BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-308C08
ChromosomeX (Build37)
Map Location 119,520,398 - 119,620,091
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG245575, LOC100039544, Nap1l3
Downstream gene3110007F17Rik, LOC100039751, LOC100039763
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-308C08.bB6Ng01-308C08.g
ACCGA100723GA100724
length1,0451,129
definitionB6Ng01-308C08.b B6Ng01-308C08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(119,520,398 - 119,521,441)(119,618,964 - 119,620,091)
sequence
gaattcagcaaggggttgttgtaactgctcaagtcacatattttattact
aaaaagaacccagatataaaaaatgatggtttgacattatatcaaagtat
cacatttaaaagacaaaagtggacttttggaattagaactaaaattgttc
cgttataggtatagccacttttttctttttctcccttccttcctccctcc
ctccctcccttccttcctccctcctttccccctctctttctctctctcta
tcttactttttctttctctctctttttttctttcttttttatttgtttac
atttcaaatgttattttccttctcagtaccacctccatgagcccccccac
catattacccctcccccttgccagctccttgccggcaggtccaggcaaag
ctctacatcagcaatgtcagggcagaagcagagtcaaacaggtcttgctg
agtcaccccatacagaaatgactgagacaggtctcaaaactcgagctagg
ctcggatttgtcctcaaggcccaaaccagaaccaaaatggggcccaatat
tccttcacctctaagagtgtgctcccacatcctcccacccacccacccat
tcccaaatcactcctctagcatccagctcctctgcagcattaaatttcca
cagaaccaaatgcattccctcccactgaggacagacaagacagtcctctt
ctacatatctaactaggggttgggggacatggaccagcacatttatactc
tttgactggtgctttagtcaccaggagctctgccgggatccagtttagtt
gatactgttgttcttcctatgggattgcaatcccctttcagctgcttcag
tctttcctctaactcttccacaggggtcccagagctcagtccaatggttt
ggctgtaagtatctgcatctgtctcagtcagctgctggtaaaacctctca
gaggacagccatgccagcctcctggatgcaagtacacaggcatcagcaat
agtgtctgggttttagttcctgtacatagaatggatcaatgttgg

gaattcttgatagtaagttgagagctctaacagcataatcattatgggat
gaacaaaatggataggtatttaaataggagagtttctagtatcccttcaa
ggtacagtgagaatgaaatcaaaagatttaaaacaagaacatgagatcca
ctttacttcatcaggttaccattattacagagaagaatttaattgataaa
tgtagtacactaactgcttctcaggcaggattctcaaaatgtatgtttcc
tgggttatttacttccatgttgagaattttcgacagtggttacaattcat
ctctttcttaaattctacctctgctggcactgcaggaaagttgcagcagt
agctgctctaggagtgattggcaggtggaaatactggtattctctcctga
aacagctgcacactaagcctgcttttactaggcaaccatgtgctcattgc
tgctgaggttttgattcattcagttcaaaaatttactgagttatagttat
agtacatttgcctacagaaaaacagagggtttgattgttctcatcagtgc
atctttcttaataccttataaaggcatattgagcaggtataaaattatga
caatgcttttaaaagtatgtggaggcttttcaacctacttggaattcact
cttatttataacttatcaggtcacatcttgattgggagcctaaaataata
ggcagataaattagcttcagcaataagactgtgacagaatttgcctcctt
ttaactgctttgggagctgaaaagtagatgggtgggatgagcaagatatg
ggtttttaaaaatactgtaattattctgtataatttaaaattcaattaca
ttcattttaagatcaatttaatgataccaacttcgcagtcctttcaatgt
caaatccccttttctctaaaaagcactatagatactaatctttgaactca
gcatatgagaacttcagatttcaactacatcttttcttatgttagtcttt
agctaagaacagagatctgttactgtggaagagaccttggatctgaagaa
tgatgtgagcacatcactaaaatgtgaaggttgtccacgtggagaataaa
atgaatatttgttgggccagagcctgcta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_119520398_119521441
seq2: B6Ng01-308C08.b_46_1090

seq1  GAATTCAGCAAGGGGTTGTTGTAACTGCTCAAGTCACATATTTTATTACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGCAAGGGGTTGTTGTAACTGCTCAAGTCACATATTTTATTACT  50

seq1  AAAAAGAACCCAGATATAAAAAATGATGGTTTGACATTATATCAAAGTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAGAACCCAGATATAAAAAATGATGGTTTGACATTATATCAAAGTAT  100

seq1  CACATTTAAAAGACAAAAGTGGACTTTTGGAATTAGAACTAAAATTGTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATTTAAAAGACAAAAGTGGACTTTTGGAATTAGAACTAAAATTGTTC  150

seq1  CGTTATAGGTATAGCCACTTTTTTCTTTTTCTCCCTTCCTTCCTCCCTCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTATAGGTATAGCCACTTTTTTCTTTTTCTCCCTTCCTTCCTCCCTCC  200

seq1  CTCCCTCCCTTCCTTCCTCCCTCCTTTCCCCCTCTCTTTCTCTCTCTCTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCTCCCTTCCTTCCTCCCTCCTTTCCCCCTCTCTTTCTCTCTCTCTA  250

seq1  TCTTACTTTTTCTTTCTCTCTCTTTTTTTCTTTCTTTTTTATTTGTTTAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTACTTTTTCTTTCTCTCTCTTTTTTTCTTTCTTTTTTATTTGTTTAC  300

seq1  ATTTCAAATGTTATTTTCCTTCTCAGTACCACCTCCATGAGCCCCCCCAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCAAATGTTATTTTCCTTCTCAGTACCACCTCCATGAGCCCCCCCAC  350

seq1  CATATTACCCCTCCCCCTTGCCAGCTCCTTGCCGGCAGGTCCAGGCAAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATTACCCCTCCCCCTTGCCAGCTCCTTGCCGGCAGGTCCAGGCAAAG  400

seq1  CTCTACATCAGCAATGTCAGGGCAGAAGCAGAGTCAAACAGGTCTTGCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTACATCAGCAATGTCAGGGCAGAAGCAGAGTCAAACAGGTCTTGCTG  450

seq1  AGTCACCCCATACAGAAATGACTGAGACAGGTCTCAAAACTCGAGCTAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCACCCCATACAGAAATGACTGAGACAGGTCTCAAAACTCGAGCTAGG  500

seq1  CTCGGATTTGTCCTCAAGGCCCAAACCAGAACCAAAATGGGGCCCAATAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGGATTTGTCCTCAAGGCCCAAACCAGAACCAAAATGGGGCCCAATAT  550

seq1  TCCTTCACCTCTAAGAGTGTGCTCCCACATCCTCCCACCCACCCACCCAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTCACCTCTAAGAGTGTGCTCCCACATCCTCCCACCCACCCACCCAT  600

seq1  TCCCAAATCACTCCTCTAGCATCCAGCTCCTCTGCAGCATTAAATTTCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAAATCACTCCTCTAGCATCCAGCTCCTCTGCAGCATTAAATTTCCA  650

seq1  CAGAACCAAATGCATTCCCTCCCACTGAGGACAGACAAGACAGTCCTCTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAACCAAATGCATTCCCTCCCACTGAGGACAGACAAGACAGTCCTCTT  700

seq1  CTACATATCTAACTAGGGGTTGGGGGACATGGACCAGCACATTTATACTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACATATCTAACTAGGGGTTGGGGGACATGGACCAGCACATTTATACTC  750

seq1  TTTGACTGGTGCTTTAGTCACCAGGAGCTCTGCCGGGATCCAG-TTAGTT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TTTGACTGGTGCTTTAGTCACCAGGAGCTCTGCCGGGATCCAGTTTAGTT  800

seq1  GATACTGTTGTTCTTCCTATGGGATTGCAATCCCC-TTCAGCTGCTTCAG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GATACTGTTGTTCTTCCTATGGGATTGCAATCCCCTTTCAGCTGCTTCAG  850

seq1  TCTTTCCTCTAACTCTTCCACAGGGGTCCCAGAGCTCAGTCCAATGG-TT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TCTTTCCTCTAACTCTTCCACAGGGGTCCCAGAGCTCAGTCCAATGGTTT  900

seq1  GGCTGTAAGTATCTGCATCTGTCTCAGTCAGCTGCTGGTAAAACCTCTCA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGTAAGTATCTGCATCTGTCTCAGTCAGCTGCTGGTAAAACCTCTCA  950

seq1  GAGGACAGCCATGCCAGCCTCCTGGATGCAAGTACAACAGGGCATCAGCA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||
seq2  GAGGACAGCCATGCCAGCCTCCTGGATGCAAGTAC-ACA-GGCATCAGCA  998

seq1  ATAGTGTCTGGG-TTTAGTTCCTGTACATAGAATGGATTCCATGTTGG  1044
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||||||
seq2  ATAGTGTCTGGGTTTTAGTTCCTGTACATAGAATGGA-TCAATGTTGG  1045


seq1: chrX_119618964_119620091
seq2: B6Ng01-308C08.g_66_1194 (reverse)

seq1  TAGCAGGCTTCTG--CCAACAATATTTCATTTTA-TCTCAACGT-GACAA  46
      |||||||| ||||  |||||||   ||||||||| |||| |||| |||||
seq2  TAGCAGGC-TCTGGCCCAACAAATATTCATTTTATTCTCCACGTGGACAA  49

seq1  -CTTCACATTTTAAGTGATGTGGCTCACATCATTCTTCAGATCCAAAGGT  95
       ||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CCTTCACATTTT-AGTGATGT-GCTCACATCATTCTTCAGATCC-AAGGT  96

seq1  CTCCTTCCACAGTAACAGATCTCTGTCTTTAGCTAAAGACTAACATAAG-  144
      || |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| 
seq2  CT-CTTCCACAGTAACAGATCTCTGTTCTTAGCTAAAGACTAACATAAGA  145

seq1  AAAGATGTAGTTGAAATCTGAAGTTCTCATATGCTGAGTTCAAAGATTAG  194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGATGTAGTTGAAATCTGAAGTTCTCATATGCTGAGTTCAAAGATTAG  195

seq1  TATCTATAGTGCTTTTTAGAGAAAAGGGGATTTGACATTGAAAGGACTGC  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTATAGTGCTTTTTAGAGAAAAGGGGATTTGACATTGAAAGGACTGC  245

seq1  GAAGTTGGTATCATTAAATTGATCTTAAAATGAATGTAATTGAATTTTAA  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTTGGTATCATTAAATTGATCTTAAAATGAATGTAATTGAATTTTAA  295

seq1  ATTATACAGAATAATTACAGTATTTTTAAAAACCCATATCTTGCTCATCC  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATACAGAATAATTACAGTATTTTTAAAAACCCATATCTTGCTCATCC  345

seq1  CACCCATCTACTTTTCAGCTCCCAAAGCAGTTAAAAGGAGGCAAATTCTG  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCATCTACTTTTCAGCTCCCAAAGCAGTTAAAAGGAGGCAAATTCTG  395

seq1  TCACAGTCTTATTGCTGAAGCTAATTTATCTGCCTATTATTTTAGGCTCC  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGTCTTATTGCTGAAGCTAATTTATCTGCCTATTATTTTAGGCTCC  445

seq1  CAATCAAGATGTGACCTGATAAGTTATAAATAAGAGTGAATTCCAAGTAG  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCAAGATGTGACCTGATAAGTTATAAATAAGAGTGAATTCCAAGTAG  495

seq1  GTTGAAAAGCCTCCACATACTTTTAAAAGCATTGTCATAATTTTATACCT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAAAAGCCTCCACATACTTTTAAAAGCATTGTCATAATTTTATACCT  545

seq1  GCTCAATATGCCTTTATAAGGTATTAAGAAAGATGCACTGATGAGAACAA  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAATATGCCTTTATAAGGTATTAAGAAAGATGCACTGATGAGAACAA  595

seq1  TCAAACCCTCTGTTTTTCTGTAGGCAAATGTACTATAACTATAACTCAGT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAACCCTCTGTTTTTCTGTAGGCAAATGTACTATAACTATAACTCAGT  645

seq1  AAATTTTTGAACTGAATGAATCAAAACCTCAGCAGCAATGAGCACATGGT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTTTGAACTGAATGAATCAAAACCTCAGCAGCAATGAGCACATGGT  695

seq1  TGCCTAGTAAAAGCAGGCTTAGTGTGCAGCTGTTTCAGGAGAGAATACCA  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTAGTAAAAGCAGGCTTAGTGTGCAGCTGTTTCAGGAGAGAATACCA  745

seq1  GTATTTCCACCTGCCAATCACTCCTAGAGCAGCTACTGCTGCAACTTTCC  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTTCCACCTGCCAATCACTCCTAGAGCAGCTACTGCTGCAACTTTCC  795

seq1  TGCAGTGCCAGCAGAGGTAGAATTTAAGAAAGAGATGAATTGTAACCACT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGTGCCAGCAGAGGTAGAATTTAAGAAAGAGATGAATTGTAACCACT  845

seq1  GTCGAAAATTCTCAACATGGAAGTAAATAACCCAGGAAACATACATTTTG  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCGAAAATTCTCAACATGGAAGTAAATAACCCAGGAAACATACATTTTG  895

seq1  AGAATCCTGCCTGAGAAGCAGTTAGTGTACTACATTTATCAATTAAATTC  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATCCTGCCTGAGAAGCAGTTAGTGTACTACATTTATCAATTAAATTC  945

seq1  TTCTCTGTAATAATGGTAACCTGATGAAGTAAAGTGGATCTCATGTTCTT  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTGTAATAATGGTAACCTGATGAAGTAAAGTGGATCTCATGTTCTT  995

seq1  GTTTTAAATCTTTTGATTTCATTCTCACTGTACCTTGAAGGGATACTAGA  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTAAATCTTTTGATTTCATTCTCACTGTACCTTGAAGGGATACTAGA  1045

seq1  AACTCTCCTATTTAAATACCTATCCATTTTGTTCATCCCATAATGATTAT  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTCCTATTTAAATACCTATCCATTTTGTTCATCCCATAATGATTAT  1095

seq1  GCTGTTAGAGCTCTCAACTTACTATCAAGAATTC  1128
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTTAGAGCTCTCAACTTACTATCAAGAATTC  1129


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |