BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-272G17
ChromosomeX (Build37)
Map Location 37,908,470 - 38,051,987
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG636756, EG636766, EG245391, LOC100039769
Downstream geneLOC385344, Gria3, LOC100039802
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-272G17.bB6Ng01-272G17.g
ACCGA074251GA074252
length1,0211,144
definitionB6Ng01-272G17.b B6Ng01-272G17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(37,908,470 - 37,909,491)(38,050,825 - 38,051,987)
sequence
gaattccagaaattttacttaggaatttaggattgatagcagttgccttg
acttcatgagccattatactagttctattgtcatccatttaaaacattaa
tatagcccagaattgtagcactaaattgactaaggtaatagaattctgac
ttagaggccagcctgtgctgcttgacctattcatatctaggctgtgctat
cgcacagagcttgatttgaccaaataaatgtatacacagatgaagaaaga
acaatacataacacataaacactagagtgtgaatctctgtctaactcagt
gttggtggcaaggatataaaatgaattatgacttcatcaactgtatttgc
ttcttttaacctttcaagtttcaccactattttattaccttttatttctg
tcccattggccagatctatggatcattccaagggataaatgatctccagt
ctagaccgttcacacacattatgtttgtcttagaataatttttaaggatt
tcattagttatttgagtattttgatgtggaggaatcttaatccatcaaca
tagctgctctgacaagggatcaaatcctaagaccttctaggtctatgtca
tccagctggaatgcagacatgccattaggtacacctttaatcccaaacac
taaaagtaatgttactttttagaagaaagcagctgcatttgacagtgact
tgtgattgaggagcaaagtgaaatatgagaaaatatgacagactgattca
gagataaggcactcccaacttccataggaagaaacaagaaagagagatga
tttaagagaatagcctatggcacaactggccgatatcatgtagaagaaag
agaattgatccattcttatctccttgtataaagatcaagtctaagtggat
caaagaactccacataaaaccagagacactaaaatttatggaggaaaaag
tagggaaaagcctcaaagatatgggcacagaggaaaaattcctaaacaga
acagcaatggcctgtgtgtaa

gaattccttccaatttaagttgtaggtaaaacaaagttaaactttaataa
ctattatataaatgtatacagtgaattcaaataaacatgagtagcctttt
acacagactttgcaattatttaaataatacaaaatatcacatttgcatta
ttaatatatgaatgaaaaatacttgatagtaaatatgcatacatatgtac
tgaatgcacataggacaaggtgatatccaggaagaactaggctatgagtc
tcagtgcactaacatcctttaagttaatttacatgtaggatatctaaaat
aaaatagcttaaatatggcaaagtttttctttcccatataaatcaagtgc
tgaagtgtgacttaaggactaaatagcaacaacatgattatcagagagaa
aggatttcctcagatgcaggcagcttggttcctgtaatattccttcagtt
ttagggtataacctagtctctggggttctagtaatcatctccacatttta
aagaatagaatgatagaaagacattcatgtacctctttcttaataagaga
attctgaaagtcttaaggcacttctacttactcttcactgttggaaaaca
tcatagtctaccgtctaatggcaggaatgtagaaaaatggacttttaata
tgaactcaagattccattaatttcagtaaaatagggcaatatccaatggg
tagctaagtagtaatatctaaatgtcttcttttgggacaagggatacata
aaagtaaatttttctcaagcagaggtcaagtcgttgttttggctatatcc
ttgacacatcagtaattttcacagttcatcattcctgccaatttggggtg
ggtgtgcctagctgtcctcagaagacctgtaggggcatactacaggcccg
tcttccttccttaaccaccttgggagcttcaagctatgttgtatctgtct
gccaagattcacagacaggagtcaagcataactgtctcagaggagtccac
acagcagctgactgaaacagatgcagtgacacagccaaacatggtggagc
tgggggacttctttctgcagagttggggatgatgaggttcctaggaatcg
gactcatggaagaccaagagtcagctaactgaacctggggctct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_37908470_37909491
seq2: B6Ng01-272G17.b_43_1063

seq1  GAATTCCAGAAATTTTACTTAGGAATTTAGGATTGATAGCAGTTGCCTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGAAATTTTACTTAGGAATTTAGGATTGATAGCAGTTGCCTTG  50

seq1  ACTTCATGAGCCATTATACTAGTTCTATTGTCATCCATTTAAAACATTAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCATGAGCCATTATACTAGTTCTATTGTCATCCATTTAAAACATTAA  100

seq1  TATAGCCCAGAATTGTAGCACTAAATTGACTAAGGTAATAGAATTCTGAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGCCCAGAATTGTAGCACTAAATTGACTAAGGTAATAGAATTCTGAC  150

seq1  TTAGAGGCCAGCCTGTGCTGCTTGACCTATTCATATCTAGGCTGTGCTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAGGCCAGCCTGTGCTGCTTGACCTATTCATATCTAGGCTGTGCTAT  200

seq1  CGCACAGAGCTTGATTTGACCAAATAAATGTATACACAGATGAAGAAAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCACAGAGCTTGATTTGACCAAATAAATGTATACACAGATGAAGAAAGA  250

seq1  ACAATACATAACACATAAACACTAGAGTGTGAATCTCTGTCTAACTCAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATACATAACACATAAACACTAGAGTGTGAATCTCTGTCTAACTCAGT  300

seq1  GTTGGTGGCAAGGATATAAAATGAATTATGACTTCATCAACTGTATTTGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGTGGCAAGGATATAAAATGAATTATGACTTCATCAACTGTATTTGC  350

seq1  TTCTTTTAACCTTTCAAGTTTCACCACTATTTTATTACCTTTTATTTCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTTAACCTTTCAAGTTTCACCACTATTTTATTACCTTTTATTTCTG  400

seq1  TCCCATTGGCCAGATCTATGGATCATTCCAAGGGATAAATGATCTCCAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCATTGGCCAGATCTATGGATCATTCCAAGGGATAAATGATCTCCAGT  450

seq1  CTAGACCGTTCACACACATTATGTTTGTCTTAGAATAATTTTTAAGGATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGACCGTTCACACACATTATGTTTGTCTTAGAATAATTTTTAAGGATT  500

seq1  TCATTAGTTATTTGAGTATTTTGATGTGGAGGAATCTTAATCCATCAACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTAGTTATTTGAGTATTTTGATGTGGAGGAATCTTAATCCATCAACA  550

seq1  TAGCTGCTCTGACAAGGGATCAAATCCTAAGACCTTCTAGGTCTATGTCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTGCTCTGACAAGGGATCAAATCCTAAGACCTTCTAGGTCTATGTCA  600

seq1  TCCAGCTGGAATGCAGACATGCCATTAGGTACACCTTTAATCCCAAACAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGCTGGAATGCAGACATGCCATTAGGTACACCTTTAATCCCAAACAC  650

seq1  TAAAAGTAATGTTACTTTTTAGAAGAAAGCAGCTGCATTTGACAGTGACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAGTAATGTTACTTTTTAGAAGAAAGCAGCTGCATTTGACAGTGACT  700

seq1  TGTGATTGAGGAGCAAAGTGAAATATGAGAAAATATGACAGACTGATTCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGATTGAGGAGCAAAGTGAAATATGAGAAAATATGACAGACTGATTCA  750

seq1  GAGATAAGGCACTCCCAACTTCCATAGGAAGAAACAAGAAAGAGAGATGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATAAGGCACTCCCAACTTCCATAGGAAGAAACAAGAAAGAGAGATGA  800

seq1  TTTAAGAGAATAGCCTATGGCACAACTGGCCGATATCATGTAGAAGAAAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGAGAATAGCCTATGGCACAACTGGCCGATATCATGTAGAAGAAAG  850

seq1  AGAATTGATCCATTCTTATCTCCTTGTATAAAGATCAAGTCTAAGTGGAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATTGATCCATTCTTATCTCCTTGTATAAAGATCAAGTCTAAGTGGAT  900

seq1  CAAAGAACTCCACATAAAACCAGAGACACTAAAATTTATGGAGGAAAAAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGAACTCCACATAAAACCAGAGACACTAAAATTTATGGAGGAAAAAG  950

seq1  TAGGGAAAAGCCTCAAAGATATGGGCACAGAGGAAAAATTCCTAAACAGA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGAAAAGCCTCAAAGATATGGGCACAGAGGAAAAATTCCTAAACAGA  1000

seq1  ACAGCAATGGCCTGTGTTGTAA  1022
      |||||||||||||||| |||||
seq2  ACAGCAATGGCCTGTG-TGTAA  1021


seq1: chrX_38050825_38051987
seq2: B6Ng01-272G17.g_66_1209 (reverse)

seq1  AGAGCCCCAAGGGTCCATGTTAGCTGACTCTTTTGGTCTTCCCATGGAGT  50
      |||||||||  ||| || ||||||||||||  |||||||| |||| ||| 
seq2  AGAGCCCCA--GGTTCA-GTTAGCTGACTC--TTGGTCTT-CCAT-GAG-  42

seq1  TCCGATCCCCTTTGGGACCCTCAATCATTCCCCAAACTCTTCCAGAAG-A  99
      |||||| ||   | ||| |||| |||||  ||| |||||| |   ||| |
seq2  TCCGATTCC---TAGGAACCTC-ATCAT--CCCCAACTCTGCAGAAAGAA  86

seq1  GTCCCCCAAGCTCCAACCAATGTTTGGCTGTGTCACTGCATCTGTTTCAG  149
      ||||||| |||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCCC-AGCTCCA--CCATGTTTGGCTGTGTCACTGCATCTGTTTCAG  133

seq1  TCAGCTGCTGTGTGGAACTTCTCTGAGGACAGTTATGCTTGACTCCTGTC  199
      ||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCTGCTGTGTGG-ACTCCTCTGA-GACAGTTATGCTTGACTCCTGTC  181

seq1  TGTGAATCTTGGCAGACAGATACAAACATAGCTTGAAGCT-CCAAGGTGG  248
      ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||
seq2  TGTGAATCTTGGCAGACAGATAC-AACATAGCTTGAAGCTCCCAAGGTGG  230

seq1  TTAAGGAAGGAAGACGGGCCTGTAGTATGCCCCTACAGGTCTTCTGAGGA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGGAAGGAAGACGGGCCTGTAGTATGCCCCTACAGGTCTTCTGAGGA  280

seq1  CAGCTAGGCACACCCACCCCAAATTGGCAGGAATGATGAACTGTGAAAAT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTAGGCACACCCACCCCAAATTGGCAGGAATGATGAACTGTGAAAAT  330

seq1  TACTGATGTGTCAAGGATATAGCCAAAACAACGACTTGACCTCTGCTTGA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGATGTGTCAAGGATATAGCCAAAACAACGACTTGACCTCTGCTTGA  380

seq1  GAAAAATTTACTTTTATGTATCCCTTGTCCCAAAAGAAGACATTTTAGAT  448
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GAAAAATTTACTTTTATGTATCCCTTGTCCCAAAAGAAGACA-TTTAGAT  429

seq1  ATTACTACTTAGCTACCCATTGGATATTGCCCTATTTTACTGAAATTAAT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACTACTTAGCTACCCATTGGATATTGCCCTATTTTACTGAAATTAAT  479

seq1  GGAATCTTGAGTTCATATTAAAAGTCCATTTTTCTACATTCCTGCCATTA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATCTTGAGTTCATATTAAAAGTCCATTTTTCTACATTCCTGCCATTA  529

seq1  GACGGTAGACTATGATGTTTTCCAACAGTGAAGAGTAAGTAGAAGTGCCT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACGGTAGACTATGATGTTTTCCAACAGTGAAGAGTAAGTAGAAGTGCCT  579

seq1  TAAGACTTTCAGAATTCTCTTATTAAGAAAGAGGTACATGAATGTCTTTC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGACTTTCAGAATTCTCTTATTAAGAAAGAGGTACATGAATGTCTTTC  629

seq1  TATCATTCTATTCTTTAAAATGTGGAGATGATTACTAGAACCCCAGAGAC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCATTCTATTCTTTAAAATGTGGAGATGATTACTAGAACCCCAGAGAC  679

seq1  TAGGTTATACCCTAAAACTGAAGGAATATTACAGGAACCAAGCTGCCTGC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTTATACCCTAAAACTGAAGGAATATTACAGGAACCAAGCTGCCTGC  729

seq1  ATCTGAGGAAATCCTTTCTCTCTGATAATCATGTTGTTGCTATTTAGTCC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGAGGAAATCCTTTCTCTCTGATAATCATGTTGTTGCTATTTAGTCC  779

seq1  TTAAGTCACACTTCAGCACTTGATTTATATGGGAAAGAAAAACTTTGCCA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGTCACACTTCAGCACTTGATTTATATGGGAAAGAAAAACTTTGCCA  829

seq1  TATTTAAGCTATTTTATTTTAGATATCCTACATGTAAATTAACTTAAAGG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTAAGCTATTTTATTTTAGATATCCTACATGTAAATTAACTTAAAGG  879

seq1  ATGTTAGTGCACTGAGACTCATAGCCTAGTTCTTCCTGGATATCACCTTG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTAGTGCACTGAGACTCATAGCCTAGTTCTTCCTGGATATCACCTTG  929

seq1  TCCTATGTGCATTCAGTACATATGTATGCATATTTACTATCAAGTATTTT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTATGTGCATTCAGTACATATGTATGCATATTTACTATCAAGTATTTT  979

seq1  TCATTCATATATTAATAATGCAAATGTGATATTTTGTATTATTTAAATAA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTCATATATTAATAATGCAAATGTGATATTTTGTATTATTTAAATAA  1029

seq1  TTGCAAAGTCTGTGTAAAAGGCTACTCATGTTTATTTGAATTCACTGTAT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAAAGTCTGTGTAAAAGGCTACTCATGTTTATTTGAATTCACTGTAT  1079

seq1  ACATTTATATAATAGTTATTAAAGTTTAACTTTGTTTTACCTACAACTTA  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTATATAATAGTTATTAAAGTTTAACTTTGTTTTACCTACAACTTA  1129

seq1  AATTGGAAGGAATTC  1163
      |||||||||||||||
seq2  AATTGGAAGGAATTC  1144


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |