BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-225L21
ChromosomeX (Build37)
Map Location 21,829,578 - 21,957,846
singlet/doubletdoublet
Overlap genePpia-psx_207.1
Upstream geneEG629024, EG331392, Agtr2, EG668997, Slc6a14, LOC100043180, LOC100043182, LOC100043956, EG436197
Downstream gene1700023I07Rik, Klhl13
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-225L21.bB6Ng01-225L21.g
ACCGA039859GA039860
length1,1051,098
definitionB6Ng01-225L21.b B6Ng01-225L21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(21,829,578 - 21,830,697)(21,956,779 - 21,957,846)
sequence
gaattcttgtggtaatcatactgattatattgatttctgagattaaaggt
gtctaccactatgcccaactagaattataacttcataaaaagttatatta
ctacattgactcttaggtgctatgattttgtagtgatgtacctttatttt
accatacattggtaagcaaaataaaacagcaatgaataatattcgctaga
aatacattttcatgtcaaagatgttaaaataccaacaaatgtgcatttac
tttttttcctacatgacaggtctgtgataattgttttacttatcaacaca
tttttgcccccacttaaaaattgttttatagttttaaagaaatttatgtg
tatgaatattttgcctgcctatatgtctgtgcactatgtatgtacctggt
gcccagagaagacataagaaggcattaggtcccctgggatttgctataag
ctaccatgtgggtgccagggaccaaacccaggtccactgtaataacagtg
ctgcaaactgctgagacatctctctagccctttatcctcactatatagaa
gcagtatctgaggattacacaaaaacttaagtgctttgcaaacagagtga
cactaatagactacacacagtggagttaaggaacaaacccagatcctcct
gaatcctgaccctaatcagaattgctgtttgctttcttgttttgggtata
agattcttatttggcctttttattgttagaatcccatgtaacaatttata
catggtttttccttgtccttttctaaatagttcataatgtttaaattaat
atcctagttaataatccatctgaagaatttatttattctcttcttagaag
tctttatggaataaggaggtagaggcaagtggatctctgtgactgtgaag
ccagcctggtctacagagaaaatttcaagatagccaaggctacacaaaga
aaccctatctcaaaaaaacaaaaacacacaaaaagttaaaagacaacacg
agtaatttacttcggaattcttatacagactatagtgagatatttgatct
ttctgtgacctgaattgtgttttctgctgaaaaaaaaacactgcttctag
ttgtg

gaattcatctcaagggcaggacctaaggcctgacactattattaatgcta
tggtgtgctcacagagatcatcctaacatggctgccctccaagaagccca
acaaggagctgactgagacagatgcagatacttatacccaaccaatgaat
tgaagtctggaacccctatggttgaattagggaaaagctggaagaacttg
gggagagctactctataggaagaccaacaatctcaactaacctggacccc
tgggatctatcagccattgagacatcaaccagccagcagacacaggctgg
tccaaggcctgggacacatgcagcagaggactgcttggtttggcctcagt
cttagaagaagccactaaccctggagagacttgaggtcccagggaatagg
acggtctgactcagttgtgtgagggtggagatgggggacatcctctttga
gacaggagagggaagaagaatgggatgaggatctgtgggaaggcagacca
gagggtggataatgaatggaatgtaaaagaagattaaagataatttaaaa
aatgaaaaagaaaacagaaatgcaaatgtgattcttctctttataattgc
aaagctgtgtcagtaagctgcaaaaataatttttgcctaattttcagaat
cacagtggtgccataacacatttaaatctaactggacccttgacaatatg
tctccccaaagattgttattttacttctgcacgtttttgtttttgttttt
ttgttttttgtttttccatgagtttctgtataccatgtaagacggagcct
gatgcttattgtatgtagtcatatgaggatgtcagaccctgtgggactgg
agttaaacatggctctaagtctccatgattgtggggcaactgaacccagg
tcctttgcaagagcatcaatttttctttaccctctgagctatcccttaat
cctataaatattcttaaatacatgccaaaagtgatgctagaagttcttcg
agtgaatatgcaacatctctcctcagcaactaattcctgagagtaggtaa
cgcagatgttatggactgaacaagctttaaactaggacataagcaatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_21829578_21830697
seq2: B6Ng01-225L21.b_48_1152

seq1  GAATTCTTGTGGTAATCATACTGATTATATTGATTTCTGAGATTAAAGGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGTGGTAATCATACTGATTATATTGATTTCTGAGATTAAAGGT  50

seq1  GTCTACCACTATGCCCAACTAGAATTATAACTTCATAAAAAGTTATATTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTACCACTATGCCCAACTAGAATTATAACTTCATAAAAAGTTATATTA  100

seq1  CTACATTGACTCTTAGGTGCTATGATTTTGTAGTGATGTACCTTTATTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACATTGACTCTTAGGTGCTATGATTTTGTAGTGATGTACCTTTATTTT  150

seq1  ACCATACATTGGTAAGCAAAATAAAACAGCAATGAATAATATTCGCTAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATACATTGGTAAGCAAAATAAAACAGCAATGAATAATATTCGCTAGA  200

seq1  AATACATTTTCATGTCAAAGATGTTAAAATACCAACAAATGTGCATTTAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACATTTTCATGTCAAAGATGTTAAAATACCAACAAATGTGCATTTAC  250

seq1  TTTTTTTCCTACATGACAGGTCTGTGATAATTGTTTTACTTATCAACACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTCCTACATGACAGGTCTGTGATAATTGTTTTACTTATCAACACA  300

seq1  TTTTTGCCCCCACTTAAAAATTGTTTTATAGTTTTAAAGAAATTTATGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGCCCCCACTTAAAAATTGTTTTATAGTTTTAAAGAAATTTATGTG  350

seq1  TATGAATATTTTGCCTGCCTATATGTCTGTGCACTATGTATGTACCTGGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAATATTTTGCCTGCCTATATGTCTGTGCACTATGTATGTACCTGGT  400

seq1  GCCCAGAGAAGACATAAGAAGGCATTAGGTCCCCTGGGATTTGCTATAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAGAGAAGACATAAGAAGGCATTAGGTCCCCTGGGATTTGCTATAAG  450

seq1  CTACCATGTGGGTGCCAGGGACCAAACCCAGGTCCACTGTAATAACAGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCATGTGGGTGCCAGGGACCAAACCCAGGTCCACTGTAATAACAGTG  500

seq1  CTGCAAACTGCTGAGACATCTCTCTAGCCCTTTATCCTCACTATATAGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAAACTGCTGAGACATCTCTCTAGCCCTTTATCCTCACTATATAGAA  550

seq1  GCAGTATCTGAGGATTACACAAAAACTTAAGTGCTTTGCAAACAGAGTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTATCTGAGGATTACACAAAAACTTAAGTGCTTTGCAAACAGAGTGA  600

seq1  CACTAATAGACTACACACAGTGGAGTTAAGGAACAAACCCAGATCCTCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTAATAGACTACACACAGTGGAGTTAAGGAACAAACCCAGATCCTCCT  650

seq1  GAATCCTGACCCTAATCAGAATTGCTGTTTGCTTTCTTGTTTTGGGTATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCCTGACCCTAATCAGAATTGCTGTTTGCTTTCTTGTTTTGGGTATA  700

seq1  AGATTCTTATTTGGCCTTTTTATTGTTAGAATCCCATGTAACAATTTATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTCTTATTTGGCCTTTTTATTGTTAGAATCCCATGTAACAATTTATA  750

seq1  CATGGTTTTTCCTTGTCCTTTTCTAAATAGTTCATAATGTTTAAATTAAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGTTTTTCCTTGTCCTTTTCTAAATAGTTCATAATGTTTAAATTAAT  800

seq1  ATCCTAGTTAATAATCCATCTGAAGAATTTATTTATTCTCTTCTTAGAAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTAGTTAATAATCCATCTGAAGAATTTATTTATTCTCTTCTTAGAAG  850

seq1  TCTTTATGGAATAAGGAGGTAGAGGCAAGTGGATCTCTGTGACTGTGAAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTATGGAATAAGGAGGTAGAGGCAAGTGGATCTCTGTGACTGTGAAG  900

seq1  CCAGCCTGGTCTACAGAGAAAATTTCAGGATAGCCAAGGCTACACAAAGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCCTGGTCTACAGAGAAAATTTCAAGATAGCCAAGGCTACACAAAGA  950

seq1  AACCCTATCTCAAAAAAACAAAAACACACAAAAAAGTTAAAAAGACAAAC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||  
seq2  AACCCTATCTCAAAAAAACAAAAACACAC-AAAAAGTT-AAAAGACAA--  996

seq1  AAGGAGTAATTTACTTCGGAAATTCTTAATACAGACTATAGTTGGAGGAT  1050
       | |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||  || |||
seq2  CACGAGTAATTTACTTCGG-AATTCTT-ATACAGACTATAGT--GA-GAT  1041

seq1  ATTTGATCTTTCTGTGAACCCTGAAATTGTGTTTTCTGCTGAAAAAAAAA  1100
      |||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||   ||||||
seq2  ATTTGATCTTTCTGTGA--CCTG-AATTGTGTTTTCTGCTG---AAAAAA  1085

seq1  AAACACTGTTTCTAGTTGTG  1120
      |||||||| |||||||||||
seq2  AAACACTGCTTCTAGTTGTG  1105


seq1: chrX_21956779_21957846
seq2: B6Ng01-225L21.g_94_1159 (reverse)

seq1  CATTGCTTATGGTCTTGGTTAAAGCTTTGTTCAGTCCATAACATCTGCCT  50
      |||||||||||  || | ||||||| |||||||||||||||||||||| |
seq2  CATTGCTTATGTCCTAGTTTAAAGC-TTGTTCAGTCCATAACATCTGCGT  49

seq1  TACCTTCCTCTCAGGGATTTAGTGCTTGAGGAGAGATGTTGCATATTCAC  100
      |||| | |||||| ||| |||||   ||||||||||||||||||||||||
seq2  TACC-TACTCTCA-GGAATTAGTTGCTGAGGAGAGATGTTGCATATTCAC  97

seq1  TCGAGAAACTTCTAGCATCACTTTTGGCATGTATTTAAGAATATTTATAG  150
      ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGAAGAACTTCTAGCATCACTTTTGGCATGTATTTAAGAATATTTATAG  147

seq1  GATTAAGGGATAGCTCAGA-GGTAAAGAAAAATTGATGCTCTTGCAAAGG  199
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAAGGGATAGCTCAGAGGGTAAAGAAAAATTGATGCTCTTGCAAAGG  197

seq1  ACCTGGGTTCAGTTGCCCCACAATCATGGAGACTTAGAGCCATGTTTAAC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGGGTTCAGTTGCCCCACAATCATGGAGACTTAGAGCCATGTTTAAC  247

seq1  TCCAGTCCCACAGGGTCTGACATCCTCATATGACTACATACAATAAGCAT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGTCCCACAGGGTCTGACATCCTCATATGACTACATACAATAAGCAT  297

seq1  CAGGCTCCGTCTTACATGGTATACAGAAACTCATGGAAAAACAAAAAACA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCTCCGTCTTACATGGTATACAGAAACTCATGGAAAAACAAAAAACA  347

seq1  AAAAAACAAAAACAAAAACGTGCAGAAGTAAAATAACAATCTTTGGGGAG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAACAAAAACAAAAACGTGCAGAAGTAAAATAACAATCTTTGGGGAG  397

seq1  ACATATTGTCAAGGGTCCAGTTAGATTTAAATGTGTTATGGCACCACTGT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATTGTCAAGGGTCCAGTTAGATTTAAATGTGTTATGGCACCACTGT  447

seq1  GATTCTGAAAATTAGGCAAAAATTATTTTTGCAGCTTACTGACACAGCTT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCTGAAAATTAGGCAAAAATTATTTTTGCAGCTTACTGACACAGCTT  497

seq1  TGCAATTATAAAGAGAAGAATCACATTTGCATTTCTGTTTTCTTTTTCAT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAATTATAAAGAGAAGAATCACATTTGCATTTCTGTTTTCTTTTTCAT  547

seq1  TTTTTAAATTATCTTTAATCTTCTTTTACATTCCATTCATTATCCACCCT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTAAATTATCTTTAATCTTCTTTTACATTCCATTCATTATCCACCCT  597

seq1  CTGGTCTGCCTTCCCACAGATCCTCATCCCATTCTTCTTCCCTCTCCTGT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTCTGCCTTCCCACAGATCCTCATCCCATTCTTCTTCCCTCTCCTGT  647

seq1  CTCAAAGAGGATGTCCCCCATCTCCACCCTCACACAACTGAGTCAGACCG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAAGAGGATGTCCCCCATCTCCACCCTCACACAACTGAGTCAGACCG  697

seq1  TCCTATTCCCTGGGACCTCAAGTCTCTCCAGGGTTAGTGGCTTCTTCTAA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTATTCCCTGGGACCTCAAGTCTCTCCAGGGTTAGTGGCTTCTTCTAA  747

seq1  GACTGAGGCCAAACCAAGCAGTCCTCTGCTGCATGTGTCCCAGGCCTTGG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGAGGCCAAACCAAGCAGTCCTCTGCTGCATGTGTCCCAGGCCTTGG  797

seq1  ACCAGCCTGTGTCTGCTGGCTGGTTGATGTCTCAATGGCTGATAGATCCC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGCCTGTGTCTGCTGGCTGGTTGATGTCTCAATGGCTGATAGATCCC  847

seq1  AGGGGTCCAGGTTAGTTGAGATTGTTGGTCTTCCTATAGAGTAGCTCTCC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGTCCAGGTTAGTTGAGATTGTTGGTCTTCCTATAGAGTAGCTCTCC  897

seq1  CCAAGTTCTTCCAGCTTTTCCCTAATTCAACCATAGGGGTTCCAGACTTC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGTTCTTCCAGCTTTTCCCTAATTCAACCATAGGGGTTCCAGACTTC  947

seq1  AATTCATTGGTTGGGTATAAGTATCTGCATCTGTCTCAGTCAGCTCCTTG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCATTGGTTGGGTATAAGTATCTGCATCTGTCTCAGTCAGCTCCTTG  997

seq1  TTGGGCTTCTTGGAGGGCAGCCATGTTAGGATGATCTCTGTGAGCACACC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGCTTCTTGGAGGGCAGCCATGTTAGGATGATCTCTGTGAGCACACC  1047

seq1  ATAGCATTAATAATAGTGT  1068
      |||||||||||||||||||
seq2  ATAGCATTAATAATAGTGT  1066


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |