BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-213J16
ChromosomeX (Build37)
Map Location 9,521,957 - 9,657,855
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSytl5, LOC436194, Srpx
Upstream geneLOC673817, LOC331380, EG434726, LOC100043940, EG434727, LOC436190, LOC100042782, EG668980, Fthl17, LOC100043942, EG434728, LOC100043943, LOC385316, EG434729, LOC100043944, LOC628008, 4930402K13Rik, EG436193, Lancl3, Xk, 1700012L04Rik, EG628040, LOC100042834, LOC100042839, Rp23-423l11.5, Cybb, EG333452, LOC100042867, Dynlt3, 1700054O13Rik, 4930557A04Rik
Downstream geneRpgr, Otc, 4933416E14Rik, Tspan7, EG546265, LOC633354, LOC633361, LOC100042912, Mid1ip1, LOC668982, Ppia-psx_105.1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-213J16.bB6Ng01-213J16.g
ACCGA031078GA031079
length1,150815
definitionB6Ng01-213J16.b B6Ng01-213J16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(9,656,700 - 9,657,855)(9,521,957 - 9,522,875)
sequence
gaattcagaactaagtacaaagtcactaaaaatcaaaacaaaagcaacaa
acaaagccaacctgatccttgtggctggtggtgtatcacagaagcaatac
atctggttcccattatgtatcatgttgaatgaatagttcatttaggcaac
tggctagggtttttcattggtctcaaatctctctctactccccgccggat
gctaaggaaagttatggcatgaggaaaggaacactatagttctcttccaa
attctagatccttaatgaaatctcaatagaaataatgcacagtactttga
ggcctcggtgattttatcaatgtagggattccaagtgaaagggagagagc
ccaggaaaacccttctttgagcagtggtgaagttgtgagtggctacttta
aaaacatcttttgaattagagtttcctgcaaggggagcagaattacaaat
ggaattggctttaggtttagctaagggactgagtcatccatgccttagaa
ttcccaatttctgagccaatgtagcattagcctttgtgtggaagaagcat
tcttttcaaagaggggtaatccaaaccatatgcaggctgaggggattatg
tcacatttaccctcaagtaagagatttctaaagggatcaccttttataga
gagaccttataagaaaagccccctttttctttgccccctgcctgcttttt
ccaccgcttcttattctgtggaaaacttttagctaatatgtatgattctt
ctttgcttcacaaagcccagcatcctgagcacattgagtcttgtcgttta
ctttattgtctcccttgggatgtctatttttgtaaacaagttatcaggtg
ttttataggggttgatctatatattcaggttgaatataaatagaaaatgt
tcttagagtagcaactaatacccattttattttctttgagccagtttttg
aaattataactgaataggatgccctccattcacgtttatatcagcttgga
tgtattcaacttcaagcaacagcactactctgcacagtagcttaaactga
aaggacatttattgttgataaggagcacagagtagttggatctaaaggtt
attttagttgctaatgagatcatcgagacccaagggtaattttaattcat

gaattctatatgtatttataccaagctctcagcaagtggattttgtttag
cagtcagaaaagtgcatagattgttgatgactagatttccttctttggtc
acctaacaaggaatgatatttaatgtatttatgagctggtagtgaggaga
ccctgagaagatacttgtacaaggctcagggaccttgcatgccttgtaaa
gaaacctgtggctgagagaaagtatgaggaaggggggctggaaataatga
taatgttttccaactactatgctattaaagtgttcaaacaagttatcaac
tactgcacctgtgcagtgagtagcagccaacactcagtccagttgtcata
agttaatccagattggtccatctcaaagcaagggcgatctatcttcccac
gtatgatttgaggagaaagaacaattttgtccagatgcatctcctacaat
gaagtcgggaaggtttactctgagtagacagtgatggtgtggagcttgct
tgcttttctagtctagctggtctaagcaggtgctttcaaaacagaaagaa
gaaaatatttccttgttgtaagaccgaaacacaattcataaatcacactg
ttttcctgatgagagtcatagatgcatgggtgcaagtatgtgtgtgtgtg
tgtgtgtgtgtgtgtgcatgtgtgtgcatgtgggtgcaagtgtgtgtgtg
tacttgtgggtgcaagtgtgtgtgtacatgtgcatgtggatacaattggt
gtgtgtgtgtgtgtgcatatgggtgaaagtttgtgcttggcgtgtgtgtg
tacatgttcctgtgt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_9656700_9657855
seq2: B6Ng01-213J16.b_43_1192 (reverse)

seq1  ATGAATTTAAAAATAACCCTGGGGTCTCTGATGATCTCATTTAGCAACT-  49
      |||||||  ||||| ||||| ||||||| |||||||||| ||||||||| 
seq2  ATGAATT--AAAATTACCCTTGGGTCTC-GATGATCTCA-TTAGCAACTA  46

seq1  AAATAACCTTTAGATTCCACTTACCTCTGTGCTTCCTTTATCAACAATAA  99
      ||||||||||||||| | |||   |||||||||  | |||||||||||||
seq2  AAATAACCTTTAGATCCAACT--ACTCTGTGCT--CCTTATCAACAATAA  92

seq1  ATGTCCTTTCAGTTTAAGCTACTGTGCAGAGTAGTGCTTGTTGCTTGAAG  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  ATGTCCTTTCAGTTTAAGCTACTGTGCAGAGTAGTGC-TGTTGCTTGAAG  141

seq1  TTGAATACATCCAAGCTGATATAAACGTGAATGGA-GGCATCCTA-TCAG  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||
seq2  TTGAATACATCCAAGCTGATATAAACGTGAATGGAGGGCATCCTATTCAG  191

seq1  TTATTAATTTCAAAAACTGGCTCAAAGAAAAT-AAATGGGTATTAGTTGC  246
      ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TTA-TAATTTCAAAAACTGGCTCAAAGAAAATAAAATGGGTATTAGTTGC  240

seq1  TACTCTAAGAACATTTTCTATTTATATTCAACCTGAATATATAGATCAAC  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCTAAGAACATTTTCTATTTATATTCAACCTGAATATATAGATCAAC  290

seq1  CCCTATAAAACACCTGATAACTTGTTTACAAAAATAGACATCCCAAGGGA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTATAAAACACCTGATAACTTGTTTACAAAAATAGACATCCCAAGGGA  340

seq1  GACAATAAAGTAAACGACAAGACTCAATGTGCTCAGGATGCTGGGCTTTG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAATAAAGTAAACGACAAGACTCAATGTGCTCAGGATGCTGGGCTTTG  390

seq1  TGAAGCAAAGAAGAATCATACATATTAGCTAAAAGTTTTCCACAGAATAA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGCAAAGAAGAATCATACATATTAGCTAAAAGTTTTCCACAGAATAA  440

seq1  GAAGCGGTGGAAAAAGCAGGCAGGGGGCAAAGAAAAAGGGGGCTTTTCTT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCGGTGGAAAAAGCAGGCAGGGGGCAAAGAAAAAGGGGGCTTTTCTT  490

seq1  ATAAGGTCTCTCTATAAAAGGTGATCCCTTTAGAAATCTCTTACTTGAGG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGGTCTCTCTATAAAAGGTGATCCCTTTAGAAATCTCTTACTTGAGG  540

seq1  GTAAATGTGACATAATCCCCTCAGCCTGCATATGGTTTGGATTACCCCTC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAATGTGACATAATCCCCTCAGCCTGCATATGGTTTGGATTACCCCTC  590

seq1  TTTGAAAAGAATGCTTCTTCCACACAAAGGCTAATGCTACATTGGCTCAG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAAAAGAATGCTTCTTCCACACAAAGGCTAATGCTACATTGGCTCAG  640

seq1  AAATTGGGAATTCTAAGGCATGGATGACTCAGTCCCTTAGCTAAACCTAA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTGGGAATTCTAAGGCATGGATGACTCAGTCCCTTAGCTAAACCTAA  690

seq1  AGCCAATTCCATTTGTAATTCTGCTCCCCTTGCAGGAAACTCTAATTCAA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAATTCCATTTGTAATTCTGCTCCCCTTGCAGGAAACTCTAATTCAA  740

seq1  AAGATGTTTTTAAAGTAGCCACTCACAACTTCACCACTGCTCAAAGAAGG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGTTTTTAAAGTAGCCACTCACAACTTCACCACTGCTCAAAGAAGG  790

seq1  GTTTTCCTGGGCTCTCTCCCTTTCACTTGGAATCCCTACATTGATAAAAT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTCCTGGGCTCTCTCCCTTTCACTTGGAATCCCTACATTGATAAAAT  840

seq1  CACCGAGGCCTCAAAGTACTGTGCATTATTTCTATTGAGATTTCATTAAG  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCGAGGCCTCAAAGTACTGTGCATTATTTCTATTGAGATTTCATTAAG  890

seq1  GATCTAGAATTTGGAAGAGAACTATAGTGTTCCTTTCCTCATGCCATAAC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTAGAATTTGGAAGAGAACTATAGTGTTCCTTTCCTCATGCCATAAC  940

seq1  TTTCCTTAGCATCCGGCGGGGAGTAGAGAGAGATTTGAGACCAATGAAAA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTTAGCATCCGGCGGGGAGTAGAGAGAGATTTGAGACCAATGAAAA  990

seq1  ACCCTAGCCAGTTGCCTAAATGAACTATTCATTCAACATGATACATAATG  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTAGCCAGTTGCCTAAATGAACTATTCATTCAACATGATACATAATG  1040

seq1  GGAACCAGATGTATTGCTTCTGTGATACACCACCAGCCACAAGGATCAGG  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACCAGATGTATTGCTTCTGTGATACACCACCAGCCACAAGGATCAGG  1090

seq1  TTGGCTTTGTTTGTTGCTTTTGTTTTGATTTTTAGTGACTTTGTACTTAG  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCTTTGTTTGTTGCTTTTGTTTTGATTTTTAGTGACTTTGTACTTAG  1140

seq1  TTCTGAATTC  1156
      ||||||||||
seq2  TTCTGAATTC  1150

seq1: chrX_9521957_9522875
seq2: B6Ng01-213J16.g_65_879

seq1  GAATTCTATATGTATTTATACCAAGCTCTCAGCAAGTGGATTTTGTTTAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATATGTATTTATACCAAGCTCTCAGCAAGTGGATTTTGTTTAG  50

seq1  CAGTCAGAAAAGTGCATAGATTGTTGATGACTAGATTTCCTTCTTTGGTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCAGAAAAGTGCATAGATTGTTGATGACTAGATTTCCTTCTTTGGTC  100

seq1  ACCTAACAAGGAATGATATTTAATGTATTTATGAGCTGGTAGTGAGGAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTAACAAGGAATGATATTTAATGTATTTATGAGCTGGTAGTGAGGAGA  150

seq1  CCCTGAGAAGATACTTGTACAAGGCTCAGGGACCTTGCATGCCTTGTAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGAGAAGATACTTGTACAAGGCTCAGGGACCTTGCATGCCTTGTAAA  200

seq1  GAAACCTGTGGCTGAGAGAAAGTATGAGGAAGGGGGGCTGGAAATAATGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACCTGTGGCTGAGAGAAAGTATGAGGAAGGGGGGCTGGAAATAATGA  250

seq1  TAATGTTTTCCAACTACTATGCTATTAAAGTGTTCAAACAAGTTATCAAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGTTTTCCAACTACTATGCTATTAAAGTGTTCAAACAAGTTATCAAC  300

seq1  TACTGCACCTGTGCAGTGAGTAGCAGCCAACACTCAGTCCAGTTGTCATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGCACCTGTGCAGTGAGTAGCAGCCAACACTCAGTCCAGTTGTCATA  350

seq1  AGTTAATCCAGATTGGTCCATCTCAAAGCAAGGGCGATCTATCTTCCCAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAATCCAGATTGGTCCATCTCAAAGCAAGGGCGATCTATCTTCCCAC  400

seq1  GTATGATTTGAGGAGAAAGAACAATTTTGTCCAGATGCATCTCCTACAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGATTTGAGGAGAAAGAACAATTTTGTCCAGATGCATCTCCTACAAT  450

seq1  GAAGTCGGGAAGGTTTACTCTGAGTAGACAGTGATGGTGTGGAGCTTGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTCGGGAAGGTTTACTCTGAGTAGACAGTGATGGTGTGGAGCTTGCT  500

seq1  TGCTTTTCTAGTCTAGCTGGTCTAAGCAGGTGCTTTCAAAACAGAAAGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTTCTAGTCTAGCTGGTCTAAGCAGGTGCTTTCAAAACAGAAAGAA  550

seq1  GAAAATATTTCCTTGTTGTAAGACCGAAACACAATTCATAAATCACACTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATATTTCCTTGTTGTAAGACCGAAACACAATTCATAAATCACACTG  600

seq1  TTTTCCTGATGAGAGTCATAGATGCATGGGTGCAAGTATGTGTGTGTGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCTGATGAGAGTCATAGATGCATGGGTGCAAGTATGTGTGTGTGTG  650

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGCATGTGTGTGCATGTGGGTGCAAGTGTGTGTGTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGCATGTGTGTGCATGTGGGTGCAAGTGTGTGTGTG  700

seq1  TACTTGTGGGTGCAAGTGTGTGTGTACATGTGCATGTGGATACAATTGGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTGTGGGTGCAAGTGTGTGTGTACATGTGCATGTGGATACAATTGGT  750

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGCATATGGGTGAAAGTTTGTGCAT-GTGTGTGTGTG  799
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGCATATGGGTGAAAGTTTGTGCTTGGCGTGTGTGTG  800

seq1  TACATGTTCATGTGGGTGCAAGTGTGTGTATGTCTGTACATGTGCACGTG  849
      ||||||||| ||||                                    
seq2  TACATGTTCCTGTGT-----------------------------------  815

seq1  GGTATAAGTATGTTGTTTGTGTGTGTGTGTGTATGGGTACAAGTGTGTGT  899
                                                        
seq2  --------------------------------------------------  815

seq1  GTTTATGTGTGTATCTGTGT  919
                          
seq2  --------------------  815