BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-257E24
ChromosomeX (Build37)
Map Location 130,491,716 - 130,627,629
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSytl4, LOC665889, Cstf2, Nox1
Upstream geneLOC665850, LOC665854, LOC100040794, Pcdh19, LOC100040831, Tnmd, Tspan6, Srpx2
Downstream geneXkrx, Arl13a, 4732479N06Rik, LOC100040849, Tmem35, Cenpi, Drp2, Taf7l, LOC669370, LOC674122, Timm8a1, Btk, Rpl36a, Gla, Hnrph2, LOC665936, LOC665941, Armcx1, LOC100040933, LOC100040520, Armcx6, Armcx3, Armcx2, LOC637800, LOC100040987, Nxf2, B930008K04Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-257E24.bB6Ng01-257E24.g
ACCGA063044GA063045
length1,1401,166
definitionB6Ng01-257E24.b B6Ng01-257E24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(130,626,493 - 130,627,629)(130,491,716 - 130,492,877)
sequence
gaattccctggaacaagagatggaggaattaggcaaaatggattttctaa
actaccgtctcttcctcactggctgggatagcaacattgtgagttgaaat
aaaacactgattccaatagcaaatgttaagacaaaatatagtgcatgtgt
accaaaataattatcccttatcatttcttacctggccccatcctcacact
gaaagttaaaagtggcttacagaaaaggcagctgtcaaacttgggttttc
taattttatacttctctgtttccaggctggtcatgcagcattaaactttg
acagagccactgacatcctgacaggtctgaagcagaaaacttcctttggg
agaccaatgtgggacaatgagttttctagaatagctactgcccaccccaa
gtaagtacctcgtcttctagttaactgagtctgcagagttcggatttaag
cttactgcgcacacctgggacagagtgggacagtgaaatggattgtcagg
gaaggggctttgccactaagacctacgtgttaagagagaacaaactccct
taaattgtcctctgccctccacataggaaatatgacactctgcccacttg
ttgacctctgacagccctacacacacacgtgtgtgcttatgcgtgcacac
acgcatgcacatacccacacacaaacccttgcatacacataataaataaa
atttaatagaaaactttaagaatgaggacatttcatccaggtttttagta
aaataagggtcatgatcttgtcattgatacgcggctgtttattgtcccca
taagtctctatcgagtgagcaaggtgaagagacttggctcataaagttag
tgctgaacaaaacagaaaactggagaatttgcatgcatttttgggggtgg
cgtgctcaatgatctctacatcaagttgagatatctacataaagtaatac
gatttggggtgttttatctagttcattgactaatagagctctgtgtttgg
agagagcagttccttgtctcccaggctggcctctacattaccacataatc
tcaatatagagccagatgacgatctgatttctagatctccggcctcaatg
ttcacaagtactggattacaggtgcaacgccccactacac
gaattctcttgttacagatctttgaaacatctgaatcacatagtaaatgt
acagtgaacttttaaaaaacaaaaagagcagctgagcatggtacatttat
ccacagaaatgaataggaatgccagttgttctgtatccagcacatggtat
aaccgatcttttgaaaatgatagccattctagtggacatggagcatctca
ttgttattttatttgtgttctagttattgatagtgttgaactttgttatt
tgacatttgcatattttcattagtgaaatatcccttcagatctttttctc
cttttctatgggattgtttgcactactgttttgaaagttcttatttattt
ttaaacttaacatgtccctaatataatctattaaaaacaattaaaattca
ggtgtttaactcacatgggtgtgtgtagagatcttggtaattcacatgcc
aaaattatcaatgactattaacagcgatcggacaaagaaaattattagag
gatttaacctccatgttcttgtagacttctttgtaatctttgcttttact
agatagcccaaagtgccctcaagctgtgcccttcctactgcagcctcgaa
aataccttcaaattcagccatgtgccaccagctctatactcattttctta
tgatcaataaaagatgtaataaaaacttttctctttggctgaggtaaaat
taaagaaaaagtcttcacaatacatatgcctaaaattcaccaacaacaaa
tgaatggggtaaagtatatgcccataagacaaagttaaaaaaaaagaagt
taagaaaacaaagggtttggaagctgagaatatgctgaagagatggatca
gtaaataagaatggctgctttgcaggcagggaaagcacgtttaaatccct
agaatccaggtatcatcacgtgcctgaacccaggtcttttattgtggaaa
gcagagaagtgcaccactgagacatgacctccagcctagtctccaggctc
agtggaagaccctcccttatcagggagaagtggaggaatatttagggcca
gaccacctgacgaatttcttcttgctttcctcatgtgtgctcatgcatgc
agcaccaaacatgcacgcatgttattgcacataacatgtgcaccgtgcca
ccataccggaccaaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_130626493_130627629
seq2: B6Ng01-257E24.b_45_1184 (reverse)

seq1  GTGTAGTGGCG---TGCACCTGTAATCCCAGTAC-TGTGGACATGGAGGC  46
      ||||||||| |   |||||||||||| ||||||| |||| |||| |||||
seq2  GTGTAGTGGGGCGTTGCACCTGTAAT-CCAGTACTTGTGAACATTGAGGC  49

seq1  CGGAGATCTAGAAATCAAGATCGTCATCTGGCTCTATATTGAGATTATGT  96
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGAGATCTAGAAATC-AGATCGTCATCTGGCTCTATATTGAGATTATGT  98

seq1  GTAATTGTAGAGGCCAGCCTGGGAGAC-AGGAACTGCTCTCTCCAAACAC  145
      |  | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAATGTAGAGGCCAGCCTGGGAGACAAGGAACTGCTCTCTCCAAACAC  148

seq1  AGAGCTCTATTAGTCAATGAACTAGATAAAACACCCCAAATCGTATTACT  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCTCTATTAGTCAATGAACTAGATAAAACACCCCAAATCGTATTACT  198

seq1  TTATGTAGATATCTCAACTTGATGTAGAGATCATTGAGCACGCCACCCCC  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTAGATATCTCAACTTGATGTAGAGATCATTGAGCACGCCACCCCC  248

seq1  AAAAATGCATGCAAATTCTCCAGTTTTCTGTTTTGTTCAGCACTAACTTT  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATGCATGCAAATTCTCCAGTTTTCTGTTTTGTTCAGCACTAACTTT  298

seq1  ATGAGCCAAGTCTCTTCACCTTGCTCACTCGATAGAGACTTATGGGGACA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGCCAAGTCTCTTCACCTTGCTCACTCGATAGAGACTTATGGGGACA  348

seq1  ATAAACAGCCGCGTATCAATGACAAGATCATGACCCTTATTTTACTAAAA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAACAGCCGCGTATCAATGACAAGATCATGACCCTTATTTTACTAAAA  398

seq1  ACCTGGATGAAATGTCCTCATTCTTAAAGTTTTCTATTAAATTTTATTTA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGGATGAAATGTCCTCATTCTTAAAGTTTTCTATTAAATTTTATTTA  448

seq1  TTATGTGTATGCAAGGGTTTGTGTGTGGGTATGTGCATGCGTGTGTGCAC  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTGTATGCAAGGGTTTGTGTGTGGGTATGTGCATGCGTGTGTGCAC  498

seq1  GCATAAGCACACACGTGTGTGTGTAGGGCTGTCAGAGGTCAACAAGTGGG  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAAGCACACACGTGTGTGTGTAGGGCTGTCAGAGGTCAACAAGTGGG  548

seq1  CAGAGTGTCATATTTCCTATGTGGAGGGCAGAGGACAATTTAAGGGAGTT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGTGTCATATTTCCTATGTGGAGGGCAGAGGACAATTTAAGGGAGTT  598

seq1  TGTTCTCTCTTAACACGTAGGTCTTAGTGGCAAAGCCCCTTCCCTGACAA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTCTCTTAACACGTAGGTCTTAGTGGCAAAGCCCCTTCCCTGACAA  648

seq1  TCCATTTCACTGTCCCACTCTGTCCCAGGTGTGCGCAGTAAGCTTAAATC  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATTTCACTGTCCCACTCTGTCCCAGGTGTGCGCAGTAAGCTTAAATC  698

seq1  CGAACTCTGCAGACTCAGTTAACTAGAAGACGAGGTACTTACTTGGGGTG  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAACTCTGCAGACTCAGTTAACTAGAAGACGAGGTACTTACTTGGGGTG  748

seq1  GGCAGTAGCTATTCTAGAAAACTCATTGTCCCACATTGGTCTCCCAAAGG  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGTAGCTATTCTAGAAAACTCATTGTCCCACATTGGTCTCCCAAAGG  798

seq1  AAGTTTTCTGCTTCAGACCTGTCAGGATGTCAGTGGCTCTGTCAAAGTTT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTTTCTGCTTCAGACCTGTCAGGATGTCAGTGGCTCTGTCAAAGTTT  848

seq1  AATGCTGCATGACCAGCCTGGAAACAGAGAAGTATAAAATTAGAAAACCC  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCTGCATGACCAGCCTGGAAACAGAGAAGTATAAAATTAGAAAACCC  898

seq1  AAGTTTGACAGCTGCCTTTTCTGTAAGCCACTTTTAACTTTCAGTGTGAG  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTTGACAGCTGCCTTTTCTGTAAGCCACTTTTAACTTTCAGTGTGAG  948

seq1  GATGGGGCCAGGTAAGAAATGATAAGGGATAATTATTTTGGTACACATGC  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGGGCCAGGTAAGAAATGATAAGGGATAATTATTTTGGTACACATGC  998

seq1  ACTATATTTTGTCTTAACATTTGCTATTGGAATCAGTGTTTTATTTCAAC  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATATTTTGTCTTAACATTTGCTATTGGAATCAGTGTTTTATTTCAAC  1048

seq1  TCACAATGTTGCTATCCCAGCCAGTGAGGAAGAGACGGTAGTTTAGAAAA  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAATGTTGCTATCCCAGCCAGTGAGGAAGAGACGGTAGTTTAGAAAA  1098

seq1  TCCATTTTGCCTAATTCCTCCATCTCTTGTTCCAGGGAATTC  1137
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATTTTGCCTAATTCCTCCATCTCTTGTTCCAGGGAATTC  1140

seq1: chrX_130491716_130492877
seq2: B6Ng01-257E24.g_71_1236

seq1  GAATTCTCTTGTTACAGATCTTTGAAACATCTGAATCACATAGTAAATGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTTGTTACAGATCTTTGAAACATCTGAATCACATAGTAAATGT  50

seq1  ACAGTGAACTTTTAAAAAACAAAAAGAGCAGCTGAGCATGGTACATTTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGAACTTTTAAAAAACAAAAAGAGCAGCTGAGCATGGTACATTTAT  100

seq1  CCACAGAAATGAATAGGAATGCCAGTTGTTCTGTATCCAGCACATGGTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAGAAATGAATAGGAATGCCAGTTGTTCTGTATCCAGCACATGGTAT  150

seq1  AACCGATCTTTTGAAAATGATAGCCATTCTAGTGGACATGGAGCATCTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCGATCTTTTGAAAATGATAGCCATTCTAGTGGACATGGAGCATCTCA  200

seq1  TTGTTATTTTATTTGTGTTCTAGTTATTGATAGTGTTGAACTTTGTTATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTATTTTATTTGTGTTCTAGTTATTGATAGTGTTGAACTTTGTTATT  250

seq1  TGACATTTGCATATTTTCATTAGTGAAATATCCCTTCAGATCTTTTTCTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATTTGCATATTTTCATTAGTGAAATATCCCTTCAGATCTTTTTCTC  300

seq1  CTTTTCTATGGGATTGTTTGCACTACTGTTTTGAAAGTTCTTATTTATTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCTATGGGATTGTTTGCACTACTGTTTTGAAAGTTCTTATTTATTT  350

seq1  TTAAACTTAACATGTCCCTAATATAATCTATTAAAAACAATTAAAATTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAACTTAACATGTCCCTAATATAATCTATTAAAAACAATTAAAATTCA  400

seq1  GGTGTTTAACTCACATGGGTGTGTGTAGAGATCTTGGTAATTCACATGCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTTTAACTCACATGGGTGTGTGTAGAGATCTTGGTAATTCACATGCC  450

seq1  AAAATTATCAATGACTATTAACAGCGATCGGACAAAGAAAATTATTAGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTATCAATGACTATTAACAGCGATCGGACAAAGAAAATTATTAGAG  500

seq1  GATTTAACCTCCATGTTCTTGTAGACTTCTTTGTAATCTTTGCTTTTACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTAACCTCCATGTTCTTGTAGACTTCTTTGTAATCTTTGCTTTTACT  550

seq1  AGATAGCCCAAAGTGCCCTCAAGCTGTGCCCTTCCTACTGCAGCCTCGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAGCCCAAAGTGCCCTCAAGCTGTGCCCTTCCTACTGCAGCCTCGAA  600

seq1  AATACCTTCAAATTCAGCCATGTGCCACCAGCTCTATACTCATTTTCTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACCTTCAAATTCAGCCATGTGCCACCAGCTCTATACTCATTTTCTTA  650

seq1  TGATCAATAAAAGATGTAATAAAAACTTTTCTCTTTGGCTGAGGTAAAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCAATAAAAGATGTAATAAAAACTTTTCTCTTTGGCTGAGGTAAAAT  700

seq1  TAAAGAAAAAGTCTTCACAATACATATGCCTAAAATTCACCAACAACAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGAAAAAGTCTTCACAATACATATGCCTAAAATTCACCAACAACAAA  750

seq1  TGAATGGGGTAAAGTATATGCCCATAAGACAAAGTTAAAAAAAAAGAAGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGGGGTAAAGTATATGCCCATAAGACAAAGTTAAAAAAAAAGAAGT  800

seq1  TAAGAAAACAAAGGGTTTGGAAGCTGAGAATATGCTGAAGAGATGGATCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAAAACAAAGGGTTTGGAAGCTGAGAATATGCTGAAGAGATGGATCA  850

seq1  GTAAATAAGAATGGCTGCTTTGCAGGCAGGGGAAAGCACGTTTAAATCCC  900
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GTAAATAAGAATGGCTGCTTTGCAGGCA-GGGAAAGCACGTTTAAATCCC  899

seq1  TAGAATCCAGGTATCATCACGTGCCTGAACCCAGGTCTTT--ATGTGG-A  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||| |
seq2  TAGAATCCAGGTATCATCACGTGCCTGAACCCAGGTCTTTTATTGTGGAA  949

seq1  AGCAGAGGAAGTGCACCACTGAGACATGACCTCCAGCCTAGTCTCCAGGC  997
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGA-GAAGTGCACCACTGAGACATGACCTCCAGCCTAGTCTCCAGGC  998

seq1  TCAGTGGAAGACCCTCCCTATTCCAAGGGAAGAAGGTGGAGG-ATATTTA  1046
      |||||||||||||||||||  ||  |||| |||| ||||||| |||||||
seq2  TCAGTGGAAGACCCTCCCTTATC--AGGG-AGAA-GTGGAGGAATATTTA  1044

seq1  GGGCCAGA-CACCTGACGATTTTCT--CTGCCTTCCTCA--TGTGCTCAT  1091
      |||||||| |||||||||| |||||   ||| |||||||  |||||||||
seq2  GGGCCAGACCACCTGACGAATTTCTTCTTGCTTTCCTCATGTGTGCTCAT  1094

seq1  GCATGCACGCA-CAAACATGCACGCATGT--ATGCACATAAACATGTGCA  1138
      ||||||| ||| |||||||||||||||||   ||||||| ||||||||||
seq2  GCATGCA-GCACCAAACATGCACGCATGTTATTGCACAT-AACATGTGCA  1142

seq1  -CGTGCACACCATA-CGGACACAAAA  1162
       ||||| ||||||| ||||| |||||
seq2  CCGTGC-CACCATACCGGAC-CAAAA  1166