BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-241K09
ChromosomeX (Build37)
Map Location 113,290,445 - 113,376,962
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039277
Upstream geneLOC100039255, LOC623913, LOC546363
Downstream geneCpxcr1, EG624153, LOC100039300, EG665045, LOC100039319
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-241K09.bB6Ng01-241K09.g
ACCGA051508GA051509
length1,1651,134
definitionB6Ng01-241K09.b B6Ng01-241K09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(113,290,445 - 113,291,610)(113,375,820 - 113,376,962)
sequence
gaattctttaatttaattattgatttcttctttgacacattattcattca
ctatttcacttagtaacttaatttccatgaatttgtgttggtactaaaga
tttgtttgctgttcagcttatgctctattatcttataaggcagaaacatg
gagttatttcaacctgtctgaatttgttaagatttgatttgtatcttgtg
acgtgacatattttagagattctcacatctactgctgaaaataatgtata
tactttggtatttggatgagatattctgtagatatccattaggctcattt
gaccgatgatgttatataattgtgtcacacacacatacactcacacacac
acacacacacacacacatataatttcctatcattctcttacattctctga
aacatgaatgactaaaagtgcttgtgttttggatagctcaccagaggtgt
gcaccaagacattgttaatagcctactgaaagtcaatactgcagccagct
gatactatactcaaatattcatggatctagtttccagagaacaggctttt
gaaggggaaaaaagataactcagccagcagctgcaagggggctgcacaga
agtaagcagtttatcagaagctaagataagcagttagctgtagggggttc
tacacaaactggcagtttaacagaaacaaagtgattagctgtaagggttc
catacaagcaggctaagataacttagcgaagacatcttgacattgaagtt
ctagaatagggtttgttaattttgtatgggattctctatcaaggagatca
aacactagttcaagccagaaatggcttcagcaagaatataagatgagcca
ataagcagccccattcatggtctctgtatcagctcctgccttcaggtttc
tgctctgtttagttactgtattgacttcctaaccactacatgggaaacat
aagccccataacccttaattctacagtgcctttgtcatagtgtttccccc
tggtttgctcaacctgctttctagagatccagggaaaatcatcccagggg
tgggcactatccataatagggctgagctcctcctctaacaccaattcgct
actagtaatggcctttacagccagcacttatgttaggcattttccaattg
acttgtcctcttttc

gaattcatcagggaagaaaaataccagtttttccttcttgctttattcag
atttcctaatcttccctgatttgatgtgttagactacatggttctaagaa
catatcctttttttctatgatatcatttttagagcaatataattgctcat
acttgtcttcagtgattttgtttctgtctatagtatctgctgtcatgtct
tctatttcatttttgttttgagttatatttttcttagaacaatattttca
gtttatatagttagcaaagttcctctgtaaatacatattcattaataatt
gaatctaaaagttctttcacttatttcaaaggatgaatcatttcagtttt
tctgcattgagatggttacaattactacacatattttcagagaaaaaagc
atgactcatgtttgacttgtcagtacaaaaaacaagtagggagaaatgtt
cttgcaatgagggactgcctacacatatttgatgtgagagatgtggtcaa
ttttcaatatgcatgatactctgccaaatgctaacaagtagcacctgtga
ccatcccataatgattctttaaggaagacactcttcattttttgagagat
attgatactgagttttcctataagctttcatcatctatgaaagtgactgc
catattgttcttcattcatggtcattaaaattgcagtagcttgtgctttc
ttcccagaaaacaacaagtaggtaaaagttatgaccatcctctcatttat
ttcaagttttagcttcaattttgtgctacctatactgagaatagatattc
tataaaaaaatatcctttgagattctaggataggacatctgtttggaaag
tatgggtttcaataggaactatctatcttctttgattatcactgagttgc
tatcatagacatactttttaaataaagttgaagttttgaaaatttacttt
aaataactgtagttatgggtacaccatagaaacccacatagggcatgcca
aagagttgcatgtatctaattattttatacaattgcactgaaaattaaaa
gctgaaatccccaatacatcttttccctttgaatttgagaatatccatgc
ctgttctaggatctatatgctactcataatactg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_113290445_113291610
seq2: B6Ng01-241K09.b_44_1208

seq1  GAATTCTTTAATTTAATTATTGATTTCTTCTTTGACACATTATTCATTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTAATTTAATTATTGATTTCTTCTTTGACACATTATTCATTCA  50

seq1  CTATTTCACTTAGTAACTTAATTTCCATGAATTTGTGTTGGTACTAAAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATTTCACTTAGTAACTTAATTTCCATGAATTTGTGTTGGTACTAAAGA  100

seq1  TTTGTTTGCTGTTCAGCTTATGCTCTATTATCTTATAAGGCAGAAACATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTGCTGTTCAGCTTATGCTCTATTATCTTATAAGGCAGAAACATG  150

seq1  GAGTTATTTCAACCTGTCTGAATTTGTTAAGATTTGATTTGTATCTTGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTATTTCAACCTGTCTGAATTTGTTAAGATTTGATTTGTATCTTGTG  200

seq1  ACGTGACATATTTTAGAGATTCTCACATCTACTGCTGAAAATAATGTATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTGACATATTTTAGAGATTCTCACATCTACTGCTGAAAATAATGTATA  250

seq1  TACTTTGGTATTTGGATGAGATATTCTGTAGATATCCATTAGGCTCATTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTTGGTATTTGGATGAGATATTCTGTAGATATCCATTAGGCTCATTT  300

seq1  GACCGATGATGTTATATAATTGTGTCACACACACATACACTCACACACAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCGATGATGTTATATAATTGTGTCACACACACATACACTCACACACAC  350

seq1  ACACACACACACACACATATAATTTCCTATCATTCTCTTACATTCTCTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACATATAATTTCCTATCATTCTCTTACATTCTCTGA  400

seq1  AACATGAATGACTAAAAGTGCTTGTGTTTTGGATAGCTCACCAGAGGTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATGAATGACTAAAAGTGCTTGTGTTTTGGATAGCTCACCAGAGGTGT  450

seq1  GCACCAAGACATTGTTAATAGCCTACTGAAAGTCAATACTGCAGCCAGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCAAGACATTGTTAATAGCCTACTGAAAGTCAATACTGCAGCCAGCT  500

seq1  GATACTATACTCAAATATTCATGGATCTAGTTTCCAGAGAACAGGCTTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACTATACTCAAATATTCATGGATCTAGTTTCCAGAGAACAGGCTTTT  550

seq1  GAAGGGGAAAAAAGATAACTCAGCCAGCAGCTGCAAGGGGGCTGCACAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGGGAAAAAAGATAACTCAGCCAGCAGCTGCAAGGGGGCTGCACAGA  600

seq1  AGTAAGCAGTTTATCAGAAGCTAAGATAAGCAGTTAGCTGTAGGGGGTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAGCAGTTTATCAGAAGCTAAGATAAGCAGTTAGCTGTAGGGGGTTC  650

seq1  TACACAAACTGGCAGTTTAACAGAAACAAAGTGATTAGCTGTAAGGGTTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACAAACTGGCAGTTTAACAGAAACAAAGTGATTAGCTGTAAGGGTTC  700

seq1  CATACAAGCAGGCTAAGATAACTTAGCGAAGACATCTTGACATTGAAGTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACAAGCAGGCTAAGATAACTTAGCGAAGACATCTTGACATTGAAGTT  750

seq1  CTAGAATAGGGTTTGTTAATTTTGTATGGGATTCTCTATCAAGGAGATCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAATAGGGTTTGTTAATTTTGTATGGGATTCTCTATCAAGGAGATCA  800

seq1  AACACTAGTTCAAGCCAGAAATGGCTTCAGCAAGAATATAAGATGAGCCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACTAGTTCAAGCCAGAAATGGCTTCAGCAAGAATATAAGATGAGCCA  850

seq1  ATAAGCAGCCCCATTCATGGTCTCTGTATCAGCTCCTGCCTTCAGGTTTC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGCAGCCCCATTCATGGTCTCTGTATCAGCTCCTGCCTTCAGGTTTC  900

seq1  TGCTCTGTTTAGTTACTGTATTGACTTCCTAACCACTACAT-GGAAACAT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TGCTCTGTTTAGTTACTGTATTGACTTCCTAACCACTACATGGGAAACAT  950

seq1  AAGCCCAATAAACCCTTAATTCTACAAGTTGCCTTTGTTCATAGTGTTTT  999
      |||||| || ||||||||||||||||   |||||||| |||||||| |||
seq2  AAGCCCCAT-AACCCTTAATTCTACA--GTGCCTTTG-TCATAGTG-TTT  995

seq1  CCCCCTGGTTTGCTCAACCTGCTTTCTTAGAGAATCCA-GGAAAATCATC  1048
      |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||
seq2  CCCCCTGGTTTGCTCAACCTGCTTTC-TAGAG-ATCCAGGGAAAATCATC  1043

seq1  CCA-GGGTTGGCACTATCCATAATA-GGCTGAGCTC--TCTCTACCAACA  1094
      ||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||   ||||| || ||
seq2  CCAGGGGTGGGCACTATCCATAATAGGGCTGAGCTCCTCCTCTAACACCA  1093

seq1  A-TCGCTAACTAAGTAAATGCC-TTACAGCCAGCACTTATG-TAGGCATT  1141
      | ||||| ||| |||||  ||| |||||||||||||||||| ||||||||
seq2  ATTCGCT-ACT-AGTAATGGCCTTTACAGCCAGCACTTATGTTAGGCATT  1141

seq1  TTCTCAATTGAGGTTTCCTCTTTTC  1166
      ||| |||||||  | ||||||||||
seq2  TTC-CAATTGACTTGTCCTCTTTTC  1165


seq1: chrX_113375820_113376962
seq2: B6Ng01-241K09.g_65_1198 (reverse)

seq1  CAGTATTATGAGTTTGCCTTATGGGATCTTAGAACA-GCAT-GATATTCT  48
      ||||||||||||  |  | |||  |||| ||||||| |||| ||||||||
seq2  CAGTATTATGAG--TAGCATAT-AGATCCTAGAACAGGCATGGATATTCT  47

seq1  CAAAATCAAAGGGGAAAAAGATTGTATTGGGGGATTTCAGCTTTTAATTT  98
      |||| ||||||||  |||||| |||||| |||||||||||||||||| ||
seq2  CAAATTCAAAGGG--AAAAGA-TGTATT-GGGGATTTCAGCTTTTAA-TT  92

seq1  TTCAGTGCAATTGTATAAAATAATTTAGAATTACATGCAACTCTTTGGCA  148
      ||||||||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTGCAATTGTATAAAATAA-TTAGA--TACATGCAACTCTTTGGCA  139

seq1  TG-CCTATGTGGGTTTCTATGGTGTTACCATAACTACAGTTTATTTAAAG  197
      || ||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||
seq2  TGCCCTATGTGGGTTTCTATGGTGTACCCATAACTACAG-TTATTTAAAG  188

seq1  TAAATTTTCAAAACTTCAACTTTATTTAAAAAGTATGTCTATGATAGCAA  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTTTCAAAACTTCAACTTTATTTAAAAAGTATGTCTATGATAGCAA  238

seq1  CTCAGTGATAATCAAAGAAGATAGATAGTTCCTATTGAAACCCATACTTT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGTGATAATCAAAGAAGATAGATAGTTCCTATTGAAACCCATACTTT  288

seq1  CCAAACAGATGTCCTATCCTAGAATCTCAAAGGATATTTTTTTATAGAAT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAACAGATGTCCTATCCTAGAATCTCAAAGGATATTTTTTTATAGAAT  338

seq1  ATCTATTCTCAGTATAGGTAGCACAAAATTGAAGCTAAAACTTGAAATAA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTATTCTCAGTATAGGTAGCACAAAATTGAAGCTAAAACTTGAAATAA  388

seq1  ATGAGAGGATGGTCATAACTTTTACCTACTTGTTGTTTTCTGGGAAGAAA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGAGGATGGTCATAACTTTTACCTACTTGTTGTTTTCTGGGAAGAAA  438

seq1  GCACAAGCTACTGCAATTTTAATGACCATGAATGAAGAACAATATGGCAG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAAGCTACTGCAATTTTAATGACCATGAATGAAGAACAATATGGCAG  488

seq1  TCACTTTCATAGATGATGAAAGCTTATAGGAAAACTCAGTATCAATATCT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTTTCATAGATGATGAAAGCTTATAGGAAAACTCAGTATCAATATCT  538

seq1  CTCAAAAAATGAAGAGTGTCTTCCTTAAAGAATCATTATGGGATGGTCAC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAAAAATGAAGAGTGTCTTCCTTAAAGAATCATTATGGGATGGTCAC  588

seq1  AGGTGCTACTTGTTAGCATTTGGCAGAGTATCATGCATATTGAAAATTGA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGCTACTTGTTAGCATTTGGCAGAGTATCATGCATATTGAAAATTGA  638

seq1  CCACATCTCTCACATCAAATATGTGTAGGCAGTCCCTCATTGCAAGAACA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACATCTCTCACATCAAATATGTGTAGGCAGTCCCTCATTGCAAGAACA  688

seq1  TTTCTCCCTACTTGTTTTTTGTACTGACAAGTCAAACATGAGTCATGCTT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCCCTACTTGTTTTTTGTACTGACAAGTCAAACATGAGTCATGCTT  738

seq1  TTTTCTCTGAAAATATGTGTAGTAATTGTAACCATCTCAATGCAGAAAAA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTCTGAAAATATGTGTAGTAATTGTAACCATCTCAATGCAGAAAAA  788

seq1  CTGAAATGATTCATCCTTTGAAATAAGTGAAAGAACTTTTAGATTCAATT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAATGATTCATCCTTTGAAATAAGTGAAAGAACTTTTAGATTCAATT  838

seq1  ATTAATGAATATGTATTTACAGAGGAACTTTGCTAACTATATAAACTGAA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAATGAATATGTATTTACAGAGGAACTTTGCTAACTATATAAACTGAA  888

seq1  AATATTGTTCTAAGAAAAATATAACTCAAAACAAAAATGAAATAGAAGAC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTGTTCTAAGAAAAATATAACTCAAAACAAAAATGAAATAGAAGAC  938

seq1  ATGACAGCAGATACTATAGACAGAAACAAAATCACTGAAGACAAGTATGA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACAGCAGATACTATAGACAGAAACAAAATCACTGAAGACAAGTATGA  988

seq1  GCAATTATATTGCTCTAAAAATGATATCATAGAAAAAAAGGATATGTTCT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATTATATTGCTCTAAAAATGATATCATAGAAAAAAAGGATATGTTCT  1038

seq1  TAGAACCATGTAGTCTAACACATCAAATCAGGGAAGATTAGGAAATCTGA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAACCATGTAGTCTAACACATCAAATCAGGGAAGATTAGGAAATCTGA  1088

seq1  ATAAAGCAAGAAGGAAAAACTGGTATTTTTCTTCCCTGATGAATTC  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGCAAGAAGGAAAAACTGGTATTTTTCTTCCCTGATGAATTC  1134


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |