BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-139L23
ChromosomeX (Build37)
Map Location 16,757,777 - 16,922,941
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEfhc2
Upstream geneLOC100043949, LOC100043950, Cypt6, LOC100038939, LOC668993, Maoa, Maob, Ndph, LOC100043063
Downstream geneFundc1, EG278181, EG668994, EG436196, EG331391, Dusp21, LOC100043951, Utx, LOC100043952
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-139L23.bB6Ng01-139L23.g
ACCDH938656DH938657
length1,0791,139
definitionDH938656|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-139L23, 5' end.DH938657|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-139L23, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(16,921,916 - 16,922,941)(16,757,777 - 16,758,930)
sequence
gaattcattacatagattagcctgacctcttagagatctgcttgcctctg
ccacccaagtgctgggattaaaggtgtgctccaccttgcccagaagtaaa
aaatagaattttaaatggtttcattttaattacttaaaaatgttttctca
cgtgtttgttaaaggatttgtttttgtttttgttttttgtcagcctgatg
caggctaagagtcatctgaaaaaagggaatcacaattgagaaaatatcac
cttcagattggagagtaggcaaacgtgtagcattttttttttttttgatt
gatgattgatgtgaaagggtctagtcaattgtggatagtgccatctctgg
gcagttgggcctgagtgatataaaaaagcaagatgaaaaatacatgggaa
gaaagacagtaagcagtgttcttacatggcttcggtatcacatcctgcct
caagttccttccccaacttccctgcatgatggaatatcagctgtaaagtg
aaataaaccattcatccccaagttcattttgatcatagtatttatcacac
caacagaaaccaaagacagtctacatttagtaagacacaattctcatact
gtgagtttcaacttttaaagtacatagttcaatgatactttagccagaaa
acagggcaaactaactgcagatcttcacttcttcctcagctactccaaat
ccaattccacaatctcacgcccagctctgcagcacagcacctgctgcatc
ctcaccattgcttcacccagtggatcccacagctcttaccttcctgacct
ctcttctcccactctaatttatcccaacccccagctccagcagacacttc
ccaggaacccacaacccactggggccagggaagtaggtagactaactgaa
gctcttcaccatccttccaagtccaatcccacattgtattcacaggtcta
tagcagaccttcttctgtgctttccatactctcagactcatgccagggga
ctaagcagtcctggttgaccaccctgctttctgctctgtaaagcctctca
gacccctctcctatcatcccatcccatta
gaattccatgatcttgggccaactgtagcacttctctggctgtgaaatga
gttccttggtcagaagcaatactgtgtggaatactgtgacaatagataag
gcattctgtgagtccatggatagtggttttagtagaggcattacatgcag
gaaaggcaaatccatagccagaagaagtatctactccagaaagaacaaaa
tgctgtcttttccacggattaagtggtccaatgtagtcaacctgccacta
gattgctggctggtcacctcgaggaatggtgctcagtgttggtttctgct
gctggcagatctggcattcagcagcagctgtagccaggttagccttggtg
agtggaagtccgtgttgctgagcccaagcataacctccatctcaaccacc
atggccactttgttcatgtgcccattgagcaatgacagggatggctgggg
aaagaggctgactgtatatgctggcttagagaggcaaaagcaaaaccact
ttgaaaaattctccttctggacactaaaatttggtgtgtttgagaaaata
tgatatttgcatagtttccaagtaggtgtcttcgggtatttattagccac
aaaagaatgataacaaagatggtcattttacaatgaagaaatctggcaga
aactaccttaatcatgtgatcaagtttaatatcaccaggaggtaagacat
ttattgtttgacaccaggaactctgacatactaaaaacgagaaaacttca
tttctatagtatattctcagtctaaacataagaaaacactctactttaaa
ttgaagaacattagtgttaaggtgctatgtaggaatttcttccaaattta
aaacctcttccaaatgtaaaaccttccatcttagagggaagctcattgac
acagaatgtttacaagaaggtaaaccctgtcctaaggaggcaaaacattc
catgctgtaggaaaacctcttacgctcaggaagtaacaccaaaattgctt
cagaaggccttgacactgacagaagtcctattaagtaaagcaatcagtac
ctgagcttcttgaagagccagaagagccaagttgactggaagaggctcaa
cttaagtgactatcacggttgtaccataccagccttcca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_16921916_16922941
seq2: B6Ng01-139L23.b_113_1126 (reverse)

seq1  TATTGGGATGGGGATGGATTAGGAGAGGGGTCTGAGAGGCTCTACAGAAG  50
      || |||||| ||||||   |||||||||||||||||||||| ||||||  
seq2  TAATGGGAT-GGGATG--ATAGGAGAGGGGTCTGAGAGGCTTTACAGA--  45

seq1  GCAGGAAAGCAGGGTGTTCCACCAGGACCTGCTTAGTCCCCTGGCAATGA  100
      ||| |||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||||| ||||
seq2  GCA-GAAAGCAGGGTGGTCAACCAGGA-CTGCTTAGTCCCCTGGC-ATGA  92

seq1  GTCCTGAGAGTATGGAAAGGCCACAGAAGAAGGTCTGCTATAGACCTGTG  150
      || ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GT-CTGAGAGTATGGAAAG--CACAGAAGAAGGTCTGCTATAGACCTGT-  138

seq1  GAATACAATGTGGGATTGGACTTGGAAGGATGGTGAAGAGCTTCAGTTAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATACAATGTGGGATTGGACTTGGAAGGATGGTGAAGAGCTTCAGTTAG  188

seq1  TCTACCTACTTCCCTGGCCCCAGTGGGTTGTGGGTTCCTGGGAAGTGTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACCTACTTCCCTGGCCCCAGTGGGTTGTGGGTTCCTGGGAAGTGTCT  238

seq1  GCTGGAGCTGGGGGTTGGGATAAATTAGAGTGGGAGAAGAGAGGTCAGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGAGCTGGGGGTTGGGATAAATTAGAGTGGGAGAAGAGAGGTCAGGA  288

seq1  AGGTAAGAGCTGTGGGATCCACTGGGTGAAGCAATGGTGAGGATGCAGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAAGAGCTGTGGGATCCACTGGGTGAAGCAATGGTGAGGATGCAGCA  338

seq1  GGTGCTGTGCTGCAGAGCTGGGCGTGAGATTGTGGAATTGGATTTGGAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCTGTGCTGCAGAGCTGGGCGTGAGATTGTGGAATTGGATTTGGAGT  388

seq1  AGCTGAGGAAGAAGTGAAGATCTGCAGTTAGTTTGCCCTGTTTTCTGGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGAGGAAGAAGTGAAGATCTGCAGTTAGTTTGCCCTGTTTTCTGGCT  438

seq1  AAAGTATCATTGAACTATGTACTTTAAAAGTTGAAACTCACAGTATGAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTATCATTGAACTATGTACTTTAAAAGTTGAAACTCACAGTATGAGA  488

seq1  ATTGTGTCTTACTAAATGTAGACTGTCTTTGGTTTCTGTTGGTGTGATAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTGTCTTACTAAATGTAGACTGTCTTTGGTTTCTGTTGGTGTGATAA  538

seq1  ATACTATGATCAAAATGAACTTGGGGATGAATGGTTTATTTCACTTTACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTATGATCAAAATGAACTTGGGGATGAATGGTTTATTTCACTTTACA  588

seq1  GCTGATATTCCATCATGCAGGGAAGTTGGGGAAGGAACTTGAGGCAGGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGATATTCCATCATGCAGGGAAGTTGGGGAAGGAACTTGAGGCAGGAT  638

seq1  GTGATACCGAAGCCATGTAAGAACACTGCTTACTGTCTTTCTTCCCATGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATACCGAAGCCATGTAAGAACACTGCTTACTGTCTTTCTTCCCATGT  688

seq1  ATTTTTCATCTTGCTTTTTTATATCACTCAGGCCCAACTGCCCAGAGATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTCATCTTGCTTTTTTATATCACTCAGGCCCAACTGCCCAGAGATG  738

seq1  GCACTATCCACAATTGACTAGACCCTTTCACATCAATCATCAATCAAAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTATCCACAATTGACTAGACCCTTTCACATCAATCATCAATCAAAAA  788

seq1  AAAAAAAAATGCTACACGTTTGCCTACTCTCCAATCTGAAGGTGATATTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAATGCTACACGTTTGCCTACTCTCCAATCTGAAGGTGATATTT  838

seq1  TCTCAATTGTGATTCCCTTTTTTCAGATGACTCTTAGCCTGCATCAGGCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAATTGTGATTCCCTTTTTTCAGATGACTCTTAGCCTGCATCAGGCT  888

seq1  GACAAAAAACAAAAACAAAAACAAATCCTTTAACAAACACGTGAGAAAAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAAAAACAAAAACAAAAACAAATCCTTTAACAAACACGTGAGAAAAC  938

seq1  ATTTTTAAGTAATTAAAATGAAACCATTTAAAATTCTATTTTTTACTTCT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTAAGTAATTAAAATGAAACCATTTAAAATTCTATTTTTTACTTCT  988

seq1  GGGCAAGGTGGAGCACACCTTTAATC  1026
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCAAGGTGGAGCACACCTTTAATC  1014

seq1: chrX_16757777_16758930
seq2: B6Ng01-139L23.g_69_1207

seq1  GAATTCCATGATCTTGGGCCAACTGTAGCACTTCTCTGGCTGTGAAATGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATGATCTTGGGCCAACTGTAGCACTTCTCTGGCTGTGAAATGA  50

seq1  GTTCCTTGGTCAGAAGCAATACTGTGTGGAATACTGTGACAATAGATAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCTTGGTCAGAAGCAATACTGTGTGGAATACTGTGACAATAGATAAG  100

seq1  GCATTCTGTGAGTCCATGGATAGTGGTTTTAGTAGAGGCATTACATGCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTCTGTGAGTCCATGGATAGTGGTTTTAGTAGAGGCATTACATGCAG  150

seq1  GAAAGGCAAATCCATAGCCAGAAGAAGTATCTACTCCAGAAAGAACAAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGCAAATCCATAGCCAGAAGAAGTATCTACTCCAGAAAGAACAAAA  200

seq1  TGCTGTCTTTTCCACGGATTAAGTGGTCCAATGTAGTCAACCTGCCACTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTCTTTTCCACGGATTAAGTGGTCCAATGTAGTCAACCTGCCACTA  250

seq1  GATTGCTGGCTGGTCACCTCGAGGAATGGTGCTCAGTGTTGGTTTCTGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGCTGGCTGGTCACCTCGAGGAATGGTGCTCAGTGTTGGTTTCTGCT  300

seq1  GCTGGCAGATCTGGCATTCAGCAGCAGCTGTAGCCAGGTTAGCCTTGGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGCAGATCTGGCATTCAGCAGCAGCTGTAGCCAGGTTAGCCTTGGTG  350

seq1  AGTGGAAGTCCGTGTTGCTGAGCCCAAGCATAACCTCCATCTCAACCACC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGAAGTCCGTGTTGCTGAGCCCAAGCATAACCTCCATCTCAACCACC  400

seq1  ATGGCCACTTTGTTCATGTGCCCATTGAGCAATGACAGGGATGGCTGGGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCCACTTTGTTCATGTGCCCATTGAGCAATGACAGGGATGGCTGGGG  450

seq1  AAAGAGGCTGACTGTATATGCTGGCTTAGAGAGGCAAAAGCAAAACCACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGGCTGACTGTATATGCTGGCTTAGAGAGGCAAAAGCAAAACCACT  500

seq1  TTGAAAAATTCTCCTTCTGGACACTAAAATTTGGTGTGTTTGAGAAAATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAAAATTCTCCTTCTGGACACTAAAATTTGGTGTGTTTGAGAAAATA  550

seq1  TGATATTTGCATAGTTTCCAAGTAGGTGTCTTCGGGTATTTATTAGCCAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATATTTGCATAGTTTCCAAGTAGGTGTCTTCGGGTATTTATTAGCCAC  600

seq1  AAAAGAATGATAACAAAGATGGTCATTTTACAATGAAGAAATCTGGCAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAATGATAACAAAGATGGTCATTTTACAATGAAGAAATCTGGCAGA  650

seq1  AACTACCTTAATCATGTGATCAAGTTTAATATCACCAGGAGGTAAGACAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTACCTTAATCATGTGATCAAGTTTAATATCACCAGGAGGTAAGACAT  700

seq1  TTATTGTTTGACACCAGGAACTCTGACATACTAAAAACGAGAAAACTTCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTGTTTGACACCAGGAACTCTGACATACTAAAAACGAGAAAACTTCA  750

seq1  TTTCTATAGTATATTCTCAGTCTAAACATAAGAAAACACTCTACTTTAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTATAGTATATTCTCAGTCTAAACATAAGAAAACACTCTACTTTAAA  800

seq1  TTGAAGAACATTAGTGTTAAGGTGCTATGTAGGAATTTCTTCCAAATTTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAGAACATTAGTGTTAAGGTGCTATGTAGGAATTTCTTCCAAATTTA  850

seq1  AAACCTCTTCCAAATGTAAAACCTTCCATCTTAGAGGGAAGCTCATTGAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCTCTTCCAAATGTAAAACCTTCCATCTTAGAGGGAAGCTCATTGAC  900

seq1  ACAGAATGTTTACAAGAAGGTAAACCCTGTCCTAAGGAGGCAAAACATTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAATGTTTACAAGAAGGTAAACCCTGTCCTAAGGAGGCAAAACATTC  950

seq1  CATGCTGTAGGAAAACCCCTTACGCTCAGGAAGTAAACAACCAAAATTGC  1000
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||   |||||||||||
seq2  CATGCTGTAGGAAAACCTCTTACGCTCAGGAAGTAA--CACCAAAATTGC  998

seq1  TTCAGGAAGGCCCTGACACTGACCAGAGTCCCTATTAAGTAAAGCAGTCA  1050
      |||| ||||||| ||||||||| ||||   |||||||||||||||| |||
seq2  TTCA-GAAGGCCTTGACACTGA-CAGAAGTCCTATTAAGTAAAGCAATCA  1046

seq1  GTAACCTGAGCTTCCTGGAAGGAGCCAAGAAGAGCCAAGTTGACTGGAAG  1100
      || ||||||||||| ||  | ||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GT-ACCTGAGCTTCTTG--AAGAGCC-AGAAGAGCCAAGTTGACTGGAAG  1092

seq1  AGGCTCAACTTAAGTGAACTATCAACAGGTTTTGTAACTCATACCAGGCT  1150
      |||||||||||||||| |||||||   ||  |||||   |||||||| ||
seq2  AGGCTCAACTTAAGTG-ACTATCA--CGG--TTGTA--CCATACCAGCCT  1135

seq1  TCCA  1154
      ||||
seq2  TCCA  1139