BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-157C11
ChromosomeX (Build37)
Map Location 135,297,867 - 135,418,850
singlet/doubletdoublet
Overlap geneIl1rapl2
Upstream gene1700025D03Rik
Downstream geneNrk, Serpina7, 4930513O06Rik, 4933428M09Rik, Mum1l1, LOC675062, Trap1a, C330013F16Rik, EG666359, D330045A20Rik, Rnf128, LOC622432, Tbc1d8b, Ripply1, Cldn2, Morc4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-157C11.bB6Ng01-157C11.g
ACCDH951468DH951469
length1,0891,095
definitionDH951468|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-157C11, 5' end.DH951469|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-157C11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(135,417,751 - 135,418,850)(135,297,867 - 135,298,972)
sequence
gaattctcggggagggggtatacacaaaagcaaatgatataagtctagga
agagtggaaaattcttttctcagcaagcagtgctgagtcatcttcaagca
catgaaactggaacaaaggaacacagccaccagtgcaggggatttgcccc
aggcactttttaaatgattctagctgcctcagagagccttagctgagaag
cctggagctcctgctctacaaagagacaaaatgacttctctgagggagag
agtcaaatggtagaaacagcctctccctataagcaaattaccaaaagata
ggggtaaataaaagttgatttaattgactttaaggtagaaaggagtgtaa
tggtaattgtttaaatgtttttaaatatacagatattacgctctacagaa
gggagaggttatggagattgaatgctttaaaatgctttaaaaaagattag
aaaatgtcttgcttagacaattccttgggatctttgaatgttgtctattt
atgggatttatgggatttctttgtctggtataaaaatagagcctagaaat
aggcttatacaatatgaagaagggaatttaattaatgttaattacagaga
aataaaaatgttgagacaattgatcttaaaattttagatcaaagactggg
gtaggtcacctagcctacctcagatggtagaaatttaggccttgaaaact
gtataaagagagagtcaagatataggctcatactgtaagtagacagagat
attaaataaataaggtaggccttgatctcatcaaggtctgggcagggtac
aacagaagcactctctcatcacttaatatttgtttagattgctttatttg
ctttgaagtgtttgtttatcaagactaatgtggctgtgaagttggtggtt
atattaaaattaatttgggagagaggtcaagctaaacattcatgatttca
gattactggaccaaggatgtgctattttagagaatgttctgcatttgttg
tttacaggaagggagatagttcctggactcttccggtggtatggatcaaa
taacacaagggacccctctgagaactataaagttaataa
gaattctctctttgggagtataaaacatgaatattaactgtagtcaccat
gctatgtaatttgtatcttgagtctctcccccttctagctgtaaccttat
tttctttgatcattaactacctaagaagttcttaataatatacagagaga
aatgaaaagtgtatcttcttgatacacattgttgatgtgtaaaaccttct
tgattcttcaggctctccataagtaagtatttctagtaattacataagag
taacagcttatggagttttactgtattgggtatcgtgttggacatttttc
accatccctctgagtgaacatagaaacattatacagtggatgctattact
ttcatggttttatatatgaaaacatcaccttggccagaataggtgaattg
aacaagcatacacagagtatgactaagtcaggaatcaaatacagaattca
aatctgcctgattctaaagcctgtacttaatcaattacttaaatgcctat
aaatcaatgtttacagacagcttatcttaatggtagcccacttcagatca
gaaagaaaattaaaggactgaatattatacctcaattaaacttttacaat
tactgaatattccttgttatgaccagggctgtgaaaagatataaatgcag
gcatggttcctttcctaaagaagttcataatctcatcagagagataagga
aagcacataaatcaactagggattcatagttgactgaataaaagcatctg
gctgagtttgttgtttatcttgagccacatgaggccccagctacataaat
cagtgagcaaggaaagataggcgggccaggaaccaggacgaagggtatgg
gcatgattccaggtgaccagcgatcatccacgtacatcatatctaaaaaa
gatatactgtccgaagagatgtgcttcatttagattatggcaaatagcca
aaggtctccatctggtgtttaacatcaaagtagataagtgttatagcggg
ttgttgatgctgagtgaatatgaaacagtaaatcatctcctaaggattaa
gagttgagaactgctaaaatttagtaagatcatggtcctagtcaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_135417751_135418850
seq2: B6Ng01-157C11.b_47_1135 (reverse)

seq1  TTATTAAACTTTTATAGTTCTTCAGAGGGGTTCCCTGTGTTATATTTGAT  50
      |||||||   |||||||||| |||||||||| || |||||  ||||||||
seq2  TTATTAA--CTTTATAGTTC-TCAGAGGGGTCCCTTGTGT--TATTTGAT  45

seq1  CCATATCACTCTGGAAGGGGTCCAGAGACTATTCTCCCTTCCTGTAAAC-  99
      ||||| ||  | |||| | ||||||  |||| ||||||||||||||||| 
seq2  CCATACCA--CCGGAA-GAGTCCAGGAACTA-TCTCCCTTCCTGTAAACA  91

seq1  ACAAATGCAGAACATTTCTTCTAAAATAGCACATCCTTGGTCCAGTAATC  149
      ||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATGCAGAACATT--CTCTAAAATAGCACATCCTTGGTCCAGTAATC  139

seq1  TGAATTCATTGAATGTTTAGCTTGACCTCTCTCCCAAATTAATTTTAATA  199
      |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATCA-TGAATGTTTAGCTTGACCTCTCTCCCAAATTAATTTTAATA  188

seq1  TAACCACCAACTTCACAGCCACATTAGTCTTGATAAACAAACACTTCAAA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCACCAACTTCACAGCCACATTAGTCTTGATAAACAAACACTTCAAA  238

seq1  GCAAATAAAGCAATCTAAACAAATATTAAGTGATGAGAGAGTGCTTCTGT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAATAAAGCAATCTAAACAAATATTAAGTGATGAGAGAGTGCTTCTGT  288

seq1  TGTACCCTGCCCAGACCTTGATGAGATCAAGGCCTACCTTATTTATTTAA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACCCTGCCCAGACCTTGATGAGATCAAGGCCTACCTTATTTATTTAA  338

seq1  TATCTCTGTCTACTTACAGTATGAGCCTATATCTTGACTCTCTCTTTATA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTCTGTCTACTTACAGTATGAGCCTATATCTTGACTCTCTCTTTATA  388

seq1  CAGTTTTCAAGGCCTAAATTTCTACCATCTGAGGTAGGCTAGGTGACCTA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTTCAAGGCCTAAATTTCTACCATCTGAGGTAGGCTAGGTGACCTA  438

seq1  CCCCAGTCTTTGATCTAAAATTTTAAGATCAATTGTCTCAACATTTTTAT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAGTCTTTGATCTAAAATTTTAAGATCAATTGTCTCAACATTTTTAT  488

seq1  TTCTCTGTAATTAACATTAATTAAATTCCCTTCTTCATATTGTATAAGCC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTGTAATTAACATTAATTAAATTCCCTTCTTCATATTGTATAAGCC  538

seq1  TATTTCTAGGCTCTATTTTTATACCAGACAAAGAAATCCCATAAATCCCA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTCTAGGCTCTATTTTTATACCAGACAAAGAAATCCCATAAATCCCA  588

seq1  TAAATAGACAACATTCAAAGATCCCAAGGAATTGTCTAAGCAAGACATTT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATAGACAACATTCAAAGATCCCAAGGAATTGTCTAAGCAAGACATTT  638

seq1  TCTAATCTTTTTTAAAGCATTTTAAAGCATTCAATCTCCATAACCTCTCC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAATCTTTTTTAAAGCATTTTAAAGCATTCAATCTCCATAACCTCTCC  688

seq1  CTTCTGTAGAGCGTAATATCTGTATATTTAAAAACATTTAAACAATTACC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTGTAGAGCGTAATATCTGTATATTTAAAAACATTTAAACAATTACC  738

seq1  ATTACACTCCTTTCTACCTTAAAGTCAATTAAATCAACTTTTATTTACCC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACACTCCTTTCTACCTTAAAGTCAATTAAATCAACTTTTATTTACCC  788

seq1  CTATCTTTTGGTAATTTGCTTATAGGGAGAGGCTGTTTCTACCATTTGAC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCTTTTGGTAATTTGCTTATAGGGAGAGGCTGTTTCTACCATTTGAC  838

seq1  TCTCTCCCTCAGAGAAGTCATTTTGTCTCTTTGTAGAGCAGGAGCTCCAG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCCCTCAGAGAAGTCATTTTGTCTCTTTGTAGAGCAGGAGCTCCAG  888

seq1  GCTTCTCAGCTAAGGCTCTCTGAGGCAGCTAGAATCATTTAAAAAGTGCC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCTCAGCTAAGGCTCTCTGAGGCAGCTAGAATCATTTAAAAAGTGCC  938

seq1  TGGGGCAAATCCCCTGCACTGGTGGCTGTGTTCCTTTGTTCCAGTTTCAT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGCAAATCCCCTGCACTGGTGGCTGTGTTCCTTTGTTCCAGTTTCAT  988

seq1  GTGCTTGAAGATGACTCAGCACTGCTTGCTGAGAAAAGAATTTTCCACTC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTTGAAGATGACTCAGCACTGCTTGCTGAGAAAAGAATTTTCCACTC  1038

seq1  TTCCTAGACTTATATCATTTGCTTTTGTGTATACCCCCTCCCCGAGAATT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTAGACTTATATCATTTGCTTTTGTGTATACCCCCTCCCCGAGAATT  1088

seq1  C  1100
      |
seq2  C  1089

seq1: chrX_135297867_135298972
seq2: B6Ng01-157C11.g_66_1160

seq1  GAATTCTCTCTTTGGGAGTATAAAACATGAATATTAACTGTAGTCACCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTCTTTGGGAGTATAAAACATGAATATTAACTGTAGTCACCAT  50

seq1  GCTATGTAATTTGTATCTTGAGTCTCTCCCCCTTCTAGCTGTAACCTTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATGTAATTTGTATCTTGAGTCTCTCCCCCTTCTAGCTGTAACCTTAT  100

seq1  TTTCTTTGATCATTAACTACCTAAGAAGTTCTTAATAATATACAGAGAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTGATCATTAACTACCTAAGAAGTTCTTAATAATATACAGAGAGA  150

seq1  AATGAAAAGTGTATCTTCTTGATACACATTGTTGATGTGTAAAACCTTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAAAAGTGTATCTTCTTGATACACATTGTTGATGTGTAAAACCTTCT  200

seq1  TGATTCTTCAGGCTCTCCATAAGTAAGTATTTCTAGTAATTACATAAGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTCTTCAGGCTCTCCATAAGTAAGTATTTCTAGTAATTACATAAGAG  250

seq1  TAACAGCTTATGGAGTTTTACTGTATTGGGTATCGTGTTGGACATTTTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAGCTTATGGAGTTTTACTGTATTGGGTATCGTGTTGGACATTTTTC  300

seq1  ACCATCCCTCTGAGTGAACATAGAAACATTATACAGTGGATGCTATTACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATCCCTCTGAGTGAACATAGAAACATTATACAGTGGATGCTATTACT  350

seq1  TTCATGGTTTTATATATGAAAACATCACCTTGGCCAGAATAGGTGAATTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGGTTTTATATATGAAAACATCACCTTGGCCAGAATAGGTGAATTG  400

seq1  AACAAGCATACACAGAGTATGACTAAGTCAGGAATCAAATACAGAATTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAGCATACACAGAGTATGACTAAGTCAGGAATCAAATACAGAATTCA  450

seq1  AATCTGCCTGATTCTAAAGCCTGTACTTAATCAATTACTTAAATGCCTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTGCCTGATTCTAAAGCCTGTACTTAATCAATTACTTAAATGCCTAT  500

seq1  AAATCAATGTTTACAGACAGCTTATCTTAATGGTAGCCCACTTCAGATCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCAATGTTTACAGACAGCTTATCTTAATGGTAGCCCACTTCAGATCA  550

seq1  GAAAGAAAATTAAAGGACTGAATATTATACCTCAATTAAACTTTTACAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGAAAATTAAAGGACTGAATATTATACCTCAATTAAACTTTTACAAT  600

seq1  TACTGAATATTCCTTGTTATGACCAGGGCTGTGAAAAGATATAAATGCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGAATATTCCTTGTTATGACCAGGGCTGTGAAAAGATATAAATGCAG  650

seq1  GCATGGTTCCTTTCCTAAAGAAGTTCATAATCTCATCAGAGAGATAAGGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGGTTCCTTTCCTAAAGAAGTTCATAATCTCATCAGAGAGATAAGGA  700

seq1  AAGCACATAAATCAACTAGGGATTCATAGTTGACTGAATAAAAGCATCTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCACATAAATCAACTAGGGATTCATAGTTGACTGAATAAAAGCATCTG  750

seq1  GCTGAGTTTGTTGTTTATCTTGAGCCACATGAGGCCCCAGCTACATAAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAGTTTGTTGTTTATCTTGAGCCACATGAGGCCCCAGCTACATAAAT  800

seq1  CAGTGAGCAAGGAAAGATAGGCGGGCCAGGAACCAGGACGAAGGGTATGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGAGCAAGGAAAGATAGGCGGGCCAGGAACCAGGACGAAGGGTATGG  850

seq1  GCATGATTCCAGGTGACCAGCGATCATCCACGTACATCATATCTAAAAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGATTCCAGGTGACCAGCGATCATCCACGTACATCATATCTAAAAAA  900

seq1  GATATACTGTCCGAAGAGATGTGCTTCATTTAGATTATGGCAAATAGCCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATACTGTCCGAAGAGATGTGCTTCATTTAGATTATGGCAAATAGCCA  950

seq1  AAGGGTCTCCATCTGGTGTTTAACATCAAAGTAGATAAAGTGTTTATAAG  1000
      || ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| ||
seq2  AA-GGTCTCCATCTGGTGTTTAACATCAAAGTAGAT-AAGTG-TTAT-AG  996

seq1  CGGGTTGTTGATGCTGAGTGAATATGAAACAGTACATCCAATCT-CTAAG  1049
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||| |||||
seq2  CGGGTTGTTGATGCTGAGTGAATATGAAACAGTAAATC--ATCTCCTAAG  1044

seq1  GATTAAGAGTTGAGAACCTGCCAAAAAATTTAGGTAAGGTATCATGGTCC  1099
      |||||||||||||||| ||||   |||||||| |||||  ||||||||||
seq2  GATTAAGAGTTGAGAA-CTGC--TAAAATTTA-GTAAG--ATCATGGTCC  1088

seq1  TAGTCAA  1106
      |||||||
seq2  TAGTCAA  1095