BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-141J07
ChromosomeX (Build37)
Map Location 158,549,121 - 158,700,695
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNhs
Upstream geneScml2, LOC414364, Prkaca-ps1, Rai2, Gm47
Downstream geneReps2, LOC654358, LOC100041557, LOC667630, Rbbp7, 4932441K18Rik, LOC671250, Syap1, LOC100041607, Ctps2, S100g
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-141J07.bB6Ng01-141J07.g
ACCDH940004DH940005
length1,170936
definitionDH940004|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-141J07, 5' end.DH940005|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-141J07, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(158,549,121 - 158,550,303)(158,700,141 - 158,700,695)
sequence
gaattccagaataaatgacttattttctagccatttatatagcttgtact
tttggtggtagacttaacagccccaaccttatagctgcagccactgaatg
cacacagcccagatggctggcaggggtgggtaatcaaccctgaaaacagt
cagtaaagtacttgaatttttgattcaaaagttaaatgaactcataaacg
caatcataataacaatttgcatgggtttccacatgttaatgtgcacattt
ttggaagggggctgtcccatggaccgatatttctgcaggtgctataaaat
atgggtctatgtatcttggcaagactctaaacaccatcagaaatttgctc
acctctataatcagtcccactccctattagcatgccttccctttcaggta
cctcatgaaagtgaatttagccccttctacgttccacaaagtctacactc
aaccctcagaacaaactaacactatccatcttttacaggaatttaaagag
aaaatgttgtttagacatgtatcaccaaatcattggaactagcaacaaca
aaaaaaatccattcagactagtttctgcttcagatagatgaaaaaatata
caaagctgtgttagtgggatagttaagcagaacacgccatgcaatctggg
attcagaaaataaaacagttgcatctcagagctggagttcctttaagacc
aagaggtaatttctttctgatcaagagataagtcactaagtcaataatgc
tggatcctcagcccattactatgatggctgcttgtaaaacatgtacactc
aggcagccttccttggagaataaccctgatgtatactgattgttgccttt
taagtgtgttggcacctccagatgaaaggatctaattaattatgcttgcc
atagttgcttagttgcttgcttagttggggatatcccactcatctatgtt
ggaggacaagcccagagaaagggagaattactagagtcagaatctagtga
ggaattgagagatgagttggtcactgtaactgatgttgcttagacacttt
gaagggtcccagtttttgaaatgcatggcaatttcttgcagctaagcctc
ctcaaattgcgaaatgtcaggctggaggaactagcattacctatggatct
aaattacttttattagcgaa
gaattcttagcactagatggtatatctatatcacaaactactctttcctc
tccccacaaggcttagggctagtcatgaatggatgaaagaagatttaaag
agccagttgtaatggatgcctgcagggaaactgttttctggccatgacca
atgactgtgaatacatgtacaagatcttcacaagatcaaactagacgaaa
atccaagcattgaagtcccatgtctagctgtggagctattggcaattttt
ggctgctgggagagggagaattcaagatgtggtccctgagaggacaccca
gatgtgtctagacccgtgcagatactggcagtattacatggactcctcag
gtttttaaaaagagctcatgaagtggggagagaaaagtagtggagtggga
agataaagatggaatttgaatggctagaatagggagtggatttgatcaaa
atatgttatatgcattagattcctaggcaaaaatgggttctagcatcttg
caaacttatgatttgcaagacattgatctggttaccactgttacaactgt
catcaacataaccatcactatcttcatcactattagcaagatcacatcat
tagtaccaaattttctacctatatcatctctaccactactatcatgttat
gatcatcataacatcaacagcaacactccatcatcattgtcgtagttact
atcatcatattctttgtagttatcatcatcatcatcagtaccactactgt
cagcattatcatatcaataccaccacattcaccaccagcatctccacagc
tacttccatggccatgtcttactaactacatcatcattctccacacaact
atttattggtatgcttctacaccaccactgaacaatgctattattagaac
atttaactctgccatatcacctcaccatgaccattg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_158549121_158550303
seq2: B6Ng01-141J07.b_48_1217

seq1  GAATTCCAGAATAAATGACTTATTTTCTAGCCATTTATATAGCTTGTACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGAATAAATGACTTATTTTCTAGCCATTTATATAGCTTGTACT  50

seq1  TTTGGTGGTAGACTTAACAGCCCCAACCTTATAGCTGCAGCCACTGAATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGTGGTAGACTTAACAGCCCCAACCTTATAGCTGCAGCCACTGAATG  100

seq1  CACACAGCCCAGATGGCTGGCAGGGGTGGGTAATCAACCCTGAAAACAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACAGCCCAGATGGCTGGCAGGGGTGGGTAATCAACCCTGAAAACAGT  150

seq1  CAGTAAAGTACTTGAATTTTTGATTCAAAAGTTAAATGAACTCATAAACG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAAAGTACTTGAATTTTTGATTCAAAAGTTAAATGAACTCATAAACG  200

seq1  CAATCATAATAACAATTTGCATGGGTTTCCACATGTTAATGTGCACATTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCATAATAACAATTTGCATGGGTTTCCACATGTTAATGTGCACATTT  250

seq1  TTGGAAGGGGGCTGTCCCATGGACCGATATTTCTGCAGGTGCTATAAAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAAGGGGGCTGTCCCATGGACCGATATTTCTGCAGGTGCTATAAAAT  300

seq1  ATGGGTCTATGTATCTTGGCAAGACTCTAAACACCATCAGAAATTTGCTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGTCTATGTATCTTGGCAAGACTCTAAACACCATCAGAAATTTGCTC  350

seq1  ACCTCTATAATCAGTCCCACTCCCTATTAGCATGCCTTCCCTTTCAGGTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCTATAATCAGTCCCACTCCCTATTAGCATGCCTTCCCTTTCAGGTA  400

seq1  CCTCATGAAAGTGAATTTAGCCCCTTCTACGTTCCACAAAGTCTACACTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCATGAAAGTGAATTTAGCCCCTTCTACGTTCCACAAAGTCTACACTC  450

seq1  AACCCTCAGAACAAACTAACACTATCCATCTTTTACAGGAATTTAAAGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCTCAGAACAAACTAACACTATCCATCTTTTACAGGAATTTAAAGAG  500

seq1  AAAATGTTGTTTAGACATGTATCACCAAATCATTGGAACTAGCAACAACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGTTGTTTAGACATGTATCACCAAATCATTGGAACTAGCAACAACA  550

seq1  AAAAAAATCCATTCAGACTAGTTTCTGCTTCAGATAGATGAAAAAATATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAATCCATTCAGACTAGTTTCTGCTTCAGATAGATGAAAAAATATA  600

seq1  CAAAGCTGTGTTAGTGGGATAGTTAAGCAGAACACGCCATGCAATCTGGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGCTGTGTTAGTGGGATAGTTAAGCAGAACACGCCATGCAATCTGGG  650

seq1  ATTCAGAAAATAAAACAGTTGCATCTCAGAGCTGGAGTTCCTTTAAGACC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAGAAAATAAAACAGTTGCATCTCAGAGCTGGAGTTCCTTTAAGACC  700

seq1  AAGAGGTAATTTCTTTCTGATCAAGAGATAAGTCACTAAGTCAATAATGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGGTAATTTCTTTCTGATCAAGAGATAAGTCACTAAGTCAATAATGC  750

seq1  TGGATCCTCAGCCCATTACTATGATGGCTGCTTGTAAAACATGTACACTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATCCTCAGCCCATTACTATGATGGCTGCTTGTAAAACATGTACACTC  800

seq1  AGGCAGCCTTCCTTGGAGAATAACCCTGATGTATACTGATTGTTGCCTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGCCTTCCTTGGAGAATAACCCTGATGTATACTGATTGTTGCCTTT  850

seq1  TAAGTGTGTTGGCACCTCCAGATGAAAGGATCTAATTAATTATGCTTGCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTGTGTTGGCACCTCCAGATGAAAGGATCTAATTAATTATGCTTGCC  900

seq1  ATAGTTGCTTAGTTGCTTGCTTAGTTGGAGATACCCCACTCATCTATGTT  950
      |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||
seq2  ATAGTTGCTTAGTTGCTTGCTTAGTTGGGGATATCCCACTCATCTATGTT  950

seq1  GGAGGTACAAGCCCAGAGAAAGGGAGAATTACTAAGAGCCCAGAATCTAG  1000
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||
seq2  GGAGG-ACAAGCCCAGAGAAAGGGAGAATTACT-AGAG-TCAGAATCTAG  997

seq1  TGAGGAAATTGAGAGATGAGTTGGTCACTGTAACTGATG-TGCTTAGACA  1049
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TGAGG-AATTGAGAGATGAGTTGGTCACTGTAACTGATGTTGCTTAGACA  1046

seq1  CTTTGAAGGGTCCCAAGTTTTTGAAATGCATGGTATTTCCTTGCAGCTAA  1099
      |||||||||||||| |||||||||||||||||| | || |||||||||||
seq2  CTTTGAAGGGTCCC-AGTTTTTGAAATGCATGGCAATTTCTTGCAGCTAA  1095

seq1  GCACTCATCAAATTGCAGAAATGTCAGAGCTAGAAGGAAACTTAGCAATT  1149
      || ||| ||||||||| |||||||||| ||| | |||||   |||| |||
seq2  GC-CTCCTCAAATTGC-GAAATGTCAG-GCT-GGAGGAA--CTAGC-ATT  1138

seq1  ACCTAATGATCTAAATTACTTTTATTATAGCGAA  1183
      |||||  ||||||||||||||||||  |||||||
seq2  ACCTATGGATCTAAATTACTTTTAT--TAGCGAA  1170

seq1: chrX_158700141_158700695
seq2: B6Ng01-141J07.g_446_1000 (reverse)

seq1  CAATGGTCATGGTGATGGTGATATGGCAGAGCTAGATGTTCTAATAATAG  50
      ||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||||
seq2  CAATGGTCATGGTGA-GGTGATATGGCAGAGTTAAATGTTCTAATAATAG  49

seq1  CATTG-TCAGTGGTGGTGGTAGAAGCATACCAATAAATAGTTGTGTGGAT  99
      ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CATTGTTCAGTGGTGGT-GTAGAAGCATACCAATAAATAGTTGTGTGGAG  98

seq1  GATGATGATGTAGTTAGT-AGACATGGCCATGGTAGTAGCTGTGGTGATG  148
       ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||
seq2  AATGATGATGTAGTTAGTAAGACATGGCCATGGAAGTAGCTGTGGAGATG  148

seq1  CTGGTGGTG-ATGTGGTGGTATTGATATTGATAATGCTGACAGTAGTGGT  197
      ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTGGTGAATGTGGTGGTATTGATA-TGATAATGCTGACAGTAGTGGT  197

seq1  ACTGATGATGATGATGATAACTACAAAGAATATGATGATAGTAACTACGA  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGATGATGATGATGATAACTACAAAGAATATGATGATAGTAACTACGA  247

seq1  CAATGATGATGGAGTGTTGCTGTTGATGTTATGATGATCATAACATGATA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGATGATGGAGTGTTGCTGTTGATGTTATGATGATCATAACATGATA  297

seq1  GTAGTGGTAGAGATGATATAGGTAGAAAATTTGGTACTAATGATGTGATC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTGGTAGAGATGATATAGGTAGAAAATTTGGTACTAATGATGTGATC  347

seq1  TTGCTAATAGTGATGAAGATAGTGATGGTTATGTTGATGACAGTTGTAAC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTAATAGTGATGAAGATAGTGATGGTTATGTTGATGACAGTTGTAAC  397

seq1  AGTGGTAACCAGATCAATGTCTTGCAAATCATAAGTTTGCAAGATGCTAG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGTAACCAGATCAATGTCTTGCAAATCATAAGTTTGCAAGATGCTAG  447

seq1  AACCCATTTTTGCCTAGGAATCTAATGCATATAACATATTTTGATCAAAT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCATTTTTGCCTAGGAATCTAATGCATATAACATATTTTGATCAAAT  497

seq1  CCACTCCCTATTCTAGCCATTCAAATTCCATCTTTATCTTCCCACTCCAC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTCCCTATTCTAGCCATTCAAATTCCATCTTTATCTTCCCACTCCAC  547

seq1  TACTTTTC  555
      ||||||||
seq2  TACTTTTC  555