BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-209G08
ChromosomeX (Build37)
Map Location 142,964,466 - 143,103,150
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG666730
Upstream geneEG434860, LOC100039313, LOC623697, LOC623731, LOC237096, LOC100039558
Downstream geneEG245663, Htr2c, Il13ra2, V1rb10, Lrch2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-209G08.bB6Ng01-209G08.g
ACCGA028024GA028025
length1,0591,068
definitionB6Ng01-209G08.b B6Ng01-209G08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(142,964,466 - 142,965,466)(143,102,074 - 143,103,150)
sequence
gaattccccaatatatagccagcctggatttatggttgacatctaaagag
acaatcttgtgagactgaggcttctaatatatgactctaattccagggct
agaaaaatcaaataagggctggagatatggctccagctggttatggctat
gctcaaagctaaaaatagaggaacgtcaagtgaattgagttaattatagg
acacccagttggtattcaccagagtattgacatgtagtgacaagaattaa
atatttatggtgatcaatactgacaggaagcacatggcatgtttatttta
attttgctctattcagtactctagcaccaaagcatgacaattgtttttaa
aatgtaaacattttctaaattatgtaaacctcaaaataaaaaaatgagaa
catgagcaagtctaaaatcccagcttctcacgatgctaaggacacaaaca
tttacaggtgaaagcaagcccaggtaacttctcacaaaatttagaaatgg
tttctttatatattttgaatatcagccctctatctgatgtggggtcagtg
aagtttttttttcctaatctgtaaattgctgatttgtcttattgactatg
tcctttaccttacagaaagaagctttccagtttcaggaggtctccttcat
caattgttgatcttagagcccgagacattggaattctgttcagaaaattt
cttcctgtgccaatgagttcaaggctctttcccactttctgttctgtttg
attcagtatatcttgttttatgtggaggtccttgatccacttggacttga
gctttaacaaggtgacaaatatggatctattttgatttttctacatacag
actgccaattagaccaggaccattcacagaagatactttcttttgttcat
tgtatatttttggcttctttgtcaaagatcaagtgtccataaatgaatgg
ttttatttctgagtcttcaattctattctattgatctctgtacaatacca
tgcagtttttatcactattgctctgcagtatagctttggggtcagtgatg
atgattcca
gaattcctatgaatgagaaatggaaaggagctttcacatttgcatagagg
aaaggcaatgggaacaaagattttatatatatacatgaatgttgcagtta
cacacagggagaaaccagagtgctaacaatccctgtgtgctacaggcgat
atagaaagcattcttgctagacctatatatattggaatgttgcaattaca
cacaggaaggaatcagagtgctaactatccctgtgtgctagaggggatat
agaaagcattcttgctagatccatacctgggaatgtgaccccaccaaaaa
atcttttctgattacttacctaaaaaaactgtggactaatatatttccat
tgctttgaggcaataaattggtgaaaacctgttacaactgccttagaaac
ttattgaagtaacatttgagtcatctaatctagtaactgacatggaaagt
accaacaagcatgtgtttatttttttttaagcaaaaggttcattttttat
ttcctcagcatgatccatcaaaaataataacattggttattatttttaaa
ataattaaaatgccaaaaataattttttcatgttagtagaatatgaggca
catatctacccatacatcattccccacaggcataacagttagtagagaat
aatatcagtgtacattttcacagaaatatgactgttacattttcacagaa
atgctattgtgcatctttacaatgaggagatttacctatattcactctaa
cagtgctttaaaaggatggcacatgtttgtctaaaagtctactaacagaa
agaggtacaaatcaattaaatgtaccattgcagtttcccaaccatttcct
ttgccttcctcttcctgacctatagcacattgtctatacagtagtttaag
aaacacttgtaaactatagcaatagctctacttaaactgtttcatgattt
cactaagccatttagatgaagagaaaggagatgaaaacagcacaggagag
agtagagaaatctcattaccattattttaaaactgatgatctcatttttt
ctccccactaaaatgtct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_142964466_142965466
seq2: B6Ng01-209G08.b_41_1040

seq1  GAATTCCCCAATATATAGCCAGCCTGGATTTATGGTTGACATCTAAAGAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCCAATATATAGCCAGCCTGGATTTATGGTTGACATCTAAAGAG  50

seq1  ACAATCTTGTGAGACTGAGGCTTCTAATATATGACTCTAATTCCAGGGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATCTTGTGAGACTGAGGCTTCTAATATATGACTCTAATTCCAGGGCT  100

seq1  AGAAAAATCAAATAAGGGCTGGAGATATGGCTCCAGCTGGTTATGGCTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAATCAAATAAGGGCTGGAGATATGGCTCCAGCTGGTTATGGCTAT  150

seq1  GCTCAAAGCTAAAAATAGAGGAACGTCAAGTGAATTGAGTTAATTATAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAAAGCTAAAAATAGAGGAACGTCAAGTGAATTGAGTTAATTATAGG  200

seq1  ACACCCAGTTGGTATTCACCAGAGTATTGACATGTAGTGACAAGAATTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCCAGTTGGTATTCACCAGAGTATTGACATGTAGTGACAAGAATTAA  250

seq1  ATATTTATGGTGATCAATACTGACAGGAAGCACATGGCATGTTTATTTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTATGGTGATCAATACTGACAGGAAGCACATGGCATGTTTATTTTA  300

seq1  ATTTTGCTCTATTCAGTACTCTAGCACCAAAGCATGACAATTGTTTTTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGCTCTATTCAGTACTCTAGCACCAAAGCATGACAATTGTTTTTAA  350

seq1  AATGTAAACATTTTCTAAATTATGTAAACCTCAAAATAAAAAAATGAGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTAAACATTTTCTAAATTATGTAAACCTCAAAATAAAAAAATGAGAA  400

seq1  CATGAGCAAGTCTAAAATCCCAGCTTCTCACGATGCTAAGGACACAAACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAGCAAGTCTAAAATCCCAGCTTCTCACGATGCTAAGGACACAAACA  450

seq1  TTTACAGGTGAAAGCAAGCCCAGGTAACTTCTCACAAAATTTAGAAATGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACAGGTGAAAGCAAGCCCAGGTAACTTCTCACAAAATTTAGAAATGG  500

seq1  TTTCTTTATATATTTTGAATATCAGCCCTCTATCTGATGTGGGGTCAGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTATATATTTTGAATATCAGCCCTCTATCTGATGTGGGGTCAGTG  550

seq1  AAGTTTTTTTTTCCTAATCTGTAAATTGCTGATTTGTCTTATTGACTATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTTTTTTTTCCTAATCTGTAAATTGCTGATTTGTCTTATTGACTATG  600

seq1  TCCTTTACCTTACAGAAAGAAGCTTTCCAGTTTCAGGAGGTCTCCTTCAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTACCTTACAGAAAGAAGCTTTCCAGTTTCAGGAGGTCTCCTTCAT  650

seq1  CAATTGTTGATCTTAGAGCCCGAGACATTGGAATTCTGTTCAGAAAATTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTGTTGATCTTAGAGCCCGAGACATTGGAATTCTGTTCAGAAAATTT  700

seq1  CTTCCTGTGCCAATGAGTTCAAGGCTCTTTCCCACTTTCTGTTCTGTTTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTGTGCCAATGAGTTCAAGGCTCTTTCCCACTTTCTGTTCTGTTTG  750

seq1  ATTCAGTATATCTTGTTTTATGTGGAGGTCCTTGATCCACTTGGACTTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAGTATATCTTGTTTTATGTGGAGGTCCTTGATCCACTTGGACTTGA  800

seq1  GCTTTAACAAGGTGACAAATATGGATCTATTTTGATTTTTCTACATACAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTAACAAGGTGACAAATATGGATCTATTTTGATTTTTCTACATACAG  850

seq1  ACTGCCAATTAGACCAGGACCATTCACAGAAGATACTTTCTTTTGTTCAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCCAATTAGACCAGGACCATTCACAGAAGATACTTTCTTTTGTTCAT  900

seq1  TGTATATTTTTGGCTTCTTTGTCAAAGATCAAGTGTCCATAAATGAATGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATATTTTTGGCTTCTTTGTCAAAGATCAAGTGTCCATAAATGAATGG  950

seq1  TTTTATTTCTGAGTCTTCAATTCTATTCTATTGATCTCTGTACCAATACC  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TTTTATTTCTGAGTCTTCAATTCTATTCTATTGATCTCTGTA-CAATACC  999

seq1  A  1001
      |
seq2  A  1000

seq1: chrX_143102074_143103150
seq2: B6Ng01-209G08.g_69_1136 (reverse)

seq1  AGACATTTTAGTGGGAGGAAAAAATGAGATCATCCAGTTTTTAAAATAAT  50
      |||||||||||||||  |||||||||||||||| ||| ||||||||||||
seq2  AGACATTTTAGTGGGGAGAAAAAATGAGATCAT-CAG-TTTTAAAATAAT  48

seq1  GGTAATGAGATTTCTTCCTACTTCTTCTCCTGTGCTTGTTTTTCATCTCC  100
      |||||||||||||||  |||||   |||||||||||   |||||||||||
seq2  GGTAATGAGATTTCT--CTACT--CTCTCCTGTGCT--GTTTTCATCTCC  92

seq1  TTTCTCTTCATCTAAATGGCTTAGTGAATTCATGAAACAGTTTTAAGTAG  150
      |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||
seq2  TTTCTCTTCATCTAAATGGCTTAGTGAAATCATGAAACAG-TTTAAGTAG  141

seq1  AGCTATTGCTATAGTTTACAAGTGTTTCTTAAACTACTGTATAGACAATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTATTGCTATAGTTTACAAGTGTTTCTTAAACTACTGTATAGACAATG  191

seq1  TGCTATAGGTCAGGAAGAGGAAGGCAAAGGAAATGGTTGGGAAACTGCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTATAGGTCAGGAAGAGGAAGGCAAAGGAAATGGTTGGGAAACTGCAA  241

seq1  TGGTACATTTAATTGATTTGTACCTCTTTCTGTTAGTAGACTTTTAGACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTACATTTAATTGATTTGTACCTCTTTCTGTTAGTAGACTTTTAGACA  291

seq1  AACATGTGCCATCCTTTTAAAGCACTGTTAGAGTGAATATAGGTAAATCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATGTGCCATCCTTTTAAAGCACTGTTAGAGTGAATATAGGTAAATCT  341

seq1  CCTCATTGTAAAGATGCACAATAGCATTTCTGTGAAAATGTAACAGTCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCATTGTAAAGATGCACAATAGCATTTCTGTGAAAATGTAACAGTCAT  391

seq1  ATTTCTGTGAAAATGTACACTGATATTATTCTCTACTAACTGTTATGCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTGTGAAAATGTACACTGATATTATTCTCTACTAACTGTTATGCCT  441

seq1  GTGGGGAATGATGTATGGGTAGATATGTGCCTCATATTCTACTAACATGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGGAATGATGTATGGGTAGATATGTGCCTCATATTCTACTAACATGA  491

seq1  AAAAATTATTTTTGGCATTTTAATTATTTTAAAAATAATAACCAATGTTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATTATTTTTGGCATTTTAATTATTTTAAAAATAATAACCAATGTTA  541

seq1  TTATTTTTGATGGATCATGCTGAGGAAATAAAAAATGAACCTTTTGCTTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTTTGATGGATCATGCTGAGGAAATAAAAAATGAACCTTTTGCTTA  591

seq1  AAAAAAAATAAACACATGCTTGTTGGTACTTTCCATGTCAGTTACTAGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAATAAACACATGCTTGTTGGTACTTTCCATGTCAGTTACTAGAT  641

seq1  TAGATGACTCAAATGTTACTTCAATAAGTTTCTAAGGCAGTTGTAACAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATGACTCAAATGTTACTTCAATAAGTTTCTAAGGCAGTTGTAACAGG  691

seq1  TTTTCACCAATTTATTGCCTCAAAGCAATGGAAATATATTAGTCCACAGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCACCAATTTATTGCCTCAAAGCAATGGAAATATATTAGTCCACAGT  741

seq1  TTTTTTAGGTAAGTAATCAGAAAAGATTTTTTGGTGGGGTCACATTCCCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTAGGTAAGTAATCAGAAAAGATTTTTTGGTGGGGTCACATTCCCA  791

seq1  GGTATGGATCTAGCAAGAATGCTTTCTATATCCCCTCTAGCACACAGGGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATGGATCTAGCAAGAATGCTTTCTATATCCCCTCTAGCACACAGGGA  841

seq1  TAGTTAGCACTCTGATTCCTTCCTGTGTGTAATTGCAACATTCCAATATA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTAGCACTCTGATTCCTTCCTGTGTGTAATTGCAACATTCCAATATA  891

seq1  TATAGGTCTAGCAAGAATGCTTTCTATATCGCCTGTAGCACACAGGGATT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGGTCTAGCAAGAATGCTTTCTATATCGCCTGTAGCACACAGGGATT  941

seq1  GTTAGCACTCTGGTTTCTCCCTGTGTGTAACTGCAACATTCATGTATATA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGCACTCTGGTTTCTCCCTGTGTGTAACTGCAACATTCATGTATATA  991

seq1  TATAAAATCTTTGTTCCCATTGCCTTTCCTCTATGCAAATGTGAAAGCTC  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAAATCTTTGTTCCCATTGCCTTTCCTCTATGCAAATGTGAAAGCTC  1041

seq1  CTTTCCATTTCTCATTCATAGGAATTC  1077
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCATTTCTCATTCATAGGAATTC  1068