BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-298C06
ChromosomeX (Build37)
Map Location 142,890,773 - 143,042,798
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG666730
Upstream geneAmot, EG434860, LOC100039313, LOC623697, LOC623731, LOC237096, LOC100039558
Downstream geneEG245663, Htr2c, Il13ra2, V1rb10, Lrch2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-298C06.bB6Ng01-298C06.g
ACCGA093327GA093328
length7311,126
definitionB6Ng01-298C06.b B6Ng01-298C06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(143,042,068 - 143,042,798)(142,890,773 - 142,891,892)
sequence
gaattcacaaacactactataaacctggtaagaacttgtagctggagcat
atataggcccaagtaaagaagctaagtggttgtattgtgaaatgaacatg
gtgttcgtgttaaattgctttctaaataattatgtttatgttcatggttc
tcatgaatccttctgtttatggattgataggaatataatgataactggtg
tggagggagacaaaaaacctgggttcaacataaataaaaacttggatccc
agaccagcaaactgtgaccatcagtagaaatgatcctatactgctggagc
ttattctctatgattgactacatggcttagtttgtataaaaagaaaagtg
aaaaagtaaacagaggggaagatgcatttgagctgcaaattgtactgtac
atgctgtcacagaatgtgatggaaaacaacactgcttgaagaccctttat
acacttacatgctataattgcaataaatttacagtttcctgctattatag
aaacatcatgatttttttgattatggtttttcatgtttgtaattccaata
tacccaacctttgagaggcatgagatcaggcctggaatacatagtaagtt
ctaggtcatcttgtactacatacataagacccatcattgggaaaagaggt
cccttggtcttacaaactttatatgccccagtacaggggaatgtcagggc
taagaagtgggagtgggtgggtaggggagca

gaattccaaaagatcctctggagttacatatgattgtgacctgcctgatg
ttgctgggaaccaaacccaggttctttgcaagtgctcttaaattttgggc
tacctctcctcctaaattgagatacttctctatctctgattctgagtctc
tctctgagactgcctctgtctctttctgaatctatctctctaggtctttg
tctctgtgtctctgttctcctcctcctccatgccccctccttctcctcct
cttcttctcaccttccacccaagtgcaaaaatgttgccctgcaaactagg
ctagagtagaatgacaatgatgaccaagcaggtcttgaaataatttttgg
caagtctctagcctcaacctccagagttcttggttataagtgtgaataac
cctggagaagttggaatttgtaattcctaattatgtttcacaattcttgg
gcagtgggttttgaaaatcctgacaatagatcagtttttaaggattcacc
ttccaaaagacttgacatcctcaagaacagataaaatagaatagccttga
ccttgtgagatttgcatgaatcttcctaacaaccactcctttccaaggta
tttgtccataaagaagaggcagggataaatcttctgattctatttctgat
ttctatttctctttctaaacctcacatttcactgagacttgtagaagtag
acatttatatctgcttcctatctgaaggtgactttccttatgttcccttg
ccactagcaatttcaaattttaatacaaggtatttagtaacactctctct
ctctcctatctatccatccatccatctacctatctatttatctatctatc
tatctatctatctatctatctatctatctatctgcataattcctagaatt
catgactgctatattccaataataagggtatcaggcagaaagtctgtttg
attgcatacatagggatcccttatgtacagcagatcctcttgacctggtt
cattgtgttttaagtaatttgctacaaataaacatattttaaatagacac
tttagtctaaaatattctcatgtattaaaacaattagaccaagaatgttt
tcatagttggagagggagtaaagctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_143042068_143042798
seq2: B6Ng01-298C06.b_50_780 (reverse)

seq1  TGCTCCCCTACCCACCCACTCCCACTTCTTAGCCCTGACATTCCCCTGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCCCCTACCCACCCACTCCCACTTCTTAGCCCTGACATTCCCCTGTA  50

seq1  CTGGGGCATATAAAGTTTGTAAGACCAAGGGACCTCTTTTCCCAATGATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGGCATATAAAGTTTGTAAGACCAAGGGACCTCTTTTCCCAATGATG  100

seq1  GGTCTTATGTATGTAGTACAAGATGACCTAGAACTTACTATGTATTCCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTTATGTATGTAGTACAAGATGACCTAGAACTTACTATGTATTCCAG  150

seq1  GCCTGATCTCATGCCTCTCAAAGGTTGGGTATATTGGAATTACAAACATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGATCTCATGCCTCTCAAAGGTTGGGTATATTGGAATTACAAACATG  200

seq1  AAAAACCATAATCAAAAAAATCATGATGTTTCTATAATAGCAGGAAACTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACCATAATCAAAAAAATCATGATGTTTCTATAATAGCAGGAAACTG  250

seq1  TAAATTTATTGCAATTATAGCATGTAAGTGTATAAAGGGTCTTCAAGCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTTATTGCAATTATAGCATGTAAGTGTATAAAGGGTCTTCAAGCAG  300

seq1  TGTTGTTTTCCATCACATTCTGTGACAGCATGTACAGTACAATTTGCAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGTTTTCCATCACATTCTGTGACAGCATGTACAGTACAATTTGCAGC  350

seq1  TCAAATGCATCTTCCCCTCTGTTTACTTTTTCACTTTTCTTTTTATACAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATGCATCTTCCCCTCTGTTTACTTTTTCACTTTTCTTTTTATACAA  400

seq1  ACTAAGCCATGTAGTCAATCATAGAGAATAAGCTCCAGCAGTATAGGATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAGCCATGTAGTCAATCATAGAGAATAAGCTCCAGCAGTATAGGATC  450

seq1  ATTTCTACTGATGGTCACAGTTTGCTGGTCTGGGATCCAAGTTTTTATTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTACTGATGGTCACAGTTTGCTGGTCTGGGATCCAAGTTTTTATTT  500

seq1  ATGTTGAACCCAGGTTTTTTGTCTCCCTCCACACCAGTTATCATTATATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTGAACCCAGGTTTTTTGTCTCCCTCCACACCAGTTATCATTATATT  550

seq1  CCTATCAATCCATAAACAGAAGGATTCATGAGAACCATGAACATAAACAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATCAATCCATAAACAGAAGGATTCATGAGAACCATGAACATAAACAT  600

seq1  AATTATTTAGAAAGCAATTTAACACGAACACCATGTTCATTTCACAATAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATTTAGAAAGCAATTTAACACGAACACCATGTTCATTTCACAATAC  650

seq1  AACCACTTAGCTTCTTTACTTGGGCCTATATATGCTCCAGCTACAAGTTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCACTTAGCTTCTTTACTTGGGCCTATATATGCTCCAGCTACAAGTTC  700

seq1  TTACCAGGTTTATAGTAGTGTTTGTGAATTC  731
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCAGGTTTATAGTAGTGTTTGTGAATTC  731


seq1: chrX_142890773_142891892
seq2: B6Ng01-298C06.g_67_1192

seq1  GAATTCCAAAAGATCCTCTGGAGTTACATATGATTGTGACCTGCCTGATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAAAGATCCTCTGGAGTTACATATGATTGTGACCTGCCTGATG  50

seq1  TTGCTGGGAACCAAACCCAGGTTCTTTGCAAGTGCTCTTAAATTTTGGGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGGGAACCAAACCCAGGTTCTTTGCAAGTGCTCTTAAATTTTGGGC  100

seq1  TACCTCTCCTCCTAAATTGAGATACTTCTCTATCTCTGATTCTGAGTCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTCTCCTCCTAAATTGAGATACTTCTCTATCTCTGATTCTGAGTCTC  150

seq1  TCTCTGAGACTGCCTCTGTCTCTTTCTGAATCTATCTCTCTAGGTCTTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGAGACTGCCTCTGTCTCTTTCTGAATCTATCTCTCTAGGTCTTTG  200

seq1  TCTCTGTGTCTCTGTTCTCCTCCTCCTCCATGCCCCCTCCTTCTCCTCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGTGTCTCTGTTCTCCTCCTCCTCCATGCCCCCTCCTTCTCCTCCT  250

seq1  CTTCTTCTCACCTTCCACCCAAGTGCAAAAATGTTGCCCTGCAAACTAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTCTCACCTTCCACCCAAGTGCAAAAATGTTGCCCTGCAAACTAGG  300

seq1  CTAGAGTAGAATGACAATGATGACCAAGCAGGTCTTGAAATAATTTTTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAGTAGAATGACAATGATGACCAAGCAGGTCTTGAAATAATTTTTGG  350

seq1  CAAGTCTCTAGCCTCAACCTCCAGAGTTCTTGGTTATAAGTGTGAATAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTCTCTAGCCTCAACCTCCAGAGTTCTTGGTTATAAGTGTGAATAAC  400

seq1  CCTGGAGAAGTTGGAATTTGTAATTCCTAATTATGTTTCACAATTCTTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGAGAAGTTGGAATTTGTAATTCCTAATTATGTTTCACAATTCTTGG  450

seq1  GCAGTGGGTTTTGAAAATCCTGACAATAGATCAGTTTTTAAGGATTCACC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTGGGTTTTGAAAATCCTGACAATAGATCAGTTTTTAAGGATTCACC  500

seq1  TTCCAAAAGACTTGACATCCTCAAGAACAGATAAAATAGAATAGCCTTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAAAAGACTTGACATCCTCAAGAACAGATAAAATAGAATAGCCTTGA  550

seq1  CCTTGTGAGATTTGCATGAATCTTCCTAACAACCACTCCTTTCCAAGGTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGTGAGATTTGCATGAATCTTCCTAACAACCACTCCTTTCCAAGGTA  600

seq1  TTTGTCCATAAAGAAGAGGCAGGGATAAATCTTCTGATTCTATTTCTGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTCCATAAAGAAGAGGCAGGGATAAATCTTCTGATTCTATTTCTGAT  650

seq1  TTCTATTTCTCTTTCTAAACCTCACATTTCACTGAGACTTGTAGAAGTAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATTTCTCTTTCTAAACCTCACATTTCACTGAGACTTGTAGAAGTAG  700

seq1  ACATTTATATCTGCTTCCTATCTGAAGGTGACTTTCCTTATGTTCCCTTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTATATCTGCTTCCTATCTGAAGGTGACTTTCCTTATGTTCCCTTG  750

seq1  CCACTAGCAATTTCAAATTTTAATACAAGGTATTTAGTAACACTCTCTCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTAGCAATTTCAAATTTTAATACAAGGTATTTAGTAACACTCTCTCT  800

seq1  CTCTCCTATCTATCCATCCATCCATCTACCTATCTATTTATCTATCTATC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCCTATCTATCCATCCATCCATCTACCTATCTATTTATCTATCTATC  850

seq1  TATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTGCATAATTCCTAGAATT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTGCATAATTCCTAGAATT  900

seq1  CATGACTGCTATATTCCAATAATAAGGGTATCAGGCAGAAAGTCTGTTTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGACTGCTATATTCCAATAATAAGGGTATCAGGCAGAAAGTCTGTTTG  950

seq1  ATTGCATACATAGGGATCCCTTATGTACAGCAGATCCTCTTGACCTGGTC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  ATTGCATACATAGGGATCCCTTATGTACAGCAGATCCTCTTGACCTGGTT  1000

seq1  CATTGTGTTTTAAGTAATTTGCTACAAATAAACATA-TTTAAATAGACAC  1049
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CATTGTGTTTTAAGTAATTTGCTACAAATAAACATATTTTAAATAGACAC  1050

seq1  TTTAGTCTAAAATA-TCTCAATGTATTAAAACAA-TAGACCCAGGATG--  1095
      |||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||||| || |||  
seq2  TTTAGTCTAAAATATTCTC-ATGTATTAAAACAATTAGACCAAGAATGTT  1099

seq1  TTCATAGTGGGAGGAGGA--AAAGCTC  1120
      |||||||| ||||  |||  |||||||
seq2  TTCATAGTTGGAGAGGGAGTAAAGCTC  1126


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |