BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-118P20
ChromosomeX (Build37)
Map Location 142,451,126 - 142,547,406
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC237096
Upstream geneZcchc16, LOC623591, Lhfpl1, Amot, EG434860, LOC100039313, LOC623697, LOC623731
Downstream geneLOC100039558, EG666730, EG245663, Htr2c
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-118P20.bB6Ng01-118P20.g
ACCDH923319DH923320
length1,1131,161
definitionDH923319|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-118P20, 5' end.DH923320|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-118P20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(142,546,286 - 142,547,406)(142,451,126 - 142,452,069)
sequence
gaattctatgaaaataccatttgtgtaagcaaaaaaagcacaattctaca
acaaagcacattttacaggaagccttaagccttaaaccattggaatgatt
gcctggagataatgagaactagaaatagacagaaacaaataagcaaggat
ataagcatcagtgttctaccacctgatagatatgaatagctcaagcctcc
gcaacagaaattcaataatccaatagcaatgctcttaaaatagcaagaac
tctgtttataagtatcctctccgtattctggaatataactatagttgtag
tctctgttactcagatcaactgtgcaattttttccaaatatgtacataac
aattttggcttgcatcttcaggtcctccctttaggtaaagatgtagttat
tgccttaaactgacacatcttaatgtaacaagcagaaaacagcacattat
cccaaccatagacttagactgtttgagttgcattaacaaaatctttacat
cacctaatattaaaacaaaagaaggagttttattaatcataagtcttgaa
actgggaagtataagtacataatactagaagtatgctcatgtgaatttct
ctcaaatttattaataacaccctgtttctcatcttacatggtcaaagagt
tgaaaaatatcccaaaagtttcttctgtggaagtagtgatccagttcata
aaaaagtagtaagccttgtgactcaatcatttccttaaacataaacatct
tcagaaaaacatattggagagggaatttcagtcttatggattaggaagaa
aagagtagagacattcactctgtagtatagggtgttcatcagtttccttt
caaacactaaactcacaaagatccatcttgtatttgtgtacggcaaccaa
gtgttctaactcctaactatcttaacatcacatttgactcataataggac
taatgaaaacatttttgtcactgcatgttaaatgtcttttgcattgatat
atgaaacatgtaatagattctatgcaagtgtgttgatcttcatgcataga
aactataaacaaatagcataattggctagattcatctatgagatatagta
tcttgaaacacag
gaattctatacagtctctaaatagatttaccattcctagacatttcataa
tcattatgtaataaaacttgtggtcatttgcattaattactttacttagc
attacattttggttgtttattggctatagtaaccatattccattttcttc
tgatgatgaatagtgttctgtttatggatatttacatttattcattcttt
ctttttgagtttttttttttctttttttgagacagggtttctctgtgtat
ccctggctgtcctggtacttactctgtagaccaggctggcctcgaactca
gaaatccacctgcctttgcctaccaagtgttgggattaaaggcatgtgcc
accactgcctgaccatttatttattctatattgaaagacttaggttcttt
ctagtttggactcttatgcattctgttgttatgttattcatatacatttc
tttgtgtagagtcaggtttcattcctttgtgtcagtcaaaatataatata
tgacatatgatagttatcttgatagtatttggaagagctgccaggctgtt
tgccaaaacagatacatactttcccattcccagcatgacatgtaattata
ctagattctacactgtttattacttagtcctattttgtaatatactcact
catgtggttttatgtaatatcctattatgtgttagatttacattcctgta
tgattaatgatgctatattttcattgtttatatatgtctcatttgttttc
accacctgagttgtttgcattctttctttcaaagattcacttattttatt
ttgtgcatacaggtgattttctccgatttgatatatgtacatgtgtgtct
ggagcccacagtggccagaagaggccatattccatttatactccatattc
cattctcacccccatcaccctctgtctgctcacataccacactctcccca
ccccatctgtctcacatggatgcccccaccccctaccacacctgacttta
aactccctgggggcttcagtctcttgaggttaggtgcacatctttttttc
tatgagttcctagtacatacatgctttcaagctttctaacctaagttctt
tgtataaatgagggaggggctttcttttaatataaggaagtgcaagtgag
tgattgctaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_142546286_142547406
seq2: B6Ng01-118P20.b_48_1160 (reverse)

seq1  CTGTGTGTCAAGGATACTATATCTCATAGATGAATCTAAGCCCAAATTAT  50
      |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||
seq2  CTGTGTTTCAA-GATACTATATCTCATAGATGAATCT-AGCC--AATTAT  46

seq1  GCTTATTTGTTTATAGTTTCTATGCATTGAAGATCAACACACTTGCATAG  100
      || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GC-TATTTGTTTATAGTTTCTATGCA-TGAAGATCAACACACTTGCATAG  94

seq1  AATCTATTACATGTTTCATAATATTCAATGCAAAAGACATTTAACATGCA  150
      ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTATTACATGTTTCAT-ATA-TCAATGCAAAAGACATTTAACATGCA  142

seq1  GTGACAAAAATGTTTTCATTAGTCCTATTATGAGTCAAATGTGATGTTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACAAAAATGTTTTCATTAGTCCTATTATGAGTCAAATGTGATGTTAA  192

seq1  GATAGTTAGGAGTTAGAACACTTGGTTGCCGTACACAAATACAAGATGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGTTAGGAGTTAGAACACTTGGTTGCCGTACACAAATACAAGATGGA  242

seq1  TCTTTGTGAGTTTAGTGTTTGAAAGGAAACTGATGAACACCCTATACTAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGTGAGTTTAGTGTTTGAAAGGAAACTGATGAACACCCTATACTAC  292

seq1  AGAGTGAATGTCTCTACTCTTTTCTTCCTAATCCATAAGACTGAAATTCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTGAATGTCTCTACTCTTTTCTTCCTAATCCATAAGACTGAAATTCC  342

seq1  CTCTCCAATATGTTTTTCTGAAGATGTTTATGTTTAAGGAAATGATTGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCCAATATGTTTTTCTGAAGATGTTTATGTTTAAGGAAATGATTGAG  392

seq1  TCACAAGGCTTACTACTTTTTTATGAACTGGATCACTACTTCCACAGAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAAGGCTTACTACTTTTTTATGAACTGGATCACTACTTCCACAGAAG  442

seq1  AAACTTTTGGGATATTTTTCAACTCTTTGACCATGTAAGATGAGAAACAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTTTTGGGATATTTTTCAACTCTTTGACCATGTAAGATGAGAAACAG  492

seq1  GGTGTTATTAATAAATTTGAGAGAAATTCACATGAGCATACTTCTAGTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTTATTAATAAATTTGAGAGAAATTCACATGAGCATACTTCTAGTAT  542

seq1  TATGTACTTATACTTCCCAGTTTCAAGACTTATGATTAATAAAACTCCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTACTTATACTTCCCAGTTTCAAGACTTATGATTAATAAAACTCCTT  592

seq1  CTTTTGTTTTAATATTAGGTGATGTAAAGATTTTGTTAATGCAACTCAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTGTTTTAATATTAGGTGATGTAAAGATTTTGTTAATGCAACTCAAA  642

seq1  CAGTCTAAGTCTATGGTTGGGATAATGTGCTGTTTTCTGCTTGTTACATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCTAAGTCTATGGTTGGGATAATGTGCTGTTTTCTGCTTGTTACATT  692

seq1  AAGATGTGTCAGTTTAAGGCAATAACTACATCTTTACCTAAAGGGAGGAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGTGTCAGTTTAAGGCAATAACTACATCTTTACCTAAAGGGAGGAC  742

seq1  CTGAAGATGCAAGCCAAAATTGTTATGTACATATTTGGAAAAAATTGCAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGATGCAAGCCAAAATTGTTATGTACATATTTGGAAAAAATTGCAC  792

seq1  AGTTGATCTGAGTAACAGAGACTACAACTATAGTTATATTCCAGAATACG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGATCTGAGTAACAGAGACTACAACTATAGTTATATTCCAGAATACG  842

seq1  GAGAGGATACTTATAAACAGAGTTCTTGCTATTTTAAGAGCATTGCTATT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGGATACTTATAAACAGAGTTCTTGCTATTTTAAGAGCATTGCTATT  892

seq1  GGATTATTGAATTTCTGTTGCGGAGGCTTGAGCTATTCATATCTATCAGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTATTGAATTTCTGTTGCGGAGGCTTGAGCTATTCATATCTATCAGG  942

seq1  TGGTAGAACACTGATGCTTATATCCTTGCTTATTTGTTTCTGTCTATTTC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAGAACACTGATGCTTATATCCTTGCTTATTTGTTTCTGTCTATTTC  992

seq1  TAGTTCTCATTATCTCCAGGCAATCATTCCAATGGTTTAAGGCTTAAGGC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTCTCATTATCTCCAGGCAATCATTCCAATGGTTTAAGGCTTAAGGC  1042

seq1  TTCCTGTAAAATGTGCTTTGTTGTAGAATTGTGCTTTTTTTGCTTACACA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGTAAAATGTGCTTTGTTGTAGAATTGTGCTTTTTTTGCTTACACA  1092

seq1  AATGGTATTTTCATAGAATTC  1121
      |||||||||||||||||||||
seq2  AATGGTATTTTCATAGAATTC  1113

seq1: chrX_142451126_142452069
seq2: B6Ng01-118P20.g_317_1229

seq1  ATCCCTGGCTGTCCTGGTACTTACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCTGGCTGTCCTGGTACTTACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACT  50

seq1  CAGAAATCCACCTGCCTTTGCCTACCAAGTGTTGGGATTAAAGGCATGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAATCCACCTGCCTTTGCCTACCAAGTGTTGGGATTAAAGGCATGTG  100

seq1  CCACCACTGCCTGACCATTTATTTATTCTATATTGAAAGACTTAGGTTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCACTGCCTGACCATTTATTTATTCTATATTGAAAGACTTAGGTTCT  150

seq1  TTCTAGTTTGGACTCTTATGCATTCTGTTGTTATGTTATTCATATACATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAGTTTGGACTCTTATGCATTCTGTTGTTATGTTATTCATATACATT  200

seq1  TCTTTGTGTAGAGTCAGGTTTCATTCCTTTGTGTCAGTCAAAATATAATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTGTGTAGAGTCAGGTTTCATTCCTTTGTGTCAGTCAAAATATAATA  250

seq1  TATGACATATGATAGTTATCTTGATAGTATTTGGAAGAGCTGCCAGGCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGACATATGATAGTTATCTTGATAGTATTTGGAAGAGCTGCCAGGCTG  300

seq1  TTTGCCAAAACAGATACATACTTTCCCATTCCCAGCATGACATGTAATTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCCAAAACAGATACATACTTTCCCATTCCCAGCATGACATGTAATTA  350

seq1  TACTAGATTCTACACTGTTTATTACTTAGTCCTATTTTGTAATATACTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTAGATTCTACACTGTTTATTACTTAGTCCTATTTTGTAATATACTCA  400

seq1  CTCATGTGGTTTTATGTAATATCCTATTATGTGTTAGATTTACATTCCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATGTGGTTTTATGTAATATCCTATTATGTGTTAGATTTACATTCCTG  450

seq1  TATGATTAATGATGCTATATTTTCATTGTTTATATATGTCTCATTTGTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGATTAATGATGCTATATTTTCATTGTTTATATATGTCTCATTTGTTT  500

seq1  TCACCACCTGAGTTGTTTGCATTCTTTCTTTCAAAGATTCACTTATTTTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCACCTGAGTTGTTTGCATTCTTTCTTTCAAAGATTCACTTATTTTA  550

seq1  TTTTGTGCATACAGGTGATTTTCTCCGATTTGATATATGTACATGTGTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTGCATACAGGTGATTTTCTCCGATTTGATATATGTACATGTGTGT  600

seq1  CTGGAGCCCACAGTGGCCAGAAGAGGCCATATTCCATTTATACTCCATAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAGCCCACAGTGGCCAGAAGAGGCCATATTCCATTTATACTCCATAT  650

seq1  TCCATTCCTCACCCCCCATCCACCCTCTGTCTGCTCCACATACCACACCT  700
      |||||| |||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||  
seq2  TCCATT-CTCA-CCCCCAT-CACCCTCTGTCTGCT-CACATACCACAC--  694

seq1  CCTCCCCACCCCATCCTGTCTCCACATGGATGCCCCCACCCCCTACCACA  750
       ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCCCACCCCAT-CTGTCT-CACATGGATGCCCCCACCCCCTACCACA  742

seq1  CCTGACCTTTAAACTCCCTGGGGGCTCCAGTCTCTTGAGGGTTAGGTGCA  800
      ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| 
seq2  CCTGA-CTTTAAACTCCCTGGGGGCTTCAGTCTCTTGA-GGTTAGGTGC-  789

seq1  ACATCTTTTTTCTAATGAGTTCCCTAGTACATACATGCTTTTCAAAGCTT  850
      |||||||||||   ||||||| |||||||||||||||||||   |||| |
seq2  ACATCTTTTTTTCTATGAGTT-CCTAGTACATACATGCTTT--CAAGC-T  835

seq1  TTCTAACTTAAGTTTCTTTGTATATAAAATTGAGGAAGGGGCTTACATTT  900
      ||||||| |||| ||||||||||    || ||||| |||||||| | || 
seq2  TTCTAACCTAAG-TTCTTTGTAT----AAATGAGGGAGGGGCTTTCTTT-  879

seq1  TAAAATAATAAAAGAAAATGTGAAAGTGAGTGAGTTTTGCTAGA  944
           ||||| ||| ||  ||| ||||||||||   ||||||||
seq2  -----TAATATAAGGAA--GTGCAAGTGAGTGA---TTGCTAGA  913