BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-305F14
ChromosomeX (Build37)
Map Location 153,022,581 - 153,214,054
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC640803
Upstream genePtchd1, 4930503H13Rik
Downstream geneLOC434885, Phex, Gm1947, Sms, LOC100041181, EG625253, Mbtps2, LOC100040239, LOC667460, LOC667465, Smpx
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-305F14.bB6Ng01-305F14.g
ACCGA098661GA098662
length1,194621
definitionB6Ng01-305F14.b B6Ng01-305F14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(153,212,850 - 153,214,054)(153,022,581 - 153,023,201)
sequence
gaattccaggacagccacggctacccagagaaaccctgtatcaaacaaac
aaacaaacaaacagagtgggatagtaattagtaagtcctggtatattatt
gcacaataggttaactatatattattttaaaaatatatactgtacatttc
aagaaattcaaacgtgggacgttttcaccttatgtggtaagtgtatgaga
agacaaatatgtttcaaccaatttaaacctcatgcaatttataattgcat
caaaacactgtaagatgctttataagtatgtacagtttttatattatata
tcaaaaacaattataaggcattgaaatcatccatattctagtccacttta
tctccacattttactgtaattaattgtgccttcgaggaattgttgaaagc
caaaacgtttcaggacacttcataggcaatagccaatattaaccagttaa
caaatggttacaaagtttgtatgaggttgtatgaaacttctgcctctaga
attctttcagtaaagaaccatagaagttttccctggtcattctggccctt
actatatgacgttagaatgtgttgagaagaaaggcaacagcttctttact
actcaagaataaggggacatctaaagaatgctggaagtagaaaacatgat
tttctaacaaacagttttgcatagatctacttaggatttggaaattaatc
ttggactcgttcaaaattccccatgagtgagaatagcagtagaagtaaag
acttggcagaaagcctccatagaaaacactctgcacgtcacagagcattt
aaagatgaatgggggaagtctcaaactgcatgcttatgacacatactgat
tgctctgaatcttgccattaacagcttgagaattagtttacagatggtaa
tctccattgggtacttatttttgtgtgagaagccaggaggaagtacagtt
ttcaatttccccccttttgctgctgaatacaaggaccctgggattccttc
ttgcactgtgcaaggaatgcactagaattcatggaaaatgtatctgacat
attattcagagcttgttcttgaacagcagtgtttggagagaggcttgaaa
taacttgagatattcaggtgaaggctagggcttagaattctttcctgtta
gaattctcaggccagttcgtttgacattcaacccatttgtgttc

gaattcagagcagtttttcatgctagggagccacagctgcacagttttca
gaatgacactatgtgttaacaggtggcatggaaatacaagtggcttcagt
gtaaaccaaaagtgagagcactttaggaaatctcaagtggtttcctagca
gcagagtaatatatgtcttcaaagttaccatgcaacaagtgacactggtt
cacaaaatgtcttgcaaacagtatcatagtacaggttcacagctgtacat
ggcatttagcctattctgtaaacgtgtgtccttttataaaaacagaattt
tatccattcataaaggagaaaggatttatgatacttccaggaacatgatg
gaagcagagatcatattaaatataataagctagattcagaaagaccaaga
gaaatgttttctttcatatgttgaagcgagatttaagtgtatgcgcttgg
gggttggtgcatgatatagaaaggagacaatgctaaaggtaagtgaaagg
aggaaacaggagtaatgataggtagatgatagatagatagatagatagat
agatagatagatagatagataggcatagatataacaggaagttagaatag
ggatattttcaatgaatgagt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_153212850_153214054
seq2: B6Ng01-305F14.b_42_1235 (reverse)

seq1  GAACACAAATGTGTTG-ATGTCAAACG-ACTGGCTTGTAGGAATTTTCTA  48
      ||||||||||| |||| |||||||||| |||||| ||   ||||| |   
seq2  GAACACAAATGGGTTGAATGTCAAACGAACTGGCCTG--AGAATTCT---  45

seq1  AACAGGAAAGGAAATTTCTAACACTCTAGCTTTCAACTTGATATTCTCAA  98
      ||||||||||   | ||||||  | ||||| |||| ||  ||| ||||||
seq2  AACAGGAAAG---AATTCTAA-GCCCTAGCCTTCACCTGAATA-TCTCAA  90

seq1  AGTTTATTTTCAGCCTCTCT-CAAACACTTGGCTGTTCAAG-ACAGCCTC  146
         ||||||  ||||||||| ||||||||  |||||||||| |||  |||
seq2  --GTTATTTCAAGCCTCTCTCCAAACACT--GCTGTTCAAGAACAAGCTC  136

seq1  TGAATTATTAATGTCAGATACATTTT-CATGAATTCTAGTTGCATTCCTT  195
      ||||| ||  |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||
seq2  TGAATAAT--ATGTCAGATACATTTTCCATGAATTCTAG-TGCATTCCTT  183

seq1  GCACAGTGC-AGAAGGAATCCCAGGGTCCTTGTATTCAGCAGCAAAAGGG  244
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAGTGCAAGAAGGAATCCCAGGGTCCTTGTATTCAGCAGCAAAAGGG  233

seq1  GGGAAATTGAAAACTGTACTTCCTCCTGGCTTCTCACACAAAAATAAGTA  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAATTGAAAACTGTACTTCCTCCTGGCTTCTCACACAAAAATAAGTA  283

seq1  CCCAATGGAGATTACCATCTGTAAACTAATTCTCAAGCTGTTAATGGCAA  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAATGGAGATTACCATCTGTAAACTAATTCTCAAGCTGTTAATGGCAA  333

seq1  GATTCAGAGCAATCAGTATGTGTCATAAGCATGCAGTTTGAGACTTCCCC  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCAGAGCAATCAGTATGTGTCATAAGCATGCAGTTTGAGACTTCCCC  383

seq1  CATTCATCTTTAAATGCTCTGTGACGTGCAGAGTGTTTTCTATGGAGGCT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCATCTTTAAATGCTCTGTGACGTGCAGAGTGTTTTCTATGGAGGCT  433

seq1  TTCTGCCAAGTCTTTACTTCTACTGCTATTCTCACTCATGGGGAATTTTG  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGCCAAGTCTTTACTTCTACTGCTATTCTCACTCATGGGGAATTTTG  483

seq1  AACGAGTCCAAGATTAATTTCCAAATCCTAAGTAGATCTATGCAGAACTG  544
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  AACGAGTCCAAGATTAATTTCCAAATCCTAAGTAGATCTATGCAAAACTG  533

seq1  TTTGTTAGAAAATCATGTTTTCTACTTCCAGCATTCTTTAGATGTCCCCT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTAGAAAATCATGTTTTCTACTTCCAGCATTCTTTAGATGTCCCCT  583

seq1  TATTCTTGAGTAGTAAAGAAGCTGTTGCCTTTCTTCTCAACACATTCTAA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCTTGAGTAGTAAAGAAGCTGTTGCCTTTCTTCTCAACACATTCTAA  633

seq1  CGTCATATAGTAAGGGCCAGAATGACCAGGGAAAACTTCTATGGTTCTTT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCATATAGTAAGGGCCAGAATGACCAGGGAAAACTTCTATGGTTCTTT  683

seq1  ACTGAAAGAATTCTAGAGGCAGAAGTTTCATACAACCTCATACAAACTTT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAAAGAATTCTAGAGGCAGAAGTTTCATACAACCTCATACAAACTTT  733

seq1  GTAACCATTTGTTAACTGGTTAATATTGGCTATTGCCTATGAAGTGTCCT  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACCATTTGTTAACTGGTTAATATTGGCTATTGCCTATGAAGTGTCCT  783

seq1  GAAACGTTTTGGCTTTCAACAATTCCTCGAAGGCACAATTAATTACAGTA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACGTTTTGGCTTTCAACAATTCCTCGAAGGCACAATTAATTACAGTA  833

seq1  AAATGTGGAGATAAAGTGGACTAGAATATGGATGATTTCAATGCCTTATA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTGGAGATAAAGTGGACTAGAATATGGATGATTTCAATGCCTTATA  883

seq1  ATTGTTTTTGATATATAATATAAAAACTGTACATACTTATAAAGCATCTT  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTTTTTGATATATAATATAAAAACTGTACATACTTATAAAGCATCTT  933

seq1  ACAGTGTTTTGATGCAATTATAAATTGCATGAGGTTTAAATTGGTTGAAA  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGTTTTGATGCAATTATAAATTGCATGAGGTTTAAATTGGTTGAAA  983

seq1  CATATTTGTCTTCTCATACACTTACCACATAAGGTGAAAACGTCCCACGT  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATTTGTCTTCTCATACACTTACCACATAAGGTGAAAACGTCCCACGT  1033

seq1  TTGAATTTCTTGAAATGTACAGTATATATTTTTAAAATAATATATAGTTA  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAATTTCTTGAAATGTACAGTATATATTTTTAAAATAATATATAGTTA  1083

seq1  ACCTATTGTGCAATAATATACCAGGACTTACTAATTACTATCCCACTCTG  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTATTGTGCAATAATATACCAGGACTTACTAATTACTATCCCACTCTG  1133

seq1  TTTGTTTGTTTGTTTGTTTGATACAGGGTTTCTCTGGGTAGCCGTGGCTG  1194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTGTTTGTTTGTTTGATACAGGGTTTCTCTGGGTAGCCGTGGCTG  1183

seq1  TCCTGGAATTC  1205
      |||||||||||
seq2  TCCTGGAATTC  1194


seq1: chrX_153022581_153023201
seq2: B6Ng01-305F14.g_67_687

seq1  GAATTCAGAGCAGTTTTTCATGCTAGGGAGCCACAGCTGCACAGTTTTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAGCAGTTTTTCATGCTAGGGAGCCACAGCTGCACAGTTTTCA  50

seq1  GAATGACACTATGTGTTAACAGGTGGCATGGAAATACAAGTGGCTTCAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGACACTATGTGTTAACAGGTGGCATGGAAATACAAGTGGCTTCAGT  100

seq1  GTAAACCAAAAGTGAGAGCACTTTAGGAAATCTCAAGTGGTTTCCTAGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAACCAAAAGTGAGAGCACTTTAGGAAATCTCAAGTGGTTTCCTAGCA  150

seq1  GCAGAGTAATATATGTCTTCAAAGTTACCATGCAACAAGTGACACTGGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGTAATATATGTCTTCAAAGTTACCATGCAACAAGTGACACTGGTT  200

seq1  CACAAAATGTCTTGCAAACAGTATCATAGTACAGGTTCACAGCTGTACAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAAATGTCTTGCAAACAGTATCATAGTACAGGTTCACAGCTGTACAT  250

seq1  GGCATTTAGCCTATTCTGTAAACGTGTGTCCTTTTATAAAAACAGAATTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATTTAGCCTATTCTGTAAACGTGTGTCCTTTTATAAAAACAGAATTT  300

seq1  TATCCATTCATAAAGGAGAAAGGATTTATGATACTTCCAGGAACATGATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCATTCATAAAGGAGAAAGGATTTATGATACTTCCAGGAACATGATG  350

seq1  GAAGCAGAGATCATATTAAATATAATAAGCTAGATTCAGAAAGACCAAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCAGAGATCATATTAAATATAATAAGCTAGATTCAGAAAGACCAAGA  400

seq1  GAAATGTTTTCTTTCATATGTTGAAGCGAGATTTAAGTGTATGCGCTTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATGTTTTCTTTCATATGTTGAAGCGAGATTTAAGTGTATGCGCTTGG  450

seq1  GGGTTGGTGCATGATATAGAAAGGAGACAATGCTAAAGGTAAGTGAAAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTGGTGCATGATATAGAAAGGAGACAATGCTAAAGGTAAGTGAAAGG  500

seq1  AGGAAACAGGAGTAATGATAGGTAGATGATAGATAGATAGATAGATAGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAACAGGAGTAATGATAGGTAGATGATAGATAGATAGATAGATAGAT  550

seq1  AGATAGATAGATAGATAGATAGGCATAGATATAACAGGAAGTTAGAATAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAGATAGATAGATAGATAGGCATAGATATAACAGGAAGTTAGAATAG  600

seq1  GGATATTTACAATGAATGAGT  621
      |||||||| ||||||||||||
seq2  GGATATTTTCAATGAATGAGT  621


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |