BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-121E19
ChromosomeX (Build37)
Map Location 11,774,270 - 11,948,203
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100043946
Upstream geneLOC100042922, LOC100042927, LOC100042929, LOC100042931, OTTMUSG00000016790, LOC100042939, LOC100042943, LOC100042944, LOC100042946, EG236663, 8430439B09Rik, LOC669520, Rpl23a-ps, LOC100043945, Bcor, 2900008C10Rik, LOC385323
Downstream geneLOC628441, Atp6ap2, LOC668986, EG245347, 1810030O07Rik, Crsp2, LOC668987, LOC245350, Ppia-psx_132.1, Usp9x, LOC100043000, LOC100043002, LOC675380, Ddx3x, LOC385326, LOC634019
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-121E19.bB6Ng01-121E19.g
ACCDH925019DH925020
length9961,044
definitionDH925019|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-121E19, 5' end.DH925020|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-121E19, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(11,774,270 - 11,775,266)(11,947,149 - 11,948,203)
sequence
gaattccaggtcccagactacataggaaatccttgtctcaaaaggggggc
cgagcggggttgcctgctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtatagaccaaaga
gtgacatcaagtgtctttctcagtttcctcctttacctcatattttgaaa
cagaaacggggtctctctaactgaccctggagctcacagatttagctaga
ctggttggccagtgagacctagggatgggctcttctgtgcatcctaggca
ctgggattaagctcgactgcaccatagctgccttttaaaaaataattaca
tttaaaagttttgaattatgtgcgtatgtgttggtcatgagtgcagatgt
ctgagaaagccaaagtctttgaatccgcgagagctaggagttccaggaag
ttgtgaacaacctcatgtgggggttaggaactctggaaaaaccatacatg
cttttaactatggagccatctctgtagccccctcctttttaaatgtgggt
gttgggggatggaactcaagtcatcgtgtttgagtgagaagtactttacc
agctaagctagtgttcctcgttgccccctccagatgtcccttacactgtc
tgatgtgcaggacaatactcagcaattgaattttgaaggtcctttttttt
ttgagacagagtctcactgtgtagcccaggctggcctcatattcattcac
tagcacttagcttttggtttttcttttggtaataaaagtgcagagccaca
gaagatgcaccagggaagggaaaagccttagtctcttcgggtgatacttc
tattccttcctcaagagctatgggtagcagatccccttacagagaagatg
atgtgagcagtcccagtgagccaggtctcgtggtattttgtgttggtgac
atctctctgaattggggtgactccattgaatctgctctgatccacagaac
gtgcacagatatgtgttgtgtataaccttttgtttttgatgagggt
gaattcaaggcaggaactcaagcacatccacagtcaagagcagaccgaat
agatgtgtccattgcatagaccctagttagcttgctctactcatagagtc
catgggccaagctacaaaatggtgccacccacagtgggctgggtcttctt
ccatcaattagccatcaagacaatcacccagggacacatttatagaccaa
tctgatctagatttcttaaatggtgctctcttcctaggtgattccaggtt
gcatctgtcagacttgcacttgcaaataggtacgggctgagaaaaaacgt
ggcatggtaaaaattggggagaagtgaaggtaaatgtgcgcactccctga
caagtgcccgtaaatctgaaaatggttgccactaaatgcaaaaaagcaag
gtaaccgagatgaagaggcgaggaagtatggcagctattgaaggtgtatt
ctggctctaagagtgcttacttctttcattggaaacgtgggtttggttcc
cagcacccacaaccacctgtgagtctagttccaggggatccaatgccttt
ttctggtctcaacaggcatctgtgtgcacgtggtgcatgtaaactcaagc
acaagtgcacacacacacacacacgtttaaagcatatcttgagttttaaa
tatagcccctgaagtgtctagaagtgaacatttgagaggcccattatatt
tttaagggacttgtgtcttcaaagaaatcttgagcctggatcaaacaagc
caaactttttcttgagttaggtatggatatgaaacaacccttgggttcct
actctgagaggaaactagctgaaaatatttccctctagaagagatgtcct
cagacctagatctggcagagcaggatggttagagtaaataaccatctaga
agaaatcttcgggcctgataggactgtctccgtctgcagtagaggctgcc
cactaagatctggagagctttatagctctagtgatcatctccaccttctc
ttttcagaacactgagtttactctgcctctcttgtctgtactga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_11774270_11775266
seq2: B6Ng01-121E19.b_45_1040

seq1  GAATTCCAGGTCCCAGACTACATAGGAAATCCTTGTCTCAAAAGGGGGGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGTCCCAGACTACATAGGAAATCCTTGTCTCAAAAGGGGGGC  50

seq1  CGAGCGGGGTTGCCTGCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATAGACCAAAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGCGGGGTTGCCTGCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATAGACCAAAGA  100

seq1  GTGACATCAAGTGTCTTTCTCAGTTTCCTCCTTTACCTCATATTTTGAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACATCAAGTGTCTTTCTCAGTTTCCTCCTTTACCTCATATTTTGAAA  150

seq1  CAGAAACGGGGTCTCTCTAACTGACCCTGGAGCTCACAGATTTAGCTAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAACGGGGTCTCTCTAACTGACCCTGGAGCTCACAGATTTAGCTAGA  200

seq1  CTGGTTGGCCAGTGAGACCTAGGGATGGGCTCTTCTGTGCATCCTAGGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTTGGCCAGTGAGACCTAGGGATGGGCTCTTCTGTGCATCCTAGGCA  250

seq1  CTGGGATTAAGCTCGACTGCACCATAGCTGCCTTTTAAAAAATAATTACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGATTAAGCTCGACTGCACCATAGCTGCCTTTTAAAAAATAATTACA  300

seq1  TTTAAAAGTTTTGAATTATGTGCGTATGTGTTGGTCATGAGTGCAGATGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAAGTTTTGAATTATGTGCGTATGTGTTGGTCATGAGTGCAGATGT  350

seq1  CTGAGAAAGCCAAAGTCTTTGAATCCGCGAGAGCTAGGAGTTCCAGGAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGAAAGCCAAAGTCTTTGAATCCGCGAGAGCTAGGAGTTCCAGGAAG  400

seq1  TTGTGAACAACCTCATGTGGGGGTTAGGAACTCTGGAAAAACCATACATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGAACAACCTCATGTGGGGGTTAGGAACTCTGGAAAAACCATACATG  450

seq1  CTTTTAACTATGGAGCCATCTCTGTAGCCCCCTCCTTTTTAAATGTGGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTAACTATGGAGCCATCTCTGTAGCCCCCTCCTTTTTAAATGTGGGT  500

seq1  GTTGGGGGATGGAACTCAAGTCATCGTGTTTGAGTGAGAAGTACTTTACC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGGGGATGGAACTCAAGTCATCGTGTTTGAGTGAGAAGTACTTTACC  550

seq1  AGCTAAGCTAGTGTTCCTCGTTGCCCCCTCCAGATGTCCCTTACACTGTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAAGCTAGTGTTCCTCGTTGCCCCCTCCAGATGTCCCTTACACTGTC  600

seq1  TGATGTGCAGGACAATACTCAGCAATTGAATTTTGAAGGTCCTTTTTTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGTGCAGGACAATACTCAGCAATTGAATTTTGAAGGTCCTTTTTTTT  650

seq1  TTGAGACAGAGTCTCACTGTGTAGCCCAGGCTGGCCTCATATTCATTCAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGACAGAGTCTCACTGTGTAGCCCAGGCTGGCCTCATATTCATTCAC  700

seq1  TAGCACTTAGCTTTTGGTTTTTCTTTTGGTAATAAAAGTGCAGAGCCACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCACTTAGCTTTTGGTTTTTCTTTTGGTAATAAAAGTGCAGAGCCACA  750

seq1  GAAGATGCACCAGGGAAGGGAAAAGCCTTAGTCTCTTCGGGTGATACTTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGATGCACCAGGGAAGGGAAAAGCCTTAGTCTCTTCGGGTGATACTTC  800

seq1  TATTCCTTCCTCAAGAGCTATGGGTAGCAGATCCCCTTACAGAGAAGATG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCCTTCCTCAAGAGCTATGGGTAGCAGATCCCCTTACAGAGAAGATG  850

seq1  ATGTGAGCAGTCCCAGTGAGCCAGGTCTCGTGGTATTTTTGTGTTGGTGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  ATGTGAGCAGTCCCAGTGAGCCAGGTCTCGTGGTA-TTTTGTGTTGGTGA  899

seq1  CATCTTCTCTGAATTGGGGTGACTCCATTGAATCTGCTCTGATCCACAG-  949
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CATC-TCTCTGAATTGGGGTGACTCCATTGAATCTGCTCTGATCCACAGA  948

seq1  ACGTGCACAGATATGTGTTGTGTATAA-CTTTTGTTTTGTGATGAGGGT  997
      ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||
seq2  ACGTGCACAGATATGTGTTGTGTATAACCTTTTGTTTT-TGATGAGGGT  996

seq1: chrX_11947149_11948203
seq2: B6Ng01-121E19.g_66_1109 (reverse)

seq1  TCAGTAACAGAACAAGAGA-GCAGAGTAAACTTCAGTGTTCTGAAAAGAG  49
      ||||| |||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TCAGT-ACAG-ACAAGAGAGGCAGAGTAAAC-TCAGTGTTCTGAAAAGAG  47

seq1  AAGGGTGGGAGATGATCAACTAGAGCTATAGAGCTCT-CAGATCTTAGTG  98
      ||||   |||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||
seq2  AAGG--TGGAGATGATC-ACTAGAGCTATAAAGCTCTCCAGATCTTAGTG  94

seq1  TGCAGGCTTCTTACCTGCAGACGGAGACAGTTCCTTATCAGGCCCGAAGT  148
       ||| || |||   |||||||||||||||||  | |||||||||||||| 
seq2  GGCA-GCCTCT--ACTGCAGACGGAGACAGT--CCTATCAGGCCCGAAGA  139

seq1  TTTCTTCTAGATGGTTATTTTACTCTTACCATCCTGCTCTGCCAGATCTA  198
      ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTCTAGATGGTTA-TTTACTCTAACCATCCTGCTCTGCCAGATCTA  188

seq1  GGTCTTGAGGACATCTCTTCTAGAGGGAAATATTCTCAGCTAGTTTCCTT  248
      |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |
seq2  GGTC-TGAGGACATCTCTTCTAGAGGGAAATATTTTCAGCTAGTTTCC-T  236

seq1  CTCAGAGTAGGAACCCAAGGGTTGTTTCATATCCATACCTAACTCAAG-A  297
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CTCAGAGTAGGAACCCAAGGGTTGTTTCATATCCATACCTAACTCAAGAA  286

seq1  AAAGTTTGGCTTGTTTGATCCAGGCTCAAGATTTCTTTGAAGACACAAGT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTTTGGCTTGTTTGATCCAGGCTCAAGATTTCTTTGAAGACACAAGT  336

seq1  CCCTTAAAAATATAATGGGCCTCTCAAATGTTCACTTCTAGACACTTCAG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTAAAAATATAATGGGCCTCTCAAATGTTCACTTCTAGACACTTCAG  386

seq1  GGGCTATATTTAAAACTCAAGATATGCTTTAAACGTGTGTGTGTGTGTGT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTATATTTAAAACTCAAGATATGCTTTAAACGTGTGTGTGTGTGTGT  436

seq1  GCACTTGTGCTTGAGTTTACATGCACCACGTGCACACAGATGCCTGTTGA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTTGTGCTTGAGTTTACATGCACCACGTGCACACAGATGCCTGTTGA  486

seq1  GACCAGAAAAAGGCATTGGATCCCCTGGAACTAGACTCACAGGTGGTTGT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAGAAAAAGGCATTGGATCCCCTGGAACTAGACTCACAGGTGGTTGT  536

seq1  GGGTGCTGGGAACCAAACCCACGTTTCCAATGAAAGAAGTAAGCACTCTT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGCTGGGAACCAAACCCACGTTTCCAATGAAAGAAGTAAGCACTCTT  586

seq1  AGAGCCAGAATACACCTTCAATAGCTGCCATACTTCCTCGCCTCTTCATC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCCAGAATACACCTTCAATAGCTGCCATACTTCCTCGCCTCTTCATC  636

seq1  TCGGTTACCTTGCTTTTTTGCATTTAGTGGCAACCATTTTCAGATTTACG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGTTACCTTGCTTTTTTGCATTTAGTGGCAACCATTTTCAGATTTACG  686

seq1  GGCACTTGTCAGGGAGTGCGCACATTTACCTTCACTTCTCCCCAATTTTT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACTTGTCAGGGAGTGCGCACATTTACCTTCACTTCTCCCCAATTTTT  736

seq1  ACCATGCCACGTTTTTTCTCAGCCCGTACCTATTTGCAAGTGCAAGTCTG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATGCCACGTTTTTTCTCAGCCCGTACCTATTTGCAAGTGCAAGTCTG  786

seq1  ACAGATGCAACCTGGAATCACCTAGGAAGAGAGCACCATTTAAGAAATCT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATGCAACCTGGAATCACCTAGGAAGAGAGCACCATTTAAGAAATCT  836

seq1  AGATCAGATTGGTCTATAAATGTGTCCCTGGGTGATTGTCTTGATGGCTA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCAGATTGGTCTATAAATGTGTCCCTGGGTGATTGTCTTGATGGCTA  886

seq1  ATTGATGGAAGAAGACCCAGCCCACTGTGGGTGGCACCATTTTGTAGCTT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGATGGAAGAAGACCCAGCCCACTGTGGGTGGCACCATTTTGTAGCTT  936

seq1  GGCCCATGGACTCTATGAGTAGAGCAAGCTAACTAGGGTCTATGCAATGG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCATGGACTCTATGAGTAGAGCAAGCTAACTAGGGTCTATGCAATGG  986

seq1  ACACATCTATTCGGTCTGCTCTTGACTGTGGATGTGCTTGAGTTCCTGCC  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATCTATTCGGTCTGCTCTTGACTGTGGATGTGCTTGAGTTCCTGCC  1036

seq1  TTGAATTC  1055
      ||||||||
seq2  TTGAATTC  1044