BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-147N11
ChromosomeX (Build37)
Map Location 103,632,468 - 103,781,186
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGm784, Cysltr1, EG331493
Upstream geneLOC668458, Cypt2, EG633570, Fgf16, Atrx, 2610529C04Rik, Cox7b, Atp7a, Tlr13, LOC671297, Pgk1, Taf9b, 5031408O05Rik, EG333563, LOC622494
Downstream geneLOC668490, LOC100042772, LOC100043263, Zcchc5, Gpr23, P2ry10, A630033H20Rik, Gpr174, LOC668502, LOC622613, LOC385404, Itm2a, 4933401B06Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-147N11.bB6Ng01-147N11.g
ACCDH944608DH944609
length669815
definitionDH944608|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-147N11, 5' end.DH944609|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-147N11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(103,780,518 - 103,781,186)(103,632,468 - 103,633,278)
sequence
gaattctctctcattttaaaatcacatagtacaatgatacagaaaggtag
actcaaataaaccaatatttaaagcacacatatactatgcccaacaggaa
atataaaattaagaaaatactttggttatactagtggaattcaaacaaga
ataataagaaacactatattgagtgatcacagatgactatgacaaagcaa
gaaataaaaatcaagaaagatagaaacagcatatcccatcacacccacac
caaaggagaagaaacattaaattaggttaagatggtcaacaatgattttt
tgttttactaaaaacaaagtgtcaccagtgccattttgtttagaaggtac
cagcctggggactacttatgtcaaaataatacataactgatacatacata
catacattacatcacatcacatcacatcacatcacatcacatcatatcta
caaagctgtaggtacataagttgggcccatatgttcttatagcatttctg
agctctctcttatttactttgttaaattagtctcttatttgcttttaata
tactcagaagtctaacaaggaaatacccttttccttataagaaaatatgc
tttataagaaatagcataatagttacaagaggctggggtttggtggtggg
cagtgtggggagagaaggt
gaattcaggatctctggaagttgtcttaactgctgagccatcacttcaac
ccctatggctgctttttaaattgactatctcttgtacacagatttggaag
ttcagtaatgaatgaagtagttgctaacccacatgaggaaactagatgaa
gagaagacacaggttgagaattcctttgaaggaacttaaaagtatgtgtg
gccacagagtcacctagaacaggcttggagttgaagatgctaacaggctt
ctatgtatagacactgggtagagcgtggagctcttgcattcagctagttt
tgggataaggaggcctatgcagacctgcccaacaatggctctgcattgct
tcaattctgaacagagggactcaatcaaggctgattttttttcaaatgat
aaataagtataaaaagtaaaatgttgttgaaagatgaggttaagcttatg
gtaaaaaaaaaaaggaaaaagaaaaaaaaggagacttacagattttgctt
cctccatctctagcacataagtaagagtgtcatttgggtttgggtttgtt
ggggcacaccactctagagacaaactgtagattcctgcttctttcaactt
aggtggcagtggtgctggaggggtctttcctgatgtatagaagactgcgg
tttcactgaaattgctaaaagaatatgtggacatgtaagcattaattttc
agggattggtggcagtatagattttccagtggtgcaaataattcagtgta
cctgcagccaagtcattttttggcagctaatctgaaggaatactttggtt
gaagggttcagtttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_103780518_103781186
seq2: B6Ng01-147N11.b_49_717 (reverse)

seq1  ACCTTCTCTCCCCACACTGCCCACCACCAAACCCCAGCCTCTTGTAACTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTCTCTCCCCACACTGCCCACCACCAAACCCCAGCCTCTTGTAACTA  50

seq1  TTATGCTATTTCTTATAAAGCATATTTTCTTATAAGGAAAAGGGTATTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGCTATTTCTTATAAAGCATATTTTCTTATAAGGAAAAGGGTATTTC  100

seq1  CTTGTTAGACTTCTGAGTATATTAAAAGCAAATAAGAGACTAATTTAACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTTAGACTTCTGAGTATATTAAAAGCAAATAAGAGACTAATTTAACA  150

seq1  AAGTAAATAAGAGAGAGCTCAGAAATGCTATAAGAACATATGGGCCCAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAAATAAGAGAGAGCTCAGAAATGCTATAAGAACATATGGGCCCAAC  200

seq1  TTATGTACCTACAGCTTTGTAGATATGATGTGATGTGATGTGATGTGATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTACCTACAGCTTTGTAGATATGATGTGATGTGATGTGATGTGATG  250

seq1  TGATGTGATGTAATGTATGTATGTATGTATCAGTTATGTATTATTTTGAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGTGATGTAATGTATGTATGTATGTATCAGTTATGTATTATTTTGAC  300

seq1  ATAAGTAGTCCCCAGGCTGGTACCTTCTAAACAAAATGGCACTGGTGACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGTAGTCCCCAGGCTGGTACCTTCTAAACAAAATGGCACTGGTGACA  350

seq1  CTTTGTTTTTAGTAAAACAAAAAATCATTGTTGACCATCTTAACCTAATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTTTTTAGTAAAACAAAAAATCATTGTTGACCATCTTAACCTAATT  400

seq1  TAATGTTTCTTCTCCTTTGGTGTGGGTGTGATGGGATATGCTGTTTCTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGTTTCTTCTCCTTTGGTGTGGGTGTGATGGGATATGCTGTTTCTAT  450

seq1  CTTTCTTGATTTTTATTTCTTGCTTTGTCATAGTCATCTGTGATCACTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTTGATTTTTATTTCTTGCTTTGTCATAGTCATCTGTGATCACTCA  500

seq1  ATATAGTGTTTCTTATTATTCTTGTTTGAATTCCACTAGTATAACCAAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAGTGTTTCTTATTATTCTTGTTTGAATTCCACTAGTATAACCAAAG  550

seq1  TATTTTCTTAATTTTATATTTCCTGTTGGGCATAGTATATGTGTGCTTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTCTTAATTTTATATTTCCTGTTGGGCATAGTATATGTGTGCTTTA  600

seq1  AATATTGGTTTATTTGAGTCTACCTTTCTGTATCATTGTACTATGTGATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTGGTTTATTTGAGTCTACCTTTCTGTATCATTGTACTATGTGATT  650

seq1  TTAAAATGAGAGAGAATTC  669
      |||||||||||||||||||
seq2  TTAAAATGAGAGAGAATTC  669

seq1: chrX_103632468_103633278
seq2: B6Ng01-147N11.g_70_883

seq1  GAATTCAGGATCTCTGGAAGTTGTCTTAACTGCTGAGCCATCACTTCAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGATCTCTGGAAGTTGTCTTAACTGCTGAGCCATCACTTCAAC  50

seq1  CCCTATGGCTGCTTTTTAAATTGACTATCTCTTGTACACAGATTTGGAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTATGGCTGCTTTTTAAATTGACTATCTCTTGTACACAGATTTGGAAG  100

seq1  TTCAGTAATGAATGAAGTAGTTGCTAACCCACATGAGGAAACTAGATGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTAATGAATGAAGTAGTTGCTAACCCACATGAGGAAACTAGATGAA  150

seq1  GAGAAGACACAGGTTGAGAATTCCTTTGAAGGAACTTAAAAGTATGTGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGACACAGGTTGAGAATTCCTTTGAAGGAACTTAAAAGTATGTGTG  200

seq1  GCCACAGAGTCACCTAGAACAGGCTTGGAGTTGAAGATGCTAACAGGCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACAGAGTCACCTAGAACAGGCTTGGAGTTGAAGATGCTAACAGGCTT  250

seq1  CTATGTATAGACACTGGGTAGAGCGTGGAGCTCTTGCATTCAGCTAGTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGTATAGACACTGGGTAGAGCGTGGAGCTCTTGCATTCAGCTAGTTT  300

seq1  TGGGATAAGGAGGCCTATGCAGACCTGCCCAACAATGGCTCTGCATTGCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGATAAGGAGGCCTATGCAGACCTGCCCAACAATGGCTCTGCATTGCT  350

seq1  TCAATTCTGAACAGAGGGACTCAATCAAGGCTGATTTTTTTTCAAATGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATTCTGAACAGAGGGACTCAATCAAGGCTGATTTTTTTTCAAATGAT  400

seq1  AAATAAGTATAAAAAGTAAAATGTTGTTGAAAGATGAGGTTAAGCTTATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAGTATAAAAAGTAAAATGTTGTTGAAAGATGAGGTTAAGCTTATG  450

seq1  GTAAAAAAAAAAAGGAAAAAGAAAAAAAAGGAGACTTACAGATTTTGCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAAAAAAAAAGGAAAAAGAAAAAAAAGGAGACTTACAGATTTTGCTT  500

seq1  CCTCCATCTCTAGCACATAAGTAAGAGTGTCATTTGGGTTTGGGTTTGTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCATCTCTAGCACATAAGTAAGAGTGTCATTTGGGTTTGGGTTTGTT  550

seq1  GGGGCACACCACTCTAGAGACAAACTGTAGATTCCTGCTTCTTTCAACTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCACACCACTCTAGAGACAAACTGTAGATTCCTGCTTCTTTCAACTT  600

seq1  AGGTGGCAGTGGTGCTGGAGGGGTCTTTCCTGATGTATAGAAGACTGCGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGGCAGTGGTGCTGGAGGGGTCTTTCCTGATGTATAGAAGACTGCGG  650

seq1  TTTCACTGAAATTGCTAAAAGAATATGTGGACATGTAAGCATTAA-TTTC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TTTCACTGAAATTGCTAAAAGAATATGTGGACATGTAAGCATTAATTTTC  700

seq1  A-GGATTGGTGGCAGTATAGATTTTCCAGTGGTGCAAATAATTCAGTGTA  748
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGATTGGTGGCAGTATAGATTTTCCAGTGGTGCAAATAATTCAGTGTA  750

seq1  CCTGCAGCCAAAGTCA-TTTTTGGCAGCTAATCTGAAGGAATACTTT-GT  796
      ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CCTGCAGCC-AAGTCATTTTTTGGCAGCTAATCTGAAGGAATACTTTGGT  799

seq1  TGAAGGGTTCAGTTT  811
      |||||||||||||||
seq2  TGAAGGGTTCAGTTT  814