BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-190B06
ChromosomeX (Build37)
Map Location 158,088,196 - 158,213,398
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRai2
Upstream genePpef1, Rs1, Gja6, Scml2, LOC414364, Prkaca-ps1
Downstream geneGm47, Nhs, Reps2, LOC654358, LOC100041557, LOC667630, Rbbp7
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-190B06.bB6Ng01-190B06.g
ACCGA013925GA013926
length1,1331,152
definitionB6Ng01-190B06.b B6Ng01-190B06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(158,088,196 - 158,089,258)(158,212,247 - 158,213,398)
sequence
gaattcttcattaactgcatgcatatattggttcaccttaggttgtgttg
ctgagctctgcttgtggtaacatcatagagagactcttaacaaaaaaatt
ctcatgaggttccttcggcttcttgctgcttctgcagaggtcttgggacc
acaaggattctggattgaactgcccttgctggtttgtgtgtggtgacttc
ccagtggaatggtcttctgagaggactggactgcagctgctgattggtat
ttggtgtttactactagactgaactgctggtatcccgacagagaagattg
gatttgccccaaagaattatttctaaacaggtctactttccccatgtccc
taataactttcctcttccactacctccagtggatggtgagctaaaggagt
ggttgaatccttattaaagtaagttggaaagttatattgaccacacagtt
gtttcaatctcacaaatgcataaaattggggctaagaatcgtgcccatct
tttaatattttgtggagattctgtaaatggatacatgtaaagcattgtga
acaatgccaccacattctcattgcccaggaaccatattgctagtaaagat
aatgcttattttcacatttttatgtattttatttatctatctatttatgc
acatgtgtgtgtgtgtgtgttacattcacatttgtgcatccaaaatgcag
aggtaacatcttcttctattgatctttgcctcattgctttgagacagggt
attgcattgaatcagacattcaccatttcagctaagatggcagtctagca
atctctccagatactgtacacagaaagcagccataatctttgccaaaata
tcaaaagaatgatccctaggccacttactaataatcttcccctctgaatc
tacttgagctgggccctctaaggttgaaaatgtatcatcccctgcactgt
cttctatgttcctactaggatggctcattaagctctgcttaaaatgtcca
accattttttagttcaaagtccaaaggaatgtggaaatattcatctaata
aacagcatggtcagctgtcacaagcaaatattcctagctctggtatcact
tcttgttcttagtttctgtttcactgctgtgaa

gaattcacccatggtcacccatctaagaccaaacctgatgactaagaggc
aacttagcagttatcaagacatatcttggcgccatctttgaatggtatgt
acttcctcatgatgactatgtctgtttacaccttcagaagtgtaaacaca
ccttcatgtgttcttccctctttcacatttccctttacaccctcctgaaa
gaaaacagacaactttctagatacccctttacctgttacttgcacatatc
ttcagctcaattgttagccctcactgtttccaggaaatctcccttgctac
ctggccttgatctaggcctcttccagaaccctcctgatcaaggcatgaag
aagggattttgccagagtagggtactttcccaacaggcctgctatcttct
ccagcatcttcctgattgggactcaacgaggggaccatttgggggtttgg
tgcctccccacaggtctctattcctcccacagaaaacaagatatggaaca
attgcacatttgctttgttccactcaatatatgactgactgttcagtcct
tggaatgaccttttcagaggactacaattatgcccatattgtcaacaggg
aaattaattccacagtgaagtcagataagtagcttaagggtgcattggga
ctagaattagaattccaggctagtctaaggtatcctccctgtattttgat
ttggggaaagaataatcgctagagtttctgcatcagcatggagtacacag
taaacttgaggatgacagcagaaagtcaaagtagaggccagatatttccc
aacaaattcatgaatctgtcatcagactagtccctccattggggttgtga
tcagctccttctcactggagtttctgtccttggggaatgagcctgcagta
gctatggtgttgttactagaggactgatagcaggcatctcttagcctaag
acccggcagccacatgttcctcaagtcacagacataacagagagacttgc
agtccatttctggggcctgatattggttttttctgaaacagaatattgac
agctaaatagcatgcagctttgcccacattgtaggtggaggaaagaaatc
tgccagtatttcaggggccaaagaaagaagctgcttgccaaggtcttcct
tc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_158088196_158089258
seq2: B6Ng01-190B06.b_116_1179

seq1  ACATCATAGAGAGACTCTTAACAAAAAAATTCTCATGAGGTTCCTTCGGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCATAGAGAGACTCTTAACAAAAAAATTCTCATGAGGTTCCTTCGGC  50

seq1  TTCTTGCTGCTTCTGCAGAGGTCTTGGGACCACAAGGATTCTGGATTGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGCTGCTTCTGCAGAGGTCTTGGGACCACAAGGATTCTGGATTGAA  100

seq1  CTGCCCTTGCTGGTTTGTGTGTGGTGACTTCCCAGTGGAATGGTCTTCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCCTTGCTGGTTTGTGTGTGGTGACTTCCCAGTGGAATGGTCTTCTG  150

seq1  AGAGGACTGGACTGCAGCTGCTGATTGGTATTTGGTGTTTACTACTAGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGACTGGACTGCAGCTGCTGATTGGTATTTGGTGTTTACTACTAGAC  200

seq1  TGAACTGCTGGTATCCCGACAGAGAAGATTGGATTTGCCCCAAAGAATTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACTGCTGGTATCCCGACAGAGAAGATTGGATTTGCCCCAAAGAATTA  250

seq1  TTTCTAAACAGGTCTACTTTCCCCATGTCCCTAATAACTTTCCTCTTCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTAAACAGGTCTACTTTCCCCATGTCCCTAATAACTTTCCTCTTCCA  300

seq1  CTACCTCCAGTGGATGGTGAGCTAAAGGAGTGGTTGAATCCTTATTAAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCTCCAGTGGATGGTGAGCTAAAGGAGTGGTTGAATCCTTATTAAAG  350

seq1  TAAGTTGGAAAGTTATATTGACCACACAGTTGTTTCAATCTCACAAATGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTTGGAAAGTTATATTGACCACACAGTTGTTTCAATCTCACAAATGC  400

seq1  ATAAAATTGGGGCTAAGAATCGTGCCCATCTTTTAATATTTTGTGGAGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAATTGGGGCTAAGAATCGTGCCCATCTTTTAATATTTTGTGGAGAT  450

seq1  TCTGTAAATGGATACATGTAAAGCATTGTGAACAATGCCACCACATTCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTAAATGGATACATGTAAAGCATTGTGAACAATGCCACCACATTCTC  500

seq1  ATTGCCCAGGAACCATATTGCTAGTAAAGATAATGCTTATTTTCACATTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCCCAGGAACCATATTGCTAGTAAAGATAATGCTTATTTTCACATTT  550

seq1  TTATGTATTTTATTTATCTATCTATTTATGCACATGTGTGTGTGTGTGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTATTTTATTTATCTATCTATTTATGCACATGTGTGTGTGTGTGTG  600

seq1  TTACATTCACATTTGTGCATCCAAAATGCAGAGGTAACATCTTCTTCTAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACATTCACATTTGTGCATCCAAAATGCAGAGGTAACATCTTCTTCTAT  650

seq1  TGATCTTTGCCTCATTGCTTTGAGACAGGGTATTGCATTGAATCAGACAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCTTTGCCTCATTGCTTTGAGACAGGGTATTGCATTGAATCAGACAT  700

seq1  TCACCATTTCAGCTAAGATGGCAGTCTAGCAATCTCTCCAGATACTGTAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCATTTCAGCTAAGATGGCAGTCTAGCAATCTCTCCAGATACTGTAC  750

seq1  ACAGAAAGCAGCCATAATCTTTGCCAAAATATCAAAAGAATGATCCCTAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAAAGCAGCCATAATCTTTGCCAAAATATCAAAAGAATGATCCCTAG  800

seq1  GCCACTTACTAATAATCTTCCCCTCTGAATCTACTTGAGCTGGG-CCTCT  849
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GCCACTTACTAATAATCTTCCCCTCTGAATCTACTTGAGCTGGGCCCTCT  850

seq1  AAGGTTGAAAATGTATCATCCCCTGCACTGTCTTCTATGTTCCTACTAGG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTTGAAAATGTATCATCCCCTGCACTGTCTTCTATGTTCCTACTAGG  900

seq1  ATGGCTCATTAAGCTCTGCTTAAAATGTCCAACCATTTTTTAGTTCAAAG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTCATTAAGCTCTGCTTAAAATGTCCAACCATTTTTTAGTTCAAAG  950

seq1  TCCCAAAGGAATGTGGAAATATTCATCTAATAAACAGCATGGTCAGGCTT  999
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   |
seq2  T-CCAAAGGAATGTGGAAATATTCATCTAATAAACAGCATGGTCAG--CT  997

seq1  GTCAC-AGC-AATA-TCCTAGCTCCTGGTATCAACTTCT--GTCTTAGTT  1044
      ||||| ||| |||| |||||||| |||||||| ||||||   ||||||||
seq2  GTCACAAGCAAATATTCCTAGCT-CTGGTATC-ACTTCTTGTTCTTAGTT  1045

seq1  TCTGTTTCACTGCTGTGAA  1063
      |||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTTCACTGCTGTGAA  1064


seq1: chrX_158212247_158213398
seq2: B6Ng01-190B06.g_64_1215 (reverse)

seq1  GAAGGAAGACTTTGGCCAGCAGCCTTCTTTCTTTTTGCTCCTGAAATACT  50
      |||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||| || |||||||||||
seq2  GAAGGAAGACCTTGGCAAGCAG-CTTCTTTC-TTTGGCCCCTGAAATACT  48

seq1  -GCAGATTTCTTTCCTCCACCTACAATGT-GGCAAAGCCTGCATGCTATT  98
       |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||
seq2  GGCAGATTTCTTTCCTCCACCTACAATGTGGGCAAAG-CTGCATGCTATT  97

seq1  TAGCTTGTC-ATA-TCTGTTTCCAGAAAAA--CAATATCAGGCCCCAGAA  144
      |||| |||| ||| ||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||
seq2  TAGC-TGTCAATATTCTGTTT-CAGAAAAAACCAATATCAGGCCCCAGAA  145

seq1  ATGGACTTGCAAGTCTCTCTGTTATGTCTGTGACTTGA-GAACATGTGGC  193
      |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  ATGGAC-TGCAAGTCTCTCTGTTATGTCTGTGACTTGAGGAACATGTGGC  194

seq1  TGCCGGGTCTTAGGCTAAGAGATGCCCTGCTATCAGTCCTCTAGTAACAA  243
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCGGGTCTTAGGCTAAGAGATG-CCTGCTATCAGTCCTCTAGTAACAA  243

seq1  CACCATAGCTACTGCAGGCTCATTCCCCAAGGACAGAAACTCCAGTGAGA  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCATAGCTACTGCAGGCTCATTCCCCAAGGACAGAAACTCCAGTGAGA  293

seq1  AGGAGCTGATCACAACCCCAATGGAGGGACTAGTCTGATGACAGATTCAT  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGCTGATCACAACCCCAATGGAGGGACTAGTCTGATGACAGATTCAT  343

seq1  GAATTTGTTGGGAAATATCTGGCCTCTACTTTGACTTTCTGCTGTCATCC  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTGTTGGGAAATATCTGGCCTCTACTTTGACTTTCTGCTGTCATCC  393

seq1  TCAAGTTTACTGTGTACTCCATGCTGATGCAGAAACTCTAGCGATTATTC  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGTTTACTGTGTACTCCATGCTGATGCAGAAACTCTAGCGATTATTC  443

seq1  TTTCCCCAAATCAAAATACAGGGAGGATACCTTAGACTAGCCTGGAATTC  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCCAAATCAAAATACAGGGAGGATACCTTAGACTAGCCTGGAATTC  493

seq1  TAATTCTAGTCCCAATGCACCCTTAAGCTACTTATCTGACTTCACTGTGG  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTCTAGTCCCAATGCACCCTTAAGCTACTTATCTGACTTCACTGTGG  543

seq1  AATTAATTTCCCTGTTGACAATATGGGCATAATTGTAGTCCTCTGAAAAG  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAATTTCCCTGTTGACAATATGGGCATAATTGTAGTCCTCTGAAAAG  593

seq1  GTCATTCCAAGGACTGAACAGTCAGTCATATATTGAGTGGAACAAAGCAA  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATTCCAAGGACTGAACAGTCAGTCATATATTGAGTGGAACAAAGCAA  643

seq1  ATGTGCAATTGTTCCATATCTTGTTTTCTGTGGGAGGAATAGAGACCTGT  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGCAATTGTTCCATATCTTGTTTTCTGTGGGAGGAATAGAGACCTGT  693

seq1  GGGGAGGCACCAAACCCCCAAATGGTCCCCTCGTTGAGTCCCAATCAGGA  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAGGCACCAAACCCCCAAATGGTCCCCTCGTTGAGTCCCAATCAGGA  743

seq1  AGATGCTGGAGAAGATAGCAGGCCTGTTGGGAAAGTACCCTACTCTGGCA  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGCTGGAGAAGATAGCAGGCCTGTTGGGAAAGTACCCTACTCTGGCA  793

seq1  AAATCCCTTCTTCATGCCTTGATCAGGAGGGTTCTGGAAGAGGCCTAGAT  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCCCTTCTTCATGCCTTGATCAGGAGGGTTCTGGAAGAGGCCTAGAT  843

seq1  CAAGGCCAGGTAGCAAGGGAGATTTCCTGGAAACAGTGAGGGCTAACAAT  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGCCAGGTAGCAAGGGAGATTTCCTGGAAACAGTGAGGGCTAACAAT  893

seq1  TGAGCTGAAGATATGTGCAAGTAACAGGTAAAGGGGTATCTAGAAAGTTG  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCTGAAGATATGTGCAAGTAACAGGTAAAGGGGTATCTAGAAAGTTG  943

seq1  TCTGTTTTCTTTCAGGAGGGTGTAAAGGGAAATGTGAAAGAGGGAAGAAC  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTTTCTTTCAGGAGGGTGTAAAGGGAAATGTGAAAGAGGGAAGAAC  993

seq1  ACATGAAGGTGTGTTTACACTTCTGAAGGTGTAAACAGACATAGTCATCA  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGAAGGTGTGTTTACACTTCTGAAGGTGTAAACAGACATAGTCATCA  1043

seq1  TGAGGAAGTACATACCATTCAAAGATGGCGCCAAGATATGTCTTGATAAC  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGAAGTACATACCATTCAAAGATGGCGCCAAGATATGTCTTGATAAC  1093

seq1  TGCTAAGTTGCCTCTTAGTCATCAGGTTTGGTCTTAGATGGGTGACCATG  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAAGTTGCCTCTTAGTCATCAGGTTTGGTCTTAGATGGGTGACCATG  1143

seq1  GGTGAATTC  1152
      |||||||||
seq2  GGTGAATTC  1152


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |