BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-286J02
ChromosomeX (Build37)
Map Location 66,264,332 - 66,393,234
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG236844, LOC385372, LOC627888, LOC434788, Fmr1, Fmr1nb, LOC100040244, EG627927, LOC666882, LOC671950, LOC100040255
Downstream geneAff2, EG666577, 1700020N15Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-286J02.bB6Ng01-286J02.g
ACCGA084731GA084732
length9881,102
definitionB6Ng01-286J02.b B6Ng01-286J02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(66,264,332 - 66,265,259)(66,392,131 - 66,393,234)
sequence
gaattcattctttttaatagctgagtagtactccattgtgtaaatgtacc
acgttttttgtatccattcctctgttgagggacatctgggttctttccag
cttctggctattataaataaggctgctatgaacatagtggagcatgtgtc
cttcttaccggttgggacatcttctggatatatgcccaggagagagagag
ttaaggtagcaagatgtttttgatctaaacaagagcttatatttgtataa
tcaaaaatataagcatatgatattaatagagtagagtagctgtataacca
agtactataactgaaactagtcaaggctcagagaagttaaactatgtcta
aagtaaaaaagaagatcttcaaaaaaaaaaaagtagatcttctttaagtt
ttgtttggccaacttctttttttttttatttcttttttttttttccattt
ttttattaggtatttagctcatttacatttccaatgctataccaaaagtc
ccccatatccacccacccccactcccctgcccacccactccccctttttg
gccctggtgttcccctgtactggggcatataaagtttgcaagtccaatgg
gcgtctctttccagtgatggccgactaggccatcttttgatatatatgca
gctagagtcaagagctccagggtactggttagttcataaatgttgttcca
ccctatagggttgcagatccctttagctccttggctacttttctctagat
cctccattgggagccctatgatccatccattagctgactgtgagcatcca
cttctgtgtttgcttagcccccggcatagtctcacaagagacagcttaca
tctggggtcctttcaataaatcttgctagtgtatgcaatggtgtcagcgt
ttggatgctgattatgggggtggatcctctggatatggcagtctctacca
ggtccatcctttcatctcagcttccaaactttggtctc

gaattcccccttcactgaatatgtagcaattatatgacattgaataagta
ttcataattttaatatcagtattaaaaataatgactttgatgtggcattt
cttaatgatatcaaatatatttctttaagaaatatatcattcaatgaata
tttgagcacctattacatgcttgacattctcttagttactgagtggataa
atgagtataaacaaaaaagttctaaaaatgctctgatctaatggagctaa
cattcatatattaggaaagagatgtgttaagccataaatatataagagaa
atagcaaaagaaacaagaatctggttacagataaaaaaaggtagggttat
atgtggaagtgtgagtttccttcatttgcaaggaagagatcaaatcaata
gtgttaaaacttgatgaaacaagaaacagagctgggatatatattttaca
aatttgaaaatgaaatcactgaaggatattttaaaaataatgtacttctg
gtattctccttcacagtagtatgatgacagttaacagtagtgtatattat
gaaataatcataagagaacttttttgaatgttcttaccacaaagatatga
taaacatatgagattatgagtaaaccaaataatttggtatgatcattaca
cattatatgtactgaaacaccatggtgtaccttgtaagtatgtggaatta
ttctgtgataatttttaaaaatacgagtatgagggccagttaaaatcact
gtatcacaaaaatggtgacctgagtcgagtttctggaacccacagctaaa
gaatagaaccaactccagaaaattgtctcctgacctccacatttatagca
tagcatatatgtcccgacactcatacatcatacacactacataggcacag
gcacacgcacacacacacacacacacacacacacactaactaatttgatg
aaaaataaatttaaaatgttaaatataatataattaataataagaaaaat
tgagtaaggaagtattaaaggatagtacaatttgctcaaatcctcattta
tcataacacccaaaagtgcataagtacatactcctctgccatggataatc
aa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_66264332_66265259
seq2: B6Ng01-286J02.b_48_982

seq1  GAATTCATTCTTTTTAATAGCTGAGTAGTACTCCATTGTGTAAATGTACC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTCTTTTTAATAGCTGAGTAGTACTCCATTGTGTAAATGTACC  50

seq1  ACGTTTTTTGTATCCATTCCTCTGTTGAGGGACATCTGGGTTCTTTCCAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTTTTTTGTATCCATTCCTCTGTTGAGGGACATCTGGGTTCTTTCCAG  100

seq1  CTTCTGGCTATTATAAATAAGGCTGCTATGAACATAGTGGAGCATGTGTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTGGCTATTATAAATAAGGCTGCTATGAACATAGTGGAGCATGTGTC  150

seq1  CTTCTTACCGGTTGGGACATCTTCTGGATATATGCCCAGGAGAGAGAGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTACCGGTTGGGACATCTTCTGGATATATGCCCAGGAGAGAGAGAG  200

seq1  TTAAGGTAGCAAGATGTTTTTGATCTAAACAAGAGCTTATATTTGTATAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGGTAGCAAGATGTTTTTGATCTAAACAAGAGCTTATATTTGTATAA  250

seq1  TCAAAAATATAAGCATATGATATTAATAGAGTAGAGTAGCTGTATAACCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAAATATAAGCATATGATATTAATAGAGTAGAGTAGCTGTATAACCA  300

seq1  AGTACTATAACTGAAACTAGTCAAGGCTCAGAGAAGTTAAACTATGTCTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACTATAACTGAAACTAGTCAAGGCTCAGAGAAGTTAAACTATGTCTA  350

seq1  AAGTAAAAAAGAAGATCTTCAAAAAAAAAAAAGTAGATCTTCTTTAAGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAAAAAAGAAGATCTTCAAAAAAAAAAAAGTAGATCTTCTTTAAGTT  400

seq1  TTGTTTGGCCAACTTCTTTTTTTTTTTATTTCTTTTTTTTTTTTCCATTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTGGCCAACTTCTTTTTTTTTTTATTTCTTTTTTTTTTTTCCATTT  450

seq1  TTTTATTAGGTATTTAGCTCATTTACATTTCCAATGCTATACCAAAAGTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATTAGGTATTTAGCTCATTTACATTTCCAATGCTATACCAAAAGTC  500

seq1  CCCCATATCCACCCACCCCCACTCCCCTGCCCACCCACTCCCCCTTTTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCATATCCACCCACCCCCACTCCCCTGCCCACCCACTCCCCCTTTTTG  550

seq1  GCCCTGGTGTTCCCCTGTACTGGGGCATATAAAGTTTGCAAGTCCAATGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTGGTGTTCCCCTGTACTGGGGCATATAAAGTTTGCAAGTCCAATGG  600

seq1  GCGTCTCTTTCCAGTGATGGCCGACTAGGCCATCTTTTGATATATATGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTCTCTTTCCAGTGATGGCCGACTAGGCCATCTTTTGATATATATGCA  650

seq1  GCTAGAGTCAAGAGCTCCAGGGTACTGGTTAGTTCAT-AATGTTGTTCCA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GCTAGAGTCAAGAGCTCCAGGGTACTGGTTAGTTCATAAATGTTGTTCCA  700

seq1  -CCTATAGGGTTGCAGATCCCTTTAGCTCCTTGGCTAC-TTTCTCTAGAT  747
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  CCCTATAGGGTTGCAGATCCCTTTAGCTCCTTGGCTACTTTTCTCTAGAT  750

seq1  CCTCCATTGGGAGCCCTATGATCCATCCATTAGCTGACTGTGAGCATCCA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCATTGGGAGCCCTATGATCCATCCATTAGCTGACTGTGAGCATCCA  800

seq1  CTTCTGTGTTTGC-TAGCCCCCGGCATAGTCTCACAAGAGACAGC-TACA  845
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CTTCTGTGTTTGCTTAGCCCCCGGCATAGTCTCACAAGAGACAGCTTACA  850

seq1  TCT-GGGTCCTTTCAATAAAATCTTGCTAGTGTATGCAATGGTGTCAGCG  894
      ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGGGTCCTTTCAAT-AAATCTTGCTAGTGTATGCAATGGTGTCAGCG  899

seq1  TTTGGATGCTGATTAT-GGGGTGGAT-CTCTGGATA  928
      |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||
seq2  TTTGGATGCTGATTATGGGGGTGGATCCTCTGGATA  935


seq1: chrX_66392131_66393234
seq2: B6Ng01-286J02.g_64_1165 (reverse)

seq1  TTGATTTATCCATGGCAGA-GAGTATGTACTTAATGCACTTTTGGTTGTT  49
      |||| |||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| ||||
seq2  TTGA-TTATCCATGGCAGAGGAGTATGTACTT-ATGCACTTTTGGGTGTT  48

seq1  ATGATAAATGAGGAATTGAGCAAATTGTACTAT-CTTTAATACTTCTTTA  98
      |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||
seq2  ATGATAAATGAGGATTTGAGCAAATTGTACTATCCTTTAATACTTCCTTA  98

seq1  CCTCAAATTTTTCTTATTATTAATTATATTATATTTTAACATTTTAAATT  148
       ||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  -CTC-AATTTTTCTTATTATTAATTATATTATA-TTTAACATTTTAAATT  145

seq1  TATTTTTCATC-AATTAGTTAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  197
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTTCATCAAATTAGTTAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  195

seq1  CGTGTGCCTGTGCCTATGTAGTGTGTATGATGTATGAGTGTCGGGACATA  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGTGCCTGTGCCTATGTAGTGTGTATGATGTATGAGTGTCGGGACATA  245

seq1  TATGCTATGCTATAAATGTGGAGGTCAGGAGACAATTTTCTGGAGTTGGT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCTATGCTATAAATGTGGAGGTCAGGAGACAATTTTCTGGAGTTGGT  295

seq1  TCTATTCTTTAGCTGTGGGTTCCAGAAACTCGACTCAGGTCACCATTTTT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATTCTTTAGCTGTGGGTTCCAGAAACTCGACTCAGGTCACCATTTTT  345

seq1  GTGATACAGTGATTTTAACTGGCCCTCATACTCGTATTTTTAAAAATTAT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATACAGTGATTTTAACTGGCCCTCATACTCGTATTTTTAAAAATTAT  395

seq1  CACAGAATAATTCCACATACTTACAAGGTACACCATGGTGTTTCAGTACA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGAATAATTCCACATACTTACAAGGTACACCATGGTGTTTCAGTACA  445

seq1  TATAATGTGTAATGATCATACCAAATTATTTGGTTTACTCATAATCTCAT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATGTGTAATGATCATACCAAATTATTTGGTTTACTCATAATCTCAT  495

seq1  ATGTTTATCATATCTTTGTGGTAAGAACATTCAAAAAAGTTCTCTTATGA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTATCATATCTTTGTGGTAAGAACATTCAAAAAAGTTCTCTTATGA  545

seq1  TTATTTCATAATATACACTACTGTTAACTGTCATCATACTACTGTGAAGG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTCATAATATACACTACTGTTAACTGTCATCATACTACTGTGAAGG  595

seq1  AGAATACCAGAAGTACATTATTTTTAAAATATCCTTCAGTGATTTCATTT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATACCAGAAGTACATTATTTTTAAAATATCCTTCAGTGATTTCATTT  645

seq1  TCAAATTTGTAAAATATATATCCCAGCTCTGTTTCTTGTTTCATCAAGTT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATTTGTAAAATATATATCCCAGCTCTGTTTCTTGTTTCATCAAGTT  695

seq1  TTAACACTATTGATTTGATCTCTTCCTTGCAAATGAAGGAAACTCACACT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACACTATTGATTTGATCTCTTCCTTGCAAATGAAGGAAACTCACACT  745

seq1  TCCACATATAACCCTACCTTTTTTTATCTGTAACCAGATTCTTGTTTCTT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACATATAACCCTACCTTTTTTTATCTGTAACCAGATTCTTGTTTCTT  795

seq1  TTGCTATTTCTCTTATATATTTATGGCTTAACACATCTCTTTCCTAATAT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTATTTCTCTTATATATTTATGGCTTAACACATCTCTTTCCTAATAT  845

seq1  ATGAATGTTAGCTCCATTAGATCAGAGCATTTTTAGAACTTTTTTGTTTA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATGTTAGCTCCATTAGATCAGAGCATTTTTAGAACTTTTTTGTTTA  895

seq1  TACTCATTTATCCACTCAGTAACTAAGAGAATGTCAAGCATGTAATAGGT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCATTTATCCACTCAGTAACTAAGAGAATGTCAAGCATGTAATAGGT  945

seq1  GCTCAAATATTCATTGAATGATATATTTCTTAAAGAAATATATTTGATAT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAAATATTCATTGAATGATATATTTCTTAAAGAAATATATTTGATAT  995

seq1  CATTAAGAAATGCCACATCAAAGTCATTATTTTTAATACTGATATTAAAA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAAGAAATGCCACATCAAAGTCATTATTTTTAATACTGATATTAAAA  1045

seq1  TTATGAATACTTATTCAATGTCATATAATTGCTACATATTCAGTGAAGGG  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGAATACTTATTCAATGTCATATAATTGCTACATATTCAGTGAAGGG  1095

seq1  GGAATTC  1104
      |||||||
seq2  GGAATTC  1102


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |