BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-343F24
ChromosomeX (Build37)
Map Location 22,101,867 - 22,212,145
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneSlc6a14, LOC100043180, LOC100043182, LOC100043956, EG436197, Ppia-psx_207.1, 1700023I07Rik
Downstream geneKlhl13, EG635719
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-343F24.bB6Ng01-343F24.g
ACCGA126169GA126170
length9911,019
definitionB6Ng01-343F24.b B6Ng01-343F24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(22,211,155 - 22,212,145)(22,101,867 - 22,102,872)
sequence
gaattccctctattgaagggtctctctagaatttagaacactgttactta
atcatttctagcatcattgcttagaatttaccccagaaatgaagttcaat
ttttttgctaatgcttaaaatgcatagatgtttaaaccctagaaaagtta
aaagtaacttgaggtgactgttactcattacaatgctctcaaatctgact
gaataaaagacattttttgtcacctaaattttaaaaatgacagagtacac
tgtattaaagtcataatgccatttactttcttatttgaggctgataggaa
gcttaagagaatcataaatttagctgttttatgtttcataaacattttta
attctttgactatttacatatattgtcatatatgtcaattattctgatgg
taatttcatagtaataactatgtaaaatgtaagtgctatttttccctttg
taggtgaagaaactgggaaggttcttgaatgattcaccagaatataaaag
acactttacttgctattgagggagtgggattaacattctacatgtcacaa
ttataagtatgtatgattctattgcttgcatgtatatctgtgcaccacct
gtgtagctggtacctggggaagccaaaggaggacatatgatcatctggaa
aaggagttactgatagtcatgaactgtaagtgctgggagtcaaacctggt
tcagtcatgctcttaaccagtaaactatgactctggctcatcaattttat
tttaatttaatactacgatgcaatcaataagacagccctttaaaatgcat
tccctttcacaagcattaaatgagtacagtccaatcagatagtgctgagc
ccaacatagagagctaggtgacatagaacatgccgggtaagggttgtgta
gagagtaccttgctctttcttttaaataccccaacatcaccttttaacct
ggaaatgaatctttcataaggcaataaccacaaatgtcatg

gaattctttgtttagttctgagccccattttttaatggggttatttgaat
ttctggagaccagtttcttgagttctttgtatatattggatattagtccc
atatcagatttgggatcggtaaaaatcctttcccaatctgttggtggcct
ttttttctcttattgacagtgtcttttgccttacagaagctttgcaattt
tatgaggtcccatttgtcaattcttgatcttacagcacaagccattgctg
ttctattcaggaatttttccccagtgcccgtatcttcaaggcttttcccc
actttctcctctatatatttcagtgtctctgggaaatgacctttttaaat
ttataaattcattaatccaaatgttgaatgtttgtgtgtgtatgtgtgtg
cacttacttctatgattcaaaaagtatatataaatattttgataaaacaa
aacctttgagagaaaggttaccatggttactataaaatgagcttacattt
ccaaattgtgtttgctctcatttaagaaccttactagagtatctgtgtga
agtgaaacatgtgaccactatatacatgcttcaaatcaaggacactattt
gaagatcgttgatgtcaatattaaatgaaaaaaatattattcattttgtt
ctagttgccatatgttttattcaatattaaagaggattgtaaatttgatg
gatgtgggctgacacttgccaccaagcatgataacttgagtttgtcccct
agatcccagattatggaaagagaaaataaaatctgacaaattttatctgg
cctccacacatgtgataccttctgccctacccaccacaaataaaaatact
tttattaattattccaagtattttttagatttatttatttagattttaaa
ttacgtgtaggactattttgactgtgtgacatgtgtgcatagcgcctcat
ggtggccagacgaaagcaacagattttgtgggactgtagttagaaaatgg
cccattaagacccatggtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_22211155_22212145
seq2: B6Ng01-343F24.b_48_1038 (reverse)

seq1  CATGACATTTGTGGTTATTGCCTTATTGAAAGATTCATTTCCAGGTTAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGACATTTGTGGTTATTGCCTTA-TGAAAGATTCATTTCCAGGTTAAA  49

seq1  AGGTGATGTTGGGGTTATTTTAAAAGAAAGAGCAAGGTACTCTCTACACA  100
      |||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGATGTTGGGGT--ATTTAAAAGAAAGAGCAAGGTACTCTCTACACA  97

seq1  ACCC-TACCCGGCATGTTCTATGTCACCTAGCTCTCTATGTTGGGCTCAG  149
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTTACCCGGCATGTTCTATGTCACCTAGCTCTCTATGTTGGGCTCAG  147

seq1  CACTATCTGATTGGACTGTACTCA-TTAATGCTTGTG-AAGGGAATGCAT  197
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||
seq2  CACTATCTGATTGGACTGTACTCATTTAATGCTTGTGAAAGGGAATGCAT  197

seq1  TTTAAAGGGCTGTCTTATTGATTGCATCGTAGTATTAAATTAAAATAAAA  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAGGGCTGTCTTATTGATTGCATCGTAGTATTAAATTAAAATAAAA  247

seq1  TTGATGAGCCAGAGTCATAGTTTACTGGTTAAGAGCATGACTGAACCAGG  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATGAGCCAGAGTCATAGTTTACTGGTTAAGAGCATGACTGAACCAGG  297

seq1  TTTGACTCCCAGCACTTACAGTTCATGACTATCAGTAACTCCTTTTCCAG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGACTCCCAGCACTTACAGTTCATGACTATCAGTAACTCCTTTTCCAG  347

seq1  ATGATCATATGTCCTCCTTTGGCTTCCCCAGGTACCAGCTACACAGGTGG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATCATATGTCCTCCTTTGGCTTCCCCAGGTACCAGCTACACAGGTGG  397

seq1  TGCACAGATATACATGCAAGCAATAGAATCATACATACTTATAATTGTGA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACAGATATACATGCAAGCAATAGAATCATACATACTTATAATTGTGA  447

seq1  CATGTAGAATGTTAATCCCACTCCCTCAATAGCAAGTAAAGTGTCTTTTA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTAGAATGTTAATCCCACTCCCTCAATAGCAAGTAAAGTGTCTTTTA  497

seq1  TATTCTGGTGAATCATTCAAGAACCTTCCCAGTTTCTTCACCTACAAAGG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCTGGTGAATCATTCAAGAACCTTCCCAGTTTCTTCACCTACAAAGG  547

seq1  GAAAAATAGCACTTACATTTTACATAGTTATTACTATGAAATTACCATCA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAATAGCACTTACATTTTACATAGTTATTACTATGAAATTACCATCA  597

seq1  GAATAATTGACATATATGACAATATATGTAAATAGTCAAAGAATTAAAAA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAATTGACATATATGACAATATATGTAAATAGTCAAAGAATTAAAAA  647

seq1  TGTTTATGAAACATAAAACAGCTAAATTTATGATTCTCTTAAGCTTCCTA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTATGAAACATAAAACAGCTAAATTTATGATTCTCTTAAGCTTCCTA  697

seq1  TCAGCCTCAAATAAGAAAGTAAATGGCATTATGACTTTAATACAGTGTAC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCCTCAAATAAGAAAGTAAATGGCATTATGACTTTAATACAGTGTAC  747

seq1  TCTGTCATTTTTAAAATTTAGGTGACAAAAAATGTCTTTTATTCAGTCAG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCATTTTTAAAATTTAGGTGACAAAAAATGTCTTTTATTCAGTCAG  797

seq1  ATTTGAGAGCATTGTAATGAGTAACAGTCACCTCAAGTTACTTTTAACTT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGAGAGCATTGTAATGAGTAACAGTCACCTCAAGTTACTTTTAACTT  847

seq1  TTCTAGGGTTTAAACATCTATGCATTTTAAGCATTAGCAAAAAAATTGAA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAGGGTTTAAACATCTATGCATTTTAAGCATTAGCAAAAAAATTGAA  897

seq1  CTTCATTTCTGGGGTAAATTCTAAGCAATGATGCTAGAAATGATTAAGTA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCATTTCTGGGGTAAATTCTAAGCAATGATGCTAGAAATGATTAAGTA  947

seq1  ACAGTGTTCTAAATTCTAGAGAGACCCTTCAATAGAGGGAATTC  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGTTCTAAATTCTAGAGAGACCCTTCAATAGAGGGAATTC  991


seq1: chrX_22101867_22102872
seq2: B6Ng01-343F24.g_68_1080

seq1  GAATTCTTTGTTTAGTTCTGAGCCCCATTTTTTAATGGGGTTATTTGAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTGTTTAGTTCTGAGCCCCATTTTTTAATGGGGTTATTTGAAT  50

seq1  TTCTGGAGACCAGTTTCTTGAGTTCTTTGTATATATTGGATATTAGTCCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGAGACCAGTTTCTTGAGTTCTTTGTATATATTGGATATTAGTCCC  100

seq1  ATATCAGATTTGGGATCGGTAAAAATCCTTTCCCAATCTGTTGGTGGCCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCAGATTTGGGATCGGTAAAAATCCTTTCCCAATCTGTTGGTGGCCT  150

seq1  TTTTTTCTCTTATTGACAGTGTCTTTTGCCTTACAGAAGCTTTGCAATTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTCTCTTATTGACAGTGTCTTTTGCCTTACAGAAGCTTTGCAATTT  200

seq1  TATGAGGTCCCATTTGTCAATTCTTGATCTTACAGCACAAGCCATTGCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAGGTCCCATTTGTCAATTCTTGATCTTACAGCACAAGCCATTGCTG  250

seq1  TTCTATTCAGGAATTTTTCCCCAGTGCCCGTATCTTCAAGGCTTTTCCCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATTCAGGAATTTTTCCCCAGTGCCCGTATCTTCAAGGCTTTTCCCC  300

seq1  ACTTTCTCCTCTATATATTTCAGTGTCTCTGGGAAATGACCTTTTTAAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTCTCCTCTATATATTTCAGTGTCTCTGGGAAATGACCTTTTTAAAT  350

seq1  TTATAAATTCATTAATCCAAATGTTGAATGTTTGTGTGTGTATGTGTGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAAATTCATTAATCCAAATGTTGAATGTTTGTGTGTGTATGTGTGTG  400

seq1  CACTTACTTCTATGATTCAAAAAGTATATATAAATATTTTGATAAAACAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTACTTCTATGATTCAAAAAGTATATATAAATATTTTGATAAAACAA  450

seq1  AACCTTTGAGAGAAAGGTTACCATGGTTACTATAAAATGAGCTTACATTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTTTGAGAGAAAGGTTACCATGGTTACTATAAAATGAGCTTACATTT  500

seq1  CCAAATTGTGTTTGCTCTCATTTAAGAACCTTACTAGAGTATCTGTGTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAATTGTGTTTGCTCTCATTTAAGAACCTTACTAGAGTATCTGTGTGA  550

seq1  AGTGAAACATGTGACCACTATATACATGCTTCAAATCAAGGACACTATTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAAACATGTGACCACTATATACATGCTTCAAATCAAGGACACTATTT  600

seq1  GAAGATCGTTGATGTCAATATTAAATGAAAAAAATATTATTCATTTTGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGATCGTTGATGTCAATATTAAATGAAAAAAATATTATTCATTTTGTT  650

seq1  CTAGTTGCCATATGTTTTATTCAATATTAAAGAGGATTGTAAATTTGATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTTGCCATATGTTTTATTCAATATTAAAGAGGATTGTAAATTTGATG  700

seq1  GATGTGGGCTGACACTTGCCACCAAGCATGATAACTTGAGTTTGTCCCCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTGGGCTGACACTTGCCACCAAGCATGATAACTTGAGTTTGTCCCCT  750

seq1  AGATCCCAGATTATGGAAAGAGAAAATAAAATCTGACAAATTTTATCTGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCCCAGATTATGGAAAGAGAAAATAAAATCTGACAAATTTTATCTGG  800

seq1  CCTCCACACATGTGATACCTTCTGCCCTA-CCACCACAAATAAAAAATAC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
seq2  CCTCCACACATGTGATACCTTCTGCCCTACCCACCACAAAT-AAAAATAC  849

seq1  TTTTATTAATTATTCCAAGTA-TTTTTAGATTTATTTATTTAGATTTT-A  897
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TTTTATTAATTATTCCAAGTATTTTTTAGATTTATTTATTTAGATTTTAA  899

seq1  ATTACGTGTAGGACTA-TTTGACTGTGTGACATGTGTGCATAGCG-CTCA  945
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  ATTACGTGTAGGACTATTTTGACTGTGTGACATGTGTGCATAGCGCCTCA  949

seq1  TGGTGGCCAGACGAAAGCAACAGATTTTGTGGGACTGTAGTTAG-AAATG  994
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TGGTGGCCAGACGAAAGCAACAGATTTTGTGGGACTGTAGTTAGAAAATG  999

seq1  G-CCATT-AGACCC  1006
      | ||||| ||||||
seq2  GCCCATTAAGACCC  1013


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |