BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-297B05
ChromosomeX (Build37)
Map Location 165,497,791 - 165,648,281
singlet/doubletdoublet
Overlap geneArhgap6, Amelx
Upstream geneFrmpd4, EG667822, EG637566, Msl31
Downstream geneHccs, LOC100040950, BC022960, Mid1, 4933400A11Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-297B05.bB6Ng01-297B05.g
ACCGA092527GA092528
length1,1581,146
definitionB6Ng01-297B05.b B6Ng01-297B05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(165,497,791 - 165,498,946)(165,647,127 - 165,648,281)
sequence
gaattccataataggtcctccacattcacttctaaagtggccaataagct
catataaacatacaactcaccaagagaacatataaacattcacaaaatca
aataattattcatcagggaaatataaatgaaaattacaagaaatactagt
ttgtaaccactaggctggtgacaatgaaaaagataataaaaagtagtggc
tagggtttgaagaaattagaaccctcctaagctgctgctaagaatttcaa
tgaggcagccagtttggaaaatagtctctcagttccacaataacttaagc
atagagtgactatatgggattgtgtatgtcctagggacatgtacaagaga
aatatgtgtatgaatataaatacattactgatagcagtaaaaaagaaaac
agcttaagtctccatcaacctatgaatagaaaaagtatagtttaatccca
aaagagaacattattcatcaataagagagttgaagtactaatatattcta
tgacatagattagccttgaaaatactatgctaagtgaaagaagtccatta
tgaaaagtcacatgatataaaattctgttttgagaatacgtccatagcaa
acaaactgatacaaggtgcttagagtttcttttcaagttgaaaaatatat
tctgaaatttgttgttgtgaaggttgtacaatcctgaatatataagcaac
cagtgaactgacacttggaatgtgtgaattttatataggtgacttatata
tcaatataatcattgtaaaataaggtcaaatattttgtaattttttgtaa
aaataaaggcaaccagtgatagaattaaatggcctcttttctgtaaggtc
ttcttattcacaattacttatgaaacaaaagctccccagttatgctgtta
tgtgatgctttgccgtatatgtacctaaagcactttttggtttacctaca
atatgaatttgacagccagtttattttatgtcctgggaaaccaaacagaa
tgagttatgggttgtttaagtgagtatagtctagcctttgctggagtctg
gggcattatttttaaggctcctgacccaccaaatcccaacaacattaatc
agactagcatgcttggacaccaacagctgccaacacaggaaagtaaagaa
tgcatttt

gaattcatgggcattccattagccttcacttcgcagtctcccttgtggtt
aatggttagttggatgaatgggcttgagccactggaatgtgatagatttt
atttttagacctgccttgtccataaaacctgggcagaacacaatggcatg
tgttgtattcccaggtatgggccacaccctgcagtatttgtgcttaccct
tttgccctttagtcctggttggctttgagatttttctatacctggataca
gtaggaggtggtattgtgacaaatctgagcctaagacatagaattcttga
cgactactttttctttctagtgtcccttgccccctcctcaaagaaatcta
actactgtgttggagagattgtctatagaaagagacatgaacagtccaca
tgggaaacagcaaaggcttgcttgtcccaatgtctcagctaaactcctcc
ttaactaatctcccagatgaatgaagtcttctaattgaacactatcaagt
tcagaagcactaactagttgaatttatcccatgttagaggtccagtcgtg
attgctttaaatccactaaggtttggaatggtttgtttgttaaacattcc
tatgtaaccaagtcacaacaatctcttgtgttaaaagtggtagatccagc
cttcttatttatctcccccatgggactctggcatagctcattccttctct
tttcatgtttccttggaaagagaggaaggtgatcaagtggatagtaaaat
aaaaaaacaatgatctttatgtattgattcactgagcatgtggaaagtcc
ttcagtgacagagcagataaatgtattttggcatccttcattttaaatag
tataaacccaaatattagaaatagataatgctgttatttttttagaacta
gaactgcatcccaagatagtatgatgacatttcacttagatacctatcat
tactgatagattttttttttttttttttggtctgcttaacctccttttga
caggcatcactgagttgccatttagactgaattatagactatacataaat
acaaatgtgagaatttccactcatctatccttagagctcagtgcaatgtg
aactctttccggttaatcttcggattgctagccgatcaagagactt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_165497791_165498946
seq2: B6Ng01-297B05.b_47_1204

seq1  GAATTCCATAATAGGTCCTCCACATTCACTTCTAAAGTGGCCAATAAGCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATAATAGGTCCTCCACATTCACTTCTAAAGTGGCCAATAAGCT  50

seq1  CATATAAACATACAACTCACCAAGAGAACATATAAACATTCACAAAATCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATAAACATACAACTCACCAAGAGAACATATAAACATTCACAAAATCA  100

seq1  AATAATTATTCATCAGGGAAATATAAATGAAAATTACAAGAAATACTAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATTATTCATCAGGGAAATATAAATGAAAATTACAAGAAATACTAGT  150

seq1  TTGTAACCACTAGGCTGGTGACAATGAAAAAGATAATAAAAAGTAGTGGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAACCACTAGGCTGGTGACAATGAAAAAGATAATAAAAAGTAGTGGC  200

seq1  TAGGGTTTGAAGAAATTAGAACCCTCCTAAGCTGCTGCTAAGAATTTCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGTTTGAAGAAATTAGAACCCTCCTAAGCTGCTGCTAAGAATTTCAA  250

seq1  TGAGGCAGCCAGTTTGGAAAATAGTCTCTCAGTTCCACAATAACTTAAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGCAGCCAGTTTGGAAAATAGTCTCTCAGTTCCACAATAACTTAAGC  300

seq1  ATAGAGTGACTATATGGGATTGTGTATGTCCTAGGGACATGTACAAGAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAGTGACTATATGGGATTGTGTATGTCCTAGGGACATGTACAAGAGA  350

seq1  AATATGTGTATGAATATAAATACATTACTGATAGCAGTAAAAAAGAAAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATGTGTATGAATATAAATACATTACTGATAGCAGTAAAAAAGAAAAC  400

seq1  AGCTTAAGTCTCCATCAACCTATGAATAGAAAAAGTATAGTTTAATCCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTAAGTCTCCATCAACCTATGAATAGAAAAAGTATAGTTTAATCCCA  450

seq1  AAAGAGAACATTATTCATCAATAAGAGAGTTGAAGTACTAATATATTCTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAGAACATTATTCATCAATAAGAGAGTTGAAGTACTAATATATTCTA  500

seq1  TGACATAGATTAGCCTTGAAAATACTATGCTAAGTGAAAGAAGTCCATTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATAGATTAGCCTTGAAAATACTATGCTAAGTGAAAGAAGTCCATTA  550

seq1  TGAAAAGTCACATGATATAAAATTCTGTTTTGAGAATACGTCCATAGCAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAAGTCACATGATATAAAATTCTGTTTTGAGAATACGTCCATAGCAA  600

seq1  ACAAACTGATACAAGGTGCTTAGAGTTTCTTTTCAAGTTGAAAAATATAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACTGATACAAGGTGCTTAGAGTTTCTTTTCAAGTTGAAAAATATAT  650

seq1  TCTGAAATTTGTTGTTGTGAAGGTTGTACAATCCTGAATATATAAGCAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAAATTTGTTGTTGTGAAGGTTGTACAATCCTGAATATATAAGCAAC  700

seq1  CAGTGAACTGACACTTGGAATGTGTGAATTTTATATAGGTGACTTATATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGAACTGACACTTGGAATGTGTGAATTTTATATAGGTGACTTATATA  750

seq1  TCAATATAATCATTGTAAAATAAGGTCAAATATTTTGTAATTTTTTGTAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATATAATCATTGTAAAATAAGGTCAAATATTTTGTAATTTTTTGTAA  800

seq1  AAATAAAGGCAACCAGTGATAGAATTAAATGGCCTCTTTTCTGTAAGGTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAAGGCAACCAGTGATAGAATTAAATGGCCTCTTTTCTGTAAGGTC  850

seq1  TTCTTATTCACAATTACTTATGAAACAAAAGCTCCCCAGTTATGCTGTTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTATTCACAATTACTTATGAAACAAAAGCTCCCCAGTTATGCTGTTA  900

seq1  TGTGATGCTTTGCCGTATATGTACCTAAAGCACTTTTTGGTTTACCTACA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGATGCTTTGCCGTATATGTACCTAAAGCACTTTTTGGTTTACCTACA  950

seq1  ATATGAATTTGACAGCCAGTTTATTTTATGTCCTGGGAAACCAAAACAGA  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  ATATGAATTTGACAGCCAGTTTATTTTATGTCCTGGGAAACC-AAACAGA  999

seq1  ATGAGTTAT-GGTTGTTTAAGTGAGTATAGTCTAGCCTTTTGCTGGAGTC  1049
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  ATGAGTTATGGGTTGTTTAAGTGAGTATAGTCTAGCC-TTTGCTGGAGTC  1048

seq1  TGGGGCAT--ATTTTAAGGCTCCTGAACCCACAAATCCCA--CACATTAA  1095
      ||||||||   ||||||||||||||| ||  |||||||||   |||||||
seq2  TGGGGCATTATTTTTAAGGCTCCTGACCCACCAAATCCCAACAACATTAA  1098

seq1  TCAGGACTAGCATGCTGGGAACAACCACAGCTGCCAACCACAGG-AAGT-  1143
      ||| |||||||||||| || ||| | ||||||||||| |||||| |||| 
seq2  TCA-GACTAGCATGCTTGG-ACACCAACAGCTGCCAA-CACAGGAAAGTA  1145

seq1  AAGGATGCATTTT  1156
      ||| |||||||||
seq2  AAGAATGCATTTT  1158


seq1: chrX_165647127_165648281
seq2: B6Ng01-297B05.g_69_1214 (reverse)

seq1  AAGTCTCTTGACTGCTTAGCAATCCGAGGATTAACCGAAAAGATGTCACA  50
      |||||||||||  |  ||||||||||| ||||||||| |||||  |||||
seq2  AAGTCTCTTGATCGGCTAGCAATCCGAAGATTAACCGGAAAGAGTTCACA  50

seq1  TTTGCACTGAGCTCCTTAAAGGAATAGATGAGTGGAAATATCCTTCACAA  100
       |||||||||||||  |||  | |||||||||||||||| ||  |||| |
seq2  -TTGCACTGAGCTC--TAA--GGATAGATGAGTGGAAAT-TC--TCAC-A  91

seq1  TTTGTAATTTTATGTATAGTCTTATTAATTCAGGTCTAAATGGCAACTCA  150
      ||||||  ||||||||||||||   ||||||| |||||||||||||||||
seq2  TTTGTA--TTTATGTATAGTCT--ATAATTCA-GTCTAAATGGCAACTCA  136

seq1  GTGATGCCTGTC-AAAGGAGGTTAAGCAGACC---AAAAAAAAAAAAAAA  196
      |||||||||||| |||||||||||||||||||   |||||||||||||||
seq2  GTGATGCCTGTCAAAAGGAGGTTAAGCAGACCAAAAAAAAAAAAAAAAAA  186

seq1  TCTATCAGTAATGATAGGTATCTAAGTGAAATGTCATCATACTATCTTGG  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATCAGTAATGATAGGTATCTAAGTGAAATGTCATCATACTATCTTGG  236

seq1  GATGCAGTTCTAGTTCT-AAAAAATAACAGCATTATCTATTTCTAATATT  295
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCAGTTCTAGTTCTAAAAAAATAACAGCATTATCTATTTCTAATATT  286

seq1  TGGGTTTATACTATTTAAAATGAAGGATGCCAAAATACATTTATCTGCTC  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTTTATACTATTTAAAATGAAGGATGCCAAAATACATTTATCTGCTC  336

seq1  TGTCACTGAAGGACTTTCCACATGCTCAGTGAATCAATACATAAAGATCA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCACTGAAGGACTTTCCACATGCTCAGTGAATCAATACATAAAGATCA  386

seq1  TTGTTTTTTTATTTTACTATCCACTTGATCACCTTCCTCTCTTTCCAAGG  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTTTTTATTTTACTATCCACTTGATCACCTTCCTCTCTTTCCAAGG  436

seq1  AAACATGAAAAGAGAAGGAATGAGCTATGCCAGAGTCCCATGGGGGAGAT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATGAAAAGAGAAGGAATGAGCTATGCCAGAGTCCCATGGGGGAGAT  486

seq1  AAATAAGAAGGCTGGATCTACCACTTTTAACACAAGAGATTGTTGTGACT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAGAAGGCTGGATCTACCACTTTTAACACAAGAGATTGTTGTGACT  536

seq1  TGGTTACATAGGAATGTTTAACAAACAAACCATTCCAAACCTTAGTGGAT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTACATAGGAATGTTTAACAAACAAACCATTCCAAACCTTAGTGGAT  586

seq1  TTAAAGCAATCACGACTGGACCTCTAACATGGGATAAATTCAACTAGTTA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGCAATCACGACTGGACCTCTAACATGGGATAAATTCAACTAGTTA  636

seq1  GTGCTTCTGAACTTGATAGTGTTCAATTAGAAGACTTCATTCATCTGGGA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTTCTGAACTTGATAGTGTTCAATTAGAAGACTTCATTCATCTGGGA  686

seq1  GATTAGTTAAGGAGGAGTTTAGCTGAGACATTGGGACAAGCAAGCCTTTG  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAGTTAAGGAGGAGTTTAGCTGAGACATTGGGACAAGCAAGCCTTTG  736

seq1  CTGTTTCCCATGTGGACTGTTCATGTCTCTTTCTATAGACAATCTCTCCA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTCCCATGTGGACTGTTCATGTCTCTTTCTATAGACAATCTCTCCA  786

seq1  ACACAGTAGTTAGATTTCTTTGAGGAGGGGGCAAGGGACACTAGAAAGAA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGTAGTTAGATTTCTTTGAGGAGGGGGCAAGGGACACTAGAAAGAA  836

seq1  AAAGTAGTCGTCAAGAATTCTATGTCTTAGGCTCAGATTTGTCACAATAC  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTAGTCGTCAAGAATTCTATGTCTTAGGCTCAGATTTGTCACAATAC  886

seq1  CACCTCCTACTGTATCCAGGTATAGAAAAATCTCAAAGCCAACCAGGACT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTCCTACTGTATCCAGGTATAGAAAAATCTCAAAGCCAACCAGGACT  936

seq1  AAAGGGCAAAAGGGTAAGCACAAATACTGCAGGGTGTGGCCCATACCTGG  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGGCAAAAGGGTAAGCACAAATACTGCAGGGTGTGGCCCATACCTGG  986

seq1  GAATACAACACATGCCATTGTGTTCTGCCCAGGTTTTATGGACAAGGCAG  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATACAACACATGCCATTGTGTTCTGCCCAGGTTTTATGGACAAGGCAG  1036

seq1  GTCTAAAAATAAAATCTATCACATTCCAGTGGCTCAAGCCCATTCATCCA  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTAAAAATAAAATCTATCACATTCCAGTGGCTCAAGCCCATTCATCCA  1086

seq1  ACTAACCATTAACCACAAGGGAGACTGCGAAGTGAAGGCTAATGGAATGC  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAACCATTAACCACAAGGGAGACTGCGAAGTGAAGGCTAATGGAATGC  1136

seq1  CCATGAATTC  1155
      ||||||||||
seq2  CCATGAATTC  1146


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |