BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-202A19
ChromosomeX (Build37)
Map Location 95,913,712 - 96,040,980
singlet/doubletdoublet
Overlap geneOphn1
Upstream geneLOC668244, Ar, LOC100042324
Downstream geneYipf6, LOC100042932, Stard8, LOC436219, Efnb1, Pja1, LOC100042947, Pcna-ps1, EG620592
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-202A19.bB6Ng01-202A19.g
ACCGA022650GA022651
length1,174739
definitionB6Ng01-202A19.b B6Ng01-202A19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(95,913,712 - 95,914,880)(96,040,247 - 96,040,980)
sequence
gaattctatcagaactttaaagaagaccaaataccaatactcttcaaact
atttcacaaaatataaaaagaaggcacactatctaattcattctatgaag
ccacaaatactctgatacctaaaccacacaaagaccaaagaaagagaact
tcagaccagtctcccttatggacattgatgtaaaaatactcaataaaatt
cttgccaaccaattgcaataaactgtcgcagctgtttcccaagtaatgta
catactcttctgtggtcacggccagcctctgagcggcgcctctgcactca
cccgtctgcgtttggtctccagtggttttctattcaggtgtatatacggt
gctcactttagatcagcagtgtcggccatttatgctgcagagctgtgtca
tagccttattagttgtgtgtggttggtgaccctctgggtacacaatgtct
gttgagtgctgtcttacccatttgttgacaagtggatgtctgtgcatgtg
ttgtgtgtcacggggtgtcgtcacagtgtcacgggtgtcgtcacagaggg
aaggagcagaaccaccacacccatagtggaccaaactacgtccttgctgt
agccagggactcgtcccctagccgagttacagtagtgtataattaaatat
tgtgggaaagttagtcttgtatttttctgtgtgtatatatatataattat
gtacttctggaattctatctgtatttaaagatgtgacaatcttgacacca
attttaatagtcatgagcctgaacaaagatgtcctagagccagagttggt
atgtgctgagaacacaaacttgtcagctaattggtcagatgcctctagtt
ctgaccagtcttcttccttgtgtgaacattgacaggtatgtgacagatgg
gaaataatccaataattaaagtgacatactgatgttcagcaataaaaaaa
aaaaaaaaaaaaatttcttgccaacaaatctaaaaacatattcaaaatgg
aaccttcaccacaatcagtaggctctcatcccagggatgcagggatggtt
caataattgggataatccatcaacataatcccacctactatacttaatgg
aaaaacccatctggtacattcattaagatgcttgaaaaagcattttgacc
aaaatatagcatcctttcatgtta

gaattcactatgtagaccaggctggcctcaaacttgcagagaaccatatg
cctgtgcctctcgaatgctgggtttagagatatataccagtagacctggc
ctttcctttccttttgtttgacagagacttactatataaccctggtttgg
cccagaatgtagaatactgaatcctctaccccctgactgttaacattaga
gggttgtattaacatggctggatagaatacatgggggagactttaactta
agttttcttttagcattttatgtcatttcactctcttttggactccaatg
attctgatgggaaaatcgctgttagtcttgatgaagaaccctttgatgag
atgaattacttttctcttgctgctttgcaaactgtctttggcttatggaa
aggatttaagtgtgtgcatgtacgtgtgtgtgtgtgcatgtgtgttggtg
tctacttgtatatgtaggtgttgtacaagtgtgcatgcaagtgccatcag
tcatggaggccaaaagagggagttagatcacctggtgctggagttatggg
aagtgaatttgtactctctggaagaacagtatgctttcttaattgctaat
ctatcactcccagtcctatctatttggattttgacagtccacttattgta
ggtttcagcttctatctagttgaatttatccccatttaggctttggtgtt
tggtgtgtttgcttggttgtataagaatcctccctcctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_95913712_95914880
seq2: B6Ng01-202A19.b_44_1217

seq1  GAATTCTATCAGAACTTTAAAGAAGACCAAATACCAATACTCTTCAAACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATCAGAACTTTAAAGAAGACCAAATACCAATACTCTTCAAACT  50

seq1  ATTTCACAAAATATAAAAAGAAGGCACACTATCTAATTCATTCTATGAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCACAAAATATAAAAAGAAGGCACACTATCTAATTCATTCTATGAAG  100

seq1  CCACAAATACTCTGATACCTAAACCACACAAAGACCAAAGAAAGAGAACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAAATACTCTGATACCTAAACCACACAAAGACCAAAGAAAGAGAACT  150

seq1  TCAGACCAGTCTCCCTTATGGACATTGATGTAAAAATACTCAATAAAATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGACCAGTCTCCCTTATGGACATTGATGTAAAAATACTCAATAAAATT  200

seq1  CTTGCCAACCAATTGCAATAAACTGTCGCAGCTGTTTCCCAAGTAATGTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCCAACCAATTGCAATAAACTGTCGCAGCTGTTTCCCAAGTAATGTA  250

seq1  CATACTCTTCTGTGGTCACGGCCAGCCTCTGAGCGGCGCCTCTGCACTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACTCTTCTGTGGTCACGGCCAGCCTCTGAGCGGCGCCTCTGCACTCA  300

seq1  CCCGTCTGCGTTTGGTCTCCAGTGGTTTTCTATTCAGGTGTATATACGGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGTCTGCGTTTGGTCTCCAGTGGTTTTCTATTCAGGTGTATATACGGT  350

seq1  GCTCACTTTAGATCAGCAGTGTCGGCCATTTATGCTGCAGAGCTGTGTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCACTTTAGATCAGCAGTGTCGGCCATTTATGCTGCAGAGCTGTGTCA  400

seq1  TAGCCTTATTAGTTGTGTGTGGTTGGTGACCCTCTGGGTACACAATGTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCTTATTAGTTGTGTGTGGTTGGTGACCCTCTGGGTACACAATGTCT  450

seq1  GTTGAGTGCTGTCTTACCCATTTGTTGACAAGTGGATGTCTGTGCATGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAGTGCTGTCTTACCCATTTGTTGACAAGTGGATGTCTGTGCATGTG  500

seq1  TTGTGTGTCACGGGGTGTCGTCACAGTGTCACGGGTGTCGTCACAGAGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTGTCACGGGGTGTCGTCACAGTGTCACGGGTGTCGTCACAGAGGG  550

seq1  AAGGAGCAGAACCACCACACCCATAGTGGACCAAACTACGTCCTTGCTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGCAGAACCACCACACCCATAGTGGACCAAACTACGTCCTTGCTGT  600

seq1  AGCCAGGGACTCGTCCCCTAGCCGAGTTACAGTAGTGTATAATTAAATAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGGGACTCGTCCCCTAGCCGAGTTACAGTAGTGTATAATTAAATAT  650

seq1  TGTGGGAAAGTTAGTCTTGTATTTTTCTGTGTGTATATATATATAATTAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGGAAAGTTAGTCTTGTATTTTTCTGTGTGTATATATATATAATTAT  700

seq1  GTACTTCTGGAATTCTATCTGTATTTAAAGATGTGACAATCTTGACACCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTTCTGGAATTCTATCTGTATTTAAAGATGTGACAATCTTGACACCA  750

seq1  ATTTTAATAGTCATGAGCCTGAACAAAGATGTCCTAGAGCCAGAGTTGGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTAATAGTCATGAGCCTGAACAAAGATGTCCTAGAGCCAGAGTTGGT  800

seq1  ATGTGCTGAGAACACAAACTTGTCAGCTAATTGGTCAGATGCCTCTAGTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGCTGAGAACACAAACTTGTCAGCTAATTGGTCAGATGCCTCTAGTT  850

seq1  CTGACCAGTCTTTTTCCTTGTGTGAACATTGACAGGTATGTGACAGATGG  900
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACCAGTCTTCTTCCTTGTGTGAACATTGACAGGTATGTGACAGATGG  900

seq1  GAAATAATCCAATAA-TAAAGTGACATACTGATGTTCAGCAATAAAAAAA  949
      ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||     ||
seq2  GAAATAATCCAATAATTAAAGTGACATACTGATGTTCAGCAAT-----AA  945

seq1  AAAAAAAAAAAAAAAAAAATTCTTGCCAACCAAATCTAAAAACATA-TCA  998
      |||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||
seq2  AAAAAAAAAAAAAAAAAATTTCTTGCCAA-CAAATCTAAAAACATATTCA  994

seq1  AAAT-GAACCTTCACCACAATCAAGTAGGC-CTCATCCCAGGGATGCAGG  1046
      |||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||
seq2  AAATGGAACCTTCACCACAATC-AGTAGGCTCTCATCCCAGGGATGCAGG  1043

seq1  GATGGTTCAAT-ATATGGATAA-CCATCAACATAATCC--ACTACATAAA  1092
      ||||||||||| ||  |||||| |||||||||||||||   |||| || |
seq2  GATGGTTCAATAATTGGGATAATCCATCAACATAATCCCACCTAC-TATA  1092

seq1  CTTAATGAAAAAACCACAT---GTACATTTCATT-AGATGC-TGAAAAAG  1137
      ||||||| ||||||| |||   ||||| |||||| |||||| ||||||||
seq2  CTTAATGGAAAAACC-CATCTGGTACA-TTCATTAAGATGCTTGAAAAAG  1140

seq1  CA-TTTGA-CAAAATTCAGCATCCTTTCATGTTA  1169
      || ||||| ||||||  |||||||||||||||||
seq2  CATTTTGACCAAAATATAGCATCCTTTCATGTTA  1174


seq1: chrX_96040247_96040980
seq2: B6Ng01-202A19.g_65_803 (reverse)

seq1  GAGGA-GGAGGAATC-TATACAACCAAGC-AACACACCAAACACCAAAGC  47
      ||||| |||||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAGGGAGGATTCTTATACAACCAAGCAAACACACCAAACACCAAAGC  50

seq1  CTAAAT-GGGATAAATTCAACTAGATAGAAGCTGAAACCTACAATAAGTG  96
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAATGGGGATAAATTCAACTAGATAGAAGCTGAAACCTACAATAAGTG  100

seq1  GACTGTCAAAATCCAAATAGATAGGACT-GGAGTGATAGATTAGCAATTA  145
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GACTGTCAAAATCCAAATAGATAGGACTGGGAGTGATAGATTAGCAATTA  150

seq1  AGAAAGCATACTGTTCTTCCAGAGAGTACAAATTCACTTCCCATAACTCC  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGCATACTGTTCTTCCAGAGAGTACAAATTCACTTCCCATAACTCC  200

seq1  AGCACCAGGTGATCTAACTCCCTCTTTTGGCCTCCATGACTGATGGCACT  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACCAGGTGATCTAACTCCCTCTTTTGGCCTCCATGACTGATGGCACT  250

seq1  TGCATGCACACTTGTACAACACCTACATATACAAGTAGACACCAACACAC  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATGCACACTTGTACAACACCTACATATACAAGTAGACACCAACACAC  300

seq1  ATGCACACACACACACGTACATGCACACACTTAAATCCTTTCCATAAGCC  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCACACACACACACGTACATGCACACACTTAAATCCTTTCCATAAGCC  350

seq1  AAAGACAGTTTGCAAAGCAGCAAGAGAAAAGTAATTCATCTCATCAAAGG  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGACAGTTTGCAAAGCAGCAAGAGAAAAGTAATTCATCTCATCAAAGG  400

seq1  GTTCTTCATCAAGACTAACAGCGATTTTCCCATCAGAATCATTGGAGTCC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTTCATCAAGACTAACAGCGATTTTCCCATCAGAATCATTGGAGTCC  450

seq1  AAAAGAGAGTGAAATGACATAAAATGCTAAAAGAAAACTTAAGTTAAAGT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAGAGTGAAATGACATAAAATGCTAAAAGAAAACTTAAGTTAAAGT  500

seq1  CTCCCCCATGTATTCTATCCAGCCATGTTAATACAACCCTCTAATGTTAA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCCCATGTATTCTATCCAGCCATGTTAATACAACCCTCTAATGTTAA  550

seq1  CAGTCAGGGGGTAGAGGATTCAGTATTCTACATTCTGGGCCAAACCAGGG  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCAGGGGGTAGAGGATTCAGTATTCTACATTCTGGGCCAAACCAGGG  600

seq1  TTATATAGTAAGTCTCTGTCAAACAAAAGGAAAGGAAAGGCCAGGTCTAC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATAGTAAGTCTCTGTCAAACAAAAGGAAAGGAAAGGCCAGGTCTAC  650

seq1  TGGTATATATCTCTAAACCCAGCATTCGAGAGGCACAGGCATATGGTTCT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTATATATCTCTAAACCCAGCATTCGAGAGGCACAGGCATATGGTTCT  700

seq1  CTGCAAGTTTGAGGCCAGCCTGGTCTACATAGTGAATTC  734
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAAGTTTGAGGCCAGCCTGGTCTACATAGTGAATTC  739


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |