BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-248B23
ChromosomeX (Build37)
Map Location 164,594,851 - 164,764,428
singlet/doubletdoublet
Overlap geneFrmpd4
Upstream geneTmsb4x, Tlr8, Tlr7, Prps2, EG627311
Downstream geneEG667822, EG637566, Msl31, Arhgap6, Amelx, Hccs, LOC100040950
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-248B23.bB6Ng01-248B23.g
ACCGA056279GA056280
length1,1531,098
definitionB6Ng01-248B23.b B6Ng01-248B23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(164,594,851 - 164,596,001)(164,763,314 - 164,764,428)
sequence
gaattcatttttttaaatacctctaagtttatagtaatcagtatctgctc
ttgagctcaagggtctatttggaggcacaatgatgatgtctactacaaaa
acccctcagcaatacttttcactacattgatctaattcccaggcaggttc
ttctaagcagttccaggttttccttttccttaatgaatgggaacccttgg
atctatacctgatggttgccaagctaaaagatggcagttccagaagaaaa
gtaatagcattttccatcccagactcctgaaaatcccaacggtgagtgag
tagacttggcctatcacaagtcacccttttcctgaagctctcattatcta
ggaggatatggtactttaaatggttctggtcaagccacgtttgtgcctaa
gatagggtgggggagggtcagttctaaagtaacattaagatccccacaag
aaagatgagtttggataactgggagaaatggggatgggaaaatggaccaa
tgggtcaagagcttgacgtagaggcatgggagctcatttggagccctggg
atgtgtgtaaactgacaagcatggtattacaaatgtgcagccctaatgct
agagaggcagagacaagaagatcctggcagcttcctttccaggcagtcta
gttgaatcagcaagctctaggtgcaagaagagaccctgtctcaaaaacaa
gatggaaagtaattgaggaagacctttgacattaaaatcttgactccata
agtataacacacctgcacacatacaaaaaagtataagtatttctggatta
aattaaattataacatgctagtttaaaatatatgctcaatatttgaaatc
aacactggatcttctgttaatagtgattttcaaaaacacaattaaaaata
atataaaatgaatacaacactaagttttgactacaatttctgatcccaat
gaatacccttagttccctattcttaaatatggaatatgtaactaccataa
agtgaacctatttttatatttacaaatgattgggaggaccattaaatatt
atagggccaatcaattctaccaattccattgtgtccatgacatcatatcc
agtcagccaagcttacgtacataggtaaatgatcatgtttcaaaagtcct
ctg
gaattcaaatttatgagcctatgaggccattctcattcaaaccaccaaag
gatgtataaatttacgtctagattgtcccagatctaggacttttttttta
cttagtttttatatattgaagtgttatttgtttgtttttttaaatattct
tttattatttattgagacacagtctcactacgtagctttggatgtcctga
actcaccatgtagataaggttgtcctcagacccatagaatccccctgcct
ctacctccaaagttctgggattaaaggcatatgccaccacaccctgcata
gatatggtgattttaatgtgctcaaatatttgaacacttggtcctcagtt
tgtggtgctattgggtttggtttaagaggtttggtcttgtccaaggaagt
atgtcactggaggttggcttggagttttcaaagctttataccattccatg
tctattatctatacctcatgcttgctgtttgagatgtgaggtctcagatt
gttcctctagccaccaagcctacctgctgccatgcctccctaccacaaga
gagatgtactcattcctctaggactgtaagccccaaatccccttctttct
gtaagttgctttaaacatcgtgttttatcacagcaaaagaaagttaacta
atacaatagatctcactgatattgcagagtgtgctgggaatgcaaaatct
catcagctttctccttcatctatggaagccagatatgattctaccaggtc
atttgaatagctgtacaagttgcataagcctgtccctttaactgtaaagc
tcctcttctgaatgaagcaggattttgatttaggctgataagtgttcatt
ctctttttgtctatcttttgtattctttgggtcactggaagacaagcacc
attttattagagaaaaaagtagacggagagccacactgataagggatgct
tgcaacctctagaaacaggtagaaaagatagctttctgccacagagctca
cggctgtatagatgcagttgatattctttcgatctgagagacaggataga
ttcagcagctactgcagtgatcaaggacttcccctggctctggatgaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_164594851_164596001
seq2: B6Ng01-248B23.b_44_1196

seq1  GAATTCATTTTTTTAAATACCTCTAAGTTTATAGTAATCAGTATCTGCTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTTTTTTAAATACCTCTAAGTTTATAGTAATCAGTATCTGCTC  50

seq1  TTGAGCTCAAGGGTCTATTTGGAGGCACAATGATGATGTCTACTACAAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGCTCAAGGGTCTATTTGGAGGCACAATGATGATGTCTACTACAAAA  100

seq1  ACCCCTCAGCAATACTTTTCACTACATTGATCTAATTCCCAGGCAGGTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCTCAGCAATACTTTTCACTACATTGATCTAATTCCCAGGCAGGTTC  150

seq1  TTCTAAGCAGTTCCAGGTTTTCCTTTTCCTTAATGAATGGGAACCCTTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAAGCAGTTCCAGGTTTTCCTTTTCCTTAATGAATGGGAACCCTTGG  200

seq1  ATCTATACCTGATGGTTGCCAAGCTAAAAGATGGCAGTTCCAGAAGAAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTATACCTGATGGTTGCCAAGCTAAAAGATGGCAGTTCCAGAAGAAAA  250

seq1  GTAATAGCATTTTCCATCCCAGACTCCTGAAAATCCCAACGGTGAGTGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATAGCATTTTCCATCCCAGACTCCTGAAAATCCCAACGGTGAGTGAG  300

seq1  TAGACTTGGCCTATCACAAGTCACCCTTTTCCTGAAGCTCTCATTATCTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACTTGGCCTATCACAAGTCACCCTTTTCCTGAAGCTCTCATTATCTA  350

seq1  GGAGGATATGGTACTTTAAATGGTTCTGGTCAAGCCACGTTTGTGCCTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGATATGGTACTTTAAATGGTTCTGGTCAAGCCACGTTTGTGCCTAA  400

seq1  GATAGGGTGGGGGAGGGTCAGTTCTAAAGTAACATTAAGATCCCCACAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGGGTGGGGGAGGGTCAGTTCTAAAGTAACATTAAGATCCCCACAAG  450

seq1  AAAGATGAGTTTGGATAACTGGGAGAAATGGGGATGGGAAAATGGACCAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGATGAGTTTGGATAACTGGGAGAAATGGGGATGGGAAAATGGACCAA  500

seq1  TGGGTCAAGAGCTTGACGTAGAGGCATGGGAGCTCATTTGGAGCCCTGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTCAAGAGCTTGACGTAGAGGCATGGGAGCTCATTTGGAGCCCTGGG  550

seq1  ATGTGTGTAAACTGACAAGCATGGTATTACAAATGTGCAGCCCTAATGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTGTAAACTGACAAGCATGGTATTACAAATGTGCAGCCCTAATGCT  600

seq1  AGAGAGGCAGAGACAAGAAGATCCTGGCAGCTTCCTTTCCAGGCAGTCTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGGCAGAGACAAGAAGATCCTGGCAGCTTCCTTTCCAGGCAGTCTA  650

seq1  GTTGAATCAGCAAGCTCTAGGTGCAAGAAGAGACCCTGTCTCAAAAACAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAATCAGCAAGCTCTAGGTGCAAGAAGAGACCCTGTCTCAAAAACAA  700

seq1  GATGGAAAGTAATTGAGGAAGACCTTTGACATTAAAATCTTGACTCCATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGAAAGTAATTGAGGAAGACCTTTGACATTAAAATCTTGACTCCATA  750

seq1  AGTATAACACACCTGCACACATAC-AAAAAGTATAAGTATTTCTGGATTA  799
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATAACACACCTGCACACATACAAAAAAGTATAAGTATTTCTGGATTA  800

seq1  AATTAAATTATAACATGCTAGTTTAAAATTATATGCTCAATATTTGAAAT  849
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  AATTAAATTATAACATGCTAGTTTAAAA-TATATGCTCAATATTTGAAAT  849

seq1  CAACACTGGATCTTCTGTTAAATAGTGA-TTTCAAAAACACAATTTAAAA  898
      ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||
seq2  CAACACTGGATCTTCTGTT-AATAGTGATTTTCAAAAACACAA-TTAAAA  897

seq1  ATAATATAAAATGAATACAACACTAAGTTTTGACTAC-ATTTCTGATCCC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  ATAATATAAAATGAATACAACACTAAGTTTTGACTACAATTTCTGATCCC  947

seq1  -ATGAATACCCTTAG-TCCCTATTCTTAATTATGG-ATATTGTACTAACA  994
       |||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||   |||| ||
seq2  AATGAATACCCTTAGTTCCCTATTCTTAAATATGGAATATGTAACTACCA  997

seq1  TAAAGTG-ACCTA-TTTTATATTAACAAATGATT-GGAGGACAATTAATT  1041
      ||||||| ||||| ||||||||| |||||||||| ||||||| ||||| |
seq2  TAAAGTGAACCTATTTTTATATTTACAAATGATTGGGAGGACCATTAAAT  1047

seq1  ATTAATAGGCAAATCAATTCCTACAAAATTCCAATGTGTCCATGACATCA  1091
      ||||   ||| |||||||| ||||  ||||||| ||||||||||||||||
seq2  ATTATAGGGCCAATCAATT-CTAC-CAATTCCATTGTGTCCATGACATCA  1095

seq1  TATTCAAGTCAAGGCAAGCTTACTTTCATAAGGACATGATCATGTTTCAA  1141
      || || |||| || ||||||||| | |||| | | |||||||||||||||
seq2  TA-TCCAGTC-AGCCAAGCTTACGTACATAGGTAAATGATCATGTTTCAA  1143

seq1  AAGTCCTCTG  1151
      ||||||||||
seq2  AAGTCCTCTG  1153

seq1: chrX_164763314_164764428
seq2: B6Ng01-248B23.g_65_1162 (reverse)

seq1  TTCATCCCAGAGCCCAGGGGAGTCTTTGATCACTGGCAGTAGCTGCTGAA  50
      ||||| ||||||||  ||| |||| ||||||||| |||||||||||||||
seq2  TTCAT-CCAGAGCCAGGGGAAGTCCTTGATCACT-GCAGTAGCTGCTGAA  48

seq1  TCTAATCCTGGTTCTCCTCAAGATCGAAAAGAATTAATCACCTGCCATCT  100
      ||| ||||||  ||||    |||||| |||||||  |||| ||| |||||
seq2  TCT-ATCCTGTCTCTC----AGATCG-AAAGAAT--ATCAACTG-CATCT  89

seq1  ATACAGCCGTTGAGCTTCTGTGGCAG-AAGCTATCTTTTCCTACCTGTTT  149
      ||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||| ||||||||||
seq2  ATACAGCCG-TGAGC-TCTGTGGCAGAAAGCTATCTTTT-CTACCTGTTT  136

seq1  CTAGA-GTTGCAAGCATCCCTTATCAGTGTTGGCTCTCCTTCTACTTTTT  198
      ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||
seq2  CTAGAGGTTGCAAGCATCCCTTATCAGTG-TGGCTCTCCGTCTACTTTTT  185

seq1  TCTCTTAATAAATGGTTGCTTTGTCTTCCAGTGACCAAAAGAATACAAAA  248
      |||| |||||||  | ||| |||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TCTC-TAATAAAATGGTGC-TTGTCTTCCAGTGACCCAAAGAATACAAAA  233

seq1  GATAGACAAAAAGAGAATGAACACTTATCAGCCTAAAATCAAAATCCTGC  298
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  GATAGACAAAAAGAGAATGAACACTTATCAGCCT-AAATCAAAATCCTGC  282

seq1  TTTCATTCAGAAGAGGAGCTTTACAGTTAAAGGGACAGGCTTATGCAACT  348
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -TTCATTCAGAAGAGGAGCTTTACAGTTAAAGGGACAGGCTTATGCAACT  331

seq1  TGTACAGCTATTCAAATGACCTGGTAGAATCATATCTGGCTTCCATAGAT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACAGCTATTCAAATGACCTGGTAGAATCATATCTGGCTTCCATAGAT  381

seq1  GAAGGAGAAAGCTGATGAGATTTTGCATTCCCAGCACACTCTGCAATATC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGAGAAAGCTGATGAGATTTTGCATTCCCAGCACACTCTGCAATATC  431

seq1  AGTGAGATCTATTGTATTAGTTAACTTTCTTTTGCTGTGATAAAACACGA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGATCTATTGTATTAGTTAACTTTCTTTTGCTGTGATAAAACACGA  481

seq1  TGTTTAAAGCAACTTACAGAAAGAAGGGGATTTGGGGCTTACAGTCCTAG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTAAAGCAACTTACAGAAAGAAGGGGATTTGGGGCTTACAGTCCTAG  531

seq1  AGGAATGAGTACATCTCTCTTGTGGTAGGGAGGCATGGCAGCAGGTAGGC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAATGAGTACATCTCTCTTGTGGTAGGGAGGCATGGCAGCAGGTAGGC  581

seq1  TTGGTGGCTAGAGGAACAATCTGAGACCTCACATCTCAAACAGCAAGCAT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTGGCTAGAGGAACAATCTGAGACCTCACATCTCAAACAGCAAGCAT  631

seq1  GAGGTATAGATAATAGACATGGAATGGTATAAAGCTTTGAAAACTCCAAG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTATAGATAATAGACATGGAATGGTATAAAGCTTTGAAAACTCCAAG  681

seq1  CCAACCTCCAGTGACATACTTCCTTGGACAAGACCAAACCTCTTAAACCA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACCTCCAGTGACATACTTCCTTGGACAAGACCAAACCTCTTAAACCA  731

seq1  AACCCAATAGCACCACAAACTGAGGACCAAGTGTTCAAATATTTGAGCAC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCAATAGCACCACAAACTGAGGACCAAGTGTTCAAATATTTGAGCAC  781

seq1  ATTAAAATCACCATATCTATGCAGGGTGTGGTGGCATATGCCTTTAATCC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAAATCACCATATCTATGCAGGGTGTGGTGGCATATGCCTTTAATCC  831

seq1  CAGAACTTTGGAGGTAGAGGCAGGGGGATTCTATGGGTCTGAGGACAACC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAACTTTGGAGGTAGAGGCAGGGGGATTCTATGGGTCTGAGGACAACC  881

seq1  TTATCTACATGGTGAGTTCAGGACATCCAAAGCTACGTAGTGAGACTGTG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTACATGGTGAGTTCAGGACATCCAAAGCTACGTAGTGAGACTGTG  931

seq1  TCTCAATAAATAATAAAAGAATATTTAAAAAAACAAACAAATAACACTTC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAATAAATAATAAAAGAATATTTAAAAAAACAAACAAATAACACTTC  981

seq1  AATATATAAAAACTAAGTAAAAAAAAAGTCCTAGATCTGGGACAATCTAG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATATAAAAACTAAGTAAAAAAAAAGTCCTAGATCTGGGACAATCTAG  1031

seq1  ACGTAAATTTATACATCCTTTGGTGGTTTGAATGAGAATGGCCTCATAGG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTAAATTTATACATCCTTTGGTGGTTTGAATGAGAATGGCCTCATAGG  1081

seq1  CTCATAAATTTGAATTC  1115
      |||||||||||||||||
seq2  CTCATAAATTTGAATTC  1098