Zdhhc15
Upstream geneTsix, Xist, Rps12-ps1, LOC668406, LOC676246, ENSMUSG00000043661, LOC668412, LOC668415, B230206F22Rik, Cnbp2, LOC100042640, Slc16a2, EG621381, EG668426, LOC668430, Rnf12, C77370, Vcp-ps, EG621542
Downstream geneMagee2, LOC622098, LOC676331, 5530601H04Rik, 2610029G23Rik, Magee1, LOC622159, LOC668454, E530001F21Rik, LOC622202, LOC100043213, LOC668458, Cypt2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-099G09.bB6Ng01-099G09.g
ACCDH909203DH909204
length8441,123
definitionDH909203|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-099G09, 5' end.DH909204|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-099G09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(101,626,112 - 101,626,955)(101,754,213 - 101,755,363)
sequence
gaattcacaggccttgagaagtttgtgaaacacaactcattctatagtgt
gtttctgggtagaaaatcattatctaagtgtataatcaatacaagatgtt
gtaaatttaggattttaactataatgtattttcaacactaaggctagaat
acacctgaacaaatgtaatggtggtgcttcacatgtcagaagtatgtgca
tgcaaatgttgtgacaccagggagtacaaaagaactatggccagctggtc
atcctggactcagaaggagtcttattaatagcatggcaacccaggtaaat
acacagaccaactgaattagttctgtcttcagagtgcttacaatggcctc
agcatcatataggaaaagggaacaaaggcaaaggttgtgagttttcatgg
cagtagttcagctcatcctagtctgggcataatctgacaaatccttacct
caggccatcatttcactgtgaactcccaacctttgccttttgagcatgat
tataatttattttttgagacactttctcttatatctcagcttgatctcaa
gtcggaatggagccaagagtgatcttgaacttctgattctcaacctactg
aatgctgtgtttccactcatgggccacaacaagcagattaggcaggactg
cagatcctactcaagacattgggtactctaccaactgaactacattccca
agtccttcatatggtttttaaaacttatttttattttttaggtgtgtgtg
taggggtatatatgagtgcaggtgcctgcaaagagagttggagtttgtag
tgactgtaaactgattgatgtaagttttgtaggttctctgggag
gaattccatgaagctaacaaataagaccaaccagtgtgactgtagacaaa
gctcagcagataaagtatttgccatacagattcccagatccaggaaaagc
caggcaggctggtttgtggcccactcgtaatcccaatgcaggaagcagag
acaggaaccatctggagcaagctggctggaaagattagcagcaacaatga
ggtccaggttcaatgagagatcatccatcagcatagatggcagagagtga
tcaagaaagtcactgaacatcactctgccctgaacatacatgtgctcaca
cacacatacacatttgcacacaatgtactcttacaatgcagacatgtata
cacacaggaatgcacatcatatatacatatcaataaaagaaccgttagat
ggtaccttaagcagttagactatgatctacaacataataaacagtgctct
gcagatgagtaaacagtctgcctggatatcagtcccactgttttacttac
aggcttgaatgtgaagctttacttccactagtgggcacagttcatctttc
tctaccatccttcattaatattggttcagttttctttaaaattttgtaca
ctcttagaatggtttaaatacactacaaaataaaaggtatgaagggaggc
aaacttaggcatgcctgtaagaaggacaaaggaacaactttaaggagaga
agtttgccctcccaacttctctcatcacatcattgggtcatcttgagaca
tcctgtatctcctgccatgcaagctgtagtctttgtctctgcccattgct
ctgcccactgttgtcttccacacttgcaaatgttgctgataccagccatc
agagaataaatttttaaaattattgaaataagaaaattttaagtaggaaa
ttttaccatcatcatgatatgttattcattatctggggtaatgaagctaa
atgaggacatgaaatctctgaagagagagtgagatgcagaaaataagctt
ttctaatgttcacacagttacatatcagctgggttctttactgagagcac
tatgctatagaaagcatgttaggatgaaaacacaatcgcccctaccttat
aaacatattttggcccactcaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_101626112_101626955
seq2: B6Ng01-099G09.b_46_889

seq1  GAATTCACAGGCCTTGAGAAGTTTGTGAAACACAACTCATTCTATAGTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACAGGCCTTGAGAAGTTTGTGAAACACAACTCATTCTATAGTGT  50

seq1  GTTTCTGGGTAGAAAATCATTATCTAAGTGTATAATCAATACAAGATGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTGGGTAGAAAATCATTATCTAAGTGTATAATCAATACAAGATGTT  100

seq1  GTAAATTTAGGATTTTAACTATAATGTATTTTCAACACTAAGGCTAGAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAATTTAGGATTTTAACTATAATGTATTTTCAACACTAAGGCTAGAAT  150

seq1  ACACCTGAACAAATGTAATGGTGGTGCTTCACATGTCAGAAGTATGTGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCTGAACAAATGTAATGGTGGTGCTTCACATGTCAGAAGTATGTGCA  200

seq1  TGCAAATGTTGTGACACCAGGGAGTACAAAAGAACTATGGCCAGCTGGTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAATGTTGTGACACCAGGGAGTACAAAAGAACTATGGCCAGCTGGTC  250

seq1  ATCCTGGACTCAGAAGGAGTCTTATTAATAGCATGGCAACCCAGGTAAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTGGACTCAGAAGGAGTCTTATTAATAGCATGGCAACCCAGGTAAAT  300

seq1  ACACAGACCAACTGAATTAGTTCTGTCTTCAGAGTGCTTACAATGGCCTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGACCAACTGAATTAGTTCTGTCTTCAGAGTGCTTACAATGGCCTC  350

seq1  AGCATCATATAGGAAAAGGGAACAAAGGCAAAGGTTGTGAGTTTTCATGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATCATATAGGAAAAGGGAACAAAGGCAAAGGTTGTGAGTTTTCATGG  400

seq1  CAGTAGTTCAGCTCATCCTAGTCTGGGCATAATCTGACAAATCCTTACCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAGTTCAGCTCATCCTAGTCTGGGCATAATCTGACAAATCCTTACCT  450

seq1  CAGGCCATCATTTCACTGTGAACTCCCAACCTTTGCCTTTTGAGCATGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCCATCATTTCACTGTGAACTCCCAACCTTTGCCTTTTGAGCATGAT  500

seq1  TATAATTTATTTTTTGAGACACTTTCTCTTATATCTCAGCTTGATCTCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATTTATTTTTTGAGACACTTTCTCTTATATCTCAGCTTGATCTCAA  550

seq1  GTCGGAATGGAGCCAAGAGTGATCTTGAACTTCTGATTCTCAACCTACTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCGGAATGGAGCCAAGAGTGATCTTGAACTTCTGATTCTCAACCTACTG  600

seq1  AATGCTGTGTTTCCACTCATGGGCCACAACAAGCAGATTAGGCAGGACTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCTGTGTTTCCACTCATGGGCCACAACAAGCAGATTAGGCAGGACTG  650

seq1  CAGATCCTACTCAAGACATTGGGTACTCTACCAACTGAACTACATTCCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATCCTACTCAAGACATTGGGTACTCTACCAACTGAACTACATTCCCA  700

seq1  AGTCCTTCATATGGTTTTTAAAACTTATTTTTATTTTTTAGGTGTGTGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCTTCATATGGTTTTTAAAACTTATTTTTATTTTTTAGGTGTGTGTG  750

seq1  TAGGGGTATATATGAGTGCAGGTGCCTGCAAAGAGAGCTGGAGTTTGTAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| 
seq2  TAGGGGTATATATGAGTGCAGGTGCCTGCAAAGAGAGTTGGAGTTTGTA-  799

seq1  GTGACTGTGAACTGATTGATGT-AGGTTTGTAGGTTCTCTGGAAG  844
      |||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||| ||
seq2  GTGACTGTAAACTGATTGATGTAAGTTTTGTAGGTTCTCTGGGAG  844

seq1: chrX_101754213_101755363
seq2: B6Ng01-099G09.g_67_1189 (reverse)

seq1  TTTGAGTGGGCAAAAATTATTGTTTGTAATTATAAGTTTGGGGCTGATTT  50
      ||||||||||| ||||      | |||  ||||||| | ||||| || ||
seq2  TTTGAGTGGGCCAAAA------TATGT--TTATAAGGTAGGGGC-GA-TT  40

seq1  GTTGTTTTTCATCTCTAAACCATGCTTTCTATTAAGCATAGTGCTCTCAG  100
      ||   |||||||| ||||  ||||||||||||  ||||||||||||||| 
seq2  GT--GTTTTCATC-CTAA--CATGCTTTCTAT--AGCATAGTGCTCTCA-  82

seq1  GTAGAGAACCCAGGCCTGGATAATGTAACTGTGTGAACATTTAGAAAAGC  150
      ||| |||||||||  || ||| ||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GTAAAGAACCCAG--CT-GAT-ATGTAACTGTGTGAACA-TTAGAAAAGC  127

seq1  TTATTTTCTGCATCTCACTCTCTCTTCAGAGAATTTCATGTCCTCATTTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TTATTTTCTGCATCTCACTCTCTCTTCAGAG-ATTTCATGTCCTCATTTA  176

seq1  GCTTCATTTACCCCAGATAATGAATAAACATATCATGATGATGGTTAAAA  250
      |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||
seq2  GCTTCA-TTACCCCAGATAATGAAT-AACATATCATGATGATGG-TAAAA  223

seq1  TTTCCTACTTAAAATTTTCTTTATTTCAATAATTTTAAAAATTTATTCTC  300
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTACTTAAAATTTTC-TTATTTCAATAATTTTAAAAATTTATTCTC  272

seq1  TGATGGCTGGTATCAGCAACATTTGCAAGTGTGGAAGACAACAGTGGGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGGCTGGTATCAGCAACATTTGCAAGTGTGGAAGACAACAGTGGGCA  322

seq1  GAGCAATGGGCAGAGACAAAGACTACAGCTTGCATGGCAGGAGATACAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAATGGGCAGAGACAAAGACTACAGCTTGCATGGCAGGAGATACAGG  372

seq1  ATGTCTCAAGATGACCCAATGATGTGATGAGAGAAGTTGGGAGGGCAAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTCAAGATGACCCAATGATGTGATGAGAGAAGTTGGGAGGGCAAAC  422

seq1  TTCTCTCCTTAAAGTTGTTCCTTTGTCCTTCTTACAGGCATGCCTAAGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTCCTTAAAGTTGTTCCTTTGTCCTTCTTACAGGCATGCCTAAGTT  472

seq1  TGCCTCCCTTCATACCTTTTATTTTGTAGTGTATTTAAACCATTCTAAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTCCCTTCATACCTTTTATTTTGTAGTGTATTTAAACCATTCTAAGA  522

seq1  GTGTACAAAATTTTAAAGAAAACTGAACCAATATTAATGAAGGATGGTAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTACAAAATTTTAAAGAAAACTGAACCAATATTAATGAAGGATGGTAG  572

seq1  AGAAAGATGAACTGTGCCCACTAGTGGAAGTAAAGCTTCACATTCAAGCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGATGAACTGTGCCCACTAGTGGAAGTAAAGCTTCACATTCAAGCC  622

seq1  TGTAAGTAAAACAGTGGGACTGATATCCAGGCAGACTGTTTACTCATCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAGTAAAACAGTGGGACTGATATCCAGGCAGACTGTTTACTCATCTG  672

seq1  CAGAGCACTGTTTATTATGTTGTAGATCATAGTCTAACTGCTTAAGGTAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCACTGTTTATTATGTTGTAGATCATAGTCTAACTGCTTAAGGTAC  722

seq1  CATCTAACGGTTCTTTTATTGATATGTATATATGATGTGCATTCCTGTGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTAACGGTTCTTTTATTGATATGTATATATGATGTGCATTCCTGTGT  772

seq1  GTATACATGTCTGCATTGTAAGAGTACATTGTGTGCAAATGTGTATGTGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATACATGTCTGCATTGTAAGAGTACATTGTGTGCAAATGTGTATGTGT  822

seq1  GTGTGAGCACATGTATGTTCAGGGCAGAGTGATGTTCAGTGACTTTCTTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGAGCACATGTATGTTCAGGGCAGAGTGATGTTCAGTGACTTTCTTG  872

seq1  ATCACTCTCTGCCATCTATGCTGATGGATGATCTCTCATTGAACCTGGAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACTCTCTGCCATCTATGCTGATGGATGATCTCTCATTGAACCTGGAC  922

seq1  CTCATTGTTGCTGCTAATCTTTCCAGCCAGCTTGCTCCAGATGGTTCCTG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTGTTGCTGCTAATCTTTCCAGCCAGCTTGCTCCAGATGGTTCCTG  972

seq1  TCTCTGCTTCCTGCATTGGGATTACGAGTGGGCCACAAACCAGCCTGCCT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGCTTCCTGCATTGGGATTACGAGTGGGCCACAAACCAGCCTGCCT  1022

seq1  GGCTTTTCCTGGATCTGGGAATCTGTATGGCAAATACTTTATCTGCTGAG  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTTTCCTGGATCTGGGAATCTGTATGGCAAATACTTTATCTGCTGAG  1072

seq1  CTTTGTCTACAGTCACACTGGTTGGTCTTATTTGTTAGCTTCATGGAATT  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTCTACAGTCACACTGGTTGGTCTTATTTGTTAGCTTCATGGAATT  1122

seq1  C  1151
      |
seq2  C  1123