BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-272J17
ChromosomeX (Build37)
Map Location 128,635,280 - 128,770,372
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG631264
Upstream geneLOC665799, LOC670449, LOC245600
Downstream geneLOC665846, LOC665850, LOC665854
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-272J17.bB6Ng01-272J17.g
ACCGA074390GA074391
length1,1321,124
definitionB6Ng01-272J17.b B6Ng01-272J17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(128,635,280 - 128,636,423)(128,769,246 - 128,770,372)
sequence
gaattctcggggatgtcagtgttctcctagtttatttaaaagttgcttgg
cattaatttttctcgtgaaactgttcattttcttatactagttctctggt
aaacctagctgctatatgaagattgttttaaatttactaagtagacttaa
cagaaatagaggaagatacataattctatgtatatggaaatgatacatat
ttatatgaagaaaataacacatattttgcatataacacataaatggtata
gggatattcatatactttgaggtacaattaatcaattaagctctaaacaa
agggactggaatttcttgctgaaactacaccactggtaataaagatagat
ttgtgagacaaataattaaatgcaaacatttacattgctttcagaatggt
ttttcaatatctttaaactgacacagttttctataatttagccagaatga
gatattattctaaaagatggtgtatatgtttaaatggaatttatttaaag
aaacaaaatctttgtaggagaataaatgtatcaaggataaagaattagtc
ttggttgctcaattcttacagcttggttatgtttaattatacacttattc
atttattattttggcagtacttttgcttaattttagctaattttaatctt
tttcctgtatattcattagcatttgaaaagttatatctgacatacaatat
ttaaggctggagacatgactagatggttaacagtacttgctgcttttcca
gagacccaaaaattggtactctacacccatatcaaaaggcttgctaccgc
ttatatctacaacttctggaaaatctgatacatctctgttgtctctgtgg
tcccatgaactcacatttatatgcctgtctacaacccaatcataattaga
actaacaaaaataaatcttaaaaatgtaaaatatttcatattaattaccc
ccatttccattgtaatttaaagaagtggtggggtttttttggataaagag
tgactccaggaagtctgtgaaattgtaccaatttgattgaatcttcaata
catgactacttcatttatggataatgtcgatcagcagaaatcagatttct
tcagtgtatgcagtattgtgacataaaggtgc

gaattcatttataatttttctttatttcccacatagtttctgggtcatca
ttaacaagtccttgttttactagtgtccatccctcttaatttggtggcaa
tgacatggctaatgtcttaaactttaataaactggaaaatattcttaaag
taagcagtattctatagttttgcttttaaaatgcccttgatatactgttt
taggaaaaaccatgataagttgctatttcctttctggtcttatcttgggt
ttcccttttgttatgatggcctatttatcttttagaaatctttaggaact
ctatcatttgtttgctgaatcaaacaaaatattattaaccatttttacta
ctcctttggattacacaccatttgggagaaaatcttaggaaagttccaga
gatctgtatcaacactagtcccaattggactatgcacttccataaataat
taagtatgcaatataaaaagactttttatcttttaaaacagtattttcac
tacaggttataaaccaaagtgttatacactatccagcctcctttcaaatg
cttatatgaaacattcatcatttttaaaatcaacttacacattacctttt
ccagggaaacagtcataactgacagattgagaaagagataggaagtagca
cggtgttaattgatgcactaattcaaaactttgatgctgaaaggatttct
tcatctttaatgctgaggggaaaaaaaggactttgaccttcatatattgt
ccatgtccaacagagatatgccacattaaggtatttgtctaacaaagtta
ataagtatttgagtttggtagcaatgctgctcaactcacattccactctt
tgtgggacaggtcttacttcttactgagtctgactcatttcattagagtg
agatgacccttgggcatttctgtagcaatgtgattgataataagaaccat
tatttgattgtttctttgtagttcatataacactcacatatgtatcacat
atgtatttgatgtttgttatattgtattattttcaatgtggggcctccaa
agatggcattgtaataatcccaccaatatattcatgtgacataaaaatga
catgaatgtgtccaattggacttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_128635280_128636423
seq2: B6Ng01-272J17.b_42_1173

seq1  GAATTCTCGGGGATGTCAGTGTTCTCCTAGTTTATTTAAAAGTTGCTTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCGGGGATGTCAGTGTTCTCCTAGTTTATTTAAAAGTTGCTTGG  50

seq1  CATTAATTTTTCTCGTGAAACTGTTCATTTTCTTATACTAGTTCTCTGGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAATTTTTCTCGTGAAACTGTTCATTTTCTTATACTAGTTCTCTGGT  100

seq1  AAACCTAGCTGCTATATGAAGATTGTTTTAAATTTACTAAGTAGACTTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCTAGCTGCTATATGAAGATTGTTTTAAATTTACTAAGTAGACTTAA  150

seq1  CAGAAATAGAGGAAGATACATAATTCTATGTATATGGAAATGATACATAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAATAGAGGAAGATACATAATTCTATGTATATGGAAATGATACATAT  200

seq1  TTATATGAAGAAAATAACACATATTTTGCATATAACACATAAATGGTATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATGAAGAAAATAACACATATTTTGCATATAACACATAAATGGTATA  250

seq1  GGGATATTCATATACTTTGAGGTACAATTAATCAATTAAGCTCTAAACAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATATTCATATACTTTGAGGTACAATTAATCAATTAAGCTCTAAACAA  300

seq1  AGGGACTGGAATTTCTTGCTGAAACTACACCACTGGTAATAAAGATAGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGACTGGAATTTCTTGCTGAAACTACACCACTGGTAATAAAGATAGAT  350

seq1  TTGTGAGACAAATAATTAAATGCAAACATTTACATTGCTTTCAGAATGGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGAGACAAATAATTAAATGCAAACATTTACATTGCTTTCAGAATGGT  400

seq1  TTTTCAATATCTTTAAACTGACACAGTTTTCTATAATTTAGCCAGAATGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCAATATCTTTAAACTGACACAGTTTTCTATAATTTAGCCAGAATGA  450

seq1  GATATTATTCTAAAAGATGGTGTATATGTTTAAATGGAATTTATTTAAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATTATTCTAAAAGATGGTGTATATGTTTAAATGGAATTTATTTAAAG  500

seq1  AAACAAAATCTTTGTAGGAGAATAAATGTATCAAGGATAAAGAATTAGTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAAATCTTTGTAGGAGAATAAATGTATCAAGGATAAAGAATTAGTC  550

seq1  TTGGTTGCTCAATTCTTACAGCTTGGTTATGTTTAATTATACACTTATTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTTGCTCAATTCTTACAGCTTGGTTATGTTTAATTATACACTTATTC  600

seq1  ATTTATTATTTTGGCAGTACTTTTGCTTAATTTTAGCTAATTTTAATCTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATTATTTTGGCAGTACTTTTGCTTAATTTTAGCTAATTTTAATCTT  650

seq1  TTTCCTGTATATTCATTAGCATTTGAAAAGTTATATCTGACATACAATAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTGTATATTCATTAGCATTTGAAAAGTTATATCTGACATACAATAT  700

seq1  TTAAGGCTGGAGACATGACTAGATGGTTAACAGTACTTGCTGCTTTTCCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGGCTGGAGACATGACTAGATGGTTAACAGTACTTGCTGCTTTTCCA  750

seq1  GAGACCCAAAAATTGGTACTCTACACCCATATCAAAAGGCTTGCTACCGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACCCAAAAATTGGTACTCTACACCCATATCAAAAGGCTTGCTACCGC  800

seq1  TTATATCTACAACTTCTGGAAAATCTGATACATCTCTGTTGTCTCTGTGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATCTACAACTTCTGGAAAATCTGATACATCTCTGTTGTCTCTGTGG  850

seq1  TCCCATGAACTCACATTTATATGCCTGTCTACAACCCAATCATAATTAGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCATGAACTCACATTTATATGCCTGTCTACAACCCAATCATAATTAGA  900

seq1  ACTAACAAAAATAAATCTTAAAAATGTAAAATATTTCATATTAATTACCC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAACAAAAATAAATCTTAAAAATGTAAAATATTTCATATTAATTACCC  950

seq1  CCATTTCCATTGTAATTTAAAGAAGTGGT-GGGTTTTTTTGGATAAAAGA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
seq2  CCATTTCCATTGTAATTTAAAGAAGTGGTGGGGTTTTTTTGGAT-AAAGA  999

seq1  GTGAACTCCAGGAAGTTCTGTGAAATTTGTACCAATTTGATTGAATCTTC  1049
      ||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GTG-ACTCCAGGAAG-TCTGTGAAA-TTGTACCAATTTGATTGAATCTTC  1046

seq1  AATTACATTGACTACTTCCATTTATGGATAATTGTCCAAATCCAGGCAGA  1099
      || |||| ||||||||| ||||||||||||| ||||   |||   |||||
seq2  AA-TACA-TGACTACTT-CATTTATGGATAA-TGTC--GATC--AGCAGA  1088

seq1  AATCAGGATTTCTTCCAGTGTTATGCAGTA-TGTG-CATAAAGGTGC  1144
      ||||| |||||||| ||||| ||||||||| |||| |||||||||||
seq2  AATCA-GATTTCTT-CAGTG-TATGCAGTATTGTGACATAAAGGTGC  1132


seq1: chrX_128769246_128770372
seq2: B6Ng01-272J17.g_65_1188 (reverse)

seq1  CAAGTCCAAATGGGACACATTTTCATGTCAATTTTATGTCACAATGAATA  50
      ||||||| ||| |||||||  ||||||||| ||||||||||| |||||||
seq2  CAAGTCC-AATTGGACACA--TTCATGTCATTTTTATGTCAC-ATGAATA  46

seq1  TAATGGTGGGATTATTACAATGCCATCTTTGGAGGCCCCACATTGAAA--  98
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  
seq2  TATTGGTGGGATTATTACAATGCCATCTTTGGAGGCCCCACATTGAAAAT  96

seq1  TATACAATTATACAAACATTCAAATACATATTGTGATACATATGTGAGTG  148
       |||||||   ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  AATACAATATAACAAACA-TCAAATACATA-TGTGATACATATGTGAGTG  144

seq1  TTATATGAACTAACAAAGAAACAATCAAATAATGGTTCTTA-TATCAATC  197
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TTATATGAACT-ACAAAGAAACAATCAAATAATGGTTCTTATTATCAATC  193

seq1  ACATTGCTACAGAAATG-CCAAGGGTCATCTCACTCTAATGAAATGAGTC  246
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTGCTACAGAAATGCCCAAGGGTCATCTCACTCTAATGAAATGAGTC  243

seq1  AGACTCAGTAAGAAGTAAGACCTGTCCCACAAAGAGTGGAATGTGAGTTG  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTCAGTAAGAAGTAAGACCTGTCCCACAAAGAGTGGAATGTGAGTTG  293

seq1  AGCAGCATTGCTACCAAACTCAAATACTTATTAACTTTGTTAGACAAATA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGCATTGCTACCAAACTCAAATACTTATTAACTTTGTTAGACAAATA  343

seq1  CCTTAATGTGGCATATCTCTGTTGGACATGGACAATATATGAAGGTCAAA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAATGTGGCATATCTCTGTTGGACATGGACAATATATGAAGGTCAAA  393

seq1  GTCCTTTTTTTCCCCTCAGCATTAAAGATGAAGAAATCCTTTCAGCATCA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTTTTTTTCCCCTCAGCATTAAAGATGAAGAAATCCTTTCAGCATCA  443

seq1  AAGTTTTGAATTAGTGCATCAATTAACACCGTGCTACTTCCTATCTCTTT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTTTGAATTAGTGCATCAATTAACACCGTGCTACTTCCTATCTCTTT  493

seq1  CTCAATCTGTCAGTTATGACTGTTTCCCTGGAAAAGGTAATGTGTAAGTT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAATCTGTCAGTTATGACTGTTTCCCTGGAAAAGGTAATGTGTAAGTT  543

seq1  GATTTTAAAAATGATGAATGTTTCATATAAGCATTTGAAAGGAGGCTGGA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTTAAAAATGATGAATGTTTCATATAAGCATTTGAAAGGAGGCTGGA  593

seq1  TAGTGTATAACACTTTGGTTTATAACCTGTAGTGAAAATACTGTTTTAAA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGTATAACACTTTGGTTTATAACCTGTAGTGAAAATACTGTTTTAAA  643

seq1  AGATAAAAAGTCTTTTTATATTGCATACTTAATTATTTATGGAAGTGCAT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAAAAAGTCTTTTTATATTGCATACTTAATTATTTATGGAAGTGCAT  693

seq1  AGTCCAATTGGGACTAGTGTTGATACAGATCTCTGGAACTTTCCTAAGAT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCAATTGGGACTAGTGTTGATACAGATCTCTGGAACTTTCCTAAGAT  743

seq1  TTTCTCCCAAATGGTGTGTAATCCAAAGGAGTAGTAAAAATGGTTAATAA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCCCAAATGGTGTGTAATCCAAAGGAGTAGTAAAAATGGTTAATAA  793

seq1  TATTTTGTTTGATTCAGCAAACAAATGATAGAGTTCCTAAAGATTTCTAA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTGTTTGATTCAGCAAACAAATGATAGAGTTCCTAAAGATTTCTAA  843

seq1  AAGATAAATAGGCCATCATAACAAAAGGGAAACCCAAGATAAGACCAGAA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATAAATAGGCCATCATAACAAAAGGGAAACCCAAGATAAGACCAGAA  893

seq1  AGGAAATAGCAACTTATCATGGTTTTTCCTAAAACAGTATATCAAGGGCA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAATAGCAACTTATCATGGTTTTTCCTAAAACAGTATATCAAGGGCA  943

seq1  TTTTAAAAGCAAAACTATAGAATACTGCTTACTTTAAGAATATTTTCCAG  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAAAGCAAAACTATAGAATACTGCTTACTTTAAGAATATTTTCCAG  993

seq1  TTTATTAAAGTTTAAGACATTAGCCATGTCATTGCCACCAAATTAAGAGG  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTAAAGTTTAAGACATTAGCCATGTCATTGCCACCAAATTAAGAGG  1043

seq1  GATGGACACTAGTAAAACAAGGACTTGTTAATGATGACCCAGAAACTATG  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGACACTAGTAAAACAAGGACTTGTTAATGATGACCCAGAAACTATG  1093

seq1  TGGGAAATAAAGAAAAATTATAAATGAATTC  1127
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAAATAAAGAAAAATTATAAATGAATTC  1124


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |