BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-290D06
ChromosomeX (Build37)
Map Location 127,527,087 - 127,685,038
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneDiap2, LOC100040092, LOC665773
Downstream geneLOC665799, LOC670449, LOC245600
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-290D06.bB6Ng01-290D06.g
ACCGA087400GA087401
length1,0211,101
definitionB6Ng01-290D06.b B6Ng01-290D06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(127,527,087 - 127,528,036)(127,683,926 - 127,685,038)
sequence
gaattctaaaccatggcattgttttcaataatttttcacctatggtgtta
tgaaatattaagtgttacccctggtatctaaatgcagtcctatatctgct
aaccatctcatgatcatccctattctacaaccccttttccaacctttgat
atattcctgttgtatcatgcatttttttttttttttggttttttgagaca
gggtttctctgtatagcccaggctgtcctggaactcactttgaagaccag
gctggccttgaactcagaaatctgcctacctctgcctcccaagtgctggg
attcaagccttgtgccaccacagccctgctgtatcatgcatctttaattg
tatgggtaaaatattttcttaaaatctctaatgttcggtgtgggtttttg
ttgccataaacttgcctcttaatattgcttttgttttggacatagtacta
ccggaggatccctcaatacctcttctgggcgtatatccagaagatgttcc
aaccggtaagaaggacacatgctccactatgttcatagcagtcttattca
taatagccagaagctggaaagaacccagatgcccctcaacagaggaatgg
atacagaaaatgtggtacacttacacaatggagtactactcagctattaa
aaagaatgaatttatgaaatccctaggcaaatggatggacctggagggca
tcatcctgagtgaggtagcccaatcacaaaggaactcacacaatatgtac
tcactgataagtggatattagcccagaaacttatgatacccaagatataa
gatacaatttgctaaacacatgaaactcaagaagaaccaagaccaaagtg
tggacactttgccccttcttagaactgggaacaaaacacccatggaaagg
agttacagagacaagtttgtagctgtgacgaaaggatggaccatctagag
actgccatatcccgggatccatcccataatcagcttctaaacactgacac
cattgcatacactagcagatt
gaattcacctaatttagtagaactccataaagtggtcataaacagagaaa
ttaaatatgagggggaaaggaaaattgccaactggttcctctttggcctg
gtttagtaagagacattttgagttgtgttctccagcttgtctgagtttga
caacactgaaaaaaaaatcatgggttcatttagacttcactattgtggtt
gattttagtgtgaacttgccacaaattagaattttaaggctccttagcct
tacctgaagtattgtcttggttgccttgattgttgtgaaaaggaccacca
ctattgctggcagcatcttcaggtaggagcccagttttaagagcttgtat
ttcagaaggaaatttactctcagcttttgatccctctctcaaacctggct
ggtttgtcctgttgttgttgctcctgctggttgcttacctgataacagaa
ccagcatttctaagctctcattgttaaataggaaccattgttaaataggc
tctctgggaacttcctaggcttccagtgccagacgggtactactgaggca
gcctcctccttctccacctccaattccatttctggatctgctctgatgct
tgagggtctcagcatccagaactgagtaccaggttctgaggcttgcaggt
agatatgatttgtccattcttactattttaaaactcaattaataaattgg
ctctctacagacatggataaaacatccaccaaacctaagataggtaagtc
ataaattaagggccaggtattgtttctataagagtcactgggaagctagc
taagaagaaaaattccatagtcatatcaaaggactattgaaaaacatttc
tattggaatacaggtcagaaaaggtaataatacagaaaagagttgaccta
tatgatatgtcaaactagaaatttgactagtgttaaggtatagagacaaa
atcaacaaacaaacaacaaacaaacaaaaacccaaaacatcaaaaacaca
caaaaccagcaaaccaaaatgtcacaaacatgtgtctagatgatgttttg
agtctccagtgatggctaacaggttttgaggtatatgtatactaaggttt
g
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_127527087_127528036
seq2: B6Ng01-290D06.b_47_996

seq1  GAATTCTAAACCATGGCATTGTTTTCAATAATTTTTCACCTATGGTGTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAAACCATGGCATTGTTTTCAATAATTTTTCACCTATGGTGTTA  50

seq1  TGAAATATTAAGTGTTACCCCTGGTATCTAAATGCAGTCCTATATCTGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATATTAAGTGTTACCCCTGGTATCTAAATGCAGTCCTATATCTGCT  100

seq1  AACCATCTCATGATCATCCCTATTCTACAACCCCTTTTCCAACCTTTGAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCATCTCATGATCATCCCTATTCTACAACCCCTTTTCCAACCTTTGAT  150

seq1  ATATTCCTGTTGTATCATGCATTTTTTTTTTTTTTTGGTTTTTTGAGACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTCCTGTTGTATCATGCATTTTTTTTTTTTTTTGGTTTTTTGAGACA  200

seq1  GGGTTTCTCTGTATAGCCCAGGCTGTCCTGGAACTCACTTTGAAGACCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTTCTCTGTATAGCCCAGGCTGTCCTGGAACTCACTTTGAAGACCAG  250

seq1  GCTGGCCTTGAACTCAGAAATCTGCCTACCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGCCTTGAACTCAGAAATCTGCCTACCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGG  300

seq1  ATTCAAGCCTTGTGCCACCACAGCCCTGCTGTATCATGCATCTTTAATTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAAGCCTTGTGCCACCACAGCCCTGCTGTATCATGCATCTTTAATTG  350

seq1  TATGGGTAAAATATTTTCTTAAAATCTCTAATGTTCGGTGTGGGTTTTTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGGTAAAATATTTTCTTAAAATCTCTAATGTTCGGTGTGGGTTTTTG  400

seq1  TTGCCATAAACTTGCCTCTTAATATTGCTTTTGTTTTGGACATAGTACTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCATAAACTTGCCTCTTAATATTGCTTTTGTTTTGGACATAGTACTA  450

seq1  CCGGAGGATCCCTCAATACCTCTTCTGGGCGTATATCCAGAAGATGTTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGGAGGATCCCTCAATACCTCTTCTGGGCGTATATCCAGAAGATGTTCC  500

seq1  AACCGGTAAGAAGGACACATGCTCCACTATGTTCATAGCAGTCTTATTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCGGTAAGAAGGACACATGCTCCACTATGTTCATAGCAGTCTTATTCA  550

seq1  TAATAGCCAGAAGCTGGAAAGAACCCAGATGCCCCTCAACAGAGGAATGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAGCCAGAAGCTGGAAAGAACCCAGATGCCCCTCAACAGAGGAATGG  600

seq1  ATACAGAAAATGTGGTACACTTACACAATGGAGTACTACTCAGCTATTAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAGAAAATGTGGTACACTTACACAATGGAGTACTACTCAGCTATTAA  650

seq1  AAAGAATGAATTTATGAAATCCCTAGGCAAATGGATGGACCTGGAGGGCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAATGAATTTATGAAATCCCTAGGCAAATGGATGGACCTGGAGGGCA  700

seq1  TCATCCTGAGTGAGGTAGCCCAATCACAAAGGAACTCACACAATATGTAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCCTGAGTGAGGTAGCCCAATCACAAAGGAACTCACACAATATGTAC  750

seq1  TCACTGATAAGTGGATATTAGCCCAGAAACTTATGATACCCAAGATATAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGATAAGTGGATATTAGCCCAGAAACTTATGATACCCAAGATATAA  800

seq1  GATACAATTTGCTAAACACATGAAACTCAAGAAGAACCAAGACCAAAGTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACAATTTGCTAAACACATGAAACTCAAGAAGAACCAAGACCAAAGTG  850

seq1  TGGACACTTTGCCCCTTCTTAGAACTGGGAACAAAACACCCATGG-AAGG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TGGACACTTTGCCCCTTCTTAGAACTGGGAACAAAACACCCATGGAAAGG  900

seq1  AGTTACAGAGACAAAGTTTGTAGCTGTGACGAAAGGATGGACCATCTAGA  949
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTACAGAGAC-AAGTTTGTAGCTGTGACGAAAGGATGGACCATCTAGA  949

seq1  G  950
      |
seq2  G  950

seq1: chrX_127683926_127685038
seq2: B6Ng01-290D06.g_66_1166 (reverse)

seq1  CAAACC-TAGTATACATATACCTTCAAAACTGTTAACCCATTCACTGGGA  49
      |||||| ||||||||||||||||  ||| |||||| ||   ||||| |||
seq2  CAAACCTTAGTATACATATACCTCAAAACCTGTTAGCC--ATCACT-GGA  47

seq1  GACTC-AAACATCATCTAGACCCCAATGGTTTTGTGACATTTTTGGTTTT  98
      ||||| ||||||||||||||| |  |||  |||||||||||||  | |||
seq2  GACTCAAAACATCATCTAGACAC--ATG--TTTGTGACATTTT--GGTTT  91

seq1  GCTGGTTTTTGTTGTTGTTTTTTGATGTTTTGGGTTTTTTGTTTGTTTGT  148
      |||||||    ||||   |||||||||||||||| |||||||||||||| 
seq2  GCTGGTT----TTGTGTGTTTTTGATGTTTTGGG-TTTTTGTTTGTTTG-  135

seq1  TTGTTTGTTTGTTTGATTTTGTCTCTATACCTTAACACTAGTCAAATTTC  198
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTGTTTG-TTGATTTTGTCTCTATACCTTAACACTAGTCAAATTTC  184

seq1  TAGTTTGACATATCATATAGGTCAACTCTTTTCTGTATTATTACC-TTTC  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TAGTTTGACATATCATATAGGTCAACTCTTTTCTGTATTATTACCTTTTC  234

seq1  TGACCTGTATTCCAATAG-AATGTTTTTCAATAGTCCTTTGATATGACTA  296
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCTGTATTCCAATAGAAATGTTTTTCAATAGTCCTTTGATATGACTA  284

seq1  TGGAATTTTTCTTCTTAGCTAGCTTCCCAGTGACTCTTATAGAAACAATA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAATTTTTCTTCTTAGCTAGCTTCCCAGTGACTCTTATAGAAACAATA  334

seq1  CCTGGCCCTTAATTTATGACTTACCTATCTTAGGTTTGGTGGATGTTTTA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGCCCTTAATTTATGACTTACCTATCTTAGGTTTGGTGGATGTTTTA  384

seq1  TCCATGTCTGTAGAGAGCCAATTTATTAATTGAGTTTTAAAATAGTAAGA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATGTCTGTAGAGAGCCAATTTATTAATTGAGTTTTAAAATAGTAAGA  434

seq1  ATGGACAAATCATATCTACCTGCAAGCCTCAGAACCTGGTACTCAGTTCT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGACAAATCATATCTACCTGCAAGCCTCAGAACCTGGTACTCAGTTCT  484

seq1  GGATGCTGAGACCCTCAAGCATCAGAGCAGATCCAGAAATGGAATTGGAG  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGCTGAGACCCTCAAGCATCAGAGCAGATCCAGAAATGGAATTGGAG  534

seq1  GTGGAGAAGGAGGAGGCTGCCTCAGTAGTACCCGTCTGGCACTGGAAGCC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAGAAGGAGGAGGCTGCCTCAGTAGTACCCGTCTGGCACTGGAAGCC  584

seq1  TAGGAAGTTCCCAGAGAGCCTATTTAACAATGGTTCCTATTTAACAATGA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAAGTTCCCAGAGAGCCTATTTAACAATGGTTCCTATTTAACAATGA  634

seq1  GAGCTTAGAAATGCTGGTTCTGTTATCAGGTAAGCAACCAGCAGGAGCAA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTTAGAAATGCTGGTTCTGTTATCAGGTAAGCAACCAGCAGGAGCAA  684

seq1  CAACAACAGGACAAACCAGCCAGGTTTGAGAGAGGGATCAAAAGCTGAGA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAACAGGACAAACCAGCCAGGTTTGAGAGAGGGATCAAAAGCTGAGA  734

seq1  GTAAATTTCCTTCTGAAATACAAGCTCTTAAAACTGGGCTCCTACCTGAA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAATTTCCTTCTGAAATACAAGCTCTTAAAACTGGGCTCCTACCTGAA  784

seq1  GATGCTGCCAGCAATAGTGGTGGTCCTTTTCACAACAATCAAGGCAACCA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCTGCCAGCAATAGTGGTGGTCCTTTTCACAACAATCAAGGCAACCA  834

seq1  AGACAATACTTCAGGTAAGGCTAAGGAGCCTTAAAATTCTAATTTGTGGC  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAATACTTCAGGTAAGGCTAAGGAGCCTTAAAATTCTAATTTGTGGC  884

seq1  AAGTTCACACTAAAATCAACCACAATAGTGAAGTCTAAATGAACCCATGA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTCACACTAAAATCAACCACAATAGTGAAGTCTAAATGAACCCATGA  934

seq1  TTTTTTTTTCAGTGTTGTCAAACTCAGACAAGCTGGAGAACACAACTCAA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTTCAGTGTTGTCAAACTCAGACAAGCTGGAGAACACAACTCAA  984

seq1  AATGTCTCTTACTAAACCAGGCCAAAGAGGAACCAGTTGGCAATTTTCCT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTCTCTTACTAAACCAGGCCAAAGAGGAACCAGTTGGCAATTTTCCT  1034

seq1  TTCCCCCTCATATTTAATTTCTCTGTTTATGACCACTTTATGGAGTTCTA  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCCCTCATATTTAATTTCTCTGTTTATGACCACTTTATGGAGTTCTA  1084

seq1  CTAAATTAGGTGAATTC  1113
      |||||||||||||||||
seq2  CTAAATTAGGTGAATTC  1101