BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-177F06
ChromosomeX (Build37)
Map Location 84,783,438 - 84,886,158
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneIl1rapl1
Downstream geneLOC667876, EG667883, LOC667891
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-177F06.bB6Ng01-177F06.g
ACCGA004629GA004630
length960808
definitionB6Ng01-177F06.b B6Ng01-177F06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(84,783,438 - 84,784,389)(84,885,345 - 84,886,158)
sequence
gaattccatagaaccaatgattcatgtttcattttgcatatggacaatat
gtaaggttatttgctaatgagtgaaaagccaaacttaactttatattctc
aaatattttgacacagaaactgtgtgcttgctattagtgcccttttgcat
ttttatgttatgttctaaaattttatgatggtttataaatatcaattagg
ctagatgttaagctcagattctcttgtggccaaaagcaagatcagcatag
gagcattcatgatgctagacatggctaatttttggtttgtttgtgtgtgt
atgtgttgaatcacttagatgcttgtttcaaagtaagttatacaatatta
gaatttagttactatctttccttaaaaaataatcacataaataatttcta
aagctatcttcgtgagtatgatccctaaaaatgtaaagactcaacaataa
attgtactagacaaaattgtgcaggtatcctgggaagtttggtaacacta
tacgagtgtaagtaactgtcttggtagagaaacctatatgaatgagacac
gtttgagcaaagatactgagcataccaagctaactctcttttaagatttt
tacatcctgttgtagagatggctcagtagttcagttcccggcacccagat
caggcagcatacaagttcctttaactccaccttcagggaaactgggggcc
ctcttctggcctccatgaccacctgcacatataggatacagtcacagaaa
tattcatataagtaaaaaaaaaaatctttaaaatttatatcttgaagtct
tgtatgttattagaagcttcacttagaatctttctccatgtatatgtaca
ttatggagaccagtgactgagatctctgagctcaaacatgattagatacc
acttgtagatattctggctattatactaaatgaaaagggaaacatgaatg
ctttactgga

gaattcaatcaccttgctgccatttaaacccaaatcataggcatgttata
taggattgatatgtaaattaaattaaatttaacttacataataaaatatg
ttattataaatgttgtaaaacttatttaaattaaaagggtatagtttaga
attagaactgactaaactcataagcagttacaattttttttgtctttcat
ggcttttattacaatgaagtgaaattctgtctgaaatttttctacaaaca
attttacttacttgattatattcataagctgacttgaagaactgtcatag
gctataaatagaaataatagatgcagtatcaaatatttgtacaacatgag
agtaggcaagaggaaaatgtagctgtccaagctaaattggcataggactg
acaaactgtaaagctctcatatattttttgtttaggctgtttctgacctt
tatggtttttttgtttgtttgtttgtttttttgtattttttttaaattag
gtattttcctcgtttacattttcaatgctattccaaaggtcccccatacc
caccccccaatcccctacccacccactccccctttttggccctggtgttc
ccctgtactggggcatataaagtttgcaagtccaatgggcctctctttgc
actgatggccaactaggccatcttttgatacataaggcagttacaattta
aattgccaataaatcaatgttattgtgaaaccagacatgggtgatttggt
atcacttaagacaatttgatttcactaaaaatcccaacgcggagatgacg
tgagacat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_84783438_84784389
seq2: B6Ng01-177F06.b_49_1008

seq1  GAATTCCATAGAACCAATGATTCATGTTTCATTTTGCATATGGACAATAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATAGAACCAATGATTCATGTTTCATTTTGCATATGGACAATAT  50

seq1  GTAAGGTTATTTGCTAATGAGTGAAAAGCCAAACTTAACTTTATATTCTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGGTTATTTGCTAATGAGTGAAAAGCCAAACTTAACTTTATATTCTC  100

seq1  AAATATTTTGACACAGAAACTGTGTGCTTGCTATTAGTGCCCTTTTGCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATTTTGACACAGAAACTGTGTGCTTGCTATTAGTGCCCTTTTGCAT  150

seq1  TTTTATGTTATGTTCTAAAATTTTATGATGGTTTATAAATATCAATTAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATGTTATGTTCTAAAATTTTATGATGGTTTATAAATATCAATTAGG  200

seq1  CTAGATGTTAAGCTCAGATTCTCTTGTGGCCAAAAGCAAGATCAGCATAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGATGTTAAGCTCAGATTCTCTTGTGGCCAAAAGCAAGATCAGCATAG  250

seq1  GAGCATTCATGATGCTAGACATGGCTAATTTTTGGTTTGTTTGTGTGTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCATTCATGATGCTAGACATGGCTAATTTTTGGTTTGTTTGTGTGTGT  300

seq1  ATGTGTTGAATCACTTAGATGCTTGTTTCAAAGTAAGTTATACAATATTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTTGAATCACTTAGATGCTTGTTTCAAAGTAAGTTATACAATATTA  350

seq1  GAATTTAGTTACTATCTTTCCTTAAAAAATAATCACATAAATAATTTCTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTAGTTACTATCTTTCCTTAAAAAATAATCACATAAATAATTTCTA  400

seq1  AAGCTATCTTCGTGAGTATGATCCCTAAAAATGTAAAGACTCAACAATAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTATCTTCGTGAGTATGATCCCTAAAAATGTAAAGACTCAACAATAA  450

seq1  ATTGTACTAGACAAAATTGTGCAGGTATCCTGGGAAGTTTGGTAACACTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTACTAGACAAAATTGTGCAGGTATCCTGGGAAGTTTGGTAACACTA  500

seq1  TACGAGTGTAAGTAACTGTCTTGGTAGAGAAACCTATATGAATGAGACAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACGAGTGTAAGTAACTGTCTTGGTAGAGAAACCTATATGAATGAGACAC  550

seq1  GTTTGAGCAAAGATACTGAGCATACCAAGCTAACTCTCTTTTAAGATTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGAGCAAAGATACTGAGCATACCAAGCTAACTCTCTTTTAAGATTTT  600

seq1  TACATCCTGTTGTAGAGATGGCTCAGTAGTTCAGTTCCCGGCACCCAGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATCCTGTTGTAGAGATGGCTCAGTAGTTCAGTTCCCGGCACCCAGAT  650

seq1  CAGGCAGCATACAAGTTCCTTTAACTCCACCTTCAGGGAAACT-GGGGCC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CAGGCAGCATACAAGTTCCTTTAACTCCACCTTCAGGGAAACTGGGGGCC  700

seq1  CTCTTCTGGCCTCCATGACCACCTGCACATATAGGATACAGTCACAGAAA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTCTGGCCTCCATGACCACCTGCACATATAGGATACAGTCACAGAAA  750

seq1  TATTCATATAAGTAAAAAAAAAAATCTTTAAAATTTATATCCTGAAGTCT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TATTCATATAAGTAAAAAAAAAAATCTTTAAAATTTATATCTTGAAGTCT  800

seq1  TGTATGTTATTAGAAGCTTCACTTAG-ATC-TTCTCCATGTATATGTACA  847
      |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||
seq2  TGTATGTTATTAGAAGCTTCACTTAGAATCTTTCTCCATGTATATGTACA  850

seq1  TTATGGAGAACCAGTGACTGAGAT-TCTGAGCTCAAACATGATTAGATA-  895
      |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| 
seq2  TTATGGAG-ACCAGTGACTGAGATCTCTGAGCTCAAACATGATTAGATAC  899

seq1  CACTTGTAGATATTCT-GCTATTATACT-AATGAAAAGGGAAACA-GAAT  942
      |||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||
seq2  CACTTGTAGATATTCTGGCTATTATACTAAATGAAAAGGGAAACATGAAT  949

seq1  GC-TTACTGGA  952
      || ||||||||
seq2  GCTTTACTGGA  960


seq1: chrX_84885345_84886158
seq2: B6Ng01-177F06.g_66_873 (reverse)

seq1  ATGTCTCATGTCATCTCTGTGTTTGGATTTTTTATTGAAATCAAATTTGT  50
      |||||||| |||||||| | ||| ||| |||||| ||||||||||||   
seq2  ATGTCTCACGTCATCTCCGCGTTGGGA-TTTTTAGTGAAATCAAATT--G  47

seq1  TCTTAAGTGATTACCAAATCACCCATATTCTGGTTTCACAATTACATTGA  100
      |||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||
seq2  TCTTAAGTGA-TACCAAATCACCCAT-GTCTGGTTTCACAATAACATTGA  95

seq1  TTTTATTGGCAATTTAAATTGTAACTGCCTTATGTATCAAAAGATGGCCT  150
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -TTTATTGGCAATTTAAATTGTAACTGCCTTATGTATCAAAAGATGGCCT  144

seq1  AGTTGGCCATCAGTGCAAAGAGAGGCCCATTGGACTTGCAAACTTTATAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGGCCATCAGTGCAAAGAGAGGCCCATTGGACTTGCAAACTTTATAT  194

seq1  GCCCCAGTACAGGGGAACACCAGGGCCAAAAAGGGGGAGTGGGTGGGTAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCAGTACAGGGGAACACCAGGGCCAAAAAGGGGGAGTGGGTGGGTAG  244

seq1  GGGATTGGGGGGTGGGTATGGGGGACCTTTGGAATAGCATTGAAAATGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATTGGGGGGTGGGTATGGGGGACCTTTGGAATAGCATTGAAAATGTA  294

seq1  AACGAGGAAAATACCTAATTTAAAAAAAATACAAAAAAACAAACAAACAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGAGGAAAATACCTAATTTAAAAAAAATACAAAAAAACAAACAAACAA  344

seq1  ACAAAAAAACCATAAAGGTCAGAAACAGCCTAAACAAAAAATATATGAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAAAAACCATAAAGGTCAGAAACAGCCTAAACAAAAAATATATGAGA  394

seq1  GCTTTACAGTTTGTCAGTCCTATGCCAATTTAGCTTGGACAGCTACATTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTACAGTTTGTCAGTCCTATGCCAATTTAGCTTGGACAGCTACATTT  444

seq1  TCCTCTTGCCTACTCTCATGTTGTACAAATATTTGATACTGCATCTATTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTTGCCTACTCTCATGTTGTACAAATATTTGATACTGCATCTATTA  494

seq1  TTTCTATTTATAGCCTATGACAGTTCTTCAAGTCAGCTTATGAATATAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTATTTATAGCCTATGACAGTTCTTCAAGTCAGCTTATGAATATAAT  544

seq1  CAAGTAAGTAAAATTGTTTGTAGAAAAATTTCAGACAGAATTTCACTTCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTAAGTAAAATTGTTTGTAGAAAAATTTCAGACAGAATTTCACTTCA  594

seq1  TTGTAATAAAAGCCATGAAAGACAAAAAAAATTGTAACTGCTTATGAGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAATAAAAGCCATGAAAGACAAAAAAAATTGTAACTGCTTATGAGTT  644

seq1  TAGTCAGTTCTAATTCTAAACTATACCCTTTTAATTTAAATAAGTTTTAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCAGTTCTAATTCTAAACTATACCCTTTTAATTTAAATAAGTTTTAC  694

seq1  AACATTTATAATAACATATTTTATTATGTAAGTTAAATTTAATTTAATTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATTTATAATAACATATTTTATTATGTAAGTTAAATTTAATTTAATTT  744

seq1  ACATATCAATCCTATATAACATGCCTATGATTTGGGTTTAAATGGCAGCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATCAATCCTATATAACATGCCTATGATTTGGGTTTAAATGGCAGCA  794

seq1  AGGTGATTGAATTC  814
      ||||||||||||||
seq2  AGGTGATTGAATTC  808


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |