BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-144J10
ChromosomeX (Build37)
Map Location 139,870,349 - 140,021,932
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG245651, LOC100039086, EG436235, Tmem164, Ammecr1, Rgag1, LOC209541, Chrdl1
Downstream genePak3, Capn6, Dcx, LOC666628, LOC666633, LOC100039378, LOC100039243, Alg13, LOC100039407, Trpc5, LOC100039436
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-144J10.bB6Ng01-144J10.g
ACCDH942228DH942229
length919708
definitionDH942228|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-144J10, 5' end.DH942229|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-144J10, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(140,021,014 - 140,021,932)(139,870,349 - 139,871,055)
sequence
gaattcttcccaaagtcacagagcttatgaactcgagctaaaggctaggt
gatgagttgtatgaattatggtctatgtatattaccctgttctcttatct
ccagtggaagtatgagtacaaagtattactattaatcgtgtaaaaaccag
tgaatttctagcacatgggaggcagaggcagacaaatatctgtaagttca
aggctatcctggtctagatagagagttctaggccagctggagcaacatag
ttagacaactacggtattatcaaaacaacaccaaaatctaatggtttatg
catgtgctcactatgtagccttgaacaggtcagttatctgctctgtgatg
tagtttttcctctataaaaagtatttattaacaataccaacctctgcagc
cactgcaatgatgctatgaaaactcatatatattttgcatagtacttgac
acacagaaaatgtccagtacatttatgctatttttattaaacttcttaat
agtaactcttgcttacagacacaaaaattcagtagatctctatggggtca
caggtttaccaaggttattttgcaatcctgtagatgttttaatatggaac
tatattctaagaaaccactatgagctatagatggaagacataatgcaaag
cactatgattcttttgtgctataataaataactacatctttgaggttgtc
tgtggcctctatgtccacaagaaacaagttccactctgtagtgcctttgt
atgtttgctgagactatcagagcaaaaagaatctcaaccaatcccaacct
gtattctggcagtgcaatcactggaagctggcagctttccatagttttaa
cacctgactctctcaacaggtctgtgatacatgtgcttgtgtgtgtgtgt
gtgtgtgtgtgtgtgtgtg
gaattctcaggatcctggtatcgaagcttatatccagctagaacaattga
gaatgtgtctgtaaggtttttccattcatgatgcactgtatagctgaaca
gtttcccctactgtgggtatgtgtgtttgtgtgtgtcttatgtaaacctt
gttactattttacagacactatcgtagcaacaattttatagaaaaaaatc
tctaatcccttatctatcaggagtgtgcttctggaattcaaactaaaggg
gtcagtagagtcactattaaaaggtctaagcactccataaagcattaatc
agagcagagaagtctcccagatctatggaaattttatttccatttagatt
cccagaggcaactcattgtcttgactttattaaggtcaaacttagaaggc
atccacattcatcatctagctagtgccctttcactgttactaactcaaat
cttcaacttgccagctgtgatgctacatactcttaactccagctcgcagg
gacagaaacagatgggcggtgaattggaggctactttacactacatagga
aatgaatattttggtataaagttatactgctttaatagtttctgtgggat
aataataaacttgatcaaacacacatattactctaaaacatattttaaat
gcctatttttaattaatttcaattatatctaggcatgtgtgtgtgtgtgg
gggggggt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_140021014_140021932
seq2: B6Ng01-144J10.b_43_961 (reverse)

seq1  CACACACACACACACACACACACACACACACAAGCACATGTATCACAGAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACACACACACACACAAGCACATGTATCACAGAC  50

seq1  CTGTTGAGAGAGTCAGGTGTTAAAACTATGGAAAGCTGCCAGCTTCCAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTGAGAGAGTCAGGTGTTAAAACTATGGAAAGCTGCCAGCTTCCAGT  100

seq1  GATTGCACTGCCAGAATACAGGTTGGGATTGGTTGAGATTCTTTTTGCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGCACTGCCAGAATACAGGTTGGGATTGGTTGAGATTCTTTTTGCTC  150

seq1  TGATAGTCTCAGCAAACATACAAAGGCACTACAGAGTGGAACTTGTTTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAGTCTCAGCAAACATACAAAGGCACTACAGAGTGGAACTTGTTTCT  200

seq1  TGTGGACATAGAGGCCACAGACAACCTCAAAGATGTAGTTATTTATTATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGACATAGAGGCCACAGACAACCTCAAAGATGTAGTTATTTATTATA  250

seq1  GCACAAAAGAATCATAGTGCTTTGCATTATGTCTTCCATCTATAGCTCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAAAAGAATCATAGTGCTTTGCATTATGTCTTCCATCTATAGCTCAT  300

seq1  AGTGGTTTCTTAGAATATAGTTCCATATTAAAACATCTACAGGATTGCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGTTTCTTAGAATATAGTTCCATATTAAAACATCTACAGGATTGCAA  350

seq1  AATAACCTTGGTAAACCTGTGACCCCATAGAGATCTACTGAATTTTTGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAACCTTGGTAAACCTGTGACCCCATAGAGATCTACTGAATTTTTGTG  400

seq1  TCTGTAAGCAAGAGTTACTATTAAGAAGTTTAATAAAAATAGCATAAATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTAAGCAAGAGTTACTATTAAGAAGTTTAATAAAAATAGCATAAATG  450

seq1  TACTGGACATTTTCTGTGTGTCAAGTACTATGCAAAATATATATGAGTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGGACATTTTCTGTGTGTCAAGTACTATGCAAAATATATATGAGTTT  500

seq1  TCATAGCATCATTGCAGTGGCTGCAGAGGTTGGTATTGTTAATAAATACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAGCATCATTGCAGTGGCTGCAGAGGTTGGTATTGTTAATAAATACT  550

seq1  TTTTATAGAGGAAAAACTACATCACAGAGCAGATAACTGACCTGTTCAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATAGAGGAAAAACTACATCACAGAGCAGATAACTGACCTGTTCAAG  600

seq1  GCTACATAGTGAGCACATGCATAAACCATTAGATTTTGGTGTTGTTTTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACATAGTGAGCACATGCATAAACCATTAGATTTTGGTGTTGTTTTGA  650

seq1  TAATACCGTAGTTGTCTAACTATGTTGCTCCAGCTGGCCTAGAACTCTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATACCGTAGTTGTCTAACTATGTTGCTCCAGCTGGCCTAGAACTCTCT  700

seq1  ATCTAGACCAGGATAGCCTTGAACTTACAGATATTTGTCTGCCTCTGCCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAGACCAGGATAGCCTTGAACTTACAGATATTTGTCTGCCTCTGCCT  750

seq1  CCCATGTGCTAGAAATTCACTGGTTTTTACACGATTAATAGTAATACTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATGTGCTAGAAATTCACTGGTTTTTACACGATTAATAGTAATACTTT  800

seq1  GTACTCATACTTCCACTGGAGATAAGAGAACAGGGTAATATACATAGACC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTCATACTTCCACTGGAGATAAGAGAACAGGGTAATATACATAGACC  850

seq1  ATAATTCATACAACTCATCACCTAGCCTTTAGCTCGAGTTCATAAGCTCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTCATACAACTCATCACCTAGCCTTTAGCTCGAGTTCATAAGCTCT  900

seq1  GTGACTTTGGGAAGAATTC  919
      |||||||||||||||||||
seq2  GTGACTTTGGGAAGAATTC  919

seq1: chrX_139870349_139871055
seq2: B6Ng01-144J10.g_68_775

seq1  GAATTCTCAGGATCCTGGTATCGAAGCTTATATCCAGCTAGAACAATTGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCAGGATCCTGGTATCGAAGCTTATATCCAGCTAGAACAATTGA  50

seq1  GAATGTGTCTGTAAGGTTTTTCCATTCATGATGCACTGTATAGCTGAACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGTGTCTGTAAGGTTTTTCCATTCATGATGCACTGTATAGCTGAACA  100

seq1  GTTTCCCCTACTGTGGGTATGTGTGTTTGTGTGTGTCTTATGTAAACCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCCCCTACTGTGGGTATGTGTGTTTGTGTGTGTCTTATGTAAACCTT  150

seq1  GTTACTATTTTACAGACACTATCGTAGCAACAATTTTATAGAAAAAAATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACTATTTTACAGACACTATCGTAGCAACAATTTTATAGAAAAAAATC  200

seq1  TCTAATCCCTTATCTATCAGGAGTGTGCTTCTGGAATTCAAACTAAAGGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAATCCCTTATCTATCAGGAGTGTGCTTCTGGAATTCAAACTAAAGGG  250

seq1  GTCAGTAGAGTCACTATTAAAAGGTCTAAGCACTCCATAAAGCATTAATC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGTAGAGTCACTATTAAAAGGTCTAAGCACTCCATAAAGCATTAATC  300

seq1  AGAGCAGAGAAGTCTCCCAGATCTATGGAAATTTTATTTCCATTTAGATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCAGAGAAGTCTCCCAGATCTATGGAAATTTTATTTCCATTTAGATT  350

seq1  CCCAGAGGCAACTCATTGTCTTGACTTTATTAAGGTCAAACTTAGAAGGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGAGGCAACTCATTGTCTTGACTTTATTAAGGTCAAACTTAGAAGGC  400

seq1  ATCCACATTCATCATCTAGCTAGTGCCCTTTCACTGTTACTAACTCAAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCACATTCATCATCTAGCTAGTGCCCTTTCACTGTTACTAACTCAAAT  450

seq1  CTTCAACTTGCCAGCTGTGATGCTACATACTCTTAACTCCAGCTCGCAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAACTTGCCAGCTGTGATGCTACATACTCTTAACTCCAGCTCGCAGG  500

seq1  GACAGAAACAGATGGGCGGTGAATTGGAGGCTACTTTACACTACATAGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGAAACAGATGGGCGGTGAATTGGAGGCTACTTTACACTACATAGGA  550

seq1  AATGAATATTTTGGTATAAAGTTATACTGCTTTAATAGTTTCTGTGGGAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAATATTTTGGTATAAAGTTATACTGCTTTAATAGTTTCTGTGGGAT  600

seq1  AATAATAAACTTGATCAAACACACATATTACTCTAAAACATATTTTAAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATAAACTTGATCAAACACACATATTACTCTAAAACATATTTTAAAT  650

seq1  GCCTA-TTTTAATTAATTTCAATTATATCTAGGCATGTGTGTGTGTGTGG  699
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTATTTTTAATTAATTTCAATTATATCTAGGCATGTGTGTGTGTGTGG  700

seq1  GGGGGGGT  707
      ||||||||
seq2  GGGGGGGT  708