BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-172N03
ChromosomeX (Build37)
Map Location 17,542,296 - 17,543,386
singlet/doubletsinglet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100043063, Efhc2, Fundc1, EG278181, EG668994, EG436196, EG331391
Downstream geneDusp21, LOC100043951, Utx, LOC100043952, 4930578C19Rik, LOC100043098, EG628855, LOC385333
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-172N03.bB6Ng01-172N03.g
ACCGA001335GA001336
length8221,101
definitionB6Ng01-172N03.b B6Ng01-172N03.g
singlet/doublet---singlet
BLAST hitno hit dataunique
sequence
gaattctcaactgaggaataccaaatggctgaagaacacctaaagaaatg
ctcaacatctttagtcattagggaaatacaaatcaaaacaaccctgaaat
tccacctcaaaccagtcagaatggttaagatcaaaaactctggtgacagc
agatgctggtgacgatgtggagaaagaggaacactcctccattgctggtg
gcattgcaagttggtagaaccactctggaaatcagtttggcagttcctca
gaaaattggacatatactacctgaggtcccactaataccacttacgggta
tatacccagatgctccaacatgtaataaggacacatgctccactacattc
atcacagccttattcataatagccagtagctggaaagaacacaaatgtct
ttcagcataggaatggatacagaaaatgtggtacatttacacaatggagt
actactcagcttatgaaaacaatgaatttgtaaaatttttgggcaaattg
atggaactagaaaataatatcctgagtgaggtaacccaatcacaaaagaa
ctcacagcccctgctgatcacatattgacaattgatagcttctgggtgag
ggagagtcaattttctttaaggatgtggcccctagtaaatcaacaacatc
tactggatagccctatacccaatgtagccacccacagctatacaaacaag
gttcctgaaagggatgctgggcggtatggggggaaatgtgagagaaataa
cgagccaagacaaagttttctgatcaatgccaatgtctacttaagagtct
gagcttataaaggggggggggg

gaattcacctttctgtctatgccaccccactgcaaatgtgcagacaagtg
gcaggtctagttctcccacactcatacccttgggcagctcacctccatcc
ctgtcagcactgtgcttcctgggtgagatgcagagctagctccttcagag
tgctgcatccagtgagaagtgtggccagttatgaacagctcttggacatc
catgtggtcttcttggctgccctggtcagagacaaccctatgttctctag
tggtaatatggacatggtactgaccctggctgctgaatagccatggacct
agacattgccttcagtggcagctagagttaggacaaggttggccactcac
aagagacctttctacccttgaatctccatttccaagtctgttagtaatgc
tcaagctgcttcacttctctttcccacctatccggccaccacatactgtg
ggtgactcccactgcaggctggccatgtggctggtgggcccttgggtgac
atcttccatcgatgctgcattaccatggtggcaagcaggtatctatggcc
tgtctgtgttgtgtactggagagcagatctgtgggtggcatggtggaatg
caggtctctgtcttcctacacctgcagtatgctgcttggtttagatttga
tttgatttctatgagctataggaataggacagctttggacatcaagccag
gcatcaagcctgggtgaacaaagaactgccatctgttctgcccctgactg
ataaaaaaccactgccaacaacaaggtgtttctttgccaattaccagggg
gatagagtcctatttgagagtcagaaggattcttatgacttatagatcta
tctacctatcttatctatctatctatctatctatctatctatctatctat
ctatctatctatgcatgtatatgcccttgtgtatgtttactttttagagg
agacacctaaggaattatagatatcccaaattcttgataaaatattagat
tattgatcaataatgaccattaaaatttccaggatttaagaaaataaact
tagtgtaatagcttaacatttattgtttcatgtgagccactcttgtctag
g
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_17542296_17543386
seq2: B6Ng01-172N03.g_73_1163 (reverse)

seq1  CCTAGAC-AGAGTGGCTCAACATGGAAACAT-AATGTT-AGCTA-TACAC  46
      ||||||| |||||||||| ||||| ||  || |||||| ||||| |||||
seq2  CCTAGACAAGAGTGGCTC-ACATGAAACAATAAATGTTAAGCTATTACAC  49

seq1  TAAGTTTTATTTCTTAAATCCTGGAAATTTTATTGGTTCATTTATTGATT  96
      |||||||  ||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||| |
seq2  TAAGTTTATTTTCTTAAATCCTGGAAATTTTAATGG-TCA-TTATTGA-T  96

seq1  CAAT-ATCTAATATTTTATCAAGAATTT-GGATATCTATAATTCCTTAGG  144
      |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CAATAATCTAATATTTTATCAAGAATTTGGGATATCTATAATTCCTTAGG  146

seq1  TTGTCTTCTTCTAAAAAGTAAACATACACAAGGGCATATACATGCATAGA  194
       |||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -TGTC-TCCTCTAAAAAGTAAACATACACAAGGGCATATACATGCATAGA  194

seq1  TAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAAGAT  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAAGAT  244

seq1  AGGTAGATAGATCTATAAGTCATAAGAATCCTTCTGACTCTCAAATAGGA  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAGATAGATCTATAAGTCATAAGAATCCTTCTGACTCTCAAATAGGA  294

seq1  CTCTATCCCCCTGGTAATTGGCAAAGAAACACCTTGTTGTTGGCAGTGGT  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTATCCCCCTGGTAATTGGCAAAGAAACACCTTGTTGTTGGCAGTGGT  344

seq1  TTTTTATCAGTCAGGGGCAGAACAGATGGCAGTTCTTTGTTCACCCAGGC  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTATCAGTCAGGGGCAGAACAGATGGCAGTTCTTTGTTCACCCAGGC  394

seq1  TTGATGCCTGGCTTGATGTCCAAAGCTGTCCTATTCCTATAGCTCATAGA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATGCCTGGCTTGATGTCCAAAGCTGTCCTATTCCTATAGCTCATAGA  444

seq1  AATCAAATCAAATCTAAACCAAGCAGCATACTGCAGGTGTAGGAAGACAG  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAAATCAAATCTAAACCAAGCAGCATACTGCAGGTGTAGGAAGACAG  494

seq1  AGACCTGCATTCCACCATGCCACCCACAGATCTGCTCTCCAGTACACAAC  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCTGCATTCCACCATGCCACCCACAGATCTGCTCTCCAGTACACAAC  544

seq1  ACAGACAGGCCATAGATACCTGCTTGCCACCATGGTAATGCAGCATCGAT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACAGGCCATAGATACCTGCTTGCCACCATGGTAATGCAGCATCGAT  594

seq1  GGAAGATGTCACCCAAGGGCCCACCAGCCACATGGCCAGCCTGCAGTGGG  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGATGTCACCCAAGGGCCCACCAGCCACATGGCCAGCCTGCAGTGGG  644

seq1  AGTCACCCACAGTATGTGGTGGCCGGATAGGTGGGAAAGAGAAGTGAAGC  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCACCCACAGTATGTGGTGGCCGGATAGGTGGGAAAGAGAAGTGAAGC  694

seq1  AGCTTGAGCATTACTAACAGACTTGGAAATGGAGATTCAAGGGTAGAAAG  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTGAGCATTACTAACAGACTTGGAAATGGAGATTCAAGGGTAGAAAG  744

seq1  GTCTCTTGTGAGTGGCCAACCTTGTCCTAACTCTAGCTGCCACTGAAGGC  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTTGTGAGTGGCCAACCTTGTCCTAACTCTAGCTGCCACTGAAGGC  794

seq1  AATGTCTAGGTCCATGGCTATTCAGCAGCCAGGGTCAGTACCATGTCCAT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTCTAGGTCCATGGCTATTCAGCAGCCAGGGTCAGTACCATGTCCAT  844

seq1  ATTACCACTAGAGAACATAGGGTTGTCTCTGACCAGGGCAGCCAAGAAGA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACCACTAGAGAACATAGGGTTGTCTCTGACCAGGGCAGCCAAGAAGA  894

seq1  CCACATGGATGTCCAAGAGCTGTTCATAACTGGCCACACTTCTCACTGGA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACATGGATGTCCAAGAGCTGTTCATAACTGGCCACACTTCTCACTGGA  944

seq1  TGCAGCACTCTGAAGGAGCTAGCTCTGCATCTCACCCAGGAAGCACAGTG  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGCACTCTGAAGGAGCTAGCTCTGCATCTCACCCAGGAAGCACAGTG  994

seq1  CTGACAGGGATGGAGGTGAGCTGCCCAAGGGTATGAGTGTGGGAGAACTA  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACAGGGATGGAGGTGAGCTGCCCAAGGGTATGAGTGTGGGAGAACTA  1044

seq1  GACCTGCCACTTGTCTGCACATTTGCAGTGGGGTGGCATAGACAGAA  1091
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTGCCACTTGTCTGCACATTTGCAGTGGGGTGGCATAGACAGAA  1091


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |