BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-324D22
ChromosomeX (Build37)
Map Location 27,802,239 - 27,933,020
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC664917, LOC100039324
Upstream geneLOC100042175, LOC100039194, LOC100039208, EG664877, LOC664881, LOC100039240, LOC100039248, LOC100039073, EG664890, LOC664898, LOC22526, EG664906
Downstream geneLOC100039334, LOC100039096, EG664923, LOC100039364, LOC100039377, LOC100039386, LOC100039127, EG664944, LOC100039423, LOC100039145, LOC664951, LOC100042071, LOC664958, LOC664964
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-324D22.bB6Ng01-324D22.g
ACCGA112610GA112611
length1,0051,205
definitionB6Ng01-324D22.b B6Ng01-324D22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(27,802,239 - 27,802,771)(27,931,830 - 27,933,020)
sequence
gaattccaaatgtttgcgcactcatgacaagcttggcagctgtacagcag
gtactttattgttaatgacgtagtcataagccaggtatctcggccctgag
aacaaaaaattattaatctgagtcaagctctcagataggaaaatggaaac
accattaccatatagatggactttgctatgatttttactactctgtccac
tgcatgtatgtatgaacgataaaggcggcatcttaccactacaagacagg
atattaaaaacaaagagaatttattgaactttctagaagctatttgactt
ttcctatgaactgtggtcctccactgccaggttgctgacctggctcccca
acaaacacccctaacatctatttatattatattctgatgacataacccaa
cctggtgccgcctgagactccattgtaaagaaaaaatatacagctcacat
ccacaggttgatggaggacatcagaggcaaagatcattctcacacaaaca
actggcaagattgttggtaattgatcttcaccaggcatctggggtccatg
caactttctgagttactcagattaaagtacatttcacttaaactggacat
cctggttcaagattatgccaggtttgtattcaaattaatctaaaacaggg
agcccttacctaggaagggttcgaaatatgaaataaacacctcagcaact
ttagggaaactgacttcagcaagcttcagcctgccaggggatggaaaact
ttacttgctaggtttgcaggtacctttttgttgaggccggccaacagctc
acatgtatgggttcagcaatgcctctacaagaattatgccaattgtcaca
acaaaatttgtgactcttaggctatattgggagctagaggtcatcctcct
catctttattgtctctatggcctgatgaatcagaccaaaagccataatat
gtactggaatgcttttagaatgaaaattagtagctgccatctgcacactc
ttggg
gaattcagcagtttctccagaagcagtacagatcatagtcatcaccatta
tctccatcagaaatattaaaaatagactctatcttgttactggtgacagc
atccagctggtatgaccatgactgaaacctcttatctagtgacagaatga
aaatggacataaaaatgtttataaatggcagaacacttatcatgaatgtg
gcagaattatacataattgacatcagtaattattctaatgcagtacaaga
ctgtcatattaatgtggtcccataatgcagcagggatcactgacatgatt
gctgctaaaggcctaaagtatcatggccatacattgtctgttgccagtat
atatgtgacctcaacaaaacatatatcagaacatttaactcaacatgacc
tgagggaacagtactgactgtgaagttcactgtaaattctgatggtttct
gggatccttgacattaacaatatcttcagaagcaacatgaaatgtgggtt
tcaatatggctactgatggcagcatggataattgtgattgtcataatttc
tggagacactttggagagtcaggttataatgagaaagattaatgtagaag
gaatagggaagaaggtaagataaactaaggatatctgcaaaagtcataat
aaatctcactactaacttcataaaaacctatacctcacataagctataag
tgaatgagcatgtacagtttaattagaactttacagtttcaatttactta
ttaaaccaatgtatgcaattgtttatgtatcttttatttcaaattatata
acatttttctatttatatatatttttgctcaaataataaaattaggttca
tattactgctaaatattacccaaatatgcatgatgggtttttatgtgggg
gatttattgatactgtatacatatagctaaaaatataacaataggttctc
cctatgtcctatcacaccctgagctatttgctttttggtcaattttggca
ttaatggagcacggttcctctctggtgtagtggagcctttgaaatctaat
agaagctcattttctattggacttaaaggtcaacttatttcttattctag
gtcaagggggggttccggatccactcctggttttatcaatctcaattcct
ccattcgtgtaaggagtaaatgtctccttcatatgtaaatccgtgtgttc
tttct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_27802239_27802771
seq2: B6Ng01-324D22.b_45_577

seq1  GAATTCCAAATGTTTGCGCACTCATGACAAGCTTGGCAGCTGTACAGCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAATGTTTGCGCACTCATGACAAGCTTGGCAGCTGTACAGCAG  50

seq1  GTACTTTATTGTTAATGACGTAGTCATAAGCCAGGTATCTCGGCCCTGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTTTATTGTTAATGACGTAGTCATAAGCCAGGTATCTCGGCCCTGAG  100

seq1  AACAAAAAATTATTAATCTGAGTCAAGCTCTCAGATAGGAAAATGGAAAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAAAATTATTAATCTGAGTCAAGCTCTCAGATAGGAAAATGGAAAC  150

seq1  ACCATTACCATATAGATGGACTTTGCTATGATTTTTACTACTCTGTCCAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATTACCATATAGATGGACTTTGCTATGATTTTTACTACTCTGTCCAC  200

seq1  TGCATGTATGTATGAACGATAAAGGCGGCATCTTACCACTACAAGACAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATGTATGTATGAACGATAAAGGCGGCATCTTACCACTACAAGACAGG  250

seq1  ATATTAAAAACAAAGAGAATTTATTGAACTTTCTAGAAGCTATTTGACTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTAAAAACAAAGAGAATTTATTGAACTTTCTAGAAGCTATTTGACTT  300

seq1  TTCCTATGAACTGTGGTCCTCCACTGCCAGGTTGCTGACCTGGCTCCCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTATGAACTGTGGTCCTCCACTGCCAGGTTGCTGACCTGGCTCCCCA  350

seq1  ACAAACACCCCTAACATCTATTTATATTATATTCTGATGACATAACCCAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACACCCCTAACATCTATTTATATTATATTCTGATGACATAACCCAA  400

seq1  CCTGGTGCCGCCTGAGACTCCATTGTAAAGAAAAAATATACAGCTCACAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGTGCCGCCTGAGACTCCATTGTAAAGAAAAAATATACAGCTCACAT  450

seq1  CCACAGGTTGATGGAGGACATCAGAGGCAAAGATCATTCTCACACAAACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAGGTTGATGGAGGACATCAGAGGCAAAGATCATTCTCACACAAACA  500

seq1  ACTGGCAAGATTGTTGGTAATTGATCTTCACCA  533
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGCAAGATTGTTGGTAATTGATCTTCACCA  533

seq1: chrX_27931830_27933020
seq2: B6Ng01-324D22.g_68_1272 (reverse)

seq1  AGAAAGAACAGA-----TAAAATATGAAGGAGACATTTACTCC-TACAGG  44
      |||||||||| |     | | |||||||||||||||||||||| |||| |
seq2  AGAAAGAACACACGGATTTACATATGAAGGAGACATTTACTCCTTACACG  50

seq1  GATATGGAAGGAATAGA-ATGGATAAAACAGGGAGTGGATCCTAAA--CA  91
       ||   | |||||| || || ||||||||  |||||||||||  ||  | 
seq2  AAT---GGAGGAATTGAGATTGATAAAACCAGGAGTGGATCCGGAACCCC  97

seq1  CCCTTGACCTTAGAATAAGAAAATTAAG-TGAC--TTTAGT-CAATAGAT  137
      ||||||||| ||||||||||||  |||| ||||  || ||| ||||||| 
seq2  CCCTTGACC-TAGAATAAGAAA--TAAGTTGACCTTTAAGTCCAATAGAA  144

seq1  ATTGGGCTTCTTATTAGATT--CAAGGCT-CACTACACAGGAGAGGAACC  184
      | || ||||| |||||||||   |||||| ||||||||  ||||||||||
seq2  AATGAGCTTC-TATTAGATTTCAAAGGCTCCACTACACCAGAGAGGAACC  193

seq1  GTGCT-CATTAATG-CAAAATTGACCAAAAAGC-AATAGCTCAGGGTGTG  231
      ||||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GTGCTCCATTAATGCCAAAATTGACCAAAAAGCAAATAGCTCAGGGTGTG  243

seq1  ATAGGACATAGGGGAGAACCTATTGTTATTATTTTTAGCTATATGTATAC  281
      |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGACATA-GGGAGAACCTATTGTTA-TATTTTTAGCTATATGTATAC  291

seq1  AGTATCAATAAAT-CCCCACATAAAAA-CCATCATGCATATTTGGGTAAT  329
      ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATCAATAAATCCCCCACATAAAAACCCATCATGCATATTTGGGTAAT  341

seq1  ATTTAGCAGTAATATGAACCTAATTTTATTATTTGAGC-AAAATATATAT  378
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  ATTTAGCAGTAATATGAACCTAATTTTATTATTTGAGCAAAAATATATAT  391

seq1  AAATAG-AAAATGTTATATAATTTGAAATAAAAGATACATAAACAATTGC  427
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAGAAAAATGTTATATAATTTGAAATAAAAGATACATAAACAATTGC  441

seq1  ATACATTGGTTTAATAAGTAAATTGAAACTGTAAAGTTCTAATTAAACTG  477
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATTGGTTTAATAAGTAAATTGAAACTGTAAAGTTCTAATTAAACTG  491

seq1  TACATGCTCATTCACTTATAGCTTATGTGAGGTATAGGTTTTTATGAAGT  527
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGCTCATTCACTTATAGCTTATGTGAGGTATAGGTTTTTATGAAGT  541

seq1  TAGTAGTGAGATTTATTATGACTTTTGCAGATATCCTTAGTTTATCTTAC  577
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTAGTGAGATTTATTATGACTTTTGCAGATATCCTTAGTTTATCTTAC  591

seq1  CTTCTTCCCTATTCCTTCTACATTAATCTTTCTCATTATAACCTGACTCT  627
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTCCCTATTCCTTCTACATTAATCTTTCTCATTATAACCTGACTCT  641

seq1  CCAAAGTGTCTCCAGAAATTATGACAATCACAATTATCCATGCTGCCATC  677
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAGTGTCTCCAGAAATTATGACAATCACAATTATCCATGCTGCCATC  691

seq1  AGTAGCCATATTGAAACCCACATTTCATGTTGCTTCTGAAGATATTGTTA  727
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGCCATATTGAAACCCACATTTCATGTTGCTTCTGAAGATATTGTTA  741

seq1  ATGTCAAGGATCCCAGAAACCATCAGAATTTACAGTGAACTTCACAGTCA  777
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCAAGGATCCCAGAAACCATCAGAATTTACAGTGAACTTCACAGTCA  791

seq1  GTACTGTTCCCTCAGGTCATGTTGAGTTAAATGTTCTGATATATGTTTTG  827
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTGTTCCCTCAGGTCATGTTGAGTTAAATGTTCTGATATATGTTTTG  841

seq1  TTGAGGTCACATATATACTGGCAACAGACAATGTATGGCCATGATACTTT  877
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGGTCACATATATACTGGCAACAGACAATGTATGGCCATGATACTTT  891

seq1  AGGCCTTTAGCAGCAATCATGTCAGTGATCCCTGCTGCATTATGGGACCA  927
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCTTTAGCAGCAATCATGTCAGTGATCCCTGCTGCATTATGGGACCA  941

seq1  CATTAATATGACAGTCTTGTACTGCATTAGAATAATTACTGATGTCAATT  977
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAATATGACAGTCTTGTACTGCATTAGAATAATTACTGATGTCAATT  991

seq1  ATGTATAATTCTGCCACATTCATGATAAGTGTTCTGCCATTTATAAACAT  1027
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATAATTCTGCCACATTCATGATAAGTGTTCTGCCATTTATAAACAT  1041

seq1  TTTTATGTCCATTTTCATTCTGTCACTAGATAAGAGGTTTCAGTCATGGT  1077
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATGTCCATTTTCATTCTGTCACTAGATAAGAGGTTTCAGTCATGGT  1091

seq1  CATACCAGCTGGATGCTGTCACCAGTAACAAGATAGAGTCTATTTTTAAT  1127
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACCAGCTGGATGCTGTCACCAGTAACAAGATAGAGTCTATTTTTAAT  1141

seq1  ATTTCTGATGGAGATAATGGTGATGACTATGATCTGTACTGCTTCTGGAG  1177
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTGATGGAGATAATGGTGATGACTATGATCTGTACTGCTTCTGGAG  1191

seq1  AAACTGCTGAATTC  1191
      ||||||||||||||
seq2  AAACTGCTGAATTC  1205