BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-240D16
ChromosomeX (Build37)
Map Location 163,961,473 - 164,098,360
singlet/doubletdoublet
Overlap geneFrmpd4
Upstream geneEgfl6, LOC100041912, LOC641660, LOC667791, EG667794, LOC100040850, LOC627268, Tmsb4x, Tlr8, Tlr7, Prps2, EG627311
Downstream geneEG667822, EG637566, Msl31
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-240D16.bB6Ng01-240D16.g
ACCGA050452GA050453
length1,179612
definitionB6Ng01-240D16.b B6Ng01-240D16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(164,097,171 - 164,098,360)(163,961,473 - 163,962,084)
sequence
gaattctgcttctatatcaaccaatcagttacagtaaaaaaataaaatcc
aacaacttcaaacagacctctaaaaatataaggaacaacttgatacctct
agcccctaagcctttgagagaatatcatatggaagtggatacttcacttc
atgacccctctccttctcattttcctgcattttctaattgtaccctcctt
tgttgatttattatctacatttctccaatgacaaattaaaaaaaaacttt
aaacaaacaactagtccgttattgctataggactatcaactgctagccac
agagccagaggctaatgactaccaaatatgccctaacagtgaggatcaac
aattctctaaagatgtctttctcccagacatcaggaagtagtcaaaagtg
catactgctgccatacctgtcttactagtcaagcctaaacatttcctcat
attttatgataaataagtggaaggaatgtgggaaaactccacccctaagc
caccttcagttacctaatgacagtaggaaacatcatcaccagtcaccaag
aagtggcacatctccactgttgccaggaacagcatacacacccaatccac
aagcactatatctccttataaaatgccagtgcctcctttccctgctttgc
ataaactccttccccaattgaactctcctgtgagatctgttgaatggcat
gactttgaggtatctgctgcttaaatgattgccataataataattaaata
cccttttggttggcgccagctccaggccaccttgggcatgaactcggtgg
atggtcccatggtccccagaggactctccactccaaaggagccctagcat
gtccaggatcttaggatcacggatgagtggaacgcaacatctgttccaaa
acattagtgatgggcctgtgccagcaggaacaagacacaggagcactacc
tgaccagtgggtcagtttcatctggtcagttctggtctaccttggtttcg
aacacagcagacagtccatggtcctcagagagatatacttccagagctgt
aaacgacagatctaggattccagggattcagggtccaggataacaggagc
ttggtcacaccaggattcaggtctcagagaagcttgactggcagaatctg
gacccacaagaaatcctcaggttccacag

gaattctgacttcctcttttaaggaattgtagacaaaaatgttctctgta
tcagaatgcatggtggtaacatgctgaaagtataaggggtgtatatttca
gggatagcagataaaaagcaaatgagcattttgttccctattctaagaag
gaacgaagtatccacccattggtcttccagagacaaagtttggagctaag
ataaaaggatggactatccagagactaccccacctagggatccatccctt
aatcaaccaccaaacccagacactattgcatatggcagcaagattttgat
gaagggaccctggcatagctgtctcgtatgaggctatgccaatgcctggc
aaatacacaagtggacacagggcccccaatggggaagctagagaaagcac
ccaaggagctgaaggggtctgcaaccctataggtggaacaacattatgaa
ctaaccagtacccccagagctcgtgtctctagctgcatatgtaacagaag
atggcctagtcagcaattattgggaagagaggccccttggtattgcaaac
tttatatgccccagtacaggggaatgccagggctaagaagtgggagtggg
tgggtaggggag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_164097171_164098360
seq2: B6Ng01-240D16.b_45_1223 (reverse)

seq1  CTGT-GAACCTGA-GATTCTTTGTGTGT-CAGATTTCTTGGCAGTCAAGC  47
      |||| |||||||| ||||  ||||| || ||||||   || |||||||||
seq2  CTGTGGAACCTGAGGATTTCTTGTGGGTCCAGATT--CTGCCAGTCAAGC  48

seq1  TTCTCTGAGACCCTGAAATCCTGGTGTGACCAAGCTCCTGTTATCCTGGG  97
      |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TTCTCTGAGA-CCTG-AATCCTGGTGTGACCAAGCTCCTGTTATCCT-GG  95

seq1  ACCCTGGAATCCTGGAATCCTAAGATCCTGGTCGTTTTACAGCTTCTGGA  147
      |||||| |  ||||||||||| |||||   |||| |||||||| ||||||
seq2  ACCCTGAATCCCTGGAATCCT-AGATC--TGTCG-TTTACAGC-TCTGGA  140

seq1  AGTATTATCTCCTCTGGGGACCATGGGACTGTCTGCTGTGTTCGAAACCA  197
      |||| ||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTA-TATCT-CTCTGAGGACCAT-GGACTGTCTGCTGTGTTCGAAACCA  187

seq1  AGGTAGACCAGAACTGACCAGATGAAACCTGACCCACTGGTCAGGTAGTG  247
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAGACCAGAACTGACCAGATGAAA-CTGACCCACTGGTCAGGTAGTG  236

seq1  CTCCTGTGTCTTGTTCCTGCTGGCACAGGCCCATCACTAATGTTTTGGAA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGTGTCTTGTTCCTGCTGGCACAGGCCCATCACTAATGTTTTGGAA  286

seq1  CAGATGTTGCGTTCCACTCATCCGTGATCCTAAGATCCTGGACATGCTAG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGTTGCGTTCCACTCATCCGTGATCCTAAGATCCTGGACATGCTAG  336

seq1  GGCTCCTTTGGAGTGGAGAGTCCTCTGGGGACCATGGGACCATCCACCGA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCCTTTGGAGTGGAGAGTCCTCTGGGGACCATGGGACCATCCACCGA  386

seq1  GTTCATGCCCAAGGTGGCCTGGAGCTGGCGCCAACCAAAAGGGTATTTAA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCATGCCCAAGGTGGCCTGGAGCTGGCGCCAACCAAAAGGGTATTTAA  436

seq1  TTATTATTATGGCAATCATTTAAGCAGCAGATACCTCAAAGTCATGCCAT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTATTATGGCAATCATTTAAGCAGCAGATACCTCAAAGTCATGCCAT  486

seq1  TCAACAGATCTCACAGGAGAGTTCAATTGGGGAAGGAGTTTATGCAAAGC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACAGATCTCACAGGAGAGTTCAATTGGGGAAGGAGTTTATGCAAAGC  536

seq1  AGGGAAAGGAGGCACTGGCATTTTATAAGGAGATATAGTGCTTGTGGATT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAAAGGAGGCACTGGCATTTTATAAGGAGATATAGTGCTTGTGGATT  586

seq1  GGGTGTGTATGCTGTTCCTGGCAACAGTGGAGATGTGCCACTTCTTGGTG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGTGTATGCTGTTCCTGGCAACAGTGGAGATGTGCCACTTCTTGGTG  636

seq1  ACTGGTGATGATGTTTCCTACTGTCATTAGGTAACTGAAGGTGGCTTAGG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGTGATGATGTTTCCTACTGTCATTAGGTAACTGAAGGTGGCTTAGG  686

seq1  GGTGGAGTTTTCCCACATTCCTTCCACTTATTTATCATAAAATATGAGGA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGAGTTTTCCCACATTCCTTCCACTTATTTATCATAAAATATGAGGA  736

seq1  AATGTTTAGGCTTGACTAGTAAGACAGGTATGGCAGCAGTATGCACTTTT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTTTAGGCTTGACTAGTAAGACAGGTATGGCAGCAGTATGCACTTTT  786

seq1  GACTACTTCCTGATGTCTGGGAGAAAGACATCTTTAGAGAATTGTTGATC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTACTTCCTGATGTCTGGGAGAAAGACATCTTTAGAGAATTGTTGATC  836

seq1  CTCACTGTTAGGGCATATTTGGTAGTCATTAGCCTCTGGCTCTGTGGCTA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTGTTAGGGCATATTTGGTAGTCATTAGCCTCTGGCTCTGTGGCTA  886

seq1  GCAGTTGATAGTCCTATAGCAATAACGGACTAGTTGTTTGTTTAAAGTTT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTTGATAGTCCTATAGCAATAACGGACTAGTTGTTTGTTTAAAGTTT  936

seq1  TTTTTTAATTTGTCATTGGAGAAATGTAGATAATAAATCAACAAAGGAGG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTAATTTGTCATTGGAGAAATGTAGATAATAAATCAACAAAGGAGG  986

seq1  GTACAATTAGAAAATGCAGGAAAATGAGAAGGAGAGGGGTCATGAAGTGA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACAATTAGAAAATGCAGGAAAATGAGAAGGAGAGGGGTCATGAAGTGA  1036

seq1  AGTATCCACTTCCATATGATATTCTCTCAAAGGCTTAGGGGCTAGAGGTA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATCCACTTCCATATGATATTCTCTCAAAGGCTTAGGGGCTAGAGGTA  1086

seq1  TCAAGTTGTTCCTTATATTTTTAGAGGTCTGTTTGAAGTTGTTGGATTTT  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGTTGTTCCTTATATTTTTAGAGGTCTGTTTGAAGTTGTTGGATTTT  1136

seq1  ATTTTTTTACTGTAACTGATTGGTTGATATAGAAGCAGAATTC  1190
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTTTACTGTAACTGATTGGTTGATATAGAAGCAGAATTC  1179


seq1: chrX_163961473_163962084
seq2: B6Ng01-240D16.g_65_676

seq1  GAATTCTGACTTCCTCTTTTAAGGAATTGTAGACAAAAATGTTCTCTGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGACTTCCTCTTTTAAGGAATTGTAGACAAAAATGTTCTCTGTA  50

seq1  TCAGAATGCATGGTGGTAACATGCTGAAAGTATAAGGGGTGTATATTTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAATGCATGGTGGTAACATGCTGAAAGTATAAGGGGTGTATATTTCA  100

seq1  GGGATAGCAGATAAAAAGCAAATGAGCATTTTGTTCCCTATTCTAAGAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATAGCAGATAAAAAGCAAATGAGCATTTTGTTCCCTATTCTAAGAAG  150

seq1  GAACGAAGTATCCACCCATTGGTCTTCCAGAGACAAAGTTTGGAGCTAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACGAAGTATCCACCCATTGGTCTTCCAGAGACAAAGTTTGGAGCTAAG  200

seq1  ATAAAAGGATGGACTATCCAGAGACTACCCCACCTAGGGATCCATCCCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAGGATGGACTATCCAGAGACTACCCCACCTAGGGATCCATCCCTT  250

seq1  AATCAACCACCAAACCCAGACACTATTGCATATGGCAGCAAGATTTTGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAACCACCAAACCCAGACACTATTGCATATGGCAGCAAGATTTTGAT  300

seq1  GAAGGGACCCTGGCATAGCTGTCTCGTATGAGGCTATGCCAATGCCTGGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGGACCCTGGCATAGCTGTCTCGTATGAGGCTATGCCAATGCCTGGC  350

seq1  AAATACACAAGTGGACACAGGGCCCCCAATGGGGAAGCTAGAGAAAGCAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATACACAAGTGGACACAGGGCCCCCAATGGGGAAGCTAGAGAAAGCAC  400

seq1  CCAAGGAGCTGAAGGGGTCTGCAACCCTATAGGTGGAACAACATTATGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGGAGCTGAAGGGGTCTGCAACCCTATAGGTGGAACAACATTATGAA  450

seq1  CTAACCAGTACCCCCAGAGCTCGTGTCTCTAGCTGCATATGTAACAGAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACCAGTACCCCCAGAGCTCGTGTCTCTAGCTGCATATGTAACAGAAG  500

seq1  ATGGCCTAGTCAGCAATTATTGGGAAGAGAGGCCCCTTGGTATTGCAAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCCTAGTCAGCAATTATTGGGAAGAGAGGCCCCTTGGTATTGCAAAC  550

seq1  TTTATATGCCCCAGTACAGGGGAATGCCAGGGCTAAGAAGTGGGAGTGGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATATGCCCCAGTACAGGGGAATGCCAGGGCTAAGAAGTGGGAGTGGG  600

seq1  TGGGTAGGGGAG  612
      ||||||||||||
seq2  TGGGTAGGGGAG  612


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |