BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-303B18
ChromosomeX (Build37)
Map Location 98,563,619 - 98,660,038
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGjb1, Zmym3, Nono, Itgb1bp2
Upstream geneEda, Dgat2l4, Otud6a, Igbp1, LOC668257, Dgat2l3, LOC620734, P2ry4, Arr3, Pdzd11, Kif4, Gdpd2, Dlg3, Tex11, LOC668271, LOC100042392, Slc7a3, Snx12, Mllt7, Gm614, Il2rg, Med12, Nlgn3, LOC100042407
Downstream geneLOC620837, Taf1, Ogt, LOC620865, LOC668291, Cxcr3, LOC632454, LOC668302, EG212753, 8030474K03Rik, LOC668308, LOC100042465, H3f3a-ps1, EG621083, Rgag4, LOC100042480, LOC331476, Pin4, LOC670921, Ercc6l, LOC668318, Rps4x, LOC100043080, Cited1, Hdac8
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-303B18.bB6Ng01-303B18.g
ACCGA096990GA096991
length1,1231,157
definitionB6Ng01-303B18.b B6Ng01-303B18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(98,658,927 - 98,660,038)(98,563,619 - 98,564,789)
sequence
gaattccagacagtataccattccaaatttaaagatttcagtgtgtgtct
gtaaaagtaaaaatcctaattgtaatgtcatcagcacagaaaataaatga
cacgcaataccaaattggtatttgcccatatcataaatgtaaaaatttag
cttttttgcttgaattactacccaaatttaattaacacattaattatata
ttataatggttttcgttatgacattttcatatgtatatatgatatatttg
atcatattcacacacacacacacacacacacacacacacacacacacaca
cacacactactcttgtaacctcttccacttctgctaatccccttcatctt
cccagttggtgggatccagtcaattgcattagaattgttactggagtatg
agcaccctatcaatgactacatctctgaagaacatgtctctcctcccttt
aactatttaaatgtatataaatccataagagccagtctggtctacagaga
gagctacaggacaaccagggctacatagagaaaccctgtctcaaagtaaa
acaaacaaacaaacccaaggggtgggtccatcatctgtcaccttccatga
caggatgatggcagacctaccttgtggaggtcatctcagagtgtaacagc
catgacgtgtctgggcaccagtgagcattccttcatcttccctccgtctc
cccattcttcccactgtctgctcctgtcctccctgatacaagatgtagca
ttgatgaccaatcactccgcagtcacttcctctcagtacttggactaatc
tctgcagtcactgctgaccactgcaaaaagaagttctctgatcaaaactg
acagcattactgttcaatgagcataaacatagttatttagaaggtactgg
gaatggacacatgccccagttagcaaaagagcaggagtgggtagctttcc
ctagccagaagctgttgactgggtttaatactaccatgtttggccactaa
gagtccatagtcttcctttttttttacttcctgggcaattatttttaaga
atcttattatgcactcagcttaaattttgaacctcacttactagctgagg
gtggcctttgaaacttgtctctt
gaattccaggaaagacagggatatacacagagaaaccctgtctcaaaaaa
caaaagacaaaacaaaaaaaaaaaaaaaaacaaaaaaaaaaagaaaaaaa
aaaagaggggagctggagagacagctcagtggttaagggtgctgactgct
cttccggaggacttgggttcaatccccagcgccccaacagtttgtaactc
cagttccaggggatctgacactctcacaccaatgcatataaaattaaatt
aaataattattttctgaaaaataagcaaaagaggaggcttggaagtaact
caatggtagaatgttttcctaacacactcaaggacccagattccatcccc
aacaccaagtcagggccaggaagccccaaggaagcacaagaagggtagct
gctcaggttcagttaccacgcagactggggctcacatatgcacggtatcc
tggaggtgctgaagagagacaagtgatgggtttccaatattggcttgtca
gtgtaaggcgttcagcacagtacagaattggaagagtggtcaactcaggg
caccagcatccacaatggctgtaccacactcagacaaacctgtcattgtt
aaaactgaggaaaatactccaatgctggcccctgactattctcactgaaa
gagcaggctgttcactcgcagtgagtctgatcggtggcatcactcaactt
ctgaatgaagtttccttgcaaaataaacaaagaaacaaacaacaaaacaa
aaagccaacaccaaaacaaaagcaaacataaacccctctaacatgctgca
taatttagcgtggcagctaatcttcagagaaggaggcccgaaagcttgtg
atgagtgtgaagtagctacggaaatacttgtgactcataactgcagcagt
gagtgctctcttgtcaatacaggaagccagtcccgttgctgatgtgtttc
tctaggaatgagccaaggctcagtgcactctgtgactcaggcgagctctg
acactgcaaggtgaatgtcagcaaagagcacttaatgtttattgtaaaca
ctcagtctgattcagaaatcaatgacgcctggacattgcagacgtcccca
gactgccacctagtgccactaccacagttctagggacacttaataggctc
agtcatc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_98658927_98660038
seq2: B6Ng01-303B18.b_48_1170 (reverse)

seq1  AAGAGAACAAG-TTCAAA-GCCACCCTCAGCTAGT-AGTGA-GTTC-AAA  45
      ||||| ||||| |||||| |||||||||||||||| ||||| |||| |||
seq2  AAGAG-ACAAGTTTCAAAGGCCACCCTCAGCTAGTAAGTGAGGTTCAAAA  49

seq1  TTTAGCCTGAGTTGCATAATAAGATTCTT-AAAATAATTG-CCAGAAAGT  93
      ||||  ||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||| ||||
seq2  TTTAAGCTGAG-TGCATAATAAGATTCTTAAAAATAATTGCCCAGGAAGT  98

seq1  --AAAAAAAGGAAGACTATGGACTCTTAGTGG-CAAACATGGTAGTA-TA  139
        |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||
seq2  AAAAAAAAAGGAAGACTATGGACTCTTAGTGGCCAAACATGGTAGTATTA  148

seq1  AACCCAGTCAACAGCTTCTGGCTAGGGAAAGCTACCCACTCCTGCTCTTT  189
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCAGTCAACAGCTTCTGGCTAGGGAAAGCTACCCACTCCTGCTCTTT  198

seq1  TGCTAACT-GGGCATGTGTCCATT-CCAGTACCTTCTAAATAACTATGTT  237
      |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAACTGGGGCATGTGTCCATTCCCAGTACCTTCTAAATAACTATGTT  248

seq1  TATGCTCATTGAACAGTAATGCTGTCAGTTTTGATCAGAGAACTTCTTTT  287
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCTCATTGAACAGTAATGCTGTCAGTTTTGATCAGAGAACTTCTTTT  298

seq1  TGCAGTGGTCAGCAGTGACTGCAGAGATTAGTCCAAGTACTGAGAGGAAG  337
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGTGGTCAGCAGTGACTGCAGAGATTAGTCCAAGTACTGAGAGGAAG  348

seq1  TGACTGCGGAGTGATTGGTCATCAATGCTACATCTTGTATCAGGGAGGAC  387
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTGCGGAGTGATTGGTCATCAATGCTACATCTTGTATCAGGGAGGAC  398

seq1  AGGAGCAGACAGTGGGAAGAATGGGGAGACGGAGGGAAGATGAAGGAATG  437
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGCAGACAGTGGGAAGAATGGGGAGACGGAGGGAAGATGAAGGAATG  448

seq1  CTCACTGGTGCCCAGACACGTCATGGCTGTTACACTCTGAGATGACCTCC  487
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTGGTGCCCAGACACGTCATGGCTGTTACACTCTGAGATGACCTCC  498

seq1  ACAAGGTAGGTCTGCCATCATCCTGTCATGGAAGGTGACAGATGATGGAC  537
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGGTAGGTCTGCCATCATCCTGTCATGGAAGGTGACAGATGATGGAC  548

seq1  CCACCCCTTGGGTTTGTTTGTTTGTTTTACTTTGAGACAGGGTTTCTCTA  587
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCCCTTGGGTTTGTTTGTTTGTTTTACTTTGAGACAGGGTTTCTCTA  598

seq1  TGTAGCCCTGGTTGTCCTGTAGCTCTCTCTGTAGACCAGACTGGCTCTTA  637
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGCCCTGGTTGTCCTGTAGCTCTCTCTGTAGACCAGACTGGCTCTTA  648

seq1  TGGATTTATATACATTTAAATAGTTAAAGGGAGGAGAGACATGTTCTTCA  687
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATTTATATACATTTAAATAGTTAAAGGGAGGAGAGACATGTTCTTCA  698

seq1  GAGATGTAGTCATTGATAGGGTGCTCATACTCCAGTAACAATTCTAATGC  737
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATGTAGTCATTGATAGGGTGCTCATACTCCAGTAACAATTCTAATGC  748

seq1  AATTGACTGGATCCCACCAACTGGGAAGATGAAGGGGATTAGCAGAAGTG  787
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGACTGGATCCCACCAACTGGGAAGATGAAGGGGATTAGCAGAAGTG  798

seq1  GAAGAGGTTACAAGAGTAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  837
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGGTTACAAGAGTAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  848

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGAATATGATCAAATATATCATATATACATATGAA  887
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGAATATGATCAAATATATCATATATACATATGAA  898

seq1  AATGTCATAACGAAAACCATTATAATATATAATTAATGTGTTAATTAAAT  937
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTCATAACGAAAACCATTATAATATATAATTAATGTGTTAATTAAAT  948

seq1  TTGGGTAGTAATTCAAGCAAAAAAGCTAAATTTTTACATTTATGATATGG  987
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGTAGTAATTCAAGCAAAAAAGCTAAATTTTTACATTTATGATATGG  998

seq1  GCAAATACCAATTTGGTATTGCGTGTCATTTATTTTCTGTGCTGATGACA  1037
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAATACCAATTTGGTATTGCGTGTCATTTATTTTCTGTGCTGATGACA  1048

seq1  TTACAATTAGGATTTTTACTTTTACAGACACACACTGAAATCTTTAAATT  1087
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAATTAGGATTTTTACTTTTACAGACACACACTGAAATCTTTAAATT  1098

seq1  TGGAATGGTATACTGTCTGGAATTC  1112
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAATGGTATACTGTCTGGAATTC  1123

seq1: chrX_98563619_98564789
seq2: B6Ng01-303B18.g_66_1222

seq1  GAATTCCAGGAAAGACAGGGATATACACAGAGAAACCCTGTCTCAAAAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGGAAAGACAGGGATATACACAGAGAAACCCTGTCTCAAAAAA  50

seq1  CAAAAGACAAAACAAAAAAAAAAAAAAAAACAAAAAAAAAAAGAAAAAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAGACAAAACAAAAAAAAAAAAAAAAACAAAAAAAAAAAGAAAAAAA  100

seq1  AAAAGAGGGGAGCTGGAGAGACAGCTCAGTGGTTAAGGGTGCTGACTGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAGGGGAGCTGGAGAGACAGCTCAGTGGTTAAGGGTGCTGACTGCT  150

seq1  CTTCCGGAGGACTTGGGTTCAATCCCCAGCGCCCCAACAGTTTGTAACTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCGGAGGACTTGGGTTCAATCCCCAGCGCCCCAACAGTTTGTAACTC  200

seq1  CAGTTCCAGGGGATCTGACACTCTCACACCAATGCATATAAAATTAAATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTCCAGGGGATCTGACACTCTCACACCAATGCATATAAAATTAAATT  250

seq1  AAATAATTATTTTCTGAAAAATAAGCAAAAGAGGAGGCTTGGAAGTAACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAATTATTTTCTGAAAAATAAGCAAAAGAGGAGGCTTGGAAGTAACT  300

seq1  CAATGGTAGAATGTTTTCCTAACACACTCAAGGACCCAGATTCCATCCCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGGTAGAATGTTTTCCTAACACACTCAAGGACCCAGATTCCATCCCC  350

seq1  AACACCAAGTCAGGGCCAGGAAGCCCCAAGGAAGCACAAGAAGGGTAGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACCAAGTCAGGGCCAGGAAGCCCCAAGGAAGCACAAGAAGGGTAGCT  400

seq1  GCTCAGGTTCAGTTACCACGCAGACTGGGGCTCACATATGCACGGTATCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGGTTCAGTTACCACGCAGACTGGGGCTCACATATGCACGGTATCC  450

seq1  TGGAGGTGCTGAAGAGAGACAAGTGATGGGTTTCCAATATTGGCTTGTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGGTGCTGAAGAGAGACAAGTGATGGGTTTCCAATATTGGCTTGTCA  500

seq1  GTGTAAGGCGTTCAGCACAGTACAGAATTGGAAGAGTGGTCAACTCAGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAAGGCGTTCAGCACAGTACAGAATTGGAAGAGTGGTCAACTCAGGG  550

seq1  CACCAGCATCCACAATGGCTGTACCACACTCAGACAAACCTGTCATTGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAGCATCCACAATGGCTGTACCACACTCAGACAAACCTGTCATTGTT  600

seq1  AAAACTGAGGAAAATACTCCAATGCTGGCCCCTGACTATTCTCACTGAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTGAGGAAAATACTCCAATGCTGGCCCCTGACTATTCTCACTGAAA  650

seq1  GAGCAGGCTGTTCACTCGCAGTGAGTCTGATCGGTGGCATCACTCAACTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAGGCTGTTCACTCGCAGTGAGTCTGATCGGTGGCATCACTCAACTT  700

seq1  CTGAATGAAGTTTCCTTGCAAAATAAACAAAGAAACAAACAACAAAACAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAATGAAGTTTCCTTGCAAAATAAACAAAGAAACAAACAACAAAACAA  750

seq1  AAAGCCAACACCAAAACAAAAGCAAACATAAACCCCTCTAACATGCTGCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCCAACACCAAAACAAAAGCAAACATAAACCCCTCTAACATGCTGCA  800

seq1  TAATTTAGCGTGGCAGCTAATCTTCAGAGAAGGAGGCCCGAAAGCTTGTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTAGCGTGGCAGCTAATCTTCAGAGAAGGAGGCCCGAAAGCTTGTG  850

seq1  ATGAGTGTGAAGTAGCTACGGAAATACTTGTGACTCATAACTGCAGCAGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGTGTGAAGTAGCTACGGAAATACTTGTGACTCATAACTGCAGCAGT  900

seq1  GAGTGCTCTCTTGTCAATACAGGAAGCCCAGTCCCGTTGCTGATGTTGTT  950
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||
seq2  GAGTGCTCTCTTGTCAATACAGGAAG-CCAGTCCCGTTGCTGATG-TGTT  948

seq1  TCTCTAGGAATGAGCCAAGGCTCAGTGCACTCTGTGACTCAGGCGAGCTC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTAGGAATGAGCCAAGGCTCAGTGCACTCTGTGACTCAGGCGAGCTC  998

seq1  TGACACTGCAAGGTGAAATGTCAGCAAAGAGCACTTAATGTTTATTGTAA  1050
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACACTGCAAGGTG-AATGTCAGCAAAGAGCACTTAATGTTTATTGTAA  1047

seq1  ACCACTCAGTCTGATTCAGAAATCAATGACGGCTTGACATTTTGCAGAAC  1100
      | ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||  |||||| ||
seq2  A-CACTCAGTCTGATTCAGAAATCAATGACGCCTGGACA--TTGCAG-AC  1093

seq1  GCCCCCAGACTGGCAAACTAAGTGCCACTAAACACACATTTCTTAGGAGA  1150
      | |||||||||| |  ||  ||||||||||    |||| ||| |||| ||
seq2  GTCCCCAGACTGCC--ACCTAGTGCCACTA---CCACAGTTC-TAGG-GA  1136

seq1  CAACTAAATA-GCTCAGTCATC  1171
      | ||| |||| |||||||||||
seq2  C-ACTTAATAGGCTCAGTCATC  1157