BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-262C07
ChromosomeX (Build37)
Map Location 165,653,129 - 165,733,542
singlet/doubletdoublet
Overlap geneArhgap6
Upstream geneFrmpd4, EG667822, EG637566, Msl31, Amelx
Downstream geneHccs, LOC100040950, BC022960, Mid1, 4933400A11Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-262C07.bB6Ng01-262C07.g
ACCGA066638GA066639
length1,1291,127
definitionB6Ng01-262C07.b B6Ng01-262C07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(165,653,129 - 165,654,262)(165,732,415 - 165,733,542)
sequence
gaattcagaatgactgagatcagctcttcaagcttggaaacaaatcccct
tggcaactgagatatttcatcagctcaaggtccctagaaaacaatttata
tttcaccctaccatctatgtttccgacatctcaattatcacattgccatt
ttatacagactctttatgggctcttcaggatatattccaaagaggcacaa
tcttggagacaagaaaagttactctaaagggttaattgtaaatataaatt
tgccttagtatttttaaactggtgcaaaggtcagaaaatattttctgcaa
gggccagatactaaaatggttccactctgtgggccaggcagactttgttg
caagctgttgtagctctactgctgaagtgtgaacacagccacaggcagtg
tccacaggagtgattgtaactgtgctccaatacaacttcaagatttggct
catgggcagcagcttgttgattcctgttctagtcaagatattataagaaa
aatactcatcgttcccatttcacagatgatgaaagtgaagtattagcttg
ttaaaaacccaactggctgacaaatagcggtgccaggacccaaatcgagg
aagttgttgcttttagcaactactccatgtcagccagtgggatccttggc
tcttgaattctgcatggcttgtcaatcatttctgtaagggctgtccacaa
agcccccacagtaatccttcttcctctgccctgttctatatgcgttgcca
gtgcttgtcatcgtgtaacttcctgtgagatacttggccatcctgtgttt
ttatctgctttctcttttgttcactaatgagtcttaagtactttgaagag
ctcctggcctgtagaacaccctcatccaatacttgttgaataaacaagat
aggcctttgcatgtttggatttggacactcttcaagtagcagttctatat
gaaggtgaaagttcaaagtaggctaacatccctagaaactatgtctaatc
tctgaaatccatgctcaagataaaatagactacttttttaaattacaagg
tcagagtcatggatttctgaaagtattatgacataagaagaggtattaaa
tctcataaagtatactgaggagtaggagt

gaattccctgatggagacaaatatcctcctctccagaatctctaacgtag
gtctcacaagtgttccttctgatatgcacataggatccccacctttaaca
aggttgtcctaagtgagcattaagatattggagtacttgcttacagaagt
acttgactttgatgagggtagcagtagctgaggcacggtctctaaagctt
gatgtgatctttctgtgattttggggtcttaacagaatgttagctggtta
ggttcctaagtcattgtgttttgagtctaaatgtgcctagcttctgcact
tttcatactcagtgttcagtggatcattgagtagatgggctgccagacaa
catggggttatctctaagcagggagggtaacttgttagattcttaaaccc
caggaccatccccagcatgcatggccagtcctagctaaccaaacatgaga
tggcatggagagtgaatcaacattctcacccttagctggtctctccaggt
cagggtgtaaagtcgctggcagggctctgtgagcaagcctgccctgcggc
cggcaatacagaactggttctgtgaataaatgaagaactccaattcaact
cttagtgttactggcccagcccattgctgagctatctagctgagaaagac
aacagtttcaaaagtgtgttgtctttgtctttggctcaatcactcaatcg
ataaacttcagtctgctggaatgcaaaggttgtcattatcttctgcacta
ttaattgcaccaggaagtaatccattgtcatagcagccctggaattatgg
agattcccacattaatcatgcatgggatggcaaagcttcccttaggagat
ttctgaggaataaaacacctctccaaagaggtgcttctgtgaatctcacc
tctgctccagatgataaaaccaatacaagatgtaggccaaaattgcaacc
tattatatagcagcccaacagagtgtaaagatgcctttaatgtgagcatt
gatagattagaatgaataagtacatttttgataagctgaacaaaaatact
actaaagtacaagaaagctgtcaccctttcatatacagaaaggtgatttt
tgattagggtaagagttctatctataa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_165653129_165654262
seq2: B6Ng01-262C07.b_44_1172

seq1  GAATTCAGAATGACTGAGATCAGCTCTTCAAGCTTGGAAACAAATCCCCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAATGACTGAGATCAGCTCTTCAAGCTTGGAAACAAATCCCCT  50

seq1  TGGCAACTGAGATATTTCATCAGCTCAAGGTCCCTAGAAAACAATTTATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAACTGAGATATTTCATCAGCTCAAGGTCCCTAGAAAACAATTTATA  100

seq1  TTTCACCCTACCATCTATGTTTCCGACATCTCAATTATCACATTGCCATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCACCCTACCATCTATGTTTCCGACATCTCAATTATCACATTGCCATT  150

seq1  TTATACAGACTCTTTATGGGCTCTTCAGGATATATTCCAAAGAGGCACAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATACAGACTCTTTATGGGCTCTTCAGGATATATTCCAAAGAGGCACAA  200

seq1  TCTTGGAGACAAGAAAAGTTACTCTAAAGGGTTAATTGTAAATATAAATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGGAGACAAGAAAAGTTACTCTAAAGGGTTAATTGTAAATATAAATT  250

seq1  TGCCTTAGTATTTTTAAACTGGTGCAAAGGTCAGAAAATATTTTCTGCAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTAGTATTTTTAAACTGGTGCAAAGGTCAGAAAATATTTTCTGCAA  300

seq1  GGGCCAGATACTAAAATGGTTCCACTCTGTGGGCCAGGCAGACTTTGTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCAGATACTAAAATGGTTCCACTCTGTGGGCCAGGCAGACTTTGTTG  350

seq1  CAAGCTGTTGTAGCTCTACTGCTGAAGTGTGAACACAGCCACAGGCAGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCTGTTGTAGCTCTACTGCTGAAGTGTGAACACAGCCACAGGCAGTG  400

seq1  TCCACAGGAGTGATTGTAACTGTGCTCCAATACAACTTCAAGATTTGGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACAGGAGTGATTGTAACTGTGCTCCAATACAACTTCAAGATTTGGCT  450

seq1  CATGGGCAGCAGCTTGTTGATTCCTGTTCTAGTCAAGATATTATAAGAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGGCAGCAGCTTGTTGATTCCTGTTCTAGTCAAGATATTATAAGAAA  500

seq1  AATACTCATCGTTCCCATTTCACAGATGATGAAAGTGAAGTATTAGCTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACTCATCGTTCCCATTTCACAGATGATGAAAGTGAAGTATTAGCTTG  550

seq1  TTAAAAACCCAACTGGCTGACAAATAGCGGTGCCAGGACCCAAATCGAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAACCCAACTGGCTGACAAATAGCGGTGCCAGGACCCAAATCGAGG  600

seq1  AAGTTGTTGCTTTTAGCAACTACTCCATGTCAGCCAGTGGGATCCTTGGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTGTTGCTTTTAGCAACTACTCCATGTCAGCCAGTGGGATCCTTGGC  650

seq1  TCTTGAATTCTGCATGGCTTGTCAATCATTTCTGTAAGGGCTGTCCACAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGAATTCTGCATGGCTTGTCAATCATTTCTGTAAGGGCTGTCCACAA  700

seq1  AGCCCCCACAGTAATCCTTCTTCCTCTGCCCTGTTCTATATGCGTTGCCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCCCACAGTAATCCTTCTTCCTCTGCCCTGTTCTATATGCGTTGCCA  750

seq1  GTGCTTGTCATCGTGTAACTTCCTGTGAGATACTTGGCCATCCTGTGTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTTGTCATCGTGTAACTTCCTGTGAGATACTTGGCCATCCTGTGTTT  800

seq1  TTATCTGCTTTCTCTTTTGTTCACTAATGAGTCTTAAGTACTTTGAAGAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTGCTTTCTCTTTTGTTCACTAATGAGTCTTAAGTACTTTGAAGAG  850

seq1  CTCCTGGCCTGTAGAACACCCTCATCCAATACTTGTTGAATAAACAAGAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGGCCTGTAGAACACCCTCATCCAATACTTGTTGAATAAACAAGAT  900

seq1  AGGCCTTTGCATGTTTGGATTTGGACACTCTTCAAGTAGCAGTTCTATAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCTTTGCATGTTTGGATTTGGACACTCTTCAAGTAGCAGTTCTATAT  950

seq1  GAAGGTGAAAGTTCAAAGTAGGCTAACATCCCTAGAAACTATGTCTAATC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGTGAAAGTTCAAAGTAGGCTAACATCCCTAGAAACTATGTCTAATC  1000

seq1  TTCTGAAATCCATGCTCAAGATAAAATAGAACTACTTTTTTAAAATTACA  1050
       |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
seq2  -TCTGAAATCCATGCTCAAGATAAAATAG-ACTACTTTTTT-AAATTACA  1047

seq1  AAGTCCAGAGTCAATGGATTTCTGAAAGTA-TATGACAT-AGAAGAGGTA  1098
      | || ||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||
seq2  AGGT-CAGAGTC-ATGGATTTCTGAAAGTATTATGACATAAGAAGAGGTA  1095

seq1  TTAAATCCTCATAAAGTATACTGAGGAGTAAGGAGT  1134
      |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TTAAAT-CTCATAAAGTATACTGAGGAGT-AGGAGT  1129


seq1: chrX_165732415_165733542
seq2: B6Ng01-262C07.g_64_1190 (reverse)

seq1  TTATAGATAGAACTC-TACCCCTATCATAAATCAACTTTCTGTAATATGA  49
      ||||||||||||||| |||||  |||| |||||| |||||||| ||||||
seq2  TTATAGATAGAACTCTTACCCTAATCAAAAATCACCTTTCTGT-ATATGA  49

seq1  AAGGGTGACAGCTTTCTTGTAATTTAGTAGTA-TTTTGTTCAGCTTATCA  98
      ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||
seq2  AAGGGTGACAGCTTTCTTGTACTTTAGTAGTATTTTTGTTCAGCTTATCA  99

seq1  AAAATGTACTTATTCATTCTAATCTATCAATGCTCACAATTAAAGGCATC  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AAAATGTACTTATTCATTCTAATCTATCAATGCTCAC-ATTAAAGGCATC  148

seq1  TTTTACCACTCTGTT-GGCTGCTATATAATAGGTTGCAATTTTGGCCTAC  197
      |||   ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTT--ACACTCTGTTGGGCTGCTATATAATAGGTTGCAATTTTGGCCTAC  196

seq1  ATCTTGTATTGGTTTTATCATCTGGAGCAGAGGTGAGATTCACAGAAGCA  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTGTATTGGTTTTATCATCTGGAGCAGAGGTGAGATTCACAGAAGCA  246

seq1  CCTCTTTGGAGAGGTGTTTTATTCCTCAGAAATCTCCTAAGGGAAGCTTT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTTTGGAGAGGTGTTTTATTCCTCAGAAATCTCCTAAGGGAAGCTTT  296

seq1  GCCATCCCATGCATGATTAATGTGGGAATCTCCATAATTCCAGGGCTGCT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATCCCATGCATGATTAATGTGGGAATCTCCATAATTCCAGGGCTGCT  346

seq1  ATGACAATGGATTACTTCCTGGTGCAATTAATAGTGCAGAAGATAATGAC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACAATGGATTACTTCCTGGTGCAATTAATAGTGCAGAAGATAATGAC  396

seq1  AACCTTTGCATTCCAGCAGACTGAAGTTTATCGATTGAGTGATTGAGCCA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTTTGCATTCCAGCAGACTGAAGTTTATCGATTGAGTGATTGAGCCA  446

seq1  AAGACAAAGACAACACACTTTTGAAACTGTTGTCTTTCTCAGCTAGATAG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACAAAGACAACACACTTTTGAAACTGTTGTCTTTCTCAGCTAGATAG  496

seq1  CTCAGCAATGGGCTGGGCCAGTAACACTAAGAGTTGAATTGGAGTTCTTC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCAATGGGCTGGGCCAGTAACACTAAGAGTTGAATTGGAGTTCTTC  546

seq1  ATTTATTCACAGAACCAGTTCTGTATTGCCGGCCGCAGGGCAGGCTTGCT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATTCACAGAACCAGTTCTGTATTGCCGGCCGCAGGGCAGGCTTGCT  596

seq1  CACAGAGCCCTGCCAGCGACTTTACACCCTGACCTGGAGAGACCAGCTAA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGAGCCCTGCCAGCGACTTTACACCCTGACCTGGAGAGACCAGCTAA  646

seq1  GGGTGAGAATGTTGATTCACTCTCCATGCCATCTCATGTTTGGTTAGCTA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGAGAATGTTGATTCACTCTCCATGCCATCTCATGTTTGGTTAGCTA  696

seq1  GGACTGGCCATGCATGCTGGGGATGGTCCTGGGGTTTAAGAATCTAACAA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTGGCCATGCATGCTGGGGATGGTCCTGGGGTTTAAGAATCTAACAA  746

seq1  GTTACCCTCCCTGCTTAGAGATAACCCCATGTTGTCTGGCAGCCCATCTA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACCCTCCCTGCTTAGAGATAACCCCATGTTGTCTGGCAGCCCATCTA  796

seq1  CTCAATGATCCACTGAACACTGAGTATGAAAAGTGCAGAAGCTAGGCACA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAATGATCCACTGAACACTGAGTATGAAAAGTGCAGAAGCTAGGCACA  846

seq1  TTTAGACTCAAAACACAATGACTTAGGAACCTAACCAGCTAACATTCTGT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGACTCAAAACACAATGACTTAGGAACCTAACCAGCTAACATTCTGT  896

seq1  TAAGACCCCAAAATCACAGAAAGATCACATCAAGCTTTAGAGACCGTGCC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGACCCCAAAATCACAGAAAGATCACATCAAGCTTTAGAGACCGTGCC  946

seq1  TCAGCTACTGCTACCCTCATCAAAGTCAAGTACTTCTGTAAGCAAGTACT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCTACTGCTACCCTCATCAAAGTCAAGTACTTCTGTAAGCAAGTACT  996

seq1  CCAATATCTTAATGCTCACTTAGGACAACCTTGTTAAAGGTGGGGATCCT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATATCTTAATGCTCACTTAGGACAACCTTGTTAAAGGTGGGGATCCT  1046

seq1  ATGTGCATATCAGAAGGAACACTTGTGAGACCTACGTTAGAGATTCTGGA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGCATATCAGAAGGAACACTTGTGAGACCTACGTTAGAGATTCTGGA  1096

seq1  GAGGAGGATATTTGTCTCCATCAGGGAATTC  1128
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAGGATATTTGTCTCCATCAGGGAATTC  1127


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |