BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-244C11
ChromosomeX (Build37)X (Build37)
Map Location 3,085,730 - 3,086,88632,052,606 - 32,053,669
singlet/doubletsingletsinglet
Overlap genenone
Upstream geneLOC385516, LOC434721
Downstream geneLOC668957, LOC100043932, OTTMUSG00000016406, LOC673743, OTTMUSG00000016405, OTTMUSG00000016411, LOC668961, LOC100042159, LOC100042168, LOC627187, LOC100042185, OTTMUSG00000016407, OTTMUSG00000016437, OTTMUSG00000016420
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-244C11.bB6Ng01-244C11.g
ACCGA053358GA053359
length1,1411,061
definitionB6Ng01-244C11.b B6Ng01-244C11.g
singlet/doubletsingletsinglet
BLAST hituniqueunique
Map location.(3,085,730 - 3,086,886)(32,052,606 - 32,053,669)
sequence
gaattcttaagtagtaaaatctgatgtagatgtgatataaagaggaggcc
atgttccagtgtaagactctgttgagccttagcttactggggactcactg
aatgaacaatgcaaagctgaaaatcgatgcaaaaagcaagagaaatgtat
ttttccaacatgttggggtcgccttgcacatggagagagagaacaaccat
gttcagcccatccatttttcctttataaagttctccatgcagcagccatt
aggcacaatgtgattggtatgaaacacattcgtagattttggttactggt
ctagcctttccattctaaagcagttagaagctgacacatttaaagtgatt
ttaagaacgggggaaaggaaatgttactgtaaatatccctgaccctgccc
tatgacacactaatcagtttgctgtactggaaaaataggacaggtcatca
ctatgcttggtttctagtgatctgtatcaacaatgatttccaatgcaatt
tctggcctggatgcagctaggtcaaaacccatatccaggccagaaatcgc
aacagaaatcaaggtcatctacacatgtgtgttataccatattaaaattg
tgaatgtgaaagaatagtcacacattaagctgatccaattctttccattc
taaagcagttagaagctgacacatttaaagtgattttaagaacgggggaa
aggaaatgttactgtaaatatccctgaccctgccctatgacacactaatc
agtttgctgtactggaaaaaataggacaggtcatcactatgcttggtttt
cgtaactccccaaaaggacacacagcactagaaatgttatatgtagaatg
gctgtttgaaaatgatacatttggggatccttccagtcgaagccaaagca
ggccaccttggattcaagcttggcgaaattcccaaggtcccaaaggactc
tccatttccccaggcaccctagcatgcccaggatctagatcactggtgag
tggaatgcaacattctgtttcaacaaaaattgggagtgctgagccaacag
agcaaggacacagactcccctctcccggcaacattgttcgagtctctgga
agctcttgacctacatgttgacctcagcagtcagtcatggt
gaattctatcccaggtggttcctgttagaccttctgtgtttgcattgctc
tgttttatgtaagaatccagtaacctctttctacgttgcgggtatgtcac
ccaacttccttattgtcttctgtataaaaagtttgatgctcgatttgaca
aattacattcagattctacacaatctctcctgtgtgcatctttctgtcat
tcatctgacgctttgcccacccgtgactagagacccgttccacgcagaca
aacgcacccagcgggtctgcagcagggtaacctttgagaaggtgatcaaa
agcagaggaatgtaaaagtcttggctgagctccacccagcagacaccacc
attaagtaggcctccaagtacagtgcacatattcataggagtattttcaa
cataaaaggagtctgagtttctcagtttagcttctcctgaggccgtaatg
tactggctaggtaaaaacgtatcttggaaggggcaactttactaatgaaa
gcttccaaactaacaatctacaattgcctatgatagatcctgaaaaatta
catataggatttttgcttaaaactggactactcaatttcattccttgatt
tctaaaggcctgaataaatgataataagctcccctcatcatgtattcaaa
agaaccaggtttttgaaagtctgattgaaaacaaccctctctctccccaa
tagttccaggccatagaaaaagaattagtctttcctggcagactaaatgt
taatcatgaacactaaccagtatcaagccaaggaaagagacgctggagct
caccaacatctatgttaggaaactaacaggcctataagctcctaagagct
tcattctgcaccaggttattgacacagatgataacaagatgttagaaatt
acaaagactactctttagtagatgtggtggtttgaatattcttggcccaa
agagtgacactattaggagtgtgcccttgtgagtaggtgtggtcttattg
agaaagtgtctcactatggggaagggtgtgaggcttctatgcctcaggtt
ctgctcaaaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_3085730_3086886
seq2: B6Ng01-244C11.b_47_1187 (reverse)

seq1  ACCATGGAGCTGACTGCTGAGTTCCAAACCAATGTA-GTCCAGAGCTTTC  49
      ||||||   |||||||||||| ||  |||  ||||| ||| ||||| |||
seq2  ACCATG--ACTGACTGCTGAGGTC--AAC--ATGTAGGTCAAGAGC-TTC  43

seq1  CAGAAGGAACTCGAACCACTGGTTGCGGGAGAGGGGGGCTCCTGTGTCCC  99
      ||||    ||||||| || || |  ||||||||||| |   |||||||| 
seq2  CAGA---GACTCGAA-CAATGTTGCCGGGAGAGGGGAG--TCTGTGTCCT  87

seq1  TGCTCCTGTTGGCTCCAGGCACTCCCAA-TTTTGTTGAAACAG-ATGTTG  147
      |||| ||||||||||   |||||||||| |||||||||||||| ||||||
seq2  TGCT-CTGTTGGCTC--AGCACTCCCAATTTTTGTTGAAACAGAATGTTG  134

seq1  CATTCCACTCACCAGTGATCCTAAGATCCTGGGCATGCTAGGGTGCCTGG  197
      ||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCCACTCACCAGTGATC--TAGATCCTGGGCATGCTAGGGTGCCTGG  182

seq1  GG-AATGGAGAGTCCTTTGGGACCTTGGGAATTTTCGCCAAGCTTGAATC  246
      || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GGAAATGGAGAGTCCTTTGGGACCTTGGGAA-TTTCGCCAAGCTTGAATC  231

seq1  CAAGGTGGCCCTGCTTTGGCTTCGACTGGAAGGATCCCCAAATGTATCAT  296
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGTGG-CCTGCTTTGGCTTCGACTGGAAGGATCCCCAAATGTATCAT  280

seq1  TTTCAAACAGCCATTCTACATATAACATTTCTAGTGCTGTGTGTCCTTTT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAAACAGCCATTCTACATATAACATTTCTAGTGCTGTGTGTCCTTTT  330

seq1  GGGGAGTTACGAAAACCAAGCATAGTGATGACCTGTCCTATTTTTTCCAG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAGTTACGAAAACCAAGCATAGTGATGACCTGTCCTATTTTTTCCAG  380

seq1  TACAGCAAACTGATTAGTGTGTCATAGGGCAGGGTCAGGGATATTTACAG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGCAAACTGATTAGTGTGTCATAGGGCAGGGTCAGGGATATTTACAG  430

seq1  TAACATTTCCTTTCCCCCGTTCTTAAAATCACTTTAAATGTGTCAGCTTC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACATTTCCTTTCCCCCGTTCTTAAAATCACTTTAAATGTGTCAGCTTC  480

seq1  TAACTGCTTTAGAATGGAAAGAATTGGATCAGCTTAATGTGTGACTATTC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTGCTTTAGAATGGAAAGAATTGGATCAGCTTAATGTGTGACTATTC  530

seq1  TTTCACATTCACAATTTTAATATGGTATAACACACATGTGTAGATGACCT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCACATTCACAATTTTAATATGGTATAACACACATGTGTAGATGACCT  580

seq1  TGATTTCTGTTGCGATTTCTGGCCTGGATATGGGTTTTGACCTAGCTGCA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTTCTGTTGCGATTTCTGGCCTGGATATGGGTTTTGACCTAGCTGCA  630

seq1  TCCAGGCCAGAAATTGCATTGGAAATCATTGTTGATACAGATCACTAGAA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGGCCAGAAATTGCATTGGAAATCATTGTTGATACAGATCACTAGAA  680

seq1  ACCAAGCATAGTGATGACCTGTCCTATTTTTCCAGTACAGCAAACTGATT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAGCATAGTGATGACCTGTCCTATTTTTCCAGTACAGCAAACTGATT  730

seq1  AGTGTGTCATAGGGCAGGGTCAGGGATATTTACAGTAACATTTCCTTTCC  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGTCATAGGGCAGGGTCAGGGATATTTACAGTAACATTTCCTTTCC  780

seq1  CCCGTTCTTAAAATCACTTTAAATGTGTCAGCTTCTAACTGCTTTAGAAT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGTTCTTAAAATCACTTTAAATGTGTCAGCTTCTAACTGCTTTAGAAT  830

seq1  GGAAAGGCTAGACCAGTAACCAAAATCTACGAATGTGTTTCATACCAATC  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGGCTAGACCAGTAACCAAAATCTACGAATGTGTTTCATACCAATC  880

seq1  ACATTGTGCCTAATGGCTGCTGCATGGAGAACTTTATAAAGGAAAAATGG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTGTGCCTAATGGCTGCTGCATGGAGAACTTTATAAAGGAAAAATGG  930

seq1  ATGGGCTGAACATGGTTGTTCTCTCTCTCCATGTGCAAGGCGACCCCAAC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGCTGAACATGGTTGTTCTCTCTCTCCATGTGCAAGGCGACCCCAAC  980

seq1  ATGTTGGAAAAATACATTTCTCTTGCTTTTTGCATCGATTTTCAGCTTTG  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTGGAAAAATACATTTCTCTTGCTTTTTGCATCGATTTTCAGCTTTG  1030

seq1  CATTGTTCATTCAGTGAGTCCCCAGTAAGCTAAGGCTCAACAGAGTCTTA  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGTTCATTCAGTGAGTCCCCAGTAAGCTAAGGCTCAACAGAGTCTTA  1080

seq1  CACTGGAACATGGCCTCCTCTTTATATCACATCTACATCAGATTTTACTA  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGGAACATGGCCTCCTCTTTATATCACATCTACATCAGATTTTACTA  1130

seq1  CTTAAGAATTC  1157
      |||||||||||
seq2  CTTAAGAATTC  1141

seq1: chrX_32052606_32053669
seq2: B6Ng01-244C11.g_66_1126

seq1  GAATTCTATCCCAGGTGGTTCCTGTTAGACCTTCTGTGTTTGCATTCCTC  50
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GAATTCTATCCCAGGTGGTTCCTGTTAGACCTTCTGTGTTTGCATTGCTC  50

seq1  TGTTTTATGTAAGAATCCAGTAACCTCTTTCTACGTTGCGGGTATGTCAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTATGTAAGAATCCAGTAACCTCTTTCTACGTTGCGGGTATGTCAC  100

seq1  CCAACTTCCTTATTGTCTTCTGTATAAAAAGTTTGATGCTTGATTTGACA  150
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CCAACTTCCTTATTGTCTTCTGTATAAAAAGTTTGATGCTCGATTTGACA  150

seq1  AATTACATTCAGATTCTACACAATCTCTCCTGTGTGCATCTTTCTGTCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTACATTCAGATTCTACACAATCTCTCCTGTGTGCATCTTTCTGTCAT  200

seq1  TCATCTGACGCTTTGCCCACCCGTGACTAGAGACCCGTTCCACGCAGACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTGACGCTTTGCCCACCCGTGACTAGAGACCCGTTCCACGCAGACA  250

seq1  AAGGCACCCAGAGGGTCTGCAGCAGGGTAACCTTTGAGAAGGTGATCAAA  300
      || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGCACCCAGCGGGTCTGCAGCAGGGTAACCTTTGAGAAGGTGATCAAA  300

seq1  AGCAGAGGAATGTAAAAGTCTTGGCTGAGCTCCACCCAGCAGACACCACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGAGGAATGTAAAAGTCTTGGCTGAGCTCCACCCAGCAGACACCACC  350

seq1  ATTAAGTAGGCCTCCAAGTACAGTGCACATATTCATAGGAGTATTTTCAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAGTAGGCCTCCAAGTACAGTGCACATATTCATAGGAGTATTTTCAA  400

seq1  CATAAAAGGAGTCTGAGTTTCTCAGTTTAGCTTCTCCTGAGGCCGTAATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAAAGGAGTCTGAGTTTCTCAGTTTAGCTTCTCCTGAGGCCGTAATG  450

seq1  TACTGGCTAGGTAAAAACGTATCTTGGAAGGGGCAACTTTACTAATGAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGGCTAGGTAAAAACGTATCTTGGAAGGGGCAACTTTACTAATGAAA  500

seq1  GCTTCCAAACTAACAATCTACAATTGCCTATGATAGATCCTGAAAAATTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCCAAACTAACAATCTACAATTGCCTATGATAGATCCTGAAAAATTA  550

seq1  CATATAGGATTTTTGCTTAAAACTGGACTACTCAATGTCATTCCTTGATT  600
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CATATAGGATTTTTGCTTAAAACTGGACTACTCAATTTCATTCCTTGATT  600

seq1  TCTAAAGGCCTGAATAAATGATAATAAGCTCCCCTCATCATGTATTCAAA  650
      |||||||                      |||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTCCCCTCATCATGTATTCAAA  650

seq1  AGAACCAGGTTTTTGAAAGTCTGATTGAAAACAACCCTCTCTCTCCCCAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACCAGGTTTTTGAAAGTCTGATTGAAAACAACCCTCTCTCTCCCCAA  700

seq1  TAGTTCCAGGCCATAGAAAAAGAATTAGTCTTTCCTGGAAGACTAAATGT  750
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TAGTTCCAGGCCATAGAAAAAGAATTAGTCTTTCCTGGCAGACTAAATGT  750

seq1  TAATCATGAACACTAACCAGTATCAAGCCAAGGAAAGAGACGCTGGAGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCATGAACACTAACCAGTATCAAGCCAAGGAAAGAGACGCTGGAGCT  800

seq1  CACCAACATCTATGTTAGGAAACTAACAGGCCTATAAGCTCCTAAGAGCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAACATCTATGTTAGGAAACTAACAGGCCTATAAGCTCCTAAGAGCT  850

seq1  TCATTCTGCACCAGGTTATTGACACAGATGATAACAAGATGTTAGAAATT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTCTGCACCAGGTTATTGACACAGATGATAACAAGATGTTAGAAATT  900

seq1  ACAAAGACTACTCTTTAGTAGATGTGGTGGTTTGAATATTCTTGGGCCAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  ACAAAGACTACTCTTTAGTAGATGTGGTGGTTTGAATATTCTTGGCCCAA  950

seq1  AGAGTGACACTATTAGGAGGTGTGCCCTTGTGAAGTAGGTGTGGTCTTAT  1000
      |||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  AGAGTGACACTATTAGGA-GTGTGCCCTTGTG-AGTAGGTGTGGTCTTAT  998

seq1  TGGAGAAAGTGTCTCACTATGGGGAGGGGTGTTGAGGCTCCTATG-CTCA  1049
      | ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||| ||||
seq2  T-GAGAAAGTGTCTCACTATGGGGAAGGGTG-TGAGGCTTCTATGCCTCA  1046

seq1  GGTTCTGCTCAAAGA  1064
      |||||||||||||||
seq2  GGTTCTGCTCAAAGA  1061