BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-269P22
ChromosomeX (Build37)
Map Location 80,558,397 - 80,662,675
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDmd
Upstream geneEG629310
Downstream geneTsga8, LOC100042306
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-269P22.bB6Ng01-269P22.g
ACCGA072451GA072452
length943772
definitionB6Ng01-269P22.b B6Ng01-269P22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(80,661,739 - 80,662,675)(80,558,397 - 80,559,166)
sequence
gaattcccagatagagttatctgtctctcaatattcaggcaatacttacc
ttgagctttccaaagaaaaatttaggaatgaactagtgttttgtcttcct
cccaaggaggtatgtctctgatatccatctcagcatgttccacagaagag
gcttatgggaaactagtgtttctttcaggatccatatcatcctaaccttt
atctttcctatggaagagactaggcatgaagtagtgtgtttactttatcc
tacaaaaaatcatatgtctcagaattcatgtttccccaaactgatgaaag
aggtaggtactgaattactagggtcttagcctcaccatgccctgtggaga
attcttggatgtagttattattattccctcagtatcttagttgtataaag
tatagtaagtagtatgttaggatatgtagtacggagtattctaggagtga
actagtattgttcacagctcagtctcatctatgaataaggcctggaagga
ggttcattttgtgtcagaatacatttctttttaaacttaatctgaactaa
gcacaaattaagttatgttccagtgtgctctccaccttagtctatcttta
aaagaaagcttggatgaagctcatttctttgtctcaaaaggcctgctctt
ggaccttttctccgtaacaaggagaataggagtgaattattgtgcttgcc
acagaagttttttccagagaaggcatgatgggagctagtatctatatctc
agaatccatgtttcctaaattgatttttctcatgaaagagaataggagtg
gactactgtttctcaatcagtgtaccctaaggaagaagctttggtgtgag
ttttatctgtatgacagtgtctagttttttcaaatggattggaattagga
gttattcagtgtatttttcacttcatactgggtctaataaaaa

gaattcctaacctgaataaaatattattcatcacctgggtacatatctcg
tctatagtctcagccatggtagtgaatcttttactcatggtgagaaaata
tctatcagagtaagaggatatttgtgtttttcttttaggtggtataggtg
tgaaatctttatccaatctctgatgtaaggttttcccccaaattagtata
taatgaagaagggatgggatgttcttgggtgtgtgttgaggaggaacaat
tgtggtcacctgcagcatgacagtagatcaagcaggtaagacagatttat
aaaaaccaatcaaacaggtgaaccctatgatttaaggataagttgaggcc
taaggtgagctacaatgcacatgatcccaaggaggtgttttagagaatga
aaaatgacaatatatttgggcaggattgagagtgggcaaatttcctaaga
gtaaaatgaattgcttaattaactcatatgggttgaggatggaagaggct
ccaattaaggaccgatgtgagttggggttacaatatttggttgagcttaa
ggaaggtgaagttcaaaagataatgctaataattaaagattatagagcca
atcaatgatttttacattctctgaggtctgagggaggcaaggaatatgga
agtttccccttaacatataaggacctagaacaaaactgattttagagaag
aacacttgtacattttctgtttgcatcaatctaggaagtccaaacctgga
taaaacattattcatatgctgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_80661739_80662675
seq2: B6Ng01-269P22.b_53_995 (reverse)

seq1  TTTTTATTGG--CCAGTATGAGGTG-AAAATACACTGAATAACTCCT-AT  46
      |||||||| |  ||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||
seq2  TTTTTATTAGACCCAGTATGAAGTGAAAAATACACTGAATAACTCCTAAT  50

seq1  TCCAATCCATTTGGAAAAACTAGACACTGTCATACAGATAAAACTCACAC  96
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAATCCATTTGAAAAAACTAGACACTGTCATACAGATAAAACTCACAC  100

seq1  C-AAGCTTCTTCCTTAGGGTACACTGATTGAGAAACAGTAGTCCACTCCT  145
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGCTTCTTCCTTAGGGTACACTGATTGAGAAACAGTAGTCCACTCCT  150

seq1  ATTCTCTTTCATGAGAAAAATCAATTTAGGAAACATGGATTCTGAGATAT  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTCTTTCATGAGAAAAATCAATTTAGGAAACATGGATTCTGAGATAT  200

seq1  AGATACTAGCTCCCATCATGCCTTCTCTGG-AAAAACTTCTGTGGCAAGC  244
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  AGATACTAGCTCCCATCATGCCTTCTCTGGAAAAAACTTCTGTGGCAAGC  250

seq1  ACAATAATTCACTCCTATTCTCCTTGTTACGGAGAAAAGGTCCAAGAGCA  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATAATTCACTCCTATTCTCCTTGTTACGGAGAAAAGGTCCAAGAGCA  300

seq1  GGCCTTTTGAGACAAAGAAATGAGCTTCATCCAAGCTTTCTTTTAAAGAT  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTTTTGAGACAAAGAAATGAGCTTCATCCAAGCTTTCTTTTAAAGAT  350

seq1  AGACTAAGGTGGAGAGCACACTGGAACATAACTTAATTTGTGCTTAGTTC  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTAAGGTGGAGAGCACACTGGAACATAACTTAATTTGTGCTTAGTTC  400

seq1  AGATTAAGTTTAAAAAGAAATGTATTCTGACACAAAATGAACCTCCTTCC  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTAAGTTTAAAAAGAAATGTATTCTGACACAAAATGAACCTCCTTCC  450

seq1  AGGCCTTATTCATAGATGAGACTGAGCTGTGAACAATACTAGTTCACTCC  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCTTATTCATAGATGAGACTGAGCTGTGAACAATACTAGTTCACTCC  500

seq1  TAGAATACTCCGTACTACATATCCTAACATACTACTTACTATACTTTATA  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAATACTCCGTACTACATATCCTAACATACTACTTACTATACTTTATA  550

seq1  CAACTAAGATACTGAGGGAATAATAATAACTACATCCAAGAATTCTCCAC  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTAAGATACTGAGGGAATAATAATAACTACATCCAAGAATTCTCCAC  600

seq1  AGGGCATGGTGAGGCTAAGACCCTAGTAATTCAGTACCTACCTCTTTCAT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCATGGTGAGGCTAAGACCCTAGTAATTCAGTACCTACCTCTTTCAT  650

seq1  CAGTTTGGGGAAACATGAATTCTGAGACATATGATTTTTTGTAGGATAAA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTGGGGAAACATGAATTCTGAGACATATGATTTTTTGTAGGATAAA  700

seq1  GTAAACACACTACTTCATGCCTAGTCTCTTCCATAGGAAAGATAAAGGTT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAACACACTACTTCATGCCTAGTCTCTTCCATAGGAAAGATAAAGGTT  750

seq1  AGGATGATATGGATCCTGAAAGAAACACTAGTTTCCCATAAGCCTCTTCT  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATGATATGGATCCTGAAAGAAACACTAGTTTCCCATAAGCCTCTTCT  800

seq1  GTGGAACATGCTGAGATGGATATCAGAGACATACCTCCTTGGGAGGAAGA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAACATGCTGAGATGGATATCAGAGACATACCTCCTTGGGAGGAAGA  850

seq1  CAAAACACTAGTTCATTCCTAAATTTTTCTTTGGAAAGCTCAAGGTAAGT  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACACTAGTTCATTCCTAAATTTTTCTTTGGAAAGCTCAAGGTAAGT  900

seq1  ATTGCCTGAATATTGAGAGACAGATAACTCTATCTGGGAATTC  937
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCCTGAATATTGAGAGACAGATAACTCTATCTGGGAATTC  943


seq1: chrX_80558397_80559166
seq2: B6Ng01-269P22.g_66_837

seq1  GAATTCCTAACCTGAATAAAATATTATTCATCACCTGGGTACATATCTCG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTAACCTGAATAAAATATTATTCATCACCTGGGTACATATCTCG  50

seq1  TCTATAGTCTCAGCCATGGTAGTGAATCTTTTACTCATGGTGAGAAAATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATAGTCTCAGCCATGGTAGTGAATCTTTTACTCATGGTGAGAAAATA  100

seq1  TCTATCAGAGTAAGAGGATATTTGTGTTTTTCTTTTAGGTGGTATAGGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATCAGAGTAAGAGGATATTTGTGTTTTTCTTTTAGGTGGTATAGGTG  150

seq1  TGAAATCTTTATCCAATCTCTGATGTAAGGTTTTCCCCCAAATTAGTATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATCTTTATCCAATCTCTGATGTAAGGTTTTCCCCCAAATTAGTATA  200

seq1  TAATGAAGAAGGGATGGGATGTTCTTGGGTGTGTGTTGAGGAGGAACAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGAAGAAGGGATGGGATGTTCTTGGGTGTGTGTTGAGGAGGAACAAT  250

seq1  TGTGGTCACCTGCAGCATGACAGTAGATCAAGCAGGTAAGACAGATTTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTCACCTGCAGCATGACAGTAGATCAAGCAGGTAAGACAGATTTAT  300

seq1  AAAAACCAATCAAACAGGTGAACCCTATGATTTAAGGATAAGTTGAGGCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACCAATCAAACAGGTGAACCCTATGATTTAAGGATAAGTTGAGGCC  350

seq1  TAAGGTGAGCTACAATGCACATGATCCCAAGGAGGTGTTTTAGAGAATGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGTGAGCTACAATGCACATGATCCCAAGGAGGTGTTTTAGAGAATGA  400

seq1  AAAATGACAATATATTTGGGCAGGATTGAGAGTGGGCAAATTTCCTAAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGACAATATATTTGGGCAGGATTGAGAGTGGGCAAATTTCCTAAGA  450

seq1  GTAAAATGAATTGCTTAATTAACTCATATGGGTTGAGGATGGAAGAGGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAATGAATTGCTTAATTAACTCATATGGGTTGAGGATGGAAGAGGCT  500

seq1  CCAATTAAGGACCGATGTGAGTTGGGGTTACAATATTTGGTTGAGCTTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATTAAGGACCGATGTGAGTTGGGGTTACAATATTTGGTTGAGCTTAA  550

seq1  GGAAGGTGAAGTTCAAAAGATAATGCTAATAATT-AAGATTATAGAGCCA  599
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  GGAAGGTGAAGTTCAAAAGATAATGCTAATAATTAAAGATTATAGAGCCA  600

seq1  ATCAATGATTTTTACATTCTCTGAGGTCTGAGGGAGGCAAGGAATATGGA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAATGATTTTTACATTCTCTGAGGTCTGAGGGAGGCAAGGAATATGGA  650

seq1  AG-TTCCCCTTAACATATAAGGACCTAGAACAAAACTGATTTTAGAGAAG  698
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTCCCCTTAACATATAAGGACCTAGAACAAAACTGATTTTAGAGAAG  700

seq1  AACACTTGTACATTTTCTGTTTGCATCAATCTAGGAAGTCCAAACCTGGA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACTTGTACATTTTCTGTTTGCATCAATCTAGGAAGTCCAAACCTGGA  750

seq1  TAAAACATTATTCATATGCTGG  770
      ||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACATTATTCATATGCTGG  772


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |