BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-192N17
ChromosomeX (Build37)
Map Location 16,276,058 - 16,421,071
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMaob
Upstream geneLOC100043949, LOC100043950, Cypt6, LOC100038939, LOC668993, Maoa
Downstream geneNdph, LOC100043063, Efhc2, Fundc1, EG278181, EG668994
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-192N17.bB6Ng01-192N17.g
ACCGA015985GA015986
length7941,035
definitionB6Ng01-192N17.b B6Ng01-192N17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(16,276,058 - 16,276,850)(16,420,032 - 16,421,071)
sequence
gaattctttgggtatagagagctgtggaacagggtcagctctggggcaca
gacagaaaccagaaggatcctgtcccagtctgctccttggttcctttgtc
ctgatggctctggatgggttcctcttgggccaggtatttacggaagtgat
gatcttacctatgctctcaggtgtgtcagcactcctgggaggtcatcttt
ctgcttgtgagatttggttatctaggtctggtttttaatccttatttttg
attatgtgtttttctaatgtgaacatttattcggataatgaagacaaaac
tattaataacaataattttgaccacaaaaattaagtttgtggtctagtaa
tgttcctatttataaacatcttgacttacttctcttctcattttaaaagc
tctctggtgagttatttcttaccaaaatgtgtcctagaaacctttaacaa
agcagtgaaaatgattccttctcatttgctggctgggcattggagattga
ctctggcacatcctgcatgataactaagcactataaatggagttatttcc
ccagccctttatttctccagttttgaagagtgatgagatggctcagtgag
taaaggccatttgtctccaagcatgacaatttgagcttgatctcctggac
ctataatgtgaaaggtgagaatcaactcttataaattgtcctctgtgctc
cccacccatgtcatcatgtcatagtatatgtatgccctgcccctgccagg
taaatatatgatatatatatatatatatatatatatatatatat

gaattccatatcaaattaagcaaaccacaaaagtcaatcaagcaagacat
tttcatgaaataccttgggaagaaaatctaaaactaaataaacctagttt
tgatttggaaaacgttctcactttctaaaatggaagaaagatgatttgtg
aaaaaacagagaataaagtgctttctgaaaatgctcaattaaactctaat
atagataaacagttgctgtccaagatataactaaagatgtcataggcact
gagagacacccaaaacagggcaagctttgtttcttttcttgataatgttt
atgactctgagcagggtgtttcacaaagcatttcattatatctttgcagc
aaaactgttaaatcaatagaaattttttttctgcttttccttaatatggt
ctgaagtttagtttactttttaatgaaacaatttagtttgcatataaaat
tggtttaattatagcattttcatgcataaatattgtgcgctgctccttag
acaaggtttacactaaattataaacaaaattttaatactagtctgcaatt
ttacaggttacaaatatcataatatggatggatagatggctcagtggcta
agagcactgacttctgctcttaaggtcctgagttcaattcccagcaacca
catagtggctcccaaccatctgtaatagaacttgataccttctctgatat
aactgaagacagctacagtgtactcatataaataaaatgaatctttaaaa
aagaaaaatttaaaaatatcattatagtcctgcctacccttttaaaatta
aaatataggcattgtaatggatctctgtgaattcaatgccagcctgatct
acataataatttccagaccacctggaactacagagacttgggcctgttcg
ggggggggggaagctagagggcattgtataccttttaatttgtgaaataa
atgtataggaaagatgatagcctgtgtattatagagcatcaagactttgt
agatataggataaccacacgctaaatagctgagaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_16276058_16276850
seq2: B6Ng01-192N17.b_44_837

seq1  GAATTCTTTGGGTATAGAGAGCTGTGGAACAGGGTCAGCTCTGGGGCACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGGGTATAGAGAGCTGTGGAACAGGGTCAGCTCTGGGGCACA  50

seq1  GACAGAAACCAGAAGGATCCTGTCCCAGTCTGCTCCTTGGTTCCTTTGTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGAAACCAGAAGGATCCTGTCCCAGTCTGCTCCTTGGTTCCTTTGTC  100

seq1  CTGATGGCTCTGGATGGGTTCCTCTTGGGCCAGGTATTTACGGAAGTGAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATGGCTCTGGATGGGTTCCTCTTGGGCCAGGTATTTACGGAAGTGAT  150

seq1  GATCTTACCTATGCTCTCAGGTGTGTCAGCACTCCTGGGAGGTCATCTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTTACCTATGCTCTCAGGTGTGTCAGCACTCCTGGGAGGTCATCTTT  200

seq1  CTGCTTGTGAGATTTGGTTATCTAGGTCTGGTTTTTAATCCTTATTTTTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTGTGAGATTTGGTTATCTAGGTCTGGTTTTTAATCCTTATTTTTG  250

seq1  ATTATGTGTTTTTCTAATGTGAACATTTATTCGGATAATGAAGACAAAAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATGTGTTTTTCTAATGTGAACATTTATTCGGATAATGAAGACAAAAC  300

seq1  TATTAATAACAATAATTTTGACCACAAAAATTAAGTTTGTGGTCTAGTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAATAACAATAATTTTGACCACAAAAATTAAGTTTGTGGTCTAGTAA  350

seq1  TGTTCCTATTTATAAACATCTTGACTTACTTCTCTTCTCATTTTAAAAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCCTATTTATAAACATCTTGACTTACTTCTCTTCTCATTTTAAAAGC  400

seq1  TCTCTGGTGAGTTATTTCTTACCAAAATGTGTCCTAGAAACCTTTAACAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGGTGAGTTATTTCTTACCAAAATGTGTCCTAGAAACCTTTAACAA  450

seq1  AGCAGTGAAAATGATTCCTTCTCATTTGCTGGCTGGGCATTGGAGATTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGTGAAAATGATTCCTTCTCATTTGCTGGCTGGGCATTGGAGATTGA  500

seq1  CTCTGGCACATCCTGCATGATAACTAAGCACTATAAATGGAGTTATTTCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGCACATCCTGCATGATAACTAAGCACTATAAATGGAGTTATTTCC  550

seq1  CCAGCCCTTTATTTCTCCAGTTTTGAAGAGTGATGAGATGGCTCAGTGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCCCTTTATTTCTCCAGTTTTGAAGAGTGATGAGATGGCTCAGTGAG  600

seq1  TAAAGGCCATTTGTCTCCAAGCATGACAATTTGAGCTTGATCTCCTGGAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGGCCATTTGTCTCCAAGCATGACAATTTGAGCTTGATCTCCTGGAC  650

seq1  CTATAATGTGAAAGGTGAGAATCAACTCTTATAAATTGTCCTCTGTGCTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAATGTGAAAGGTGAGAATCAACTCTTATAAATTGTCCTCTGTGCTC  700

seq1  CCCACCCATGTCATCATGTCATAGTATATGTATGCCCTGCCCCTGCCAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACCCATGTCATCATGTCATAGTATATGTATGCCCTGCCCCTGCCAGG  750

seq1  TAAATATATGATATATATATATATATATATATATATAT-TATAT  793
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TAAATATATGATATATATATATATATATATATATATATATATAT  794


seq1: chrX_16420032_16421071
seq2: B6Ng01-192N17.g_69_1103 (reverse)

seq1  TTCTCAGCTATTTAGCGTGT-GTTATCCTTATAATCTACAAAGTCTTTGA  49
      |||||||||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||||| ||||
seq2  TTCTCAGCTATTTAGCGTGTGGTTATCC-TAT-ATCTACAAAGTC-TTGA  47

seq1  TTGCTCTATAATAACACAGGCTTATCATCTTTCCTTATACATTTATTTCA  99
       ||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||
seq2  -TGCTCTATAAT-ACACAGGC-TATCATCTTTCC-TATACATTTATTTCA  93

seq1  CAAATTTAAAGGTATACAATGCCCTCTAGCTTCCCCCCCCCCCGAACAGG  149
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATTAAAAGGTATACAATGCCCTCTAGCTTCCCCCCCCCCCGAACAGG  143

seq1  -CCAAGTCTCTGTAGTTCCAGGTGGTCTGGAAATTATTATGTAGATCAGG  198
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAGTCTCTGTAGTTCCAGGTGGTCTGGAAATTATTATGTAGATCAGG  193

seq1  CTGGCATTGAATTCACAGAGATCCATTACAATGCCTATATTTTAATTTTA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCATTGAATTCACAGAGATCCATTACAATGCCTATATTTTAATTTTA  243

seq1  AAAGGGTAGGCAGGACTATAATGATATTTTTAAATTTTTCTTTTTTAAAG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGGTAGGCAGGACTATAATGATATTTTTAAATTTTTCTTTTTTAAAG  293

seq1  ATTCATTTTATTTATATGAGTACACTGTAGCTGTCTTCAGTTATATCAGA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCATTTTATTTATATGAGTACACTGTAGCTGTCTTCAGTTATATCAGA  343

seq1  GAAGGTATCAAGTTCTATTACAGATGGTTGGGAGCCACTATGTGGTTGCT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGTATCAAGTTCTATTACAGATGGTTGGGAGCCACTATGTGGTTGCT  393

seq1  GGGAATTGAACTCAGGACCTTAAGAGCAGAAGTCAGTGCTCTTAGCCACT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAATTGAACTCAGGACCTTAAGAGCAGAAGTCAGTGCTCTTAGCCACT  443

seq1  GAGCCATCTATCCATCCATATTATGATATTTGTAACCTGTAAAATTGCAG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCATCTATCCATCCATATTATGATATTTGTAACCTGTAAAATTGCAG  493

seq1  ACTAGTATTAAAATTTTGTTTATAATTTAGTGTAAACCTTGTCTAAGGAG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGTATTAAAATTTTGTTTATAATTTAGTGTAAACCTTGTCTAAGGAG  543

seq1  CAGCGCACAATATTTATGCATGAAAATGCTATAATTAAACCAATTTTATA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCGCACAATATTTATGCATGAAAATGCTATAATTAAACCAATTTTATA  593

seq1  TGCAAACTAAATTGTTTCATTAAAAAGTAAACTAAACTTCAGACCATATT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAACTAAATTGTTTCATTAAAAAGTAAACTAAACTTCAGACCATATT  643

seq1  AAGGAAAAGCAGAAAAAAAATTTCTATTGATTTAACAGTTTTGCTGCAAA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAAAGCAGAAAAAAAATTTCTATTGATTTAACAGTTTTGCTGCAAA  693

seq1  GATATAATGAAATGCTTTGTGAAACACCCTGCTCAGAGTCATAAACATTA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATAATGAAATGCTTTGTGAAACACCCTGCTCAGAGTCATAAACATTA  743

seq1  TCAAGAAAAGAAACAAAGCTTGCCCTGTTTTGGGTGTCTCTCAGTGCCTA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGAAAAGAAACAAAGCTTGCCCTGTTTTGGGTGTCTCTCAGTGCCTA  793

seq1  TGACATCTTTAGTTATATCTTGGACAGCAACTGTTTATCTATATTAGAGT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATCTTTAGTTATATCTTGGACAGCAACTGTTTATCTATATTAGAGT  843

seq1  TTAATTGAGCATTTTCAGAAAGCACTTTATTCTCTGTTTTTTCACAAATC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTGAGCATTTTCAGAAAGCACTTTATTCTCTGTTTTTTCACAAATC  893

seq1  ATCTTTCTTCCATTTTAGAAAGTGAGAACGTTTTCCAAATCAAAACTAGG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTCTTCCATTTTAGAAAGTGAGAACGTTTTCCAAATCAAAACTAGG  943

seq1  TTTATTTAGTTTTAGATTTTCTTCCCAAGGTATTTCATGAAAATGTCTTG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTAGTTTTAGATTTTCTTCCCAAGGTATTTCATGAAAATGTCTTG  993

seq1  CTTGATTGACTTTTGTGGTTTGCTTAATTTGATATGGAATTC  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGATTGACTTTTGTGGTTTGCTTAATTTGATATGGAATTC  1035


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |