BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-310G19
ChromosomeX (Build37)
Map Location 163,575,927 - 163,705,164
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTmsb4x, Tlr8
Upstream geneGemin8, Gpm6b, Ofd1, Trappc2, Rab9, LOC100040795, A630018P17Rik, Egfl6, LOC100041912, LOC641660, LOC667791, EG667794, LOC100040850, LOC627268
Downstream geneTlr7, Prps2, EG627311, Frmpd4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-310G19.bB6Ng01-310G19.g
ACCGA102405GA102406
length1,1831,114
definitionB6Ng01-310G19.b B6Ng01-310G19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(163,703,980 - 163,705,164)(163,575,927 - 163,577,048)
sequence
gaattcacacacacataaagtaatgaatataatttaaaattattaaaata
tttgtatacaaaagcagagaaactgggtggttataatgagatttttataa
aagaactaagaagttaggacaggacacctgttgaaatagatgaaaaactc
atgaccagcctttcctcaaaacagtgacagaacacttgatgtcatccaat
ttttcacgtgggatattagtgaagagagatattgaaaatgcatcagagca
gaacttgagtggtaagagttctatacttacttttcctgtattgaaccctt
gatctttggttcccgttcccttacccataaaatttgatgactctttgtag
cttttaactactgtggttacttgtcattatttgggagagtctggcttaag
gaaatacagaaaagaatgggaggaagacctgggtttcagataattattct
ttagctctagagggactcaaggatgaatttgccaaggactatgttgggat
cttgccttctcttgtatctgttattatactaaccatacaattatactaac
cataggaaaaaggtctcttcatcacagtcaaatgcattattgtacacagt
tgcaaagattgtcctctgcaaacctacttgtgcaactacatagtcaagta
agtttgtcatttagccctccttcctcttacctcgctctgttcactaattt
ggaactatattcgctcacatagaagaagctaagtcgtttacctaaagagc
catccattcctaatgagtgctgagaagttgtatagtggaacactttgagc
ttggagttgaagtgaggaatgaatacggaaatagaaaacaaccattgagg
ctgggaatgagtaggggacaaatggctcagcagagaaaatgaaagatgtg
attaggagatatccaatagctttataccttggatggcaggcaggcagaga
atgcagagcaattccagcagttaccagtactaactctgggcttggccaga
gggcaagatcagctgaccactctgcatgttgtatggcagaccttctttac
aggtcctaacctgacctccttatcattctttggtcattcaatcattggtt
gggaaccaataattgaattttatgcaatttctgaagaataagcctgggtg
ggggtggattatgcctcatgtgtaaatgtattt
gaattctgtactgaaggatgtaatacaggttgactgtaatcctccagctt
ggcacagcaggtccaactcttcaaaaaaaaaaaaaaactaatattgttgg
atttatttggaagacttaccaatcacatcaaagtcatagttgtgaacaca
agaacacaagtggcaaagacagagaagtccaagaatatagctttggcctc
agagttgggcaatagtagctaactaccataatttaaagacagcgtgggtc
aggttgaggatgtagctaagttggtaaagtatttgcttagtatgcaggaa
attttgagtttgatcccctgcgtcacataaaactcggcatggtgatgagt
tctgtaatcctagcactttggacttagaagcaggagaatcagaaatttaa
gtccagcctccactaaatagactgttcaagaccagtttaggctgcatgag
aatctgtctcaaataaacagaaaaaagcagaggtgggtaggtggactcgg
agagagcttggtgattaagagtatatattgctcttgcaaaggggctgggt
tctcttcctagtactcatattaggtagttcgtaattgcctataactgaag
ttctggaggatccatgaactcattggacacctacatgaacttataggcac
agacacatacacattcacatatacatatacatatacatacacataaatac
aataagaaaaaataaagaagaaattaaagaagaacagagtgtgggctatg
tctaataataagcaggagtaaggtgtgtaaggcagattacagtaccctaa
gaagcaccttttcattttctaacgggataaatgagaagaatgttgatatc
acaacataaaaaacatgaactgagaaatcaggatagacctattacctatc
cgtttaccaaactgctgttccaccatgcttgtgtgtatgtagccagttac
gactttaaaaatgttctggtgtacaaatctttcctaatttctccataatg
acttacttagccagaaagtcaaaattgggagtacttaattgattttcagc
atgatctcaatagtatacacaacaacaaataacaggcagcagggagcggc
caaaagaagcagtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_163703980_163705164
seq2: B6Ng01-310G19.b_47_1229 (reverse)

seq1  AAATACAATTACACATGA-GCATAAACCACACCCACACAGGCTTTTATCT  49
      ||||||| |||||||||| |||||| |||| ||||| ||||||| | |||
seq2  AAATACATTTACACATGAGGCATAATCCACCCCCACCCAGGCTTAT-TCT  49

seq1  TCCAGAAAAATGCATAAAAT--CATTATT-GTTCCCAACCAATGATGAAA  96
      | ||| ||| ||||||||||   |||||| ||||||||||||||||   |
seq2  T-CAG-AAATTGCATAAAATTCAATTATTGGTTCCCAACCAATGAT-TGA  96

seq1  ATGAACAAAGAATTGAT-AGGAGGTCAGG-TAGGACCTGTAAAGAAGGTC  144
      |||| ||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  ATGACCAAAGAA-TGATAAGGAGGTCAGGTTAGGACCTGTAAAGAAGGTC  145

seq1  TGCCATACAACATGCAGAGTGGTCAGCTGATCTTGCCCTCTGGCCAAGCC  194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCATACAACATGCAGAGTGGTCAGCTGATCTTGCCCTCTGGCCAAGCC  195

seq1  CAAGAGTTAGTACTGGTAACTGCTGGAATTGCTCTGCATTCTCTGCCCTG  244
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  C-AGAGTTAGTACTGGTAACTGCTGGAATTGCTCTGCATTCTCTG-CCTG  243

seq1  CCTGCCATCCAAGGTATAAAGCTATTGGATATCTCCTAATCACATCTTTC  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCCATCCAAGGTATAAAGCTATTGGATATCTCCTAATCACATCTTTC  293

seq1  ATTTTTCTCTGCTGAGCCATTTGTCCCCTACTCATTCCCAGCCTCAATGG  344
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  A-TTTTCTCTGCTGAGCCATTTGTCCCCTACTCATTCCCAGCCTCAATGG  342

seq1  TTGTTTTCTATTTCCGTATTCATTCCTCACTTCAACTCCAAGCTCAAAGT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTTCTATTTCCGTATTCATTCCTCACTTCAACTCCAAGCTCAAAGT  392

seq1  GTTCCACTATACAACTTCTCAGCACTCATTAGGAATGGATGGCTCTTTAG  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCACTATACAACTTCTCAGCACTCATTAGGAATGGATGGCTCTTTAG  442

seq1  GTAAACGACTTAGCTTCTTCTATGTGAGCGAATATAGTTCCAAATTAGTG  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAACGACTTAGCTTCTTCTATGTGAGCGAATATAGTTCCAAATTAGTG  492

seq1  AACAGAGCGAGGTAAGAGGAAGGAGGGCTAAATGACAAACTTACTTGACT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGAGCGAGGTAAGAGGAAGGAGGGCTAAATGACAAACTTACTTGACT  542

seq1  ATGTAGTTGCACAAGTAGGTTTGCAGAGGACAATCTTTGCAACTGTGTAC  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAGTTGCACAAGTAGGTTTGCAGAGGACAATCTTTGCAACTGTGTAC  592

seq1  AATAATGCATTTGACTGTGATGAAGAGACCTTTTTCCTATGGTTAGTATA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATGCATTTGACTGTGATGAAGAGACCTTTTTCCTATGGTTAGTATA  642

seq1  ATTGTATGGTTAGTATAATAACAGATACAAGAGAAGGCAAGATCCCAACA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTATGGTTAGTATAATAACAGATACAAGAGAAGGCAAGATCCCAACA  692

seq1  TAGTCCTTGGCAAATTCATCCTTGAGTCCCTCTAGAGCTAAAGAATAATT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCCTTGGCAAATTCATCCTTGAGTCCCTCTAGAGCTAAAGAATAATT  742

seq1  ATCTGAAACCCAGGTCTTCCTCCCATTCTTTTCTGTATTTCCTTAAGCCA  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGAAACCCAGGTCTTCCTCCCATTCTTTTCTGTATTTCCTTAAGCCA  792

seq1  GACTCTCCCAAATAATGACAAGTAACCACAGTAGTTAAAAGCTACAAAGA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCTCCCAAATAATGACAAGTAACCACAGTAGTTAAAAGCTACAAAGA  842

seq1  GTCATCAAATTTTATGGGTAAGGGAACGGGAACCAAAGATCAAGGGTTCA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATCAAATTTTATGGGTAAGGGAACGGGAACCAAAGATCAAGGGTTCA  892

seq1  ATACAGGAAAAGTAAGTATAGAACTCTTACCACTCAAGTTCTGCTCTGAT  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAGGAAAAGTAAGTATAGAACTCTTACCACTCAAGTTCTGCTCTGAT  942

seq1  GCATTTTCAATATCTCTCTTCACTAATATCCCACGTGAAAAATTGGATGA  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTTTCAATATCTCTCTTCACTAATATCCCACGTGAAAAATTGGATGA  992

seq1  CATCAAGTGTTCTGTCACTGTTTTGAGGAAAGGCTGGTCATGAGTTTTTC  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAAGTGTTCTGTCACTGTTTTGAGGAAAGGCTGGTCATGAGTTTTTC  1042

seq1  ATCTATTTCAACAGGTGTCCTGTCCTAACTTCTTAGTTCTTTTATAAAAA  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTATTTCAACAGGTGTCCTGTCCTAACTTCTTAGTTCTTTTATAAAAA  1092

seq1  TCTCATTATAACCACCCAGTTTCTCTGCTTTTGTATACAAATATTTTAAT  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCATTATAACCACCCAGTTTCTCTGCTTTTGTATACAAATATTTTAAT  1142

seq1  AATTTTAAATTATATTCATTACTTTATGTGTGTGTGAATTC  1185
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTAAATTATATTCATTACTTTATGTGTGTGTGAATTC  1183

seq1: chrX_163575927_163577048
seq2: B6Ng01-310G19.g_67_1180

seq1  GAATTCTGTACTGAAGGATGTAATACAGGTTGACTGTAATCCTCCAGCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTACTGAAGGATGTAATACAGGTTGACTGTAATCCTCCAGCTT  50

seq1  GGCACAGCAGGTCCAACTCTTCAAAAAAAAAAAAAAACTAATATTGTTGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACAGCAGGTCCAACTCTTCAAAAAAAAAAAAAAACTAATATTGTTGG  100

seq1  ATTTATTTGGAAGACTTACCAATCACATCAAAGTCATAGTTGTGAACACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATTTGGAAGACTTACCAATCACATCAAAGTCATAGTTGTGAACACA  150

seq1  AGAACACAAGTGGCAAAGACAGAGAAGTCCAAGAATATAGCTTTGGCCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACACAAGTGGCAAAGACAGAGAAGTCCAAGAATATAGCTTTGGCCTC  200

seq1  AGAGTTGGGCAATAGTAGCTAACTACCATAATTTAAAGACAGCGTGGGTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTTGGGCAATAGTAGCTAACTACCATAATTTAAAGACAGCGTGGGTC  250

seq1  AGGTTGAGGATGTAGCTAAGTTGGTAAAGTATTTGCTTAGTATGCAGGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTGAGGATGTAGCTAAGTTGGTAAAGTATTTGCTTAGTATGCAGGAA  300

seq1  ATTTTGAGTTTGATCCCCTGCGTCACATAAAACTCGGCATGGTGATGAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGAGTTTGATCCCCTGCGTCACATAAAACTCGGCATGGTGATGAGT  350

seq1  TCTGTAATCCTAGCACTTTGGACTTAGAAGCAGGAGAATCAGAAATTTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTAATCCTAGCACTTTGGACTTAGAAGCAGGAGAATCAGAAATTTAA  400

seq1  GTCCAGCCTCCACTAAATAGACTGTTCAAGACCAGTTTAGGCTGCATGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAGCCTCCACTAAATAGACTGTTCAAGACCAGTTTAGGCTGCATGAG  450

seq1  AATCTGTCTCAAATAAACAGAAAAAAGCAGAGGTGGGTAGGTGGACTCGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTGTCTCAAATAAACAGAAAAAAGCAGAGGTGGGTAGGTGGACTCGG  500

seq1  AGAGAGCTTGGTGATTAAGAGTATATATTGCTCTTGCAAAGGGGCTGGGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGCTTGGTGATTAAGAGTATATATTGCTCTTGCAAAGGGGCTGGGT  550

seq1  TCTCTTCCTAGTACTCATATTAGGTAGTTCGTAATTGCCTATAACTGAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTCCTAGTACTCATATTAGGTAGTTCGTAATTGCCTATAACTGAAG  600

seq1  TTCTGGAGGATCCATGAACTCATTGGACACCTACATGAACTTATAGGCAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGAGGATCCATGAACTCATTGGACACCTACATGAACTTATAGGCAC  650

seq1  AGACACATACACATTCACATATACATATACATATACATACACATAAATAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACACATACACATTCACATATACATATACATATACATACACATAAATAC  700

seq1  AATAAGAAAAAATAAAGAAGAAATTAAAGAAGAACAGAGTGTGGGCTATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAGAAAAAATAAAGAAGAAATTAAAGAAGAACAGAGTGTGGGCTATG  750

seq1  TCTAATAATAAGCAGGAGTAAGGTGTGTAAGGCAGATTACAGTACCCTAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAATAATAAGCAGGAGTAAGGTGTGTAAGGCAGATTACAGTACCCTAA  800

seq1  GAAGCACCTTTTCATTTTCTAACGGGATAAATGAGAAGAATGTTGATATC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCACCTTTTCATTTTCTAACGGGATAAATGAGAAGAATGTTGATATC  850

seq1  ACAACATAAAAAACATGAACTGAGAAATCAGGATAGACCTATTACCTATC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACATAAAAAACATGAACTGAGAAATCAGGATAGACCTATTACCTATC  900

seq1  CGTTTACCAAACTGCTGTTCCACCATGCTTGTGTGTATGTAGCCAGTTAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTTACCAAACTGCTGTTCCACCATGCTTGTGTGTATGTAGCCAGTTAC  950

seq1  GACTTTAAAAATGTTCTGGTGTTACAAATCTTTCCTAATTTCTCCATAAT  1000
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTTAAAAATGTTCTGGTG-TACAAATCTTTCCTAATTTCTCCATAAT  999

seq1  GACTTACTTAGGCCAAGAAAGTCAAAATTGGGAGTACTTAATTGAATTTT  1050
      |||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GACTTACTTAG--CCAGAAAGTCAAAATTGGGAGTACTTAATTG-ATTTT  1046

seq1  CAGCATGAATCTCAATAGTATAACAACAACAACAAAATAACA-GCAGCAG  1099
      ||||||| ||||||||||||||   |||||||| |||||||| |||||||
seq2  CAGCATG-ATCTCAATAGTATA--CACAACAAC-AAATAACAGGCAGCAG  1092

seq1  GGAGCGGCGAGAAGAAAGCAGTG  1122
      |||||||| | ||| ||||||||
seq2  GGAGCGGCCAAAAG-AAGCAGTG  1114