BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-201O06
ChromosomeX (Build37)
Map Location 162,011,830 - 162,116,224
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneMospd2, Fancb, LOC627045, Glra2
Downstream geneLOC100040753, Gemin8, Gpm6b, Ofd1, Trappc2, Rab9, LOC100040795, A630018P17Rik, Egfl6, LOC100041912
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-201O06.bB6Ng01-201O06.g
ACCGA022539GA022540
length1,1151,110
definitionB6Ng01-201O06.b B6Ng01-201O06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(162,011,830 - 162,012,959)(162,115,102 - 162,116,224)
sequence
gaattcatttggactaacctgaccaaaaaattgaatgaagatttctcatg
tatatttactagtctatggctcatttgaagtacattatcagccaagtagc
ataacttcatttaagatgtatgtgtgtatacatacacttatattttcagt
aagtataaagcaatatgttttcttgagggcttatcaaacatctttggtgt
cacaaggtagaaaggaatctttgctagatatacttcagacagagagttaa
tatccaaaatatacaaggaactcaaaagacaagagccaagaaaacaaatg
gcccaattaaatacgagctatggatctgaccaaagagtcgacaatagaag
aagttaataagaatgactagcaaaatcttcttaaagtgttcatccacctt
agcaattaaggagtacaaattaaaacaacttaacaccaatcagcacagca
aggtttaactgaacaaatgacaacaaatgctggtgagggagtaaaagtgg
aaccctcattctgtgttgatgggaatgcataaaattgatatgatcactat
ggaaatcagtgtggagaatcttcaaaatgctaaaagtaagtctaccatat
gaatcagctatattaccccttggcatatacctaacagactcaacatctta
ctccacagatatttgctcagccatgttcattgcttctctattcacaatag
gctgaaaatggaaacaacttaaatgtcctccaaccaatgaatggataacg
aatatgtgtcacacttgcactatggaatatagacatgcatggctttaata
aaaagtgaaatcatgaactatgcatgtaaatagatgaaatgagaaaaaaa
taccagaaagagaggtaacccataaagacaaatgtaacatgatctttccc
atcagaggctcacagctccaaatcctaggacatgactttaaaacgtgaaa
taaccacagaaaccagaaaagtcaaagggacacgagaatggtaatgatag
caggattcaggcagtataaatggagaacatgggaaatacaggagggggct
catatgaaggggtctctacctgtgagtgactatttcaaatattcaaatag
atcttctatatacat

gaattccttgggttccttccttacctcttagcagaaattgcctagtacct
caaatcatcatctttatttataagacatagtgagtttttattctgcttcc
tgcagctgtcaccagtatatatatatatatatatgaacagatccccatta
aattttactgtatatattggtatatcatttccaggccttatcctttctct
acaggtagcaaaactcttatcttgcataattttctcaggaagagattttg
atcatgctatttaaaaattctatcaaataggaaggaaagaaatgatttat
ataaagtttttctcttccctttaaactaattaggcagtttgcttattctt
cttgtcaattatacattgatgtaaatagcaagctattgtgctctagaaaa
gaaaaccttcacatgcacagtccacaagtagtggacaggctacattgatg
gatgttttatttcacttaggataattttatggggaacaatccttaaagca
caaacttgggtaatacagttttccttatgaaactctgtacaaatcatcca
agttactttttcttaggtagaaagtgcaaaatggatatgtaccagaaatt
gtgtctgaccttatgctgttcatgtgtactactgtactgagtattatact
taatcttcagagaagtcctgtagctaaggtattatgttcgctcttttcat
tcaggtaattgatgcaatcttggtcaaagccacatttgttttactatgtt
gaattaggatttaagttttattaaaaactttaaagaagattttcttttaa
gacaaggtctcctataacacaaggtgatctcaaattcattatgtacctga
tgaccttaaacttgagagtcttcagtctctactttccaagtgctgagatt
acaggtatgtgccaccactcccaccttggattttatgtctaattatccaa
tttttcagagcttaacttcttccttttgttacctatcattatagataaaa
gaggccattttaggagccaattaaaatcgaaactagaaatctttcctatg
gtgtatgatagtatatgacaagaagagtagtcaagaaactggtttgctta
ttcattgaca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_162011830_162012959
seq2: B6Ng01-201O06.b_49_1163

seq1  GAATTCATTTGGACTAACCTGACCAAAAAATTGAATGAAGATTTCTCATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTTGGACTAACCTGACCAAAAAATTGAATGAAGATTTCTCATG  50

seq1  TATATTTACTAGTCTATGGCTCATTTGAAGTACATTATCAGCCAAGTAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTTACTAGTCTATGGCTCATTTGAAGTACATTATCAGCCAAGTAGC  100

seq1  ATAACTTCATTTAAGATGTATGTGTGTATACATACACTTATATTTTCAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACTTCATTTAAGATGTATGTGTGTATACATACACTTATATTTTCAGT  150

seq1  AAGTATAAAGCAATATGTTTTCTTGAGGGCTTATCAAACATCTTTGGTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTATAAAGCAATATGTTTTCTTGAGGGCTTATCAAACATCTTTGGTGT  200

seq1  CACAAGGTAGAAAGGAATCTTTGCTAGATATACTTCAGACAGAGAGTTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAGGTAGAAAGGAATCTTTGCTAGATATACTTCAGACAGAGAGTTAA  250

seq1  TATCCAAAATATACAAGGAACTCAAAAGACAAGAGCCAAGAAAACAAATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCAAAATATACAAGGAACTCAAAAGACAAGAGCCAAGAAAACAAATG  300

seq1  GCCCAATTAAATACGAGCTATGGATCTGACCAAAGAGTCGACAATAGAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAATTAAATACGAGCTATGGATCTGACCAAAGAGTCGACAATAGAAG  350

seq1  AAGTTAATAAGAATGACTAGCAAAATCTTCTTAAAGTGTTCATCCACCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTAATAAGAATGACTAGCAAAATCTTCTTAAAGTGTTCATCCACCTT  400

seq1  AGCAATTAAGGAGTACAAATTAAAACAACTTAACACCAATCAGCACAGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAATTAAGGAGTACAAATTAAAACAACTTAACACCAATCAGCACAGCA  450

seq1  AGGTTTAACTGAACAAATGACAACAAATGCTGGTGAGGGAGTAAAAGTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTTAACTGAACAAATGACAACAAATGCTGGTGAGGGAGTAAAAGTGG  500

seq1  AACCCTCATTCTGTGTTGATGGGAATGCATAAAATTGATATGATCACTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCTCATTCTGTGTTGATGGGAATGCATAAAATTGATATGATCACTAT  550

seq1  GGAAATCAGTGTGGAGAATCTTCAAAATGCTAAAAGTAAGTCTACCATAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAATCAGTGTGGAGAATCTTCAAAATGCTAAAAGTAAGTCTACCATAT  600

seq1  GAATCAGCTATATTACCCCTTGGCATATACCTAACAGACTCAACATCTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCAGCTATATTACCCCTTGGCATATACCTAACAGACTCAACATCTTA  650

seq1  CTCCACAGATATTTGCTCAGCCATGTTCATTGCTTCTCTATTCACAATAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCACAGATATTTGCTCAGCCATGTTCATTGCTTCTCTATTCACAATAG  700

seq1  GCTGAAAATGGAAACAACTTAAATGTCCTCCAACCAATGAATGGATAACG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAAAATGGAAACAACTTAAATGTCCTCCAACCAATGAATGGATAACG  750

seq1  AATATGTGTCACACTTGCACTATGGAATATAGACATGCATGGCTTTAATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATGTGTCACACTTGCACTATGGAATATAGACATGCATGGCTTTAATA  800

seq1  AAAAGTGAAATCATGAACTATGCATGTAAATAGATGAAATGAGAAAAAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTGAAATCATGAACTATGCATGTAAATAGATGAAATGAGAAAAAAA  850

seq1  TACCAGAAAGAGAGGTAACCCATAAAGACAAATGTAACATGATCTTTCCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAGAAAGAGAGGTAACCCATAAAGACAAATGTAACATGATCTTTCCC  900

seq1  ATCAGAGGCTCACAGCTCCAAATCCTAGGACATGACTTTAAAACGTGAAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGAGGCTCACAGCTCCAAATCCTAGGACATGACTTTAAAACGTGAAA  950

seq1  TAACCACAGAAACCAGAAAAGTCAAAAGGGACCACGAGAATGGTAATGAA  1000
      ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |
seq2  TAACCACAGAAACCAGAAAAGTC-AAAGGGA-CACGAGAATGGTAATG-A  997

seq1  TAGCAGGATTCAGGCAGTATAAATGGAG-ACATGGGAAATACAGGGAGGG  1049
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||
seq2  TAGCAGGATTCAGGCAGTATAAATGGAGAACATGGGAAATACA-GGAGGG  1046

seq1  GGCTCCCATTATGGAGGGGTCCCCCAACCCTGTGAAGTGACTAATTTCAA  1099
      |||||    |||| ||||||| |     |||||| ||||||| |||||||
seq2  GGCTC---ATATGAAGGGGTCTC---TACCTGTG-AGTGACT-ATTTCAA  1088

seq1  ATAATTTCAAATTAGATCTTTCTATATACAT  1130
      |||  |||||| |||||| ||||||||||||
seq2  ATA--TTCAAA-TAGATC-TTCTATATACAT  1115


seq1: chrX_162115102_162116224
seq2: B6Ng01-201O06.g_66_1175 (reverse)

seq1  TGTCAAATGAAATAAGCAAAACCAGTTTCTTTGACTACCTCCTCTTTGTT  50
      |||| |||| ||||||| ||||||||||| ||||||| ||| ||||   |
seq2  TGTC-AATG-AATAAGC-AAACCAGTTTC-TTGACTA-CTCTTCTT--GT  43

seq1  CATTATCTAATTCATTAACACCATAGGAAAGATTTCTAGTTTCGATTTTA  100
      |||   |||  ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATACTA--TCAT--ACACCATAGGAAAGATTTCTAGTTTCGATTTTA  89

seq1  ATTGGCTTCCTAAAATGGCCTCTTTTATCCTATAATGATAGGTAACAAAA  150
      |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGC-TCCTAAAATGGCCTCTTTTAT-CTATAATGATAGGTAACAAAA  137

seq1  GGAAGAAGTTAAGCTCTG-AAAATTGGATAATTAGACATTAAAATCCAAG  199
      |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  GGAAGAAGTTAAGCTCTGAAAAATTGGATAATTAGACA-TAAAATCCAAG  186

seq1  TTGGGAGTGGTGGCACATACCTGTAATCTCAGCACTTGGAAAGTAGAGAC  249
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGAGTGGTGGCACATACCTGTAATCTCAGCACTTGGAAAGTAGAGAC  236

seq1  TGAAGACTCTCAAGTTTAAGGTCATCAGGTACATAATGAATTTGAGATCA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGACTCTCAAGTTTAAGGTCATCAGGTACATAATGAATTTGAGATCA  286

seq1  CCTTGTGTTATAGGAGACCTTGTCTTAAAAGAAAATCTTCTTTAAAGTTT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGTGTTATAGGAGACCTTGTCTTAAAAGAAAATCTTCTTTAAAGTTT  336

seq1  TTAATAAAACTTAAATCCTAATTCAACATAGTAAAACAAATGTGGCTTTG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATAAAACTTAAATCCTAATTCAACATAGTAAAACAAATGTGGCTTTG  386

seq1  ACCAAGATTGCATCAATTACCTGAATGAAAAGAGCGAACATAATACCTTA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAGATTGCATCAATTACCTGAATGAAAAGAGCGAACATAATACCTTA  436

seq1  GCTACAGGACTTCTCTGAAGATTAAGTATAATACTCAGTACAGTAGTACA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACAGGACTTCTCTGAAGATTAAGTATAATACTCAGTACAGTAGTACA  486

seq1  CATGAACAGCATAAGGTCAGACACAATTTCTGGTACATATCCATTTTGCA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAACAGCATAAGGTCAGACACAATTTCTGGTACATATCCATTTTGCA  536

seq1  CTTTCTACCTAAGAAAAAGTAACTTGGATGATTTGTACAGAGTTTCATAA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTACCTAAGAAAAAGTAACTTGGATGATTTGTACAGAGTTTCATAA  586

seq1  GGAAAACTGTATTACCCAAGTTTGTGCTTTAAGGATTGTTCCCCATAAAA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAACTGTATTACCCAAGTTTGTGCTTTAAGGATTGTTCCCCATAAAA  636

seq1  TTATCCTAAGTGAAATAAAACATCCATCAATGTAGCCTGTCCACTACTTG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCCTAAGTGAAATAAAACATCCATCAATGTAGCCTGTCCACTACTTG  686

seq1  TGGACTGTGCATGTGAAGGTTTTCTTTTCTAGAGCACAATAGCTTGCTAT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACTGTGCATGTGAAGGTTTTCTTTTCTAGAGCACAATAGCTTGCTAT  736

seq1  TTACATCAATGTATAATTGACAAGAAGAATAAGCAAACTGCCTAATTAGT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACATCAATGTATAATTGACAAGAAGAATAAGCAAACTGCCTAATTAGT  786

seq1  TTAAAGGGAAGAGAAAAACTTTATATAAATCATTTCTTTCCTTCCTATTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGGGAAGAGAAAAACTTTATATAAATCATTTCTTTCCTTCCTATTT  836

seq1  GATAGAATTTTTAAATAGCATGATCAAAATCTCTTCCTGAGAAAATTATG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGAATTTTTAAATAGCATGATCAAAATCTCTTCCTGAGAAAATTATG  886

seq1  CAAGATAAGAGTTTTGCTACCTGTAGAGAAAGGATAAGGCCTGGAAATGA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGATAAGAGTTTTGCTACCTGTAGAGAAAGGATAAGGCCTGGAAATGA  936

seq1  TATACCAATATATACAGTAAAATTTAATGGGGATCTGTTCATATATATAT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACCAATATATACAGTAAAATTTAATGGGGATCTGTTCATATATATAT  986

seq1  ATATATATACTGGTGACAGCTGCAGGAAGCAGAATAAAAACTCACTATGT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATACTGGTGACAGCTGCAGGAAGCAGAATAAAAACTCACTATGT  1036

seq1  CTTATAAATAAAGATGATGATTTGAGGTACTAGGCAATTTCTGCTAAGAG  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATAAATAAAGATGATGATTTGAGGTACTAGGCAATTTCTGCTAAGAG  1086

seq1  GTAAGGAAGGAACCCAAGGAATTC  1123
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGGAAGGAACCCAAGGAATTC  1110


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |