BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-185A10
ChromosomeX (Build37)
Map Location 129,271,315 - 129,378,228
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC245600, EG631264
Downstream geneLOC665846, LOC665850, LOC665854, LOC100040794, Pcdh19, LOC100040831
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-185A10.bB6Ng01-185A10.g
ACCGA010249GA010250
length1,1841,099
definitionB6Ng01-185A10.b B6Ng01-185A10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(129,271,315 - 129,272,506)(129,377,131 - 129,378,228)
sequence
gaattcattaatttttcttgatcaattatttttctaactatgcacatatt
tcaactatgcaatatcagcaaaagaaacttttatttgaaaaataagtatc
tcatatggataaccatgcaaaactagacagcacacataaaaagtaatgat
aaattattcaattttactgtttggaaggaaaaatttgtgttcaaatagaa
caaattaagcaacttaaattaaaaagagaaaaaccaaacaacaacagaga
ttgtgaaagggcaagatattttagaacaagacaaagaaaacaaaagccaa
ttgaattctttcaaataattcattttcagcttggataacatccctgtaaa
gatttttcccatacaaattaatcatataaaagtcccaggctgtgataatt
ctaactcaaagctaggttgtcttgctaaatagaatatgacagggatatga
aactctgctatactacaagaaataattagttgagaactaacttgataatt
ttattactgagaaaaatgaactaatatcaacttttactttaattatgtat
aaggaagaagtataattacctgcacagatagtaatcaggaaaaacgaaaa
tataatactttgttatcttgtagataacaagctagtctatttaaactgtt
cactccttgtatactaaagataacaaattagttactgtaatgcctttagt
gggaagcttgaaccagtcccactaaaatcagggactagacaaggctgtcc
actctctccctacctattcaacattgtacttgaagtcctagccagagcaa
ttagacaacaaaaggagatcaaggggatacaaattggaaaggaagaagtc
aaaatatcactttttgcagatgatatgataatatatatatgtgaccctaa
aaattcccaccagagaactcctaagcctgaataaacagcttcagtggagt
agctggatataaaatttaattcaaacaagtcaatgggcctttcttctaca
aaaaggacaaaacagctgagaaaagaaattagggaaacaacaccttctca
ttagccacaaattatataaatacctagcgtgactctaactaagagtgaat
atctgtatgacagaccttccaggtctcttgaagaagaatcaagaagatct
cgagattggagatcccatgctcatggatcagcag

gaattctgtcttaaaatgttagctttcctttattttcactattaacattt
tcatttgtttactcattaccacttctagaaataattaaaaccagtagtta
cgtgtttaagtagatggtgttcaacatgttgcaccaagtatcaggttaac
tataactaaagtgatattcctctgatttgactaatttctggctgtattat
ttagtttttacacgtggactaatatcatacagccatgtaatatacttcaa
acttgaatggtcatgtttatgttgtattcctcatcattgccttgttcaaa
ttcctatgagaaaacctagaataataattaccatttactttccaatgggt
aaccttcattcttccgatttcttgcctagatttttaataccaccccctca
tacctattatcagtccactaattgatacccattgttccttgtatcatagc
cagagtttcaaagtatatctacctgacattttatgaaatacattggatga
tatattaagctcagaatattccttgactgaactgaattgagtcttttaaa
tctagatatacaatttaagcataaacagaatcatttgccatgataatcat
ttttaattttaaatttttattcatttttaattatctttaatcttatttta
cagttcagttgttttccctctccctgtccacactctatcagttcctcatc
ccattcctcctccccagtctccatgaggatgtccccaccttatcccattt
tttaaatatttatttatttagaagttatgaaccactggagtcattttcac
tagttgatacatgcttttcttttcttctttttttgtaatttctaaattga
ttgtgaagacatttttttttcctttaaatatttttagattatgtaatttg
tagttagcagcctttcattttagagatcaaacttcaaggctttatcagag
agggagaattgtcttagggatttcattgctgtgagagagacacaatgaac
aaggctactctataaagggccaagatttattcggggattgatttccgaat
tcgagttccgtccattacatcaggtagaaagcatggcatgtcaggcagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_129271315_129272506
seq2: B6Ng01-185A10.b_45_1228

seq1  GAATTCATTAATTTTTCTTGATCAATTATTTTTCTAACTATGCACATATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTAATTTTTCTTGATCAATTATTTTTCTAACTATGCACATATT  50

seq1  TCAACTATGCAATATCAGCAAAAGAAACTTTTATTTGAAAAATAAGTATC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACTATGCAATATCAGCAAAAGAAACTTTTATTTGAAAAATAAGTATC  100

seq1  TCATATGGATAACCATGCAAAACTAGACAGCACACATAAAAAGTAATGAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATATGGATAACCATGCAAAACTAGACAGCACACATAAAAAGTAATGAT  150

seq1  AAATTATTCAATTTTACTGTTTGGAAGGAAAAATTTGTGTTCAAATAGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTATTCAATTTTACTGTTTGGAAGGAAAAATTTGTGTTCAAATAGAA  200

seq1  CAAATTAAGCAACTTAAATTAAAAAGAGAAAAACCAAACAACAACAGAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATTAAGCAACTTAAATTAAAAAGAGAAAAACCAAACAACAACAGAGA  250

seq1  TTGTGAAAGGGCAAGATATTTTAGAACAAGACAAAGAAAACAAAAGCCAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGAAAGGGCAAGATATTTTAGAACAAGACAAAGAAAACAAAAGCCAA  300

seq1  TTGAATTCTTTCAAATAATTCATTTTCAGCTTGGATAACATCCCTGTAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAATTCTTTCAAATAATTCATTTTCAGCTTGGATAACATCCCTGTAAA  350

seq1  GATTTTTCCCATACAAATTAATCATATAAAAGTCCCAGGCTGTGATAATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTTTCCCATACAAATTAATCATATAAAAGTCCCAGGCTGTGATAATT  400

seq1  CTAACTCAAAGCTAGGTTGTCTTGCTAAATAGAATATGACAGGGATATGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACTCAAAGCTAGGTTGTCTTGCTAAATAGAATATGACAGGGATATGA  450

seq1  AACTCTGCTATACTACAAGAAATAATTAGTTGAGAACTAACTTGATAATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTGCTATACTACAAGAAATAATTAGTTGAGAACTAACTTGATAATT  500

seq1  TTATTACTGAGAAAAATGAACTAATATCAACTTTTACTTTAATTATGTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTACTGAGAAAAATGAACTAATATCAACTTTTACTTTAATTATGTAT  550

seq1  AAGGAAGAAGTATAATTACCTGCACAGATAGTAATCAGGAAAAACGAAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAGAAGTATAATTACCTGCACAGATAGTAATCAGGAAAAACGAAAA  600

seq1  TATAATACTTTGTTATCTTGTAGATAACAAGCTAGTCTATTTAAACTGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATACTTTGTTATCTTGTAGATAACAAGCTAGTCTATTTAAACTGTT  650

seq1  CACTCCTTGTATACTAAAGATAACAAATTAGTTACTGTAATGCCTTTAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCCTTGTATACTAAAGATAACAAATTAGTTACTGTAATGCCTTTAGT  700

seq1  GGGAAGCTTGAACCAGTCCCACTAAAATCAGGGACTAGACAAGGCTGTCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAGCTTGAACCAGTCCCACTAAAATCAGGGACTAGACAAGGCTGTCC  750

seq1  ACTCTCTCCCTACCTATTCAACATTGTACTTGAAGTCCTAGCCAGAGCAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTCTCCCTACCTATTCAACATTGTACTTGAAGTCCTAGCCAGAGCAA  800

seq1  TTAGACAACAAAAGGAGATCAAGGGGATACAAATTGGAAAGGAAGAAGTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGACAACAAAAGGAGATCAAGGGGATACAAATTGGAAAGGAAGAAGTC  850

seq1  AAAATATCACTTTTTGCAGATGATATGATAATATATATATGTGACCCTAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATATCACTTTTTGCAGATGATATGATAATATATATATGTGACCCTAA  900

seq1  AAATTCCCACCAGAGAACTCCTAAGCCTG-ATAAACAGCTTCAGTGGAGT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  AAATTCCCACCAGAGAACTCCTAAGCCTGAATAAACAGCTTCAGTGGAGT  950

seq1  AGCTGGATATAAAA-TTAATTCAAACAAGTCAAT-GGCCTTTC-TCTACA  996
      |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||
seq2  AGCTGGATATAAAATTTAATTCAAACAAGTCAATGGGCCTTTCTTCTACA  1000

seq1  AAAAGGACAAACAGGCTGAG-AAAGAAATTAGGGAAACAACACCCTTCTC  1045
      |||||||||||   |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  AAAAGGACAAAACAGCTGAGAAAAGAAATTAGGGAAACAACA-CCTTCTC  1049

seq1  AATAGCCACAAATAATATAAAATACCTAGGCGTGACTCTAACTAAGGAAG  1095
      | ||||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||  ||
seq2  ATTAGCCACAAATTATAT-AAATACCTA-GCGTGACTCTAACTAAG--AG  1095

seq1  TGAAATATCTGTATGACAAGAACTT-CAAGTCTC-TGAAGAAAGAAATTA  1143
      || |||||||||||||| ||| ||| || ||||| ||||| |||||  | 
seq2  TG-AATATCTGTATGAC-AGACCTTCCAGGTCTCTTGAAG-AAGAA--TC  1140

seq1  AAGAAGATCTCAGAAGATGGAAAGATCTCCCATGCTCATGGATCAGCAG  1192
      |||||||||||   |||| |   ||  ||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGATCTC--GAGATTG---GAGATCCCATGCTCATGGATCAGCAG  1184


seq1: chrX_129377131_129378228
seq2: B6Ng01-185A10.g_64_1162 (reverse)

seq1  CCTGCCTGGACACTGCCATGC-TTCTACCTTGATGTTAATGGACGGAACC  49
      ||||||| |||| |||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||| 
seq2  CCTGCCT-GACA-TGCCATGCTTTCTACC-TGATG-TAATGGACGGAAC-  45

seq1  TTCGAATCTGTAAATCATTCCCCAAATAAATCTT-GCCCTTTATAAGAGT  98
       ||||||  | |||||| ||||| |||||||||| ||||||||| |||||
seq2  -TCGAATTCGGAAATCAATCCCCGAATAAATCTTGGCCCTTTAT-AGAGT  93

seq1  TGCCTTGTTCATGGTGTCTCT-TCACAGCAATGGAAATCCTAAGACAATT  147
       ||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||  ||||||||||||
seq2  AGCCTTGTTCATTGTGTCTCTCTCACAGCAATGAAATCCCTAAGACAATT  143

seq1  CT-CCTCTCTGATAAAGCC-TGAAGTTTGATCTCTTAAATG-AAGGCTGC  194
      || |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||
seq2  CTCCCTCTCTGATAAAGCCTTGAAGTTTGATCTCTAAAATGAAAGGCTGC  193

seq1  TAACTACAAATTACATAATCT-AAAATATTTAAAGG-AAAAAAAATGTCT  242
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TAACTACAAATTACATAATCTAAAAATATTTAAAGGAAAAAAAAATGTCT  243

seq1  TCACAATCAATTTAGAAATTACAAAAAAAGAAGAAAAGAAAAGCATGTAT  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAATCAATTTAGAAATTACAAAAAAAGAAGAAAAGAAAAGCATGTAT  293

seq1  CAACTAGTGAAAATGACTCCAGTGGTTCATAACTTCTAAATAAATAAATA  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTAGTGAAAATGACTCCAGTGGTTCATAACTTCTAAATAAATAAATA  343

seq1  TTTAAAAAATGGGATAAGGTGGGGACATCCTCATGGAGACTGGGGAGGAG  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAAAATGGGATAAGGTGGGGACATCCTCATGGAGACTGGGGAGGAG  393

seq1  GAATGGGATGAGGAACTGATAGAGTGTGGACAGGGAGAGGGAAAACAACT  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGGGATGAGGAACTGATAGAGTGTGGACAGGGAGAGGGAAAACAACT  443

seq1  GAACTGTAAAATAAGATTAAAGATAATTAAAAATGAATAAAAATTTAAAA  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTGTAAAATAAGATTAAAGATAATTAAAAATGAATAAAAATTTAAAA  493

seq1  TTAAAAATGATTATCATGGCAAATGATTCTGTTTATGCTTAAATTGTATA  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAATGATTATCATGGCAAATGATTCTGTTTATGCTTAAATTGTATA  543

seq1  TCTAGATTTAAAAGACTCAATTCAGTTCAGTCAAGGAATATTCTGAGCTT  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGATTTAAAAGACTCAATTCAGTTCAGTCAAGGAATATTCTGAGCTT  593

seq1  AATATATCATCCAATGTATTTCATAAAATGTCAGGTAGATATACTTTGAA  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATATCATCCAATGTATTTCATAAAATGTCAGGTAGATATACTTTGAA  643

seq1  ACTCTGGCTATGATACAAGGAACAATGGGTATCAATTAGTGGACTGATAA  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGGCTATGATACAAGGAACAATGGGTATCAATTAGTGGACTGATAA  693

seq1  TAGGTATGAGGGGGTGGTATTAAAAATCTAGGCAAGAAATCGGAAGAATG  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTATGAGGGGGTGGTATTAAAAATCTAGGCAAGAAATCGGAAGAATG  743

seq1  AAGGTTACCCATTGGAAAGTAAATGGTAATTATTATTCTAGGTTTTCTCA  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTTACCCATTGGAAAGTAAATGGTAATTATTATTCTAGGTTTTCTCA  793

seq1  TAGGAATTTGAACAAGGCAATGATGAGGAATACAACATAAACATGACCAT  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAATTTGAACAAGGCAATGATGAGGAATACAACATAAACATGACCAT  843

seq1  TCAAGTTTGAAGTATATTACATGGCTGTATGATATTAGTCCACGTGTAAA  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGTTTGAAGTATATTACATGGCTGTATGATATTAGTCCACGTGTAAA  893

seq1  AACTAAATAATACAGCCAGAAATTAGTCAAATCAGAGGAATATCACTTTA  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAAATAATACAGCCAGAAATTAGTCAAATCAGAGGAATATCACTTTA  943

seq1  GTTATAGTTAACCTGATACTTGGTGCAACATGTTGAACACCATCTACTTA  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATAGTTAACCTGATACTTGGTGCAACATGTTGAACACCATCTACTTA  993

seq1  AACACGTAACTACTGGTTTTAATTATTTCTAGAAGTGGTAATGAGTAAAC  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACGTAACTACTGGTTTTAATTATTTCTAGAAGTGGTAATGAGTAAAC  1043

seq1  AAATGAAAATGTTAATAGTGAAAATAAAGGAAAGCTAACATTTTAAGACA  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGAAAATGTTAATAGTGAAAATAAAGGAAAGCTAACATTTTAAGACA  1093

seq1  GAATTC  1098
      ||||||
seq2  GAATTC  1099


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |