BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-256A21
ChromosomeX (Build37)
Map Location 43,937,461 - 44,132,668
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100040075, Actrt1, EG245405, LOC665632
Downstream geneEG434775, LOC236775, LOC100040133, LOC100040145, EG624187
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-256A21.bB6Ng01-256A21.g
ACCGA062110GA062111
length1,0601,135
definitionB6Ng01-256A21.b B6Ng01-256A21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(44,131,614 - 44,132,668)(43,937,461 - 43,938,596)
sequence
gaattcatgcagagctccctaatctttccattgcatagttctatatctaa
actgtttgaaacttgagtaatcaagagaaaggcattatagaggtcctctt
gggaaaatatttttgatataatatcaatgaaaacaggctgatcagtataa
atgtgtacatgtttcaaattatattattctatgtatacagagaattgtag
agatcaaagggcaaagttaaaggtgaaaattctcatatttgttggtcaaa
ctctgactacatgaacccttatctcattaacttggcttgtgtttcctttc
atactattcaaagaacatgtttcataaaactcactaatgaaataattatt
ccaagcactttcaaaaggaaagtaccttatgctcaattgctgctgttata
ttcccaaaccattgagccctgaatttacttatcaatgctctagatgaaaa
ctgtacaaccttggagaaacagtattgtgaggctagaaagatatcttgct
cagtgactaccagcattggctactgctctttctccatagtccaagattca
attacccgcattttcaaccttctataactcaagtttcaggggtcttaaca
tcctcttctagcctctactgatactacttttgtacatagtgcacagatat
ataagcaagtaaaacacccatccatatagaaaacattaaataaaatagta
tggatttaacgtcaacaacttggactattgcaacagaatgactaaaatgt
cttcaagtgcaccagggattttcaagagcatggaaccaaacagaatgtaa
aataaaatttgaccatggttgtccttgtttctttctcttctaggatgatt
tgtagccatctgtctaactctaccactcagtctctatatttttattttgc
ttgacaaccttgcatgttccagatttcatcaattctatcttcactaagcc
tataaaagtatggtctattatagtagtctatgttaatttcccaagactat
agactatactttttactcttcagactctgttgtttgcttgtttgttttgt
tcgtttgttt

gaattcagtattaattacaaaagagattttcttaagtggaaaacagaaaa
ttgcagtctaaatttttcagaagtactgcattgtgtatacctagctagct
tagataaagactgggtaatagagccattgtgtaatggctgaactcacacc
atgagccctccctcagaagctcaattacccaacccagaaatggtgtggaa
ggcgagagataccacagaggaaaaaaaaataagggaaaataaagggaagg
aaatgggggtgccaaaattctgctttgatcaccacaattttattaaggtt
tgactttaaatataattcatgctatcagttcatgtctacaaaattgtttg
tcattgccataaactgaataaggtacttagcatgtattttgaaatggtga
attacacaaagaaaactacaaggaagccaaaagacttgccccaagtcaca
caactctaaggtcacagaattgttcctctaatctctaaagactattccaa
agaccaggtgtaaacaaatacgcctaagtgatactatgaagaggtaaaca
attcgttaggtttgtagaatttgaatgtgagtcttggagatgaaaattaa
tcagttgttattttaaatgaaaacatccaaagagttaggttgaattgact
acggacattgtttcttgcattgtactgtccttaattaagtgtatgttcct
tggaatgactcagtatcaaccttttgctatatacagctctacagacctat
agtgggaagatagacaaaagggagagtacataaaaaatggagagtacatc
aaaaagtaagagtgaatgttaaacagctagaagaggtatgtaaaagagtt
ctctgcatctatctcatttgctgcccaggtaccattcaggacatatttat
atcaataaactagcatcttacggcacaaatgacgtgttagtagtcactaa
cagaataatgtattctatggtaagtgctaccattcagctgtggacagatg
gatatacatcttgattcctcttttccatctgtttctgccagtatctttag
ttgcaagcatgttttccctgctaacatctcaccaaatctaaaaatagatt
aagaagatcacgtttgtgtttggattgattctttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_44131614_44132668
seq2: B6Ng01-256A21.b_48_1107 (reverse)

seq1  AAACAAA--AACAAAGACAAA-AACAAAACA--AGAGTCTGAAGAGT-AA  44
      |||||||  |||||| ||||| ||  |||||  |||||||||||||| ||
seq2  AAACAAACGAACAAA-ACAAACAAGCAAACAACAGAGTCTGAAGAGTAAA  49

seq1  AAGTATAGTCTATAGTCTTGGGAAATTAACATAGACTACTATAATAGACC  94
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTATAGTCTATAGTCTTGGGAAATTAACATAGACTACTATAATAGACC  99

seq1  ATACTTTTATAGGCTTAGTGAAGATAGAATTGATGAAATCTGGAACATGC  144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTTTTATAGGCTTAGTGAAGATAGAATTGATGAAATCTGGAACATGC  149

seq1  AAGGTTGTCAAGCAAAATAAAAATATAGAGACTGAGTGGTAGAGTTAGAC  194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTTGTCAAGCAAAATAAAAATATAGAGACTGAGTGGTAGAGTTAGAC  199

seq1  AGATGGCTACAAATCATCCTAGAAGAGAAAGAAACAAGGACAACCATGGT  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGCTACAAATCATCCTAGAAGAGAAAGAAACAAGGACAACCATGGT  249

seq1  CAAATTTTATTTTACATTCTGTTTGGTTCCATGCTCTTGAAAATCCCTGG  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATTTTATTTTACATTCTGTTTGGTTCCATGCTCTTGAAAATCCCTGG  299

seq1  TGCACTTGAAGACATTTTAGTCATTCTGTTGCAATAGTCCAAGTTGTTGA  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACTTGAAGACATTTTAGTCATTCTGTTGCAATAGTCCAAGTTGTTGA  349

seq1  CGTTAAATCCATACTATTTTATTTAATGTTTTCTATATGGATGGGTGTTT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTAAATCCATACTATTTTATTTAATGTTTTCTATATGGATGGGTGTTT  399

seq1  TACTTGCTTATATATCTGTGCACTATGTACAAAAGTAGTATCAGTAGAGG  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTGCTTATATATCTGTGCACTATGTACAAAAGTAGTATCAGTAGAGG  449

seq1  CTAGAAGAGGATGTTAAGACCCCTGAAACTTGAGTTATAGAAGGTTGAAA  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAAGAGGATGTTAAGACCCCTGAAACTTGAGTTATAGAAGGTTGAAA  499

seq1  ATGCGGGTAATTGAATCTTGGACTATGGAGAAAGAGCAGTAGCCAATGCT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCGGGTAATTGAATCTTGGACTATGGAGAAAGAGCAGTAGCCAATGCT  549

seq1  GGTAGTCACTGAGCAAGATATCTTTCTAGCCTCACAATACTGTTTCTCCA  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGTCACTGAGCAAGATATCTTTCTAGCCTCACAATACTGTTTCTCCA  599

seq1  AGGTTGTACAGTTTTCATCTAGAGCATTGATAAGTAAATTCAGGGCTCAA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTGTACAGTTTTCATCTAGAGCATTGATAAGTAAATTCAGGGCTCAA  649

seq1  TGGTTTGGGAATATAACAGCAGCAATTGAGCATAAGGTACTTTCCTTTTG  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTGGGAATATAACAGCAGCAATTGAGCATAAGGTACTTTCCTTTTG  699

seq1  AAAGTGCTTGGAATAATTATTTCATTAGTGAGTTTTATGAAACATGTTCT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGCTTGGAATAATTATTTCATTAGTGAGTTTTATGAAACATGTTCT  749

seq1  TTGAATAGTATGAAAGGAAACACAAGCCAAGTTAATGAGATAAGGGTTCA  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAATAGTATGAAAGGAAACACAAGCCAAGTTAATGAGATAAGGGTTCA  799

seq1  TGTAGTCAGAGTTTGACCAACAAATATGAGAATTTTCACCTTTAACTTTG  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGTCAGAGTTTGACCAACAAATATGAGAATTTTCACCTTTAACTTTG  849

seq1  CCCTTTGATCTCTACAATTCTCTGTATACATAGAATAATATAATTTGAAA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTTGATCTCTACAATTCTCTGTATACATAGAATAATATAATTTGAAA  899

seq1  CATGTACACATTTATACTGATCAGCCTGTTTTCATTGATATTATATCAAA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTACACATTTATACTGATCAGCCTGTTTTCATTGATATTATATCAAA  949

seq1  AATATTTTCCCAAGAGGACCTCTATAATGCCTTTCTCTTGATTACTCAAG  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATTTTCCCAAGAGGACCTCTATAATGCCTTTCTCTTGATTACTCAAG  999

seq1  TTTCAAACAGTTTAGATATAGAACTATGCAATGGAAAGATTAGGGAGCTC  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAAACAGTTTAGATATAGAACTATGCAATGGAAAGATTAGGGAGCTC  1049

seq1  TGCATGAATTC  1055
      |||||||||||
seq2  TGCATGAATTC  1060


seq1: chrX_43937461_43938596
seq2: B6Ng01-256A21.g_63_1197

seq1  GAATTCAGTATTAATTACAAAAGAGATTTTCTTAAGTGGAAAACAGAAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTATTAATTACAAAAGAGATTTTCTTAAGTGGAAAACAGAAAA  50

seq1  TTGCAGTCTAAATTTTTCAGAAGTACTGCATTGTGTATACCTAGCTAGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAGTCTAAATTTTTCAGAAGTACTGCATTGTGTATACCTAGCTAGCT  100

seq1  TAGATAAAGACTGGGTAATAGAGCCATTGTGTAATGGCTGAACTCACACC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATAAAGACTGGGTAATAGAGCCATTGTGTAATGGCTGAACTCACACC  150

seq1  ATGAGCCCTCCCTCAGAAGCTCAATTACCCAACCCAGAAATGGTGTGGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGCCCTCCCTCAGAAGCTCAATTACCCAACCCAGAAATGGTGTGGAA  200

seq1  GGCGAGAGATACCACAGAGGAAAAAAAAATAAGGGAAAATAAAGGGAAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCGAGAGATACCACAGAGGAAAAAAAAATAAGGGAAAATAAAGGGAAGG  250

seq1  AAATGGGGGTGCCAAAATTCTGCTTTGATCACCACAATTTTATTAAGGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGGGGGTGCCAAAATTCTGCTTTGATCACCACAATTTTATTAAGGTT  300

seq1  TGACTTTAAATATAATTCATGCTATCAGTTCATGTCTACAAAATTGTTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTTTAAATATAATTCATGCTATCAGTTCATGTCTACAAAATTGTTTG  350

seq1  TCATTGCCATAAACTGAATAAGGTACTTAGCATGTATTTTGAAATGGTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTGCCATAAACTGAATAAGGTACTTAGCATGTATTTTGAAATGGTGA  400

seq1  ATTACACAAAGAAAACTACAAGGAAGCCAAAAGACTTGCCCCAAGTCACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACACAAAGAAAACTACAAGGAAGCCAAAAGACTTGCCCCAAGTCACA  450

seq1  CAACTCTAAGGTCACAGAATTGTTCCTCTAATCTCTAAAGACTATTCCAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTCTAAGGTCACAGAATTGTTCCTCTAATCTCTAAAGACTATTCCAA  500

seq1  AGACCAGGTGTAAACAAATACGCCTAAGTGATACTATGAAGAGGTAAACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCAGGTGTAAACAAATACGCCTAAGTGATACTATGAAGAGGTAAACA  550

seq1  ATTCGTTAGGTTTGTAGAATTTGAATGTGAGTCTTGGAGATGAAAATTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCGTTAGGTTTGTAGAATTTGAATGTGAGTCTTGGAGATGAAAATTAA  600

seq1  TCAGTTGTTATTTTAAATGAAAACATCCAAAGAGTTAGGTTGAATTGACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTTGTTATTTTAAATGAAAACATCCAAAGAGTTAGGTTGAATTGACT  650

seq1  ACGGACATTGTTTCTTGCATTGTACTGTCCTTAATTAAGTGTATGTTCCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGACATTGTTTCTTGCATTGTACTGTCCTTAATTAAGTGTATGTTCCT  700

seq1  TGGAATGACTCAGTATCAACCTTTTGCTATATACAGCTCTACAGACCTAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAATGACTCAGTATCAACCTTTTGCTATATACAGCTCTACAGACCTAT  750

seq1  AGTGGGAAGATAGACAAAAGGGAGAGTACATAAAAAATGGAGAGTACATC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGGAAGATAGACAAAAGGGAGAGTACATAAAAAATGGAGAGTACATC  800

seq1  AAAAAGTAAGAGTGAATGTTAAACAGCTAGAAGAGGTATGTAAAAGAGTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGTAAGAGTGAATGTTAAACAGCTAGAAGAGGTATGTAAAAGAGTT  850

seq1  CTCTGCATCTATCTCATTTGCTGCCCAGGTACCATTCAGGACATATTTAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCATCTATCTCATTTGCTGCCCAGGTACCATTCAGGACATATTTAT  900

seq1  ATCAATAAACTAGCATCTTACGGCACAAATGACGTGTTAGTAGTCACTAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAATAAACTAGCATCTTACGGCACAAATGACGTGTTAGTAGTCACTAA  950

seq1  CAGAATAATGTATTCTATGGTAAGTGCTACCATTCAGCTGTGGACAGATG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATAATGTATTCTATGGTAAGTGCTACCATTCAGCTGTGGACAGATG  1000

seq1  GATAATACATCTTGATTCCTC-TTTCCATCTGTTTCTTGCCAGTATCTTT  1049
      ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GAT-ATACATCTTGATTCCTCTTTTCCATCTGTTTC-TGCCAGTATCTTT  1048

seq1  AGTTGCAAGCATGTTTTCCCTGCTACAATCTCACCAAATCTAAAAATAGT  1099
      |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| 
seq2  AGTTGCAAGCATGTTTTCCCTGCTAACATCTCACCAAATCTAAAAATAGA  1098

seq1  TTTAG-AGATCACTTTTGTGTTTGGTTTGGATTCTTTT  1136
      || || ||||||| ||||||||||| || |||||||||
seq2  TTAAGAAGATCACGTTTGTGTTTGGATT-GATTCTTTT  1135


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |