BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-210C02
ChromosomeX (Build37)
Map Location 83,597,425 - 83,799,224
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG629374, EG637027
Upstream geneMap3k7ip3, Gyk, LOC100042350, LOC629340, LOC100041562, 5430427O19Rik, 1700072E05Rik, Nr0b1, CN716893, LOC667841, LOC236427, EG667852, EG436212, Gm41
Downstream geneIl1rapl1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-210C02.bB6Ng01-210C02.g
ACCGA028553GA028554
length1,1061,067
definitionB6Ng01-210C02.b B6Ng01-210C02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(83,597,425 - 83,598,540)(83,798,162 - 83,799,224)
sequence
gaattccacctgctgggcatagcttccttaagccacatagtacctccttc
ttaaggtttcctccatctcccaagtgctaggcactgctatcataaatctc
atgagatctattgctcatcccctgactcccaagggctgggcatggttgct
agaaattactattcctctgacctccatctgctgggcatgattactctaaa
cctcctggtacctccaggttatggctccctttgactgccacatgctgtgc
ctggctaccctaagtgtcatggtaccttcctcttatatctcctgaaacac
atttgttcaatttggccaaaataagtctgtctgcctgtctgtctgccttt
ctctgaaaatattaatgttcatatttattatcctggtctagttaaaaata
catgaacagtaccttggtctagtaaaaactaagttactgaaatcacacta
tttacacagttaaaagttataaggttggtatttttttttacactacagat
tttgtcaccccaccccctgccgcccacccttgactgtttcacatcccata
cctccctctgactcccaagcactagggagagctaccctatcctctcattc
cccagagtttggatccccgaactgctggtcacgactgccaaatctcatgg
tacctccctctgactcccacttgataggtgtggctaatttaagtctcata
gtctctccctattaaggttccttttgacttccaagggctggcaatggcta
ctctaaatctgctggtaccttcctcttatggctacttctgactcccatat
gctggacctgggtcccctaaatgtcatggttctttcctcttttttctccc
tctgaatgtcacatgctggcatggctatctaaagcctcatagaacctcca
tctaaaggtttcctttggctcccaagtgttagctttgactaccataagtc
tcatgacatctccagtttatccttggactcccaagtgcctgttgcagcat
ctgaattattcttccttgacctccacctgctggtctggctaccttaaact
gctggactctctgacctctcaagtgttgggatggctaccttaatattttg
atagct

gaattcaataaagtgggcagatgagtttttctagatgagaaacagaacat
cagaaatgttagacgatttcttcaagctccaaattggcaaacaaatgaaa
aaaacaactcaaaatttgtgacccatttttggggagggttgggggtggaa
atcctgtaaatatatttaacccaaaccttttaaaagatttcagaagtaga
tgtgtggcaaagaggaatgatggctttccagcatgcacagtgcaaggtgc
tgggttcctttcctatcacatcacacacagttttcaatgttctgctctca
cacactgcatgttttgcataagaatgtattttgtcttagagcagggttgt
ccgatggatgtgcatccccagtgcttaggctatagaaagcattcaccttt
ccccaaatgacttagaatgggacttaagctaaattgatgaattgaagctt
taaaactaattgtctgcctgttacaatatctgttaactgaaaatgattcc
taaatattatcatggaatttgatacacattctggtgcacacaaaatctgc
agattcaatcctccacagggtcattatagtcccattattaataatggatg
gcttgtggctttttctccatcctacatgatttgcatggccaatttataac
cctaccagaaaatcttccctttgtttacatattgtagcttggcttctttt
tagttgaaaacccaatctattattgtcaagcacatgagataacttattac
atctaagtgagactcattacccattcttgtaaaatagcccccaaagccac
ttttacttcagtcactaactatagcacagttttaggatggcttgaaatga
aaatcttttctgtgtgcccacatttacatcacaaccttcttcatgtgata
gcctcgggaaagtgaaacatagcaggcccatttcccaagggaaggaagct
acatttttaaatactacttatagttctgggctagtcaatagattgagtca
caacacagtgggagtatactgaaaaataaaataaaaatactatgggaatg
ttttctgcccttcagaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_83597425_83598540
seq2: B6Ng01-210C02.b_43_1148

seq1  GAATTCCACCTGCTGGGCATAGCTTCCTTAAGCCACATAGTACCTCCTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACCTGCTGGGCATAGCTTCCTTAAGCCACATAGTACCTCCTTC  50

seq1  TTAAGGTTTCCTCCATCTCCCAAGTGCTAGGCACTGCTATCATAAATCTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGGTTTCCTCCATCTCCCAAGTGCTAGGCACTGCTATCATAAATCTC  100

seq1  ATGAGATCTATTGCTCATCCCCTGACTCCCAAGGGCTGGGCATGGTTGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGATCTATTGCTCATCCCCTGACTCCCAAGGGCTGGGCATGGTTGCT  150

seq1  AGAAATTACTATTCCTCTGACCTCCATCTGCTGGGCATGATTACTCTAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATTACTATTCCTCTGACCTCCATCTGCTGGGCATGATTACTCTAAA  200

seq1  CCTCCTGGTACCTCCAGGTTATGGCTCCCTTTGACTGCCACATGCTGTGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTGGTACCTCCAGGTTATGGCTCCCTTTGACTGCCACATGCTGTGC  250

seq1  CTGGCTACCCTAAGTGTCATGGTACCTTCCTCTTATATCTCCTGAAACAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTACCCTAAGTGTCATGGTACCTTCCTCTTATATCTCCTGAAACAC  300

seq1  ATTTGTTCAATTTGGCCAAAATAAGTCTGTCTGCCTGTCTGTCTGCCTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGTTCAATTTGGCCAAAATAAGTCTGTCTGCCTGTCTGTCTGCCTTT  350

seq1  CTCTGAAAATATTAATGTTCATATTTATTATCCTGGTCTAGTTAAAAATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGAAAATATTAATGTTCATATTTATTATCCTGGTCTAGTTAAAAATA  400

seq1  CATGAACAGTACCTTGGTCTAGTAAAAACTAAGTTACTGAAATCACACTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAACAGTACCTTGGTCTAGTAAAAACTAAGTTACTGAAATCACACTA  450

seq1  TTTACACAGTTAAAAGTTATAAGGTTGGTATTTTTTTTTACACTACAGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACACAGTTAAAAGTTATAAGGTTGGTATTTTTTTTTACACTACAGAT  500

seq1  TTTGTCACCCCACCCCCTGCCGCCCACCCTTGACTGTTTCACATCCCATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTCACCCCACCCCCTGCCGCCCACCCTTGACTGTTTCACATCCCATA  550

seq1  CCTCCCTCTGACTCCCAAGCACTAGGGAGAGCTACCCTATCCTCTCATTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCTCTGACTCCCAAGCACTAGGGAGAGCTACCCTATCCTCTCATTC  600

seq1  CCCAGAGTTTGGATCCCCGAACTGCTGGTCACGACTGCCAAATCTCATGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGAGTTTGGATCCCCGAACTGCTGGTCACGACTGCCAAATCTCATGG  650

seq1  TACCTCCCTCTGACTCCCACTTGATAGGTGTGGCTAATTTAAGTCTCATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTCCCTCTGACTCCCACTTGATAGGTGTGGCTAATTTAAGTCTCATA  700

seq1  GTCTCTCCCTATTAAGGTTCCTTTTGACTTCCAAGGGCTGGCAATGGCTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTCCCTATTAAGGTTCCTTTTGACTTCCAAGGGCTGGCAATGGCTA  750

seq1  CTCTAAATCTGCTGGTACCTTCCTCTTATGGCTACTTCTGACTCCCATAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAAATCTGCTGGTACCTTCCTCTTATGGCTACTTCTGACTCCCATAT  800

seq1  GCTGGACCTGGGTCCCCTAAATGTCATGGTTCTTTCCTCTTTTTTCTCCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGACCTGGGTCCCCTAAATGTCATGGTTCTTTCCTCTTTTTTCTCCC  850

seq1  TCTGAATGTCACATGCTGGCATGGCTATCTAAAGCCTCATAGAACCTCCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAATGTCACATGCTGGCATGGCTATCTAAAGCCTCATAGAACCTCCA  900

seq1  TCTAAAGGTTTCCTTTGGCTCCCAAGTGTTAGCTTTGACTACCATAAGTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAAGGTTTCCTTTGGCTCCCAAGTGTTAGCTTTGACTACCATAAGTC  950

seq1  TCATGACATCTCCAGTTTATCCTTGGACTCCCAAGTGCCTGTTGCAGCAA  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TCATGACATCTCCAGTTTATCCTTGGACTCCCAAGTGCCTGTTGCAGC-A  999

seq1  TCTGAAATTATTCTTCCTTGGACCTCCACCTGCTGGGTCTGGCTACCTTA  1050
      |||| |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TCTG-AATTATTCTTCCTT-GACCTCCACCTGCT-GGTCTGGCTACCTTA  1046

seq1  AACCTGCTGGGACCTCCTTCTGA-CTCTCAAGTGTTGGGAATGGCTACCC  1099
      || |||||||   |||  ||||| ||||||||||||||| ||||||| ||
seq2  AA-CTGCTGG--ACTC--TCTGACCTCTCAAGTGTTGGG-ATGGCTA-CC  1089

seq1  TAAATATTTTGATAGCT  1116
      | |||||||||||||||
seq2  TTAATATTTTGATAGCT  1106


seq1: chrX_83798162_83799224
seq2: B6Ng01-210C02.g_65_1131 (reverse)

seq1  TTCTGGAGGGCAGAAAACATT-CCATAGTAATTTTTATTTTATTTTTCAG  49
      ||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGAAGGGCAGAAAACATTCCCATAGT-ATTTTTATTTTATTTTTCAG  49

seq1  TAT-CTCACACTGTGTTGTGACTC-ATCTATTGACTAG-CCAGAACTATA  96
      ||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||
seq2  TATACTCCCACTGTGTTGTGACTCAATCTATTGACTAGCCCAGAACTATA  99

seq1  AGTAGTATTTAAAAATGTAGCTTCCTTCCCTT-GGAAATGGGCCTGCTTA  145
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||
seq2  AGTAGTATTTAAAAATGTAGCTTCCTTCCCTTGGGAAATGGGCCTGC-TA  148

seq1  TGTTTCACTTTCCCGAGGCTATCACATTGAAGAA-GCTGTGATGTAAATG  194
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||||||||
seq2  TGTTTCACTTTCCCGAGGCTATCACA-TGAAGAAGGTTGTGATGTAAATG  197

seq1  TGGGCACACAGAAAAGATTTTCATTTC-AGCCATCCTAAAACTGTGCTAT  243
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCACACAGAAAAGATTTTCATTTCAAGCCATCCTAAAACTGTGCTAT  247

seq1  AGTTAGTGACTGAAGTAAAAGTGGCTTTGGGGGCTATTTTACAAGAATGG  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAGTGACTGAAGTAAAAGTGGCTTTGGGGGCTATTTTACAAGAATGG  297

seq1  GTAATGAGTCTCACTTAGATGTAATAAGTTATCTCATGTGCTTGACAATA  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATGAGTCTCACTTAGATGTAATAAGTTATCTCATGTGCTTGACAATA  347

seq1  ATAGATTGGGTTTTCAACTAAAAAGAAGCCAAGCTACAATATGTAAACAA  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATTGGGTTTTCAACTAAAAAGAAGCCAAGCTACAATATGTAAACAA  397

seq1  AGGGAAGATTTTCTGGTAGGGTTATAAATTGGCCATGCAAATCATGTAGG  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAAGATTTTCTGGTAGGGTTATAAATTGGCCATGCAAATCATGTAGG  447

seq1  ATGGAGAAAAAGCCACAAGCCATCCATTATTAATAATGGGACTATAATGA  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAGAAAAAGCCACAAGCCATCCATTATTAATAATGGGACTATAATGA  497

seq1  CCCTGTGGAGGATTGAATCTGCAGATTTTGTGTGCACCAGAATGTGTATC  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGTGGAGGATTGAATCTGCAGATTTTGTGTGCACCAGAATGTGTATC  547

seq1  AAATTCCATGATAATATTTAGGAATCATTTTCAGTTAACAGATATTGTAA  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTCCATGATAATATTTAGGAATCATTTTCAGTTAACAGATATTGTAA  597

seq1  CAGGCAGACAATTAGTTTTAAAGCTTCAATTCATCAATTTAGCTTAAGTC  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCAGACAATTAGTTTTAAAGCTTCAATTCATCAATTTAGCTTAAGTC  647

seq1  CCATTCTAAGTCATTTGGGGAAAGGTGAATGCTTTCTATAGCCTAAGCAC  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTCTAAGTCATTTGGGGAAAGGTGAATGCTTTCTATAGCCTAAGCAC  697

seq1  TGGGGATGCACATCCATCGGACAACCCTGCTCTAAGACAAAATACATTCT  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGATGCACATCCATCGGACAACCCTGCTCTAAGACAAAATACATTCT  747

seq1  TATGCAAAACATGCAGTGTGTGAGAGCAGAACATTGAAAACTGTGTGTGA  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCAAAACATGCAGTGTGTGAGAGCAGAACATTGAAAACTGTGTGTGA  797

seq1  TGTGATAGGAAAGGAACCCAGCACCTTGCACTGTGCATGCTGGAAAGCCA  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGATAGGAAAGGAACCCAGCACCTTGCACTGTGCATGCTGGAAAGCCA  847

seq1  TCATTCCTCTTTGCCACACATCTACTTCTGAAATCTTTTAAAAGGTTTGG  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTCCTCTTTGCCACACATCTACTTCTGAAATCTTTTAAAAGGTTTGG  897

seq1  GTTAAATATATTTACAGGATTTCCACCCCCAACCCTCCCCAAAAATGGGT  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAATATATTTACAGGATTTCCACCCCCAACCCTCCCCAAAAATGGGT  947

seq1  CACAAATTTTGAGTTGTTTTTTTCATTTGTTTGCCAATTTGGAGCTTGAA  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAATTTTGAGTTGTTTTTTTCATTTGTTTGCCAATTTGGAGCTTGAA  997

seq1  GAAATCGTCTAACATTTCTGATGTTCTGTTTCTCATCTAGAAAAACTCAT  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATCGTCTAACATTTCTGATGTTCTGTTTCTCATCTAGAAAAACTCAT  1047

seq1  CTGCCCACTTTATTGAATTC  1063
      ||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCCACTTTATTGAATTC  1067


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |