BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-165P11
ChromosomeX (Build37)
Map Location 17,175,671 - 17,308,955
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG278181, EG668994
Upstream geneLOC668993, Maoa, Maob, Ndph, LOC100043063, Efhc2, Fundc1
Downstream geneEG436196, EG331391, Dusp21, LOC100043951, Utx, LOC100043952, 4930578C19Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-165P11.bB6Ng01-165P11.g
ACCDH957877DH957878
length1,001924
definitionDH957877|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-165P11, 5' end.DH957878|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-165P11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(17,307,937 - 17,308,955)(17,175,671 - 17,176,604)
sequence
gaattctttgtttatctctgtagcccattttttaatagagttatttgatt
tttctggagtcctttttcttgagttctgtatatatatatatattggatat
tagtcccctatctgattcaggattgataaagatcctttcccaatctgttg
gtggccaaaatgatactttctatactgatgttaaagcatatgtactaaac
attacagaaagagtggggtgcctgtaaatttgatgaaacctttctttctt
gcctcatgtggaattagggtactggatgttcatggacacacaaaacttcc
atggatccagagacctctggattcctgtctcatggattaaaaagaaataa
aactcacagaccatagaatgggagttttcaaagaaagttttattacagat
tcacaggtaggtgcataagataaagtactaagacaaatctgtacggcaga
gattagtcttgagaaatgagacagcattgaggggagtctatcttctgttc
aggacagattcaggcataaatacctttggactctctggtcactcacagag
acagaactacctacagaaaaaggtaatttctgactattagccaaagaaaa
actgttcacatttgagatttctaccctaaaacaagttacttggctaattt
ctatctcccattctcatcaatcagtttcagattcaagctaaagtcttttt
tgttttcttatggttatacaaagccttacgttgtacaagggtttttataa
ggttgttgcgaggtccaaaggccatgggtcccttgcgttggtagtgtcac
aaccagctgttctcgacctgtgggttgtaatccctctgagagtggaatga
cccttcacaggggtcacctaaaacatcagaaaacatggatattacattac
atgcacacagtagcaaattacagctatgagtagcaatgaaatatttatgt
gtgagtcactcaaatgagaactggattacaggtccagcattaggagttaa
a
gaattcaatatcatgaatagcatggcttggtggccaacaggatttactga
ttataaagtaagtaccttaatgatcttatgaaactgtggcagtaacaaca
ttaagtgaatggctgccgtgggggagggaggaatgtctctgtgaaacata
ctaaacgctagagtatttcagtagcacaagagaagggttggccagtcaac
ccactgactcaggagacatgaaaagttgtaatccacttggtttgagggtg
gtttgcttttgattaacaaatgccataatgagaacaaagtcatttccaaa
gtcataagctttgaattctgtcagaactaacaccacaacctaactcacca
acttattatctacatggtgtggggttcacttttaaatttttctgagtccc
aacttttcttctatagaaggaagattattgtgactatctcatgacattat
tatgtcaattaagagtttgacaacttatgaatattgtactacacaggtta
gtaaagataatcctagggttatgtgcacttggattatttaaaatcattca
tttgggggtcacccagttaggcagtatgttatgtgttctccatttgcttt
actatatcaagcatctcttccatgtgggtcatggtaaaacagttacctat
gttactcccagaaacttaaagcttacttttcctaaaaacacagacatctc
ttggctttgaagatgtccattatgggggcttagaacaagatgacaaggct
tgacatttctgttttcatatctctttcctttgccaccttagattttgact
caaatgatcatcatgattggaaacattagatcatgagaaagagtgaaaga
gtagggctgagcccctcaaaatgtctgtctagtccagaaagacacatctt
catttaatagtctagagtgagttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_17307937_17308955
seq2: B6Ng01-165P11.b_44_1044 (reverse)

seq1  TTTAACCTTCCTAATGCTGTGACCCTGTAATACAGTTCCTCATGTTGAGG  50
      ||||||  ||||||||||| || |||||||| ||||| ||||| |||| |
seq2  TTTAAC--TCCTAATGCTG-GA-CCTGTAATCCAGTT-CTCAT-TTGA-G  43

seq1  TGACTCACAACCATAAAATTATTTTCATTGCTACTTCATAGCTGTAATTT  100
      |||||||||  ||||||  || |||||||||||| |||||||||||| ||
seq2  TGACTCACA--CATAAA--TA-TTTCATTGCTAC-TCATAGCTGTAA-TT  86

seq1  TGCTACTGTTGTGCATTGTAATGTAAATATCCATGTTTTCTGATTGTTTT  150
      |||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||
seq2  TGCTACTG-TGTGCA-TGTAATGT-AATATCCATGTTTTCTGA-TGTTTT  132

seq1  AGGTGACCCCTGTGAAAGGGTCATTCCACTCTCAGAGGGATTACAACCCA  200
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGACCCCTGTG-AAGGGTCATTCCACTCTCAGAGGGATTACAACCCA  181

seq1  CAGGTCGAGAACAGCTGGTTGTGACACTACCAACGCAAGGGA-CCATGGC  249
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CAGGTCGAGAACAGCTGGTTGTGACACTACCAACGCAAGGGACCCATGGC  231

seq1  CTTTGGACCTCGCAACAACCTTATAAAAACCCTTGTACAACGTAAGGCTT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGGACCTCGCAACAACCTTATAAAAACCCTTGTACAACGTAAGGCTT  281

seq1  TGTATAACCATAAGAAAACAAAAAAGACTTTAGCTTGAATCTGAAACTGA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATAACCATAAGAAAACAAAAAAGACTTTAGCTTGAATCTGAAACTGA  331

seq1  TTGATGAGAATGGGAGATAGAAATTAGCCAAGTAACTTGTTTTAGGGTAG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATGAGAATGGGAGATAGAAATTAGCCAAGTAACTTGTTTTAGGGTAG  381

seq1  AAATCTCAAATGTGAACAGTTTTTCTTTGGCTAATAGTCAGAAATTACCT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTCAAATGTGAACAGTTTTTCTTTGGCTAATAGTCAGAAATTACCT  431

seq1  TTTTCTGTAGGTAGTTCTGTCTCTGTGAGTGACCAGAGAGTCCAAAGGTA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTGTAGGTAGTTCTGTCTCTGTGAGTGACCAGAGAGTCCAAAGGTA  481

seq1  TTTATGCCTGAATCTGTCCTGAACAGAAGATAGACTCCCCTCAATGCTGT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGCCTGAATCTGTCCTGAACAGAAGATAGACTCCCCTCAATGCTGT  531

seq1  CTCATTTCTCAAGACTAATCTCTGCCGTACAGATTTGTCTTAGTACTTTA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTTCTCAAGACTAATCTCTGCCGTACAGATTTGTCTTAGTACTTTA  581

seq1  TCTTATGCACCTACCTGTGAATCTGTAATAAAACTTTCTTTGAAAACTCC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTATGCACCTACCTGTGAATCTGTAATAAAACTTTCTTTGAAAACTCC  631

seq1  CATTCTATGGTCTGTGAGTTTTATTTCTTTTTAATCCATGAGACAGGAAT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTATGGTCTGTGAGTTTTATTTCTTTTTAATCCATGAGACAGGAAT  681

seq1  CCAGAGGTCTCTGGATCCATGGAAGTTTTGTGTGTCCATGAACATCCAGT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGGTCTCTGGATCCATGGAAGTTTTGTGTGTCCATGAACATCCAGT  731

seq1  ACCCTAATTCCACATGAGGCAAGAAAGAAAGGTTTCATCAAATTTACAGG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTAATTCCACATGAGGCAAGAAAGAAAGGTTTCATCAAATTTACAGG  781

seq1  CACCCCACTCTTTCTGTAATGTTTAGTACATATGCTTTAACATCAGTATA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCCACTCTTTCTGTAATGTTTAGTACATATGCTTTAACATCAGTATA  831

seq1  GAAAGTATCATTTTGGCCACCAACAGATTGGGAAAGGATCTTTATCAATC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGTATCATTTTGGCCACCAACAGATTGGGAAAGGATCTTTATCAATC  881

seq1  CTGAATCAGATAGGGGACTAATATCCAATATATATATATATACAGAACTC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAATCAGATAGGGGACTAATATCCAATATATATATATATACAGAACTC  931

seq1  AAGAAAAAGGACTCCAGAAAAATCAAATAACTCTATTAAAAAATGGGCTA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAAAGGACTCCAGAAAAATCAAATAACTCTATTAAAAAATGGGCTA  981

seq1  CAGAGATAAACAAAGAATTC  1019
      ||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGATAAACAAAGAATTC  1001

seq1: chrX_17175671_17176604
seq2: B6Ng01-165P11.g_68_991

seq1  GAATTCAATATCATGAATAGCATGGCTTGGTGGCCAACAGGATTTACTGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATATCATGAATAGCATGGCTTGGTGGCCAACAGGATTTACTGA  50

seq1  TTATAAAGTAAGTACCTTAATGATCTTATGAAACTGTGGCAGTAACAACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAAAGTAAGTACCTTAATGATCTTATGAAACTGTGGCAGTAACAACA  100

seq1  TTAAGTGAATGGCTGCCGTGGGGGAGGGAGGAATGTCTCTGTGAAACATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGTGAATGGCTGCCGTGGGGGAGGGAGGAATGTCTCTGTGAAACATA  150

seq1  CTAAACGCTAGAGTATTTCAGTAGCACAAGAGAAGGGTTGGCCAGTCAAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAACGCTAGAGTATTTCAGTAGCACAAGAGAAGGGTTGGCCAGTCAAC  200

seq1  CCACTGACTCAGGAGACATGAAAAGTTGTAATCCACTTGGTTTGAGGGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTGACTCAGGAGACATGAAAAGTTGTAATCCACTTGGTTTGAGGGTG  250

seq1  GTTTGCTTTTGATTAACAAATGCCATAATGAGAACAAAGTCATTTCCAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGCTTTTGATTAACAAATGCCATAATGAGAACAAAGTCATTTCCAAA  300

seq1  GTCATAAGCTTTGAATTCTGTCAGAACTAACACCACAACCTAACTCACCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATAAGCTTTGAATTCTGTCAGAACTAACACCACAACCTAACTCACCA  350

seq1  ACTTATTATCTACATGGTGTGGGGTTCACTTTTAAATTTTTCTGAGTCCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTATTATCTACATGGTGTGGGGTTCACTTTTAAATTTTTCTGAGTCCC  400

seq1  AACTTTTCTTCTATAGAAGGAAGATTATTGTGACTATCTCATGACATTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTTTCTTCTATAGAAGGAAGATTATTGTGACTATCTCATGACATTAT  450

seq1  TATGTCAATTAAGAGTTTGACAACTTATGAATATTGTACTACACAGGTTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTCAATTAAGAGTTTGACAACTTATGAATATTGTACTACACAGGTTA  500

seq1  GTAAAGATAATCCTAGGGTTATGTGCACTTGGATTATTTAAAATCATTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAGATAATCCTAGGGTTATGTGCACTTGGATTATTTAAAATCATTCA  550

seq1  TTTGGGGGTCACCCAGTTAGGCAGTATGTTATGTGTTCTCCATTTGCTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGGGGTCACCCAGTTAGGCAGTATGTTATGTGTTCTCCATTTGCTTT  600

seq1  ACTATATCAAGCATCTCTTCCATGTGGGTCATGGTAAAACAGTTACCTAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATATCAAGCATCTCTTCCATGTGGGTCATGGTAAAACAGTTACCTAT  650

seq1  GTTACTCCCAGAAACTTAAAGCTTACTTTTCCTAAAAACACAGACATCTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACTCCCAGAAACTTAAAGCTTACTTTTCCTAAAAACACAGACATCTC  700

seq1  TTGGCTTTGAAGATGTCCATTATGGGGGCTTAGAACAAGATGACAAGGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCTTTGAAGATGTCCATTATGGGGGCTTAGAACAAGATGACAAGGCT  750

seq1  TGACATTTCTGTTTTCATATCTCTTTCCTTTGCCACCTTAGATTTTGACT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATTTCTGTTTTCATATCTCTTTCCTTTGCCACCTTAGATTTTGACT  800

seq1  CAAAATGATCATCATGATTGGAAACATTAGATCATGAG-AAGAGTGAAAA  849
      | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| 
seq2  C-AAATGATCATCATGATTGGAAACATTAGATCATGAGAAAGAGTGAAA-  848

seq1  GAAGTAGGGCCTGAGCCCCTCAAAAATGTCTGTCTAGTCCCAGAAAAGAC  899
        ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||||
seq2  -GAGTAGGG-CTGAGCCCCTC-AAAATGTCTGTCTAGT-CCAG-AAAGAC  893

seq1  ACATTCCTTCATTTAATAAGTCTAGAGTTGAGTTT  934
      ||||  ||||||||||| ||||||||| |||||||
seq2  ACAT--CTTCATTTAAT-AGTCTAGAG-TGAGTTT  924