BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-158C21
ChromosomeX (Build37)
Map Location 91,147,804 - 91,302,185
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG668103, LOC100042041, AU015836, EG245516, LOC100042062, EG629591
Upstream geneLOC100042663, Rp23-438h3.2, Arx, Pola1, EG629581, Pcyt1b, Pdk3
Downstream geneZfx, Eif2s3x, Klhl15, LOC385495, LOC670263, LOC100042098, LOC631145, 0610008C08Rik, EG668148, Maged1, LOC668150, EG385499, EG668156, Gspt2, LOC385500, Zxdb, LOC631331, EG631319, Zxda, Gm371, 9630042H07Rik, Arhgef9
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-158C21.bB6Ng01-158C21.g
ACCDH952203DH952204
length1,1171,159
definitionDH952203|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-158C21, 5' end.DH952204|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-158C21, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(91,301,075 - 91,302,185)(91,147,804 - 91,148,991)
sequence
gaattctccgttggtgttctggccctcctcatctgtggccatgatgcccg
ctgagagctgttccagtctacagcaatagggagtgtcttctgctcgtccc
actgacacagtgataaactggcacatggattggaacagttatctgagctg
ctcttctctccaagggtatgaggtggtctgcaaaaactacttttgctgac
ctaagggtatgggaagaactcttgtatgagagtcaatggaagcccggttc
tctgggctcccaccctgtactatttcattggcagctctagccacaagtga
agtcttttgccctgacactttaagagctgtttctggtaagcccatattgt
cacaaaactcacccgatctgctgagccccgagagcctaggcaaacgtcac
tcgtaagtttcctgtctccacaaagggacaagttcactgtctgaagaaac
tggacattggtgcggtggaaggtaggcctcccccctctttccagggtctt
actatgcagctcaggctgtcctggaactttgtgtgtagaccaggctagcc
ttaaacacacaaagatctgcctggttcttattgctgggactaaaagcatg
caccatcatatccagcctctctctctgtcttgtacttggggaacgaaatt
ttgtggaaattcagagagggaaaaggtgaagcatgcacatccaatcttcc
tctctctctctctctctctctctctctctctctctctgcctcttgcctca
gcctcccaactgctgggagctattgtgctggcaagttttatgtcaacatg
acacaagctatagtcattgaaaggagggagcctcagttgagaaaatgctt
tttgtttttttaagactgagctatagcaggcctgtagagcatttttttta
attttagatttattatttattttatgtatgagtgcacactatctgcatgt
gcaccttgcatgcaagagaggacagcagatcctcacttacagatggttgt
gagccactgtgttgttgctggaaattgactttcaggatctctagaagagg
agcgatcagatgctcttaagatctgagccacctctctcagccctacattt
ttttaattacttgattg
gaattctggtgcccactccactaccagaacctgcaccatagtgtgacaca
atcatttttgtaataagtgtcacattcttgttctcctcttttcatgggct
ttctgagacccaaagttactgtgagtatgatgtgtgtacttagaaacggt
cctttatgggcaaagccacatgcaaacctaaaggatttctctcaagagaa
atgttgatgaatttaactgaagggtctccatgacaccgatgaatctgccc
tttgaataggtacaggattggacttaccttgtggcctttggagatcccat
gcattcattctttctatttgcattcttactatatgcattctatctatcta
tctatctatctatctatctatctatctatctatggtactgataattaaac
ctcagggacttcttaagcaagtactcttgtactgagctacacctccatgt
ctcttactgtatgtgtagtttctggtggagattactcaaaaactgtgagt
ttatatctgggaagggagaagggcctcagggaaatgtgatttgggttaca
aacttgattctcaggtgatgagaggcttcagctagactcctgggtgtcag
cttccttccccatattcccacaatttctcctttgacctggcctcagaaga
aagaaggttctgtgtccataaccagaaaaaaacaaaccaaaacaaaacag
atttgagttcattttgaccagataagggtacaagactaattgttctcttt
tgaagtcaattttaagaggaataatggctgaggaaatataagtgatgagt
taaaagacaaatttcactggagatgaggtccaaggatagagggcttatct
aagaagctcatccatgtagcactcttgtgttatccttatctctcaaccac
tggctccatcctctacagacagttgtgacagaaaatgggaggcagtgtcc
aagaggctaatttcagcctagaaaattctgagcttgagtatagtcctagg
tactagcatgctttctttgagccttgctatggtgcaggagaaaatgcctc
tttacctatttatccctaggtccctccatgctgaatacatataaggcatt
gggagaattaaaaactaagatcaataattataatctatacttgcttgcct
gcttaaaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_91301075_91302185
seq2: B6Ng01-158C21.b_45_1161 (reverse)

seq1  CAATC-ACTAATTAAGAAAATGT-GGGCTG-GAGAGGTGGCTCAGTACTT  47
      ||||| | ||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||  |||
seq2  CAATCAAGTAATTAAAAAAATGTAGGGCTGAGAGAGGTGGCTCAGATCTT  50

seq1  AAGAGCA-CTGATCGCTCCTCTTCTAGAGATCCTG-AGTTCAATTCCCAG  95
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |  |||||| ||||
seq2  AAGAGCATCTGATCGCTCCTCTTCTAGAGATCCTGAAAGTCAATTTCCAG  100

seq1  CAACCACACAGTGGCTCACAACCATCTGT-AGTGA-GATCTGCTGTCCTC  143
      |||| |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||
seq2  CAACAACACAGTGGCTCACAACCATCTGTAAGTGAGGATCTGCTGTCCTC  150

seq1  TTCTGGCATGC-AGGTGCACATGCAGATAGTGTGCACTCATACATAAAAT  192
       ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -TCTTGCATGCAAGGTGCACATGCAGATAGTGTGCACTCATACATAAAAT  199

seq1  AAATAATAAATCTAAAATTAAAAAAAATGCTCTACAGGCCTGCCTATAGC  242
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  AAATAATAAATCTAAAATTAAAAAAAATGCTCTACAGGCCTG-CTATAGC  248

seq1  TCAGTCTTAAAAAAACAAAAAGCATTTTCTCAACTGAGGCTCCCTCCTTT  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTCTTAAAAAAACAAAAAGCATTTTCTCAACTGAGGCTCCCTCCTTT  298

seq1  CAATGACTATAGCTTGTGTCATGTTGACATAAAACTTGCCAGCACAATAG  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGACTATAGCTTGTGTCATGTTGACATAAAACTTGCCAGCACAATAG  348

seq1  CTCCCAGCAGTTGGGAGGCTGAGGCAAGAGGCAGAGAGAGAGAGAGAGAG  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCAGCAGTTGGGAGGCTGAGGCAAGAGGCAGAGAGAGAGAGAGAGAG  398

seq1  AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGAAGATTGGATGTGCATGCTTCACCTTTTC  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGAAGATTGGATGTGCATGCTTCACCTTTTC  448

seq1  CCTCTCTGAATTTCCACAAAATTTCGTTCCCCAAGTACAAGACAGAGAGA  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTCTGAATTTCCACAAAATTTCGTTCCCCAAGTACAAGACAGAGAGA  498

seq1  GAGGCTGGATATGATGGTGCATGCTTTTAGTCCCAGCAATAAGAACCAGG  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCTGGATATGATGGTGCATGCTTTTAGTCCCAGCAATAAGAACCAGG  548

seq1  CAGATCTTTGTGTGTTTAAGGCTAGCCTGGTCTACACACAAAGTTCCAGG  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATCTTTGTGTGTTTAAGGCTAGCCTGGTCTACACACAAAGTTCCAGG  598

seq1  ACAGCCTGAGCTGCATAGTAAGACCCTGGAAAGAGGGGGGAGGCCTACCT  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCCTGAGCTGCATAGTAAGACCCTGGAAAGAGGGGGGAGGCCTACCT  648

seq1  TCCACCGCACCAATGTCCAGTTTCTTCAGACAGTGAACTTGTCCCTTTGT  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACCGCACCAATGTCCAGTTTCTTCAGACAGTGAACTTGTCCCTTTGT  698

seq1  GGAGACAGGAAACTTACGAGTGACGTTTGCCTAGGCTCTCGGGGCTCAGC  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGACAGGAAACTTACGAGTGACGTTTGCCTAGGCTCTCGGGGCTCAGC  748

seq1  AGATCGGGTGAGTTTTGTGACAATATGGGCTTACCAGAAACAGCTCTTAA  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCGGGTGAGTTTTGTGACAATATGGGCTTACCAGAAACAGCTCTTAA  798

seq1  AGTGTCAGGGCAAAAGACTTCACTTGTGGCTAGAGCTGCCAATGAAATAG  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTCAGGGCAAAAGACTTCACTTGTGGCTAGAGCTGCCAATGAAATAG  848

seq1  TACAGGGTGGGAGCCCAGAGAACCGGGCTTCCATTGACTCTCATACAAGA  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGGGTGGGAGCCCAGAGAACCGGGCTTCCATTGACTCTCATACAAGA  898

seq1  GTTCTTCCCATACCCTTAGGTCAGCAAAAGTAGTTTTTGCAGACCACCTC  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTTCCCATACCCTTAGGTCAGCAAAAGTAGTTTTTGCAGACCACCTC  948

seq1  ATACCCTTGGAGAGAAGAGCAGCTCAGATAACTGTTCCAATCCATGTGCC  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCCTTGGAGAGAAGAGCAGCTCAGATAACTGTTCCAATCCATGTGCC  998

seq1  AGTTTATCACTGTGTCAGTGGGACGAGCAGAAGACACTCCCTATTGCTGT  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTATCACTGTGTCAGTGGGACGAGCAGAAGACACTCCCTATTGCTGT  1048

seq1  AGACTGGAACAGCTCTCAGCGGGCATCATGGCCACAGATGAGGAGGGCCA  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTGGAACAGCTCTCAGCGGGCATCATGGCCACAGATGAGGAGGGCCA  1098

seq1  GAACACCAACGGAGAATTC  1111
      |||||||||||||||||||
seq2  GAACACCAACGGAGAATTC  1117

seq1: chrX_91147804_91148991
seq2: B6Ng01-158C21.g_66_1224

seq1  GAATTCTGGTGCCCACTCCACTACCAGAACCTGCACCATAGTGTGACACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGGTGCCCACTCCACTACCAGAACCTGCACCATAGTGTGACACA  50

seq1  ATCATTTTTGTAATAAGTGTCACATTCTTGTTCTCCTCTTTTCATGGGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATTTTTGTAATAAGTGTCACATTCTTGTTCTCCTCTTTTCATGGGCT  100

seq1  TTCTGAGACCCAAAGTTACTGTGAGTATGATGTGTGTACTTAGAAACGGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGAGACCCAAAGTTACTGTGAGTATGATGTGTGTACTTAGAAACGGT  150

seq1  CCTTTATGGGCAAAGCCACATGCAAACCTAAAGGATTTCTCTCAAGAGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTATGGGCAAAGCCACATGCAAACCTAAAGGATTTCTCTCAAGAGAA  200

seq1  ATGTTGATGAATTTAACTGAAGGGTCTCCATGACACCGATGAATCTGCCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTGATGAATTTAACTGAAGGGTCTCCATGACACCGATGAATCTGCCC  250

seq1  TTTGAATAGGTACAGGATTGGACTTACCTTGTGGCCTTTGGAGATCCCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAATAGGTACAGGATTGGACTTACCTTGTGGCCTTTGGAGATCCCAT  300

seq1  GCATTCATTCTTTCTATTTGCATTCTTACTATATGCATTCTATCTATCTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTCATTCTTTCTATTTGCATTCTTACTATATGCATTCTATCTATCTA  350

seq1  TCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATGGTACTGATAATTAAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATGGTACTGATAATTAAAC  400

seq1  CTCAGGGACTTCTTAAGCAAGTACTCTTGTACTGAGCTACACCTCCATGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGGGACTTCTTAAGCAAGTACTCTTGTACTGAGCTACACCTCCATGT  450

seq1  CTCTTACTGTATGTGTAGTTTCTGGTGGAGATTACTCAAAAACTGTGAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTACTGTATGTGTAGTTTCTGGTGGAGATTACTCAAAAACTGTGAGT  500

seq1  TTATATCTGGGAAGGGAGAAGGGCCTCAGGGAAATGTGATTTGGGTTACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATCTGGGAAGGGAGAAGGGCCTCAGGGAAATGTGATTTGGGTTACA  550

seq1  AACTTGATTCTCAGGTGATGAGAGGCTTCAGCTAGACTCCTGGGTGTCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTGATTCTCAGGTGATGAGAGGCTTCAGCTAGACTCCTGGGTGTCAG  600

seq1  CTTCCTTCCCCATATTCCCACAATTTCTCCTTTGACCTGGCCTCAGAAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTTCCCCATATTCCCACAATTTCTCCTTTGACCTGGCCTCAGAAGA  650

seq1  AAGAAGGTTCTGTGTCCATAACCAGAAAAAAACAAACCAAAACAAAACAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGGTTCTGTGTCCATAACCAGAAAAAAACAAACCAAAACAAAACAG  700

seq1  ATTTGAGTTCATTTTGACCAGATAAGGGTACAAGACTAATTGTTCTCTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGAGTTCATTTTGACCAGATAAGGGTACAAGACTAATTGTTCTCTTT  750

seq1  TGAAGTCAATTTTAAGAGGAATAATGGCTGAGGAAATATAAGTGATGAGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGTCAATTTTAAGAGGAATAATGGCTGAGGAAATATAAGTGATGAGT  800

seq1  TAAAAGACAAATTTCACTGGAGATGAGGTCCAAGGATAGAGGGCTTATCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGACAAATTTCACTGGAGATGAGGTCCAAGGATAGAGGGCTTATCT  850

seq1  AAGAAGC-CATCCATGTAGCACTCTTGTTGTTATCCTTATCTCTCAACCA  899
      ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGCTCATCCATGTAGCACTCTTG-TGTTATCCTTATCTCTCAACCA  899

seq1  CTGGCTCCATCCTCTACAGACAAGTTGTGACAGAAAATGGGAGGCAGTGT  949
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTCCATCCTCTACAGAC-AGTTGTGACAGAAAATGGGAGGCAGTGT  948

seq1  CCAAGAGGCTAATTTCAGCCTAGATAATTCTGAGCTTGGAGTATAGTCCT  999
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||
seq2  CCAAGAGGCTAATTTCAGCCTAGAAAATTCTGAGCTT-GAGTATAGTCCT  997

seq1  AGGTACTTAGCATGCTATCTGTGAGCCTTGCTATTGGTTGCCAGGCAGAC  1049
      |||||| ||||||||| ||| |||||||||||| ||||   |||| ||| 
seq2  AGGTAC-TAGCATGCTTTCTTTGAGCCTTGCTA-TGGT--GCAGG-AGAA  1042

seq1  ATTGCCTCTTTACCTATTTAATCCCCTAGTCACTTCAATGGCTGATTACC  1099
      | ||||||||||||||||| |||||   ||| || ||   ||||| || |
seq2  AATGCCTCTTTACCTATTT-ATCCCTAGGTCCCTCCA--TGCTGAATA-C  1088

seq1  ATATTAAAGCCATTGTGAGAATTTAAAAAAACCATAAGATCAATATTAAT  1149
      ||||  ||| ||||| |||||||   ||||||  ||||||||||    | 
seq2  ATAT--AAGGCATTGGGAGAATT---AAAAAC--TAAGATCAAT----AA  1127

seq1  TTATTATTCCTATACTTTTGGCTTGGCTTTGCTTAAAAA  1188
      |||| ||  ||||||||   ||||| |  ||||||||||
seq2  TTATAAT--CTATACTT---GCTTGCC--TGCTTAAAAA  1159