BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-157M12
ChromosomeX (Build37)
Map Location 158,359,319 - 158,460,469
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNhs
Upstream geneScml2, LOC414364, Prkaca-ps1, Rai2, Gm47
Downstream geneReps2, LOC654358, LOC100041557, LOC667630, Rbbp7, 4932441K18Rik, LOC671250, Syap1, LOC100041607, Ctps2, S100g
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-157M12.bB6Ng01-157M12.g
ACCDH951923DH951924
length1,1521,164
definitionDH951923|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-157M12, 5' end.DH951924|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-157M12, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(158,359,319 - 158,360,467)(158,459,271 - 158,460,469)
sequence
gaattcttcaaccattcaagctaaggacgttgtggctactgatgtgtgct
cctggcctattttcaagtacttctttatttcaaaattagtcattcaagtc
taattcaacactgactgtttccagaaagggaaaaaatccatgtagataag
gaggtagacatatcatagctcttaatggttagattccattcatggcaaac
acaagagagacaaggtggtgagaggagtgatttactacagtttgaggaat
aaatcaaaacttccttctagctcaattatagggagaaagccaaaaagcaa
agataacattcctgggaggcctaagttccccaaaactgaggcaacacatg
tagctctgccctgcttggagtcatctggctttcaacatctgactttcagc
atctggctactggagcactagcatctgactcagactgattggcttctgca
tctctggcctgtacttttgggagcctgaggctttagacacacataaaatc
taataatcaagctcactagcaaggacaccagaatcagcacccatcagaaa
agtggacctcttggtatgcccactgaacacgagagagagagagagagaga
gagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagaggctat
cgggaatataagcacttctaccttgactagaggtgggaaattcttccact
tcagtttgtatttatgcacagagaactgcaatagcacaaaaaggtgtggc
cagaagattagagctgtctttagcatcctggagctttatccttctcccct
aaatcttattattatggcctctacaatccaccctccaacaagtgcagaga
gtaagcaaggaacactaaaatcaaacatgcaaaagtcaaaaacaactcat
cataccttaaacccatccaaaacttgatgaagccataacctcattttatc
tcaagaagtcaggtcagaaggttccttcctccatcagctgcacttggttt
ctcgtggcacttcataaggggcaggtgatccctcttcctctgaggataga
ttgcagatatatatatgggcttttgactacacatggggtcagattcttct
tgactttgaggtcctcaagtgccaaagcaataccttaaacatgctgatgc
cc
gaattccttacagcccacagtaggaacaaaggagaaacaaaggatgtttg
gagatttctcagctgttatacattgtcctttccctggttgataaggttct
cattaaggtaactgtttttatcaaagttgttttttagcaaaaactgcaag
tggtcatgaaaggggagagccttttttcccccatgaagccttcaaatagg
caagtaccagtccttctgtgatgaatgagttagagcaatgtgccactccc
ttccttggatgtgcctgggtctatagcacagaagagaaaagggaaagaga
gatgaagtatgtggttgaagactcaggaagtacacactggaactcttaga
aaatccaaagatatggaaaagaaaaggcagaactcatgctctggatgtta
catcttttctgggaaacagtgtagcacaaaactgagagccaggaagcagc
acagatatatctaatctctggttgaactgcgtggctgagggagtctgggt
gaggcaaggtccctcttgacctcttgctcatatgtccagagccaaccagc
cagagcagtcaaggattaactgatctagatggtatgttgctcctggggat
gtcttatttttcagcaggctagtctgacctatgtcctgtggtggtcacga
gattccaagtatgtgaagagagcattgcaagacctgaaaggcactcaggt
ttaaaactctggcaggcgacacttctgctgcatcacagtggccaaagcaa
gcccaagttaaaggacttgatgaacagactctattttgataggaggactt
gtatggtcttatttcagaggcatagaaataccaagaggggaattttgatt
gggaccatttttataacttagcatagaaactaagtcaatatgtatctggc
tacactactgtctctaccaacatttgagtatgggaaaatgagtagaggag
agaaaatggcacagatattcatattgcagagttcacagagtcagctggat
tcagtgagctaatctatgtaagtactttgagctgcataagacatgtctat
gaggtgatgttgttgtcaaaattgtgagtatgtcacatgaggtctccact
acttataggaaaggaaagacctgaaaatggctcaatgctagagactgact
gttcttcaggacct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_158359319_158360467
seq2: B6Ng01-157M12.b_46_1197

seq1  GAATTCTTCAACCATTCAAGCTAAGGACGTTGTGGCTACTGATGTGTGCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCAACCATTCAAGCTAAGGACGTTGTGGCTACTGATGTGTGCT  50

seq1  CCTGGCCTATTTTCAAGTACTTCTTTATTTCAAAATTAGTCATTCAAGTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGCCTATTTTCAAGTACTTCTTTATTTCAAAATTAGTCATTCAAGTC  100

seq1  TAATTCAACACTGACTGTTTCCAGAAAGGGAAAAAATCCATGTAGATAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTCAACACTGACTGTTTCCAGAAAGGGAAAAAATCCATGTAGATAAG  150

seq1  GAGGTAGACATATCATAGCTCTTAATGGTTAGATTCCATTCATGGCAAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTAGACATATCATAGCTCTTAATGGTTAGATTCCATTCATGGCAAAC  200

seq1  ACAAGAGAGACAAGGTGGTGAGAGGAGTGATTTACTACAGTTTGAGGAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGAGAGACAAGGTGGTGAGAGGAGTGATTTACTACAGTTTGAGGAAT  250

seq1  AAATCAAAACTTCCTTCTAGCTCAATTATAGGGAGAAAGCCAAAAAGCAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCAAAACTTCCTTCTAGCTCAATTATAGGGAGAAAGCCAAAAAGCAA  300

seq1  AGATAACATTCCTGGGAGGCCTAAGTTCCCCAAAACTGAGGCAACACATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAACATTCCTGGGAGGCCTAAGTTCCCCAAAACTGAGGCAACACATG  350

seq1  TAGCTCTGCCCTGCTTGGAGTCATCTGGCTTTCAACATCTGACTTTCAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTCTGCCCTGCTTGGAGTCATCTGGCTTTCAACATCTGACTTTCAGC  400

seq1  ATCTGGCTACTGGAGCACTAGCATCTGACTCAGACTGATTGGCTTCTGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGGCTACTGGAGCACTAGCATCTGACTCAGACTGATTGGCTTCTGCA  450

seq1  TCTCTGGCCTGTACTTTTGGGAGCCTGAGGCTTTAGACACACATAAAATC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGGCCTGTACTTTTGGGAGCCTGAGGCTTTAGACACACATAAAATC  500

seq1  TAATAATCAAGCTCACTAGCAAGGACACCAGAATCAGCACCCATCAGAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAATCAAGCTCACTAGCAAGGACACCAGAATCAGCACCCATCAGAAA  550

seq1  AGTGGACCTCTTGGTATGCCCACTGAACACGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGACCTCTTGGTATGCCCACTGAACACGAGAGAGAGAGAGAGAGAGA  600

seq1  GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGCTAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGCTAT  650

seq1  CGGGAATATAAGCACTTCTACCTTGACTAGAGGTGGGAAATTCTTCCACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGAATATAAGCACTTCTACCTTGACTAGAGGTGGGAAATTCTTCCACT  700

seq1  TCAGTTTGTATTTATGCACAGAGAACTGCAATAGCACAAAAAGGTGTGGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTTTGTATTTATGCACAGAGAACTGCAATAGCACAAAAAGGTGTGGC  750

seq1  CAGAAGATTAGAGCTGTCTTTAGCATCCTGGAGCTTTATCCTTCTCCCCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGATTAGAGCTGTCTTTAGCATCCTGGAGCTTTATCCTTCTCCCCT  800

seq1  AAATCTTATTATTATGGCCTCTACAATCCACCCTCCAACAAGTGCAGAGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTTATTATTATGGCCTCTACAATCCACCCTCCAACAAGTGCAGAGA  850

seq1  GTAAGCAAGGAACAACTAAAATCAAACATGCAAAAGTCAAAAACAACTCA  900
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGCAAGGAAC-ACTAAAATCAAACATGCAAAAGTCAAAAACAACTCA  899

seq1  TCATACCTTAAAACCCATCCAAAACTTGATGAA-CCATAACC-CA-TTTA  947
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||
seq2  TCATACCTT-AAACCCATCCAAAACTTGATGAAGCCATAACCTCATTTTA  948

seq1  TCCCAAG-AGTCAGTTCAGAA-GTTCCCTCCTCCATCAGCTGCACTTGGT  995
      || |||| |||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAAGAAGTCAGGTCAGAAGGTTCCTTCCTCCATCAGCTGCACTTGGT  998

seq1  TTCTCGTGCCACTTCATAAGGGGCAGGTGATCCCTC-TACTCTGAGGATA  1044
      |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||
seq2  TTCTCGTGGCACTTCATAAGGGGCAGGTGATCCCTCTTCCTCTGAGGATA  1048

seq1  GACTGCAGGATACTATATATGGTCTTTTGACTACTCAT-GGGTCAGTATC  1093
      || |||| |||| ||||||||| ||||||||||| ||| |||||||  ||
seq2  GATTGCA-GATA-TATATATGGGCTTTTGACTACACATGGGGTCAGATTC  1096

seq1  TTCTTGACTTTGAAGTCCTCAAGTGCAGAAGC-ATACCTTAACCATGCCT  1142
      ||||||||||||| ||||||||||||  |||| ||||||||| |||| ||
seq2  TTCTTGACTTTGAGGTCCTCAAGTGCCAAAGCAATACCTTAAACATG-CT  1145

seq1  GATGCCC  1149
      |||||||
seq2  GATGCCC  1152

seq1: chrX_158459271_158460469
seq2: B6Ng01-157M12.g_71_1234 (reverse)

seq1  AGGTCCTCTGGAAGAACAGTCAGTGCTCTTAACCACTGAGCCATCTCTTC  50
      |||||||   |||||||||||||| ||||  | || |||||||  | |||
seq2  AGGTCCT---GAAGAACAGTCAGT-CTCT--AGCATTGAGCCA--TTTTC  42

seq1  AGCTCCTCTCCCCTTCACTATTAAGTAAGGTTGGAGACCTCATGTGACAT  100
      ||    |||  ||||  ||| ||||||    |||||||||||||||||||
seq2  AG---GTCTTTCCTTTCCTA-TAAGTA---GTGGAGACCTCATGTGACAT  85

seq1  ACTCACATATTTTTGAACAACAACATCAACTTCATAGGACATGTACTGTA  150
      ||||||| |||||   ||||||||||| || ||||| ||||||| || ||
seq2  ACTCACA-ATTTT--GACAACAACATC-ACCTCATA-GACATGT-CT-TA  128

seq1  TGCAGGCTCAAAGTACTTTACATAGATTAGCTCACTGAATCCAGGCTGGA  200
      |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||
seq2  TGCA-GCTCAAAGTAC-TTACATAGATTAGCTCACTGAATCCA-GCT-GA  174

seq1  CTCTTGTTGGAACTTCTGCAATTATGAATTATCTGTGCCAATTTTCTTCT  250
      ||| |||  |||| ||||||| |||||| |||||||||| |||||| |||
seq2  CTC-TGT--GAAC-TCTGCAA-TATGAA-TATCTGTGCC-ATTTTC-TCT  216

seq1  CCTCTACTCATTTTTCCATACTCAAAATGTTGGTAGAGACAGTAGTGTAG  300
      |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTACTCATTTTCCCATACTC-AAATGTTGGTAGAGACAGTAGTGTAG  265

seq1  CCAGATACATATTGACTTAGTTTCTATGCTAAGTTATAAAAATGGTCCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGATACATATTGACTTAGTTTCTATGCTAAGTTATAAAAATGGTCCCA  315

seq1  ATCAAAATTCCCCTCTTGGTATTTCTATGCCTCTGAAATAAGACCATACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAAATTCCCCTCTTGGTATTTCTATGCCTCTGAAATAAGACCATACA  365

seq1  AGTCCTCCTATCAAAATAGAGTCTGTTCATCAAGTCCTTTAACTTGGGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCTCCTATCAAAATAGAGTCTGTTCATCAAGTCCTTTAACTTGGGCT  415

seq1  TGCTTTGGCCACTGTGATGCAGCAGAAGTGTCGCCTGCCAGAGTTTTAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTGGCCACTGTGATGCAGCAGAAGTGTCGCCTGCCAGAGTTTTAAA  465

seq1  CCTGAGTGCCTTTCAGGTCTTGCAATGCTCTCTTCACATACTTGGAATCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAGTGCCTTTCAGGTCTTGCAATGCTCTCTTCACATACTTGGAATCT  515

seq1  CGTGACCACCACAGGACATAGGTCAGACTAGCCTGCTGAAAAATAAGACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGACCACCACAGGACATAGGTCAGACTAGCCTGCTGAAAAATAAGACA  565

seq1  TCCCCAGGAGCAACATACCATCTAGATCAGTTAATCCTTGACTGCTCTGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCAGGAGCAACATACCATCTAGATCAGTTAATCCTTGACTGCTCTGG  615

seq1  CTGGTTGGCTCTGGACATATGAGCAAGAGGTCAAGAGGGACCTTGCCTCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTTGGCTCTGGACATATGAGCAAGAGGTCAAGAGGGACCTTGCCTCA  665

seq1  CCCAGACTCCCTCAGCCACGCAGTTCAACCAGAGATTAGATATATCTGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGACTCCCTCAGCCACGCAGTTCAACCAGAGATTAGATATATCTGTG  715

seq1  CTGCTTCCTGGCTCTCAGTTTTGTGCTACACTGTTTCCCAGAAAAGATGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTCCTGGCTCTCAGTTTTGTGCTACACTGTTTCCCAGAAAAGATGT  765

seq1  AACATCCAGAGCATGAGTTCTGCCTTTTCTTTTCCATATCTTTGGATTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATCCAGAGCATGAGTTCTGCCTTTTCTTTTCCATATCTTTGGATTTT  815

seq1  CTAAGAGTTCCAGTGTGTACTTCCTGAGTCTTCAACCACATACTTCATCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGAGTTCCAGTGTGTACTTCCTGAGTCTTCAACCACATACTTCATCT  865

seq1  CTCTTTCCCTTTTCTCTTCTGTGCTATAGACCCAGGCACATCCAAGGAAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTCCCTTTTCTCTTCTGTGCTATAGACCCAGGCACATCCAAGGAAG  915

seq1  GGAGTGGCACATTGCTCTAACTCATTCATCACAGAAGGACTGGTACTTGC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTGGCACATTGCTCTAACTCATTCATCACAGAAGGACTGGTACTTGC  965

seq1  CTATTTGAAGGCTTCATGGGGGAAAAAAGGCTCTCCCCTTTCATGACCAC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTTGAAGGCTTCATGGGGGAAAAAAGGCTCTCCCCTTTCATGACCAC  1015

seq1  TTGCAGTTTTTGCTAAAAAACAACTTTGATAAAAACAGTTACCTTAATGA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAGTTTTTGCTAAAAAACAACTTTGATAAAAACAGTTACCTTAATGA  1065

seq1  GAACCTTATCAACCAGGGAAAGGACAATGTATAACAGCTGAGAAATCTCC  1150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCTTATCAACCAGGGAAAGGACAATGTATAACAGCTGAGAAATCTCC  1115

seq1  AAACATCCTTTGTTTCTCCTTTGTTCCTACTGTGGGCTGTAAGGAATTC  1199
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATCCTTTGTTTCTCCTTTGTTCCTACTGTGGGCTGTAAGGAATTC  1164