BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-337K23
ChromosomeX (Build37)
Map Location 9,129,617 - 9,211,268
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG333452
Upstream geneSsxb6, Ssxb3, EG627853, EG627857, LOC668977, LOC631002, Ssx9, Ssxb5, LOC625480, EG436188, B630019K06Rik, LOC100009698, LOC436189, LOC673817, LOC331380, EG434726, LOC100043940, EG434727, LOC436190, LOC100042782, EG668980, Fthl17, LOC100043942, EG434728, LOC100043943, LOC385316, EG434729, LOC100043944, LOC628008, 4930402K13Rik, EG436193, Lancl3, Xk, 1700012L04Rik, EG628040, LOC100042834, LOC100042839, Rp23-423l11.5, Cybb
Downstream geneLOC100042867, Dynlt3, 1700054O13Rik, 4930557A04Rik, Sytl5, LOC436194, Srpx, Rpgr, Otc, 4933416E14Rik, Tspan7
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-337K23.bB6Ng01-337K23.g
ACCGA122234GA122235
length1,130632
definitionB6Ng01-337K23.b B6Ng01-337K23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(9,210,148 - 9,211,268)(9,129,617 - 9,130,247)
sequence
gaattctcagtcctaccttcattgtgtgcagctgctgtacagtctaagta
ctgtaatgcccagttcatcctagctgaagagtgtgctgcaggtcaattga
agaattctaaggcccagtccatctgagctgcagtgtgtgctacatgtcaa
tctaatgaatggttttcccagtctatctgagctgcaatgtgtggtgcaga
ttcatctaaggactgtaaggctcagtccttcctagctgcagtgtgtgttt
cgagtcagtctaagaatggtaaggcccagtccatcctagctgcagagtgt
gctgcaggtaaatctaggacagaagactcagtacggtctagctacttgta
ttgcaggtcagtctaacgactgtaatgcccaaacaaccttagctgcagtg
agtgctgcaggtcagtataaggaatctaggcccattccatcctaggtgta
gagtgtgctgcaggtcactctaaggactgtaatgcccagtccatcctagc
tgcacttcatgcagtatatctgtctaagaaatgaaggctcattctatcct
aggtgcaaagagggttgcaggtcagtctaagggctgtaaggcccagtcca
tcctatcttcagagtgtgctgcaggtcagactgaggactgtaaatcccag
cccatactagttgaagagtgtgcttcaagttggttgactctaaagccaag
tcattctgagctgcagtgtgtgctgcaggtcagtctaaggactgtaacgc
ccagaatatcctaactgcagtgtgtgctacatgtcactctaatgacaggt
aggcccaattcacctagctgcagtttgtactgtaggtcagtctaaagtct
gtaagacccagtccatctgagactcagagtgttctgtaggtaagtgtaag
gtctgtaagtctccagtccattctgagctgcagtgtgtgctgcagacact
ctaggaatgtagtccctagtccaccctaggtgcagtgtttgcttcaagtc
agttctagacctgttagcccaagtcccattctggagcttgttagtgtgtg
gctgcctgtcagtctagggagtataaggaaccaatcaattctagctatct
gactgtctgggaagactgtctaaaggactg
gaattcaccttcaaagaaaaacattatatatatgtgtgtgtatatatata
tgtatgtatatatgtatatatacatgtatatacatacatatacacacata
cactcattattaagcaagggatattacatatataaggggaccatataatg
acttttctatttttgtggtacaacatcaacctacagaagagttattttac
cttacagttccagagggggaaaagttcttcagggatgaaggactgtagga
gccagaggagtcgaggacaccaggattacacagcctagagaatcaagtaa
gcagggctcatgggaactcacagagactgaagcaacaagcacaggccctg
tatgggtcagaactaggtcctctgcatataacttatggtgttcttgtggg
attccaaacaatggaaatggggttgtctctgactcttttgcctgagcttg
ggacactcttcctcctactgagttgccttgtccagtcttgatatgaggga
ctgtgcctggtcttactgtatattgtttggccatgttcagttgatatcaa
ttgggaggcctgtactttctgaagggaaacacaggaggaatggatctggg
agagaggagagtgggagactttggggagtgga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_9210148_9211268
seq2: B6Ng01-337K23.b_51_1180 (reverse)

seq1  CAGTCC-TTAGACTGTCCTCCCAGACACTCAG-TAGCTAGAATGGA-TGG  47
      |||||| |||||| ||| ||||||||| |||| |||||||||| || |||
seq2  CAGTCCTTTAGACAGTCTTCCCAGACAGTCAGATAGCTAGAATTGATTGG  50

seq1  TGCCTTATACTCCCTAGACTGACCAGCAG-CACACACTA--CAGCT-CAG  93
      | |||||||||||||||||||||  |||| |||||||||   |||| |||
seq2  TTCCTTATACTCCCTAGACTGACAGGCAGCCACACACTAACAAGCTCCAG  100

seq1  A--TGGAC-TGGGCTTACAGGTCTTAGACTGACTTGAAGCAAACACTGCA  140
      |   |||| |||||| ||||||||   |||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGGACTTGGGCTAACAGGTCTAGAACTGACTTGAAGCAAACACTGCA  150

seq1  CCTAGGGTGGACT-GGGACTTACATTCCTTAGAGTGTCCTGCAGCACACA  189
      ||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||
seq2  CCTAGGGTGGACTAGGGAC-TACATTCC-TAGAGTGT-CTGCAGCACACA  197

seq1  CTGCAGCTCAG-ATGGACTGG-GACTTACAGACCTTACACTTACCTACAG  237
      ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAGCTCAGAATGGACTGGAGACTTACAGACCTTACACTTACCTACAG  247

seq1  AACACTCTGAGTCTCAGATGGACTGGGTCTTACAGACTTTAGACTGACCT  287
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACTCTGAGTCTCAGATGGACTGGGTCTTACAGACTTTAGACTGACCT  297

seq1  ACAGTACAAACTGCAGCTAGGTTGAATTGGGCCTACCTGTCATTAGAGTG  337
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTACAAACTGCAGCTAGG-TGAATTGGGCCTACCTGTCATTAGAGTG  346

seq1  ACATGTAGCACACACTGCAGTTAGGATATTCTGGGCGTTACAGTCCTTAG  387
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGTAGCACACACTGCAGTTAGGATATTCTGGGCGTTACAGTCCTTAG  396

seq1  ACTGACCTGCAGCACACACTGCAGCTCAGAATGACTTGGCTTTAGAGTCA  437
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGACCTGCAGCACACACTGCAGCTCAGAATGACTTGGCTTTAGAGTCA  446

seq1  ACCAACTTGAAGCACACTCTTCAACTAGTATGGGCTGGGATTTACAGTCC  487
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAACTTGAAGCACACTCTTCAACTAGTATGGGCTGGGATTTACAGTCC  496

seq1  TCAGTCTGACCTGCAGCACACTCTGAAGATAGGATGGACTGGGCCTTACA  537
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTCTGACCTGCAGCACACTCTGAAGATAGGATGGACTGGGCCTTACA  546

seq1  GCCCTTAGACTGACCTGCAACCCTCTTTGCACCTAGGATAGAATGAGCCT  587
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTTAGACTGACCTGCAACCCTCTTTGCACCTAGGATAGAATGAGCCT  596

seq1  TCATTTCTTAGACAGATATACTGCATGAAGTGCAGCTAGGATGGACTGGG  637
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTCTTAGACAGATATACTGCATGAAGTGCAGCTAGGATGGACTGGG  646

seq1  CATTACAGTCCTTAGAGTGACCTGCAGCACACTCTACACCTAGGATGGAA  687
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTACAGTCCTTAGAGTGACCTGCAGCACACTCTACACCTAGGATGGAA  696

seq1  TGGGCCTAGATTCCTTATACTGACCTGCAGCACTCACTGCAGCTAAGGTT  737
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCCTAGATTCCTTATACTGACCTGCAGCACTCACTGCAGCTAAGGTT  746

seq1  GTTTGGGCATTACAGTCGTTAGACTGACCTGCAATACAAGTAGCTAGACC  787
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGGGCATTACAGTCGTTAGACTGACCTGCAATACAAGTAGCTAGACC  796

seq1  GTACTGAGTCTTCTGTCCTAGATTTACCTGCAGCACACTCTGCAGCTAGG  837
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTGAGTCTTCTGTCCTAGATTTACCTGCAGCACACTCTGCAGCTAGG  846

seq1  ATGGACTGGGCCTTACCATTCTTAGACTGACTCGAAACACACACTGCAGC  887
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGACTGGGCCTTACCATTCTTAGACTGACTCGAAACACACACTGCAGC  896

seq1  TAGGAAGGACTGAGCCTTACAGTCCTTAGATGAATCTGCACCACACATTG  937
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAAGGACTGAGCCTTACAGTCCTTAGATGAATCTGCACCACACATTG  946

seq1  CAGCTCAGATAGACTGGGAAAACCATTCATTAGATTGACATGTAGCACAC  987
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTCAGATAGACTGGGAAAACCATTCATTAGATTGACATGTAGCACAC  996

seq1  ACTGCAGCTCAGATGGACTGGGCCTTAGAATTCTTCAATTGACCTGCAGC  1037
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCAGCTCAGATGGACTGGGCCTTAGAATTCTTCAATTGACCTGCAGC  1046

seq1  ACACTCTTCAGCTAGGATGAACTGGGCATTACAGTACTTAGACTGTACAG  1087
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTCTTCAGCTAGGATGAACTGGGCATTACAGTACTTAGACTGTACAG  1096

seq1  CAGCTGCACACAATGAAGGTAGGACTGAGAATTC  1121
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTGCACACAATGAAGGTAGGACTGAGAATTC  1130

seq1: chrX_9129617_9130247
seq2: B6Ng01-337K23.g_63_694

seq1  GAATTCACCTTCAAAGAAAAACATTATATATATGTGTGTGTATATATATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACCTTCAAAGAAAAACATTATATATATGTGTGTGTATATATATA  50

seq1  TGTATGTATATATGTATATATACATGTATATACATACATATACACACATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGTATATATGTATATATACATGTATATACATACATATACACACATA  100

seq1  CACTCATTATTAAGCAAGGGATATTACATATATAAGGGGACCATATAATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCATTATTAAGCAAGGGATATTACATATATAAGGGGACCATATAATG  150

seq1  ACTTTTCTATTTTTGTGGTACAACATCAACCTACAGAAGAGTTATTTTAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTTCTATTTTTGTGGTACAACATCAACCTACAGAAGAGTTATTTTAC  200

seq1  CTTACAGTTCCAGAGGGGGAAAAGTTCTTCAGGGATGAAGGACTGTAGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACAGTTCCAGAGGGGGAAAAGTTCTTCAGGGATGAAGGACTGTAGGA  250

seq1  GCCAGAGGAGTCGAGGACACCAGGATTACACAGCCTAGAGAATCAAGTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGAGGAGTCGAGGACACCAGGATTACACAGCCTAGAGAATCAAGTAA  300

seq1  GCAGGGCTCATGGGAACTCACAGAGACTGAAGCAACAAGCACAGGCCCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGGCTCATGGGAACTCACAGAGACTGAAGCAACAAGCACAGGCCCTG  350

seq1  TATGGGTCAGAACTAGGTCCTCTGCATATAACTTATGGTGTTCTTGTGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGGTCAGAACTAGGTCCTCTGCATATAACTTATGGTGTTCTTGTGGG  400

seq1  ATTCCAAACAATGGAAATGGGGTTGTCTCTGACTCTTTTGCCTGAGCTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCAAACAATGGAAATGGGGTTGTCTCTGACTCTTTTGCCTGAGCTTG  450

seq1  GGACACTCTTCCTCCTACTGAGTTGCCTTGTCCAGTCTTGATATGAGGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACACTCTTCCTCCTACTGAGTTGCCTTGTCCAGTCTTGATATGAGGGA  500

seq1  CTGTGCCTGGTCTTACTGTATATTGTTTGGCCATGTTCAGTTGATATCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGCCTGGTCTTACTGTATATTGTTTGGCCATGTTCAGTTGATATCAA  550

seq1  TTGGGAGGCCTGTACTTTCTGAAGGGAAACACAGGAGGAATGGATCTGGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGAGGCCTGTACTTTCTGAAGGGAAACACAGGAGGAATGGATCTGGG  600

seq1  AGAGAGGAGAGTGGGAGAC-TTGGGGAGTGGA  631
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AGAGAGGAGAGTGGGAGACTTTGGGGAGTGGA  632