BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-166N13
ChromosomeX (Build37)
Map Location 158,095,850 - 158,312,960
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRai2, Gm47, Nhs
Upstream genePpef1, Rs1, Gja6, Scml2, LOC414364, Prkaca-ps1
Downstream geneReps2, LOC654358, LOC100041557, LOC667630, Rbbp7, 4932441K18Rik, LOC671250, Syap1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-166N13.bB6Ng01-166N13.g
ACCDH958506DH958507
length1,183783
definitionDH958506|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-166N13, 5' end.DH958507|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-166N13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(158,311,776 - 158,312,960)(158,095,850 - 158,096,628)
sequence
gaattccaaaaggaaaggtattaatagcactgtctcaatgttcaagtgcc
aattcacaattatattagatgacataataagaggagttagatgtctgtac
ctctcaaaaatacatttgaattacgtaaagacagaagccattccaaacaa
aaagtatggggaaatgaaggagccctagaggtaggggcaggagaagagcc
atgaaaattgttatagttaacagttatttgatataagcaaagtaatactt
tggcttaattaaaagggaattaggtttgactcagaaatagattctatgat
tcttttgataggagatttagatggggcatttggaatttgtatgagacctg
gaaccttttcactgaccattcagtgcattacaggatggctgttatgcctg
gcttctgcccaatcattctaaaaacctcaataaggccctcaagtgcactt
ctgtttctgttgagaatctctgagctgatccaatgccttcattctacacg
gaggtgcaaggagggctgaaatgtgggggaaactgttcaggatcatacag
gcaccttttctataatctatgcatcctcccaatatgccacatatcactct
cataactgaccactatgtctaccttcacacaggtaaggatagcgtcttat
taatttattctattcaaagcatatagcacaaaaccagcatatggcacatc
ctcagtatgaataagtataagggaatgaaattctgcacaaagctgattga
gcattgaaagcacaagatgagtactgaggaattttatcattctcactaaa
tgccttcacacatcacatcattagagagcttgagtaacattagccctgta
gacatcattctttcttatcattttattattattaatcagccctccctgat
tagagtttacagatctaaccagataacagtgagctactcataagctatca
tatttcactgcttcatcacgtttggactttagagcagaactgaagaacag
cagtgccaatatcaattttctctgcagtcctcctagggcaaagagattag
aaagacaggctttcgggctttcatggaagacttatggaggctcatttgcc
ttattaagactggctttgttttgtggtgtgccttaccacaatactttggg
gtagtatgttttatatgcatggccgagagccat
gaattcctatcgtaagagcttgaacaagcaaccaagtgagatcagtaaca
tggttgtgtgccttgtgcagaaacttaggaccttgtgtccagaagcatcc
tgtgcttgacttaatggtctattgtccccatcttgaagttcttctaagtt
tacatttgtcacaaattccctgaaacacagaaatacatgctgatatctta
gagtttattttatctcctccctgaaactggtccttgcccacatatttctt
agatcttggggttgttagggaggagggaaagaccgaattttcatcattgc
ctttcatttccagtagagttgggacatagcagtgcttgagttgggcctta
cattttgagtatctcagcacatggagtggtggtggccatcttgcctcaag
tctgcattgctgcagttgaatggaggctgtgtcctggtggggcaaccttg
accaccctcaatccagatacctagtatgccctggtacaacagtttaaaga
ttcccaaggttccctcatttgccacaggaatccaggcttgactttctcag
agctccacatccaacccagcctctgtcttgctgtagtaggggcaatatgg
tggttggtgaaaggggctggcagacattaggcccaagtatctggtaaaat
tcatgctaataattttaaaccttttctctttttttttttctttatctaga
acattattaaacagcaacttcaaagcactatgaaatggtaaagggataag
agagatagaaagatagagacacacatagtcatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_158311776_158312960
seq2: B6Ng01-166N13.b_47_1229 (reverse)

seq1  ATGGCTCTCTGCCATGC-TATTAAAACTACTACCCCCAAGATTTGCTGTT  49
      ||||||||| ||||||| ||| |||  ||||||||| |||  ||| || |
seq2  ATGGCTCTCGGCCATGCATATAAAACATACTACCCCAAAGTATTG-TGGT  49

seq1  GAGCCA-ACCACAAAAC-AAGCCAGTCTGAATAGGGCAAAATGAGCCTCC  97
       || || |||||||||| |||||||||| |||| ||| ||||||||||||
seq2  AAGGCACACCACAAAACAAAGCCAGTCTTAATAAGGC-AAATGAGCCTCC  98

seq1  AT-AGTCTTCCATGGAAAGCCCGGAAGGCTGTCTATCT-ATCTCTTATGC  145
      || |||||||||| ||||||||| ||| |||||| ||| ||||||| |||
seq2  ATAAGTCTTCCAT-GAAAGCCCGAAAGCCTGTCTTTCTAATCTCTT-TGC  146

seq1  CCTAGGAGGAACTGCAGAGAAAATTGATATTGGCACTTGCTGTTCTTCAG  195
      ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CCTAGGAGG-ACTGCAGAGAAAATTGATATTGGCAC-TGCTGTTCTTCAG  194

seq1  TTCTGCTCTTAAGTCCAAACCTGATGAAGCAGTGAAATATGATAGCTTAT  245
      ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGCTCTAAAGTCCAAACGTGATGAAGCAGTGAAATATGATAGCTTAT  244

seq1  GAGTAGCTCACTGTTATCTGGTTAGATCTGTAAAACTCTAATCAGGGAGG  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GAGTAGCTCACTGTTATCTGGTTAGATCTGT-AAACTCTAATCAGGGAGG  293

seq1  GCTGATTAATAATAATAAAATGATAAGAAAGAATGATGTCTACAGGGCTA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGATTAATAATAATAAAATGATAAGAAAGAATGATGTCTACAGGGCTA  343

seq1  ATGTTACTCAAGCTCTCTAATGATGTGATGTGTGAAGGCATTTAGTGAGA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTACTCAAGCTCTCTAATGATGTGATGTGTGAAGGCATTTAGTGAGA  393

seq1  ATGATAAAATTCCTCAGTACTCATCTTGTGCTTTCAATGCTCAATCAGCT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATAAAATTCCTCAGTACTCATCTTGTGCTTTCAATGCTCAATCAGCT  443

seq1  TTGTGCAGAATTTCATTCCCTTATACTTATTCATACTGAGGATGTGCCAT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGCAGAATTTCATTCCCTTATACTTATTCATACTGAGGATGTGCCAT  493

seq1  ATGCTGGTTTTGTGCTATATGCTTTGAATAGAATAAATTAATAAGACGCT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTGGTTTTGTGCTATATGCTTTGAATAGAATAAATTAATAAGACGCT  543

seq1  ATCCTTACCTGTGTGAAGGTAGACATAGTGGTCAGTTATGAGAGTGATAT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTTACCTGTGTGAAGGTAGACATAGTGGTCAGTTATGAGAGTGATAT  593

seq1  GTGGCATATTGGGAGGATGCATAGATTATAGAAAAGGTGCCTGTATGATC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCATATTGGGAGGATGCATAGATTATAGAAAAGGTGCCTGTATGATC  643

seq1  CTGAACAGTTTCCCCCACATTTCAGCCCTCCTTGCACCTCCGTGTAGAAT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAACAGTTTCCCCCACATTTCAGCCCTCCTTGCACCTCCGTGTAGAAT  693

seq1  GAAGGCATTGGATCAGCTCAGAGATTCTCAACAGAAACAGAAGTGCACTT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGCATTGGATCAGCTCAGAGATTCTCAACAGAAACAGAAGTGCACTT  743

seq1  GAGGGCCTTATTGAGGTTTTTAGAATGATTGGGCAGAAGCCAGGCATAAC  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGCCTTATTGAGGTTTTTAGAATGATTGGGCAGAAGCCAGGCATAAC  793

seq1  AGCCATCCTGTAATGCACTGAATGGTCAGTGAAAAGGTTCCAGGTCTCAT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCATCCTGTAATGCACTGAATGGTCAGTGAAAAGGTTCCAGGTCTCAT  843

seq1  ACAAATTCCAAATGCCCCATCTAAATCTCCTATCAAAAGAATCATAGAAT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATTCCAAATGCCCCATCTAAATCTCCTATCAAAAGAATCATAGAAT  893

seq1  CTATTTCTGAGTCAAACCTAATTCCCTTTTAATTAAGCCAAAGTATTACT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTTCTGAGTCAAACCTAATTCCCTTTTAATTAAGCCAAAGTATTACT  943

seq1  TTGCTTATATCAAATAACTGTTAACTATAACAATTTTCATGGCTCTTCTC  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTATATCAAATAACTGTTAACTATAACAATTTTCATGGCTCTTCTC  993

seq1  CTGCCCCTACCTCTAGGGCTCCTTCATTTCCCCATACTTTTTGTTTGGAA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCCCTACCTCTAGGGCTCCTTCATTTCCCCATACTTTTTGTTTGGAA  1043

seq1  TGGCTTCTGTCTTTACGTAATTCAAATGTATTTTTGAGAGGTACAGACAT  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTTCTGTCTTTACGTAATTCAAATGTATTTTTGAGAGGTACAGACAT  1093

seq1  CTAACTCCTCTTATTATGTCATCTAATATAATTGTGAATTGGCACTTGAA  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACTCCTCTTATTATGTCATCTAATATAATTGTGAATTGGCACTTGAA  1143

seq1  CATTGAGACAGTGCTATTAATACCTTTCCTTTTGGAATTC  1185
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGAGACAGTGCTATTAATACCTTTCCTTTTGGAATTC  1183

seq1: chrX_158095850_158096628
seq2: B6Ng01-166N13.g_69_851

seq1  GAATTCCTATCGTAAGAGCTTGAACAAGCAACCAAGTGAGATCAGTAACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTATCGTAAGAGCTTGAACAAGCAACCAAGTGAGATCAGTAACA  50

seq1  TGGTTGTGTGCCTTGTGCAGAAACTTAGGACCTTGTGTCCAGAAGCATCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTGTGTGCCTTGTGCAGAAACTTAGGACCTTGTGTCCAGAAGCATCC  100

seq1  TGTGCTTGACTTAATGGTCTATTGTCCCCATCTTGAAGTTCTTCTAAGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTTGACTTAATGGTCTATTGTCCCCATCTTGAAGTTCTTCTAAGTT  150

seq1  TACATTTGTCACAAATTCCCTGAAACACAGAAATACATGCTGATATCTTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATTTGTCACAAATTCCCTGAAACACAGAAATACATGCTGATATCTTA  200

seq1  GAGTTTATTTTATCTCCTCCCTGAAACTGGTCCTTGCCCACATATTTCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTTATTTTATCTCCTCCCTGAAACTGGTCCTTGCCCACATATTTCTT  250

seq1  AGATCTTGGGGTTGTTAGGGAGGAGGGAAAGACCGAATTTTCATCATTGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCTTGGGGTTGTTAGGGAGGAGGGAAAGACCGAATTTTCATCATTGC  300

seq1  CTTTCATTTCCAGTAGAGTTGGGACATAGCAGTGCTTGAGTTGGGCCTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCATTTCCAGTAGAGTTGGGACATAGCAGTGCTTGAGTTGGGCCTTA  350

seq1  CATTTTGAGTATCTCAGCACATGGAGTGGTGGTGGCCATCTTGCCTCAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTGAGTATCTCAGCACATGGAGTGGTGGTGGCCATCTTGCCTCAAG  400

seq1  TCTGCATTGCTGCAGTTGAATGGAGGCTGTGTCCTGGTGGGGCAACCTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCATTGCTGCAGTTGAATGGAGGCTGTGTCCTGGTGGGGCAACCTTG  450

seq1  ACCACCCTCAATCCAGATACCTAGTATGCCCTGGTACAACAGTTTAAAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACCCTCAATCCAGATACCTAGTATGCCCTGGTACAACAGTTTAAAGA  500

seq1  TTCCCAAGGTTCCCTCATTTGCCACAGGAATCCAGGCTTGACTTTCTCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCAAGGTTCCCTCATTTGCCACAGGAATCCAGGCTTGACTTTCTCAG  550

seq1  AGCTCCACATCCAACCCAGCCTCTGTCTTGCTGTAGTAGGGGCAATATGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCCACATCCAACCCAGCCTCTGTCTTGCTGTAGTAGGGGCAATATGG  600

seq1  TGGTTGGTGAAAGGGGCTGGCAGACATTAGGCCCAAGTATCTGGTAAAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTGGTGAAAGGGGCTGGCAGACATTAGGCCCAAGTATCTGGTAAAAT  650

seq1  TCATGCTAATAA-TTTAAACC-TTTCTC-TTTTTTTTTTCTTTATCTAGA  697
      |||||||||||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TCATGCTAATAATTTTAAACCTTTTCTCTTTTTTTTTTTCTTTATCTAGA  700

seq1  ACATTATTAAACAGCAAC-TCAAAGCACTATGAAATGGTAAAGGGATAAG  746
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTATTAAACAGCAACTTCAAAGCACTATGAAATGGTAAAGGGATAAG  750

seq1  AGAGATAGAAAGATAGAGACACACAGAGTCATG  779
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  AGAGATAGAAAGATAGAGACACACATAGTCATG  783