BAC Information

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BAC

Clone NameB6Ng01-248E04
ChromosomeX (Build37)
Map Location 86,421,887 - 86,531,612
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC667934
Upstream geneEG667883, LOC667891, EG245506, LOC667911, LOC100041707, EG436213, LOC667919, LOC100041727
Downstream genePet2, EG629419, 4932429P05Rik, LOC633246, Nanog-ps1, 4930415L06Rik, EG547215, Gm370
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-248E04.bB6Ng01-248E04.g
ACCGA056382GA056383
length1,172572
definitionB6Ng01-248E04.b B6Ng01-248E04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(86,530,434 - 86,531,612)(86,421,887 - 86,422,444)
sequence
gaattcaaactagtatgaatgaagtgcaagtagtgttaactgtaaatttg
gccctctcaccctaatctgtagtttaattgttgctccttttctaatcttc
ttttaatatttttgtttttctgtttcctcttccttcttttaatgagttat
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cttcacatgtggtgattatatatatgtatatatatatacatatatatgtg
tgtatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatata
tatatatatatatatatatata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_86530434_86531612
seq2: B6Ng01-248E04.b_44_1215 (reverse)

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      |||| ||||||||  |||| ||||||  |||| ||||||||   ||||||
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       |  |||||||| || ||||| ||| ||| |||||| |||||||||| ||
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       ||||||||| | ||| |||||| |||||||||||||| |||||||||||
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      |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||   |||||||
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      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTATTAAATTATATATATATATATATATATATATATATATATGCATT  235

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACTTTATGTGCTCTACATTTATATATCTACCCTCAGAGTACAAATGG  285

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGCTGGAAAACAATTTCAGGACCTCTATAAGAACATGATACCACTCT  385

seq1  TAACCAATAACCATCTCACCAAATCAGAAGTCAAGTTTTTGAGGTAACAT  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  TATTAAATTTGCCCCAAGATCAGTATATGTGTTGAAGTGAATTCAATAAT  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  TTATCTTTTAATATAGTATAGAACAGTTTTCATAAGAAAGTAATTTGTTT  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTTTTAATATAGTATAGAACAGTTTTCATAAGAAAGTAATTTGTTT  535

seq1  TCTTATTAACAACTTTGTGAAATTGGACTACAAATTTGACTTTTCGTAGA  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTATTAACAACTTTGTGAAATTGGACTACAAATTTGACTTTTCGTAGA  585

seq1  ATATTTTAAGAGTCTTGCATAGAGTCTTAGATTTGACAGCAAAGTACAAT  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTTAAGAGTCTTGCATAGAGTCTTAGATTTGACAGCAAAGTACAAT  635

seq1  CAATCATAGAAAGAAGTTGGTAGCTATACATGATTGTGATACATAAAATA  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCATAGAAAGAAGTTGGTAGCTATACATGATTGTGATACATAAAATA  685

seq1  ATATTTTTGAAAGATTTACTACATATTGTGTGAATTTTATCATGATTACA  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  TAGTGTAGTCAATGTTATCAAATTATAATATTGTCTGGTGAGGTTTTCAA  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGTAGTCAATGTTATCAAATTATAATATTGTCTGGTGAGGTTTTCAA  785

seq1  TGTACAGAGTGGTAATGTCCAAAACAACAGTCATATAAAGTAAGACTATC  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACAGAGTGGTAATGTCCAAAACAACAGTCATATAAAGTAAGACTATC  835

seq1  AAAGAACCTAGCAAGATACTGAAGTTTCTAAACTGAAAATGAAGCCTTGA  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAACCTAGCAAGATACTGAAGTTTCTAAACTGAAAATGAAGCCTTGA  885

seq1  AATATTTATATTATCAGATTGAGATAAATTACATATAAATATTATAATCC  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTTATATTATCAGATTGAGATAAATTACATATAAATATTATAATCC  935

seq1  CTTGGTTACCCATTAAAATTGTATGAAGTTCTATGTTTTCATTAACTGTA  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGTTACCCATTAAAATTGTATGAAGTTCTATGTTTTCATTAACTGTA  985

seq1  ATATTTTTATTAAAGCTATTTTATCTCTGCATTTTAAATAACTCATTAAA  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTTTATTAAAGCTATTTTATCTCTGCATTTTAAATAACTCATTAAA  1035

seq1  AGAAGGAAGAGGAAACAGAAAAACAAAAATATTAAAAGAAGATTAGAAAA  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGAAGAGGAAACAGAAAAACAAAAATATTAAAAGAAGATTAGAAAA  1085

seq1  GGAGCAACAATTAAACTACAGATTAGGGTGAGAGGGCCAAATTTACAGTT  1142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCAACAATTAAACTACAGATTAGGGTGAGAGGGCCAAATTTACAGTT  1135

seq1  AACACTACTTGCACTTCATTCATACTAGTTTGAATTC  1179
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACTACTTGCACTTCATTCATACTAGTTTGAATTC  1172


seq1: chrX_86421887_86422444
seq2: B6Ng01-248E04.g_62_620

seq1  GAATTCTCTTGCATTCACAAACACAAACATATACACATACACTCACATGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTTGCATTCACAAACACAAACATATACACATACACTCACATGA  50

seq1  ATGCATAAGAATGCACACAAAAATATATATTTAAATGATCTCATTATTTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATAAGAATGCACACAAAAATATATATTTAAATGATCTCATTATTTA  100

seq1  TCCCTGGCTGGACTGGAACTTACTATTTATAGCAGGCTAATCTGGAACTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTGGCTGGACTGGAACTTACTATTTATAGCAGGCTAATCTGGAACTC  150

seq1  ATGGCCTGTCCCTACCATAGGAGGACTAGACACAACTATGCCCTGGTTAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  ATTATTTCTTAAAACAAGCTCCGGGAAAGCAGCTATCTCAGACTTTTAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTTCTTAAAACAAGCTCCGGGAAAGCAGCTATCTCAGACTTTTAGA  250

seq1  GATCCCAATATGTGGCGCATATTATTTTTGAGATATATCAAAATGTCTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCCAATATGTGGCGCATATTATTTTTGAGATATATCAAAATGTCTTG  300

seq1  GCAAAGCATAATTATACACACACACACGTGTGTGTGTATGTGTAATTATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAGCATAATTATACACACACACACGTGTGTGTGTATGTGTAATTATA  350

seq1  TATATGTGTAAAAATACTTAATATATCTTAAATTGACTTTATAATTTTAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATGTGTAAAAATACTTAATATATCTTAAATTGACTTTATAATTTTAT  400

seq1  ATAACCATCTAAATGATTTTATTCAAAGGTTATTAATCTAATATCTACAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACCATCTAAATGATTTTATTCAAAGGTTATTAATCTAATATCTACAA  450

seq1  CTTCACATGTGGTGATTATATATATGTATATATATATACATATATATGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCACATGTGGTGATTATATATATGTATATATATATACATATATATGTG  500

seq1  TGTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATA  550

seq1  TATA-ATAT  558
      |||| ||||
seq2  TATATATAT  559


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