BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-289A22
ChromosomeX (Build37)
Map Location 165,792,344 - 165,908,836
singlet/doubletdoublet
Overlap geneBC022960
Upstream geneFrmpd4, EG667822, EG637566, Msl31, Arhgap6, Amelx, Hccs, LOC100040950
Downstream geneMid1, 4933400A11Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-289A22.bB6Ng01-289A22.g
ACCGA086560GA086561
length1,0601,119
definitionB6Ng01-289A22.b B6Ng01-289A22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(165,792,344 - 165,793,404)(165,907,721 - 165,908,836)
sequence
gaattctgaactgaaacactgtacacaaggggtgacctagtaatggtggt
agtagatatgagtttgatattgtaaatggatgatggccctgcttgggtat
tgggtatgtttgtaatctctatgcatactggacaaggcagttataagcac
taagcattgccacccaatccattgtcaaagtgtgggttgaggtatttata
ttttcttgcttgtttgggtaaggacatacatatttacattcataagattt
gttctccttcctttgcccagtatgcattataaggggtcagctaacgcaat
attgaacagttaagttgaagtatagcggtgagttgttgtggtgaagtaaa
aacaaagaaacacgcacgaacgagttataggaaaactaatcgattttgtg
atcctgtttgcagtgcgggaagaatgaattcgggatgtgtgagaaatagt
tacatcacataggacagcagtgtgatactattcactttataagcaacttt
aaaataactcactacgtatggatgtagtctggacaagggtgaactgctac
tatgttatgcattgtcagtcagtcagtcactactgtctacttctgagagc
ccttatgtattagagaggaggattgggacacagtatgccttcaatcccct
tccctttatggccttgagtttttcaataaggataatacaaactattcttt
tcaagtgagaaatgaaatcttatgtttactcagatttagctacatgtgga
ggaggccttttagggaggtcttgagaaacctcctctgtttgtgcctgcta
aaacacttgatgaaaggtttgtcagagattcgtggcaattggagtagttt
tctgtactgcttttgatcatcaatccccattgttgtgccacacagatagt
cagcatctgtctctccaattatgagtaaccctgtttcttaacctttctac
catctgatatttcaatatgtatgcaacttgaaatattctattagaccacc
ctgggtttttttgtcgtcgttggtgggttggttgtttggttttgttgttg
ttttttgttt

gaattccaaacactggccctccaccaagaatgcagtatccttacccttcc
acttcaagcccagagatgttctcagtaaaaataaccttagctaatcataa
ctgctggggaagctagagataatcttcataaggtcacaaagagctttaaa
aaatgtctttagagatcaaacaactcttactaagaaagggttagaaaatt
cagggtacactcatttatcctccccctccccatgcccctcagacaaatga
gatgctgagaggctgggataaagctcaagcagcatactcaatcaattcct
acttccacactgactaaagaccttattttagggtccttggtaaattagta
gtatgaagctaaataactcaaaacagacaatcatcatagtgacagactta
taaaaggcagttgcaggaaattgcacaaaataagcagaataaataattct
ggggagaattggatgctttttccaacaaccacctgacagcctaactttct
ttcaaattttacgtctactcccttctcttctttgccagatgaatgtgctt
ccagctggacttaggagaggcaatggtgtcaaccaatgactcgttaaaaa
atacacacctgtcataaatgcaaggctctctcaagggatatattaaattg
cattccttgctttctatgaaaaggtgcaatgaaaaaaaatgagttaacta
tcaactaccagatgtttctagcatctctattagtttgagtaagatggaag
gaacaattgctacattgtacagatgttaactaacataaacatcagcattt
aggacttggatgggaggaggttcaactaaatgtatcttgggaataaatga
tattttctgtttggcagtgctcataacaacaggaagaatcccctttttac
actgacgcatttttaacaacagtaagaataagtttggcatatttttaaaa
ttgcaaaccaaacttatggatgtcacttttgttgtcattgtttcatggta
tcactataatgataattatatcaaactttccagagaatactcatatatgt
gcactttcaggatttgaatgcatttctggttaatagaaatttctaaatat
tacaaaccatatttctata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_165792344_165793404
seq2: B6Ng01-289A22.b_43_1102

seq1  GAATTCTGAACTGAAACACTGTACACAAGGGGTGACCTAGTAATGGTGGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGAACTGAAACACTGTACACAAGGGGTGACCTAGTAATGGTGGT  50

seq1  AGTAGATATGAGTTTGATATTGTAAATGGATGATGGCCCTGCTTGGGTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGATATGAGTTTGATATTGTAAATGGATGATGGCCCTGCTTGGGTAT  100

seq1  TGGGTATGTTTGTAATCTCTATGCATACTGGACAAGGCAGTTATAAGCAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTATGTTTGTAATCTCTATGCATACTGGACAAGGCAGTTATAAGCAC  150

seq1  TAAGCATTGCCACCCAATCCATTGTCAAAGTGTGGGTTGAGGTATTTATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCATTGCCACCCAATCCATTGTCAAAGTGTGGGTTGAGGTATTTATA  200

seq1  TTTTCTTGCTTGTTTGGGTAAGGACATACATATTTACATTCATAAGATTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTTGCTTGTTTGGGTAAGGACATACATATTTACATTCATAAGATTT  250

seq1  GTTCTCCTTCCTTTGCCCAGTATGCATTATAAGGGGTCAGCTAACGCAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTCCTTCCTTTGCCCAGTATGCATTATAAGGGGTCAGCTAACGCAAT  300

seq1  ATTGAACAGTTAAGTTGAAGTATAGCGGTGAGTTGTTGTGGTGAAGTAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAACAGTTAAGTTGAAGTATAGCGGTGAGTTGTTGTGGTGAAGTAAA  350

seq1  AACAAAGAAACACGCACGAACGAGTTATAGGAAAACTAATCGATTTTGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAGAAACACGCACGAACGAGTTATAGGAAAACTAATCGATTTTGTG  400

seq1  ATCCTGTTTGCAGTGCGGGAAGAATGAATTCGGGATGTGTGAGAAATAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTGTTTGCAGTGCGGGAAGAATGAATTCGGGATGTGTGAGAAATAGT  450

seq1  TACATCACATAGGACAGCAGTGTGATACTATTCACTTTATAAGCAACTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATCACATAGGACAGCAGTGTGATACTATTCACTTTATAAGCAACTTT  500

seq1  AAAATAACTCACTACGTATGGATGTAGTCTGGACAAGGGTGAACTGCTAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAACTCACTACGTATGGATGTAGTCTGGACAAGGGTGAACTGCTAC  550

seq1  TATGTTATGCATTGTCAGTCAGTCAGTCACTACTGTCTACTTCTGAGAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTTATGCATTGTCAGTCAGTCAGTCACTACTGTCTACTTCTGAGAGC  600

seq1  CCTTATGTATTAGAGAGGAGGATTGGGACACAGTATGCCTTCAATCCCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTATGTATTAGAGAGGAGGATTGGGACACAGTATGCCTTCAATCCCCT  650

seq1  TCCCTTTATGGCCTTGAGTTTTTCAATAAGGATAATACAAACTATTCTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTTTATGGCCTTGAGTTTTTCAATAAGGATAATACAAACTATTCTTT  700

seq1  TCAAGTGAGAAATGAAATCTTATGTTTACTCAGATTTAGCTACATGTGGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGTGAGAAATGAAATCTTATGTTTACTCAGATTTAGCTACATGTGGA  750

seq1  GGAGGCCTTTTAGGGAGGTCTTGAGAAACCTCCTCTGTTTGTGCCTGCTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGCCTTTTAGGGAGGTCTTGAGAAACCTCCTCTGTTTGTGCCTGCTA  800

seq1  AAACACTTGATGAAAGGTTTGTCAGAGATTCGTGGCAATTGGAGTAGTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACACTTGATGAAAGGTTTGTCAGAGATTCGTGGCAATTGGAGTAGTTT  850

seq1  TCTGTACTGCTTTTGATCATCAATCCCCATTGTTGTGCCACACAGATAGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTACTGCTTTTGATCATCAATCCCCATTGTTGTGCCACACAGATAGT  900

seq1  CAGCATCTGTCTCTCCAATTATGAGTAACCCTGTTTCTTAACC-TTCTAC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CAGCATCTGTCTCTCCAATTATGAGTAACCCTGTTTCTTAACCTTTCTAC  950

seq1  CATCTGATATTTCAATATGTATGCAACTTGAAATTATTCTATTAGACCAA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| 
seq2  CATCTGATATTTCAATATGTATGCAACTTGAAA-TATTCTATTAGACCAC  999

seq1  CCTGGGTTTTTTTGT--TCGTTCGTTTGGTTGGTTGGTTTGTTTTGTTTT  1047
      |||||||||||||||  ||||| | | ||||||||| || |||||| || 
seq2  CCTGGGTTTTTTTGTCGTCGTT-GGTGGGTTGGTTGTTTGGTTTTG-TTG  1047

seq1  TTGTTTGTTTGTTT  1061
      |||||| |||||||
seq2  TTGTTT-TTTGTTT  1060


seq1: chrX_165907721_165908836
seq2: B6Ng01-289A22.g_66_1184 (reverse)

seq1  TATAG-AATATGGTTTGTAATATTTAGAATTTTCTA-TAACCAG-AATGC  47
      ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| |||||
seq2  TATAGAAATATGGTTTGTAATATTTAGAAATTTCTATTAACCAGAAATGC  50

seq1  ATTCAAATCCTG-AAGTGCACATATATGAGTA-TCTCTGGGAAGTTTGAT  95
      |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||
seq2  ATTCAAATCCTGAAAGTGCACATATATGAGTATTCTCTGGAAAGTTTGAT  100

seq1  ATAATTATCATTATAGTGGATACCATGAAACAATGACAAACAAAAGTGGA  145
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||
seq2  ATAATTATCATTATAGT-GATACCATGAAACAATGAC-AACAAAAGT-GA  147

seq1  CATCCATAAGTTTGGTTTGCAATTTTAAAAATATGCC-AACTTATTCTTA  194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CATCCATAAGTTTGGTTTGCAATTTTAAAAATATGCCAAACTTATTCTTA  197

seq1  CTGTTGTTAAAAATGCGTCAGTGTAAAAAGGGGATTCTTCCTGTTGTTAT  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTGTTAAAAATGCGTCAGTGTAAAAAGGGGATTCTTCCTGTTGTTAT  247

seq1  GAGCACTGCCAAACAGAAAATATCATTTATTCCCAAGATACATTTAGTTG  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCACTGCCAAACAGAAAATATCATTTATTCCCAAGATACATTTAGTTG  297

seq1  AACCTCCTCCCATCCAAGTCCTAAATGCTGATGTTTATGTTAGTTAACAT  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTCCTCCCATCCAAGTCCTAAATGCTGATGTTTATGTTAGTTAACAT  347

seq1  CTGTACAATGTAGCAATTGTTCCTTCCATCTTACTCAAACTAATAGAGAT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTACAATGTAGCAATTGTTCCTTCCATCTTACTCAAACTAATAGAGAT  397

seq1  GCTAGAAACATCTGGTAGTTGATAGTTAACTCATTTTTTTTCATTGCACC  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGAAACATCTGGTAGTTGATAGTTAACTCATTTTTTTTCATTGCACC  447

seq1  TTTTCATAGAAAGCAAGGAATGCAATTTAATATATCCCTTGAGAGAGCCT  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCATAGAAAGCAAGGAATGCAATTTAATATATCCCTTGAGAGAGCCT  497

seq1  TGCATTTATGACAGGTGTGTATTTTTTAACGAGTCATTGGTTGACACCAT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATTTATGACAGGTGTGTATTTTTTAACGAGTCATTGGTTGACACCAT  547

seq1  TGCCTCTCCTAAGTCCAGCTGGAAGCACATTCATCTGGCAAAGAAGAGAA  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTCTCCTAAGTCCAGCTGGAAGCACATTCATCTGGCAAAGAAGAGAA  597

seq1  GGGAGTAGACGTAAAATTTGAAAGAAAGTTAGGCTGTCAGGTGGTTGTTG  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGTAGACGTAAAATTTGAAAGAAAGTTAGGCTGTCAGGTGGTTGTTG  647

seq1  GAAAAAGCATCCAATTCTCCCCAGAATTATTTATTCTGCTTATTTTGTGC  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAAGCATCCAATTCTCCCCAGAATTATTTATTCTGCTTATTTTGTGC  697

seq1  AATTTCCTGCAACTGCCTTTTATAAGTCTGTCACTATGATGATTGTCTGT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTCCTGCAACTGCCTTTTATAAGTCTGTCACTATGATGATTGTCTGT  747

seq1  TTTGAGTTATTTAGCTTCATACTACTAATTTACCAAGGACCCTAAAATAA  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGTTATTTAGCTTCATACTACTAATTTACCAAGGACCCTAAAATAA  797

seq1  GGTCTTTAGTCAGTGTGGAAGTAGGAATTGATTGAGTATGCTGCTTGAGC  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTTTAGTCAGTGTGGAAGTAGGAATTGATTGAGTATGCTGCTTGAGC  847

seq1  TTTATCCCAGCCTCTCAGCATCTCATTTGTCTGAGGGGCATGGGGAGGGG  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATCCCAGCCTCTCAGCATCTCATTTGTCTGAGGGGCATGGGGAGGGG  897

seq1  GAGGATAAATGAGTGTACCCTGAATTTTCTAACCCTTTCTTAGTAAGAGT  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGATAAATGAGTGTACCCTGAATTTTCTAACCCTTTCTTAGTAAGAGT  947

seq1  TGTTTGATCTCTAAAGACATTTTTTAAAGCTCTTTGTGACCTTATGAAGA  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGATCTCTAAAGACATTTTTTAAAGCTCTTTGTGACCTTATGAAGA  997

seq1  TTATCTCTAGCTTCCCCAGCAGTTATGATTAGCTAAGGTTATTTTTACTG  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCTCTAGCTTCCCCAGCAGTTATGATTAGCTAAGGTTATTTTTACTG  1047

seq1  AGAACATCTCTGGGCTTGAAGTGGAAGGGTAAGGATACTGCATTCTTGGT  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACATCTCTGGGCTTGAAGTGGAAGGGTAAGGATACTGCATTCTTGGT  1097

seq1  GGAGGGCCAGTGTTTGGAATTC  1116
      ||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGGCCAGTGTTTGGAATTC  1119


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |