BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-278J07
ChromosomeX (Build37)
Map Location 56,657,043 - 56,740,284
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC631581, LOC631621, 4930550L24Rik, Fgf13
Downstream geneF9, EG434782, Mcf2, Atp11c, LOC666517, LOC631784, LOC100039611, LOC100039621
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-278J07.bB6Ng01-278J07.g
ACCGA078788GA078789
length1,0691,133
definitionB6Ng01-278J07.b B6Ng01-278J07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(56,657,043 - 56,658,110)(56,739,143 - 56,740,284)
sequence
gaattcaggggccaatatacacatgttctctcagcctaacctgttgttgt
ttccctaaatatgtgaaataccatgaagttccacaatacatttcatacaa
acagctactaatgtttgtcacacactagttgcttctacacatacactgca
aatgatattgaaaagtctaagtcaagtagcatcaaactctttattcagtg
ataagtatcaatatttaaggtcagattgctctaattttatttccctatag
gggaaatgagctgatatacacatcttcatgcaaatatgtcatatatccaa
agcccagatcacaatgactacatagtttaattagcatcacaaaattatat
tgttaatatactcactttaaaatgtaactttaatattatatatataatct
atctttatatttatttattctgttttatttgtgttaatatttttgagtat
atgtatgtgcaccatcggtgtgcctacagagtcaagaaaggggttcgggt
cctctggaacttcagttgcatacggttgagagtcaccatgtgggtgctgg
gaacttatctacagttgggactgtatgagttccatgccgacctaggtgac
agaacaataccatgtctcaaaagtaacaaaaatacatttaaaaaattaag
aaagaaactatgaattcagaaaccaagggatccagtggacttatccccat
agtaaacagtattcatctaaaagggaagacttggcaatttgagtgattaa
caataaaagtcagctctattacaagggtttcccatgttctctagcaatcc
tactacacatctcacttgtaagagtatgcatgcatttcatcagtacttat
atgggcctatatccttgtaaaaatgagacatgtttcccctgtctattttt
gtataaaaacatgtcctcacaacaccccgaatagtgtgttctagagtttt
gtggattaagtggactaatgatgttctacatgattctctagtcaggtaga
agctggacacttaaaaggtttcacttcagattggatggtgtaaggttttt
tgtttttgttttggttttg

gaattcaaaatggcagaaacctttcaaaataatagactgaccatccattt
cttatatgaaaggaatctaggggctagtggttcagagtagagagtgcatt
agagtgtcactgggcactctccttgagctttgtgctattgggcaactatg
gagttaagctcacttcctaagcttgaatgcttaaatgtgtttcttggtct
aatatgtctgacagtcttctaatcagagaggaggcagaagaggccaaagg
gtcctcctcttaatgatgacatttccattaaagttcagtcttttgaagtc
tcacctagtgactttcatttacttcatatttacaaagaaggcttggacag
gtcttttatctaggcccatagtcatagtgaataaaatagatactttgcag
ttaagaaaggttattgtacagatctgaaagagactggaaggatgtgaaag
tatggatgaaaggtaacacttttttgagatgtggaaggctgggaggagca
ggttgctggatagcaaatgtttacttagggatacattgctcttgagatgg
ttggtagacttcctgcagaattttgagggagaaatactactacttgacat
tttgtgatatctaggatttcaggaaagaaattatgtctagaaggaggagt
tatgagcgtgaatgtgaacataaaatgtgtactacacattctgttaactg
agattgtattttatgcagcaatgaaaaggagaaggtcatcttcccttcct
cttatcttccctgcccccttgagaactatctaatgaatataaagcactgt
tctaagtagcatgaatatatgaagatagaggaaaaacacaaaagtctcca
ttttttatgataagaaggttgagagtagctgcgtgaactcaaacccaata
aaccttcctttcacgtatctgctcttcccattagagcatagatcccttgt
attgtgggaaattaattgttattgagtctgattgcccaatatcctgaccc
agggccagaatttcatcattaaatgttcatttgaataaggagactgtgct
agcttctttcttcatagaatttagtccgtgggcagattgcatccacctag
tctcttgactaacagcactatcctcctttgttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_56657043_56658110
seq2: B6Ng01-278J07.b_46_1114

seq1  GAATTCAGGGGCCAATATACACATGTTCTCTCAGCCTAACCTGTTGTTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGGGCCAATATACACATGTTCTCTCAGCCTAACCTGTTGTTGT  50

seq1  TTCCCTAAATATGTGAAATACCATGAAGTTCCACAATACATTTCATACAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTAAATATGTGAAATACCATGAAGTTCCACAATACATTTCATACAA  100

seq1  ACAGCTACTAATGTTTGTCACACACTAGTTGCTTCTACACATACACTGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCTACTAATGTTTGTCACACACTAGTTGCTTCTACACATACACTGCA  150

seq1  AATGATATTGAAAAGTCTAAGTCAAGTAGCATCAAACTCTTTATTCAGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGATATTGAAAAGTCTAAGTCAAGTAGCATCAAACTCTTTATTCAGTG  200

seq1  ATAAGTATCAATATTTAAGGTCAGATTGCTCTAATTTTATTTCCCTATAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGTATCAATATTTAAGGTCAGATTGCTCTAATTTTATTTCCCTATAG  250

seq1  GGGAAATGAGCTGATATACACATCTTCATGCAAATATGTCATATATCCAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAATGAGCTGATATACACATCTTCATGCAAATATGTCATATATCCAA  300

seq1  AGCCCAGATCACAATGACTACATAGTTTAATTAGCATCACAAAATTATAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCAGATCACAATGACTACATAGTTTAATTAGCATCACAAAATTATAT  350

seq1  TGTTAATATACTCACTTTAAAATGTAACTTTAATATTATATATATAATCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAATATACTCACTTTAAAATGTAACTTTAATATTATATATATAATCT  400

seq1  ATCTTTATATTTATTTATTCTGTTTTATTTGTGTTAATATTTTTGAGTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTATATTTATTTATTCTGTTTTATTTGTGTTAATATTTTTGAGTAT  450

seq1  ATGTATGTGCACCATCGGTGTGCCTACAGAGTCAAGAAAGGGGTTCGGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATGTGCACCATCGGTGTGCCTACAGAGTCAAGAAAGGGGTTCGGGT  500

seq1  CCTCTGGAACTTCAGTTGCATACGGTTGAGAGTCACCATGTGGGTGCTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGGAACTTCAGTTGCATACGGTTGAGAGTCACCATGTGGGTGCTGG  550

seq1  GAACTTATCTACAGTTGGGACTGTATGAGTTCCATGCCGACCTAGGTGAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTTATCTACAGTTGGGACTGTATGAGTTCCATGCCGACCTAGGTGAC  600

seq1  AGAACAATACCATGTCTCAAAAGTAACAAAAATACATTTAAAAAATTAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACAATACCATGTCTCAAAAGTAACAAAAATACATTTAAAAAATTAAG  650

seq1  AAAGAAACTATGAATTCAGAAACCAAGGGATCCAGTGGACTTATCCCCAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAACTATGAATTCAGAAACCAAGGGATCCAGTGGACTTATCCCCAT  700

seq1  AGTAAACAGTATTCATCTAAAAGGGAAGACTTGGCAATTTGAGTGATTAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAACAGTATTCATCTAAAAGGGAAGACTTGGCAATTTGAGTGATTAA  750

seq1  CAATAAAAGTCAGCTCTATTACAAGGGTTTCCCATGTTCTCTAGCAATCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAAAAGTCAGCTCTATTACAAGGGTTTCCCATGTTCTCTAGCAATCC  800

seq1  TACTACACATCTCACTTGTAAGAGTATGCATGCATTTCATCAGTACTTAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTACACATCTCACTTGTAAGAGTATGCATGCATTTCATCAGTACTTAT  850

seq1  ATGGGCCTATATCCTTGTAAAAATGAGACATGTTTCCCCTGTCTATTTTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGCCTATATCCTTGTAAAAATGAGACATGTTTCCCCTGTCTATTTTT  900

seq1  GTATAAAAACATGTCCTCACAACACCCCGAATAGTGTGTTCTAGAGTTTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATAAAAACATGTCCTCACAACACCCCGAATAGTGTGTTCTAGAGTTTT  950

seq1  GTGGATTAAGTGGACTAATGATGTTCTTACATGATTCTCTAGTCAGGTAG  1000
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGATTAAGTGGACTAATGATGTTC-TACATGATTCTCTAGTCAGGTAG  999

seq1  AAGCTGGACACTTAAAAGGTTTCAC-TCAGATTGGAT-GTGTAAGGTTTT  1048
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||
seq2  AAGCTGGACACTTAAAAGGTTTCACTTCAGATTGGATGGTGTAAGGTTTT  1049

seq1  TTGTTTTTTGTTTTGTTTTG  1068
      ||||||||  ||| ||||||
seq2  TTGTTTTTGTTTTGGTTTTG  1069


seq1: chrX_56739143_56740284
seq2: B6Ng01-278J07.g_69_1201 (reverse)

seq1  CAACAAAAGGAGATAGGTGGCTGTGTAGTCCAAGAGACCTACGTGGATGC  50
      ||||||| |  |||||   ||||| |||| ||||||| ||| ||||||||
seq2  CAACAAAGGAGGATAG--TGCTGT-TAGT-CAAGAGA-CTAGGTGGATGC  45

seq1  AAATCCTGGCCCCAACGACTAAATTCTATGAAAAGAAAGAAGCTAGCACA  100
      ||   |||  ||||  ||||||||||||||  ||||||||||||||||||
seq2  AA--TCTG--CCCACGGACTAAATTCTATG--AAGAAAGAAGCTAGCACA  89

seq1  GTTCTCCTTA-TCAAATGGACATTTATTGATGAAATTTCTGGCCCTGGGT  149
      | |||||||| ||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||
seq2  G-TCTCCTTATTCAAATGAACATTTAATGATGAAA-TTCTGGCCCTGGGT  137

seq1  CAGGATA-TGGGCAATCAGACTCAATAACAATTAATTTCCCAC-ATACAA  197
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CAGGATATTGGGCAATCAGACTCAATAACAATTAATTTCCCACAATACAA  187

seq1  -GGATCTATGCTCTAATGGGAAGAGCAGATACGTGAAAGGAAGGTTTATT  246
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATCTATGCTCTAATGGGAAGAGCAGATACGTGAAAGGAAGGTTTATT  237

seq1  GGGTTTGAGTTCACGCAGCTACTCTCAACCTTCTTTATCAT-AAAAATGG  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||
seq2  GGGTTTGAGTTCACGCAGCTACTCTCAACCTTC-TTATCATAAAAAATGG  286

seq1  AGACTTTTGTGTTTTTCCTCTATCTTCATATATTCATGCTACTTAGAACA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTTTTGTGTTTTTCCTCTATCTTCATATATTCATGCTACTTAGAACA  336

seq1  GTGCTTTATATTCATTAGATAGTTCTCAAGGGGGCAGGGAAGATAAGAGG  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTTTATATTCATTAGATAGTTCTCAAGGGGGCAGGGAAGATAAGAGG  386

seq1  AAGGGAAGATGACCTTCTCCTTTTCATTGCTGCATAAAATACAATCTCAG  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGAAGATGACCTTCTCCTTTTCATTGCTGCATAAAATACAATCTCAG  436

seq1  TTAACAGAATGTGTAGTACACATTTTATGTTCACATTCACGCTCATAACT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACAGAATGTGTAGTACACATTTTATGTTCACATTCACGCTCATAACT  486

seq1  CCTCCTTCTAGACATAATTTCTTTCCTGAAATCCTAGATATCACAAAATG  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTTCTAGACATAATTTCTTTCCTGAAATCCTAGATATCACAAAATG  536

seq1  TCAAGTAGTAGTATTTCTCCCTCAAAATTCTGCAGGAAGTCTACCAACCA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGTAGTAGTATTTCTCCCTCAAAATTCTGCAGGAAGTCTACCAACCA  586

seq1  TCTCAAGAGCAATGTATCCCTAAGTAAACATTTGCTATCCAGCAACCTGC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAAGAGCAATGTATCCCTAAGTAAACATTTGCTATCCAGCAACCTGC  636

seq1  TCCTCCCAGCCTTCCACATCTCAAAAAAGTGTTACCTTTCATCCATACTT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCCCAGCCTTCCACATCTCAAAAAAGTGTTACCTTTCATCCATACTT  686

seq1  TCACATCCTTCCAGTCTCTTTCAGATCTGTACAATAACCTTTCTTAACTG  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATCCTTCCAGTCTCTTTCAGATCTGTACAATAACCTTTCTTAACTG  736

seq1  CAAAGTATCTATTTTATTCACTATGACTATGGGCCTAGATAAAAGACCTG  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGTATCTATTTTATTCACTATGACTATGGGCCTAGATAAAAGACCTG  786

seq1  TCCAAGCCTTCTTTGTAAATATGAAGTAAATGAAAGTCACTAGGTGAGAC  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAGCCTTCTTTGTAAATATGAAGTAAATGAAAGTCACTAGGTGAGAC  836

seq1  TTCAAAAGACTGAACTTTAATGGAAATGTCATCATTAAGAGGAGGACCCT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAAAGACTGAACTTTAATGGAAATGTCATCATTAAGAGGAGGACCCT  886

seq1  TTGGCCTCTTCTGCCTCCTCTCTGATTAGAAGACTGTCAGACATATTAGA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCCTCTTCTGCCTCCTCTCTGATTAGAAGACTGTCAGACATATTAGA  936

seq1  CCAAGAAACACATTTAAGCATTCAAGCTTAGGAAGTGAGCTTAACTCCAT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGAAACACATTTAAGCATTCAAGCTTAGGAAGTGAGCTTAACTCCAT  986

seq1  AGTTGCCCAATAGCACAAAGCTCAAGGAGAGTGCCCAGTGACACTCTAAT  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGCCCAATAGCACAAAGCTCAAGGAGAGTGCCCAGTGACACTCTAAT  1036

seq1  GCACTCTCTACTCTGAACCACTAGCCCCTAGATTCCTTTCATATAAGAAA  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTCTCTACTCTGAACCACTAGCCCCTAGATTCCTTTCATATAAGAAA  1086

seq1  TGGATGGTCAGTCTATTATTTTGAAAGGTTTCTGCCATTTTGAATTC  1142
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATGGTCAGTCTATTATTTTGAAAGGTTTCTGCCATTTTGAATTC  1133


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |