BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-349L06
ChromosomeX (Build37)
Map Location 25,002,721 - 25,094,396
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100038997
Upstream geneEG546272, LOC100043216, EG546282, LOC100040417, LOC100040428, LOC100040433, Xmr, LOC100038968, LOC100038977
Downstream geneLOC664810, EG382275, LOC100039030, LOC100039065, LOC100039078, LOC100039003, Slx
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-349L06.bB6Ng01-349L06.g
ACCGA130619GA130620
length1,2131,083
definitionB6Ng01-349L06.b B6Ng01-349L06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(25,093,252 - 25,094,396)(25,002,721 - 25,003,807)
sequence
gaattcagtgtgttctctagaaaaaacacagatcgtagacatcaccaagg
tttccataagcaataagaattgagttcattatgatttctggttgcagaat
acaacactgacctcaacatagcttcaggttgcaaatatgttcagtatcat
caaacatgtgtccagtagcagcacacagcgcttatatcattatgacctta
ggcaccagtactgacaatgaacttcacaacacattattcttgttgagtta
tcacagacatcacgacctcttcaaagacactgactgaggatttcaacatg
gttaccactggcagcatggatgagtgacatcaatttcccaatttccttgg
ccagtttccttagcatttggtatcactgataccaatttgttccaaagtgt
tattagtgatcactcactgcctggttgcctgtgtgagtaggaatctgaaa
tatgccatggtatcagttgccagggatatcaagagaatttcaaaggtaga
tatgaccatgtaaagaaactcccctagtggcgctttgaatcatgatatca
aaatgtttacaggtagaaggatacttgacataaatttgacagacgcattg
ataacagacatcaacaatgattccattggcagtaggagacaatgatatta
atgtggtcccataagacagaaggtatcactgccatggctgctggacgcct
gaagtatttgtaataagcaacagtgtccattgccacactatatgtgacct
ccacataatatatctcagaacatgtaattcaacatgatgtgacgcagcag
aatttatctaaaacttcacctaagactctgctagcctcagggatcattga
ccttaacaataatccaagaagcatcatggactgtgtgtttaaacatggct
acttgaggcagaatggatgattgatatcaccatattttttacaggaacta
tgtaatagtgatattaacatggtaaccagggacagcagggatccctggca
accaggttgcaaatggtagcatggacctaggcaatccatggggtgttgta
gacagttataatatcatgacatcacctcattcacaggcagaataaatcat
tgtcataattgctattagttgcagataattcactgatttcccatatttca
gtggccaggtagatctttgccatcctagcttcatatcatggcatgatcat
gttatcagtgaca
gaattccatcaaatctccaaactcacaagttatcaatgagtagtccactg
attcctatgtctttctgtggtgctttttaacaattggaaaagattgacaa
tccatgtgtaatctctatcaatcatggtctaatctctcagtaagaaaaat
gcatgagtggtatttggatactcagtctttatcccctactatctttttat
cttctatttttattttataccaaccccaattccccttctagcttttgcac
cagtcacaatgtattatgatgcaatcctcctaaggccaatgatactcagg
cttttatgtctccaggaacacactattttaactgtttggtcttttgttac
cttatctgcctaaaaattaataatcattatttcatatcaattggttctat
ttatacacactgtgcatatatgttatgtgattattattattaaaaaggca
taatttttatattttcaaaggactctgttggataaaggtgaagagtagat
tcccccagaaatgatcatgtatgacacagcagaaatatactgagacttca
aagtctccagctgtgccaaccaagttctcttttacacatagtctgtcttt
ctatgtttccataatattttcatattcttttttcattgatcctttttttt
cctttgttctgagatccagtgaagtcagaaaaatgttatttttcatcttt
tatttaaagagcatattattattattaccatttatcattgttttatttac
atctcaaatactgtcctgctcctgcacccccttgcacagttcttcacctt
attccctctcactttgcctctgagatgggtatcaccatgggcatccccct
tccctggtctgcaactctttacaggattaggcagaacctctcccactaag
gcagtcgaggcagtccactgctacatatatatttggtggcctaaacagac
ttatttgctcttgattggtgacctatcttttggagctccagatgttacac
tttaattgacactgttgtcttccatgttgccaacccttcagttttcattc
ctcaccccttaaatcttccataacatgtttctg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chrX_25093252_25094396
seq2: B6Ng01-349L06.b_129_1260 (reverse)

seq1  TGTCACTGAT-ACATGAATACATTGCATGATGATGA--CTATGTAATGTG  47
      |||||||||| ||||||   |||  |||||| ||||  ||| |  |||  
seq2  TGTCACTGATAACATGA--TCATGCCATGAT-ATGAAGCTAGG--ATGGC  45

seq1  CAAGATCCTTACTGCCACCTGAAATAATGTGGATATCAGTGATTTATCCT  97
       ||||| ||  ||| |  ||||||| ||| ||| |||||||| |||| ||
seq2  AAAGAT-CTACCTGGCCACTGAAAT-ATG-GGAAATCAGTGAATTAT-CT  91

seq1  GCAACTAAATAAGGCAATTATGACAATGATTTATTCTGCCCTGTGAATTG  147
      |||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||
seq2  GCAACT-AATA--GCAATTATGACAATGATTTATTCTG-CCTGTGAA-TG  136

seq1  AGGTTGATGTCATTGATA-TATAACTGTCTAC-ACACCCCATGGGATTGC  195
      ||| |||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||| 
seq2  AGG-TGATGTCA-TGATATTATAACTGTCTACAACACCCCAT-GGATTG-  182

seq1  CCTAGGTCCATGCTACCATTTGCAACCTGGTTGCCAGTGATCCCTGCTGT  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CCTAGGTCCATGCTACCATTTGCAACCTGGTTGCCAGGGATCCCTGCTGT  232

seq1  CCCTGGTTACCATGTTAATATCACTATTACATAGTTCCTGTAAAAAATAT  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGGTTACCATGTTAATATCACTATTACATAGTTCCTGTAAAAAATAT  282

seq1  GGTGATATCAATCATCCATTCTGCCTCAAGTAGCCATGTTTAAACACACA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGATATCAATCATCCATTCTGCCTCAAGTAGCCATGTTTAAACACACA  332

seq1  GTCCATGATGCTTCTTGGATTATTGTTAAGGTCAATGATCCCTGAGGCTA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCATGATGCTTCTTGGATTATTGTTAAGGTCAATGATCCCTGAGGCTA  382

seq1  GCAGAGTCTTAGGTGAAGTTTTAGATAAATTCTGCTGCGTCACATCATGT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGTCTTAGGTGAAGTTTTAGATAAATTCTGCTGCGTCACATCATGT  432

seq1  TGAATTACATGTTCTGAGATATATTATGTGGAGGTCACATATAGTGTGGC  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATTACATGTTCTGAGATATATTATGTGGAGGTCACATATAGTGTGGC  482

seq1  AATGGACACTGTTGCTTATTACAAATACTTCAGGCGTCCAGCAGCCATGG  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGACACTGTTGCTTATTACAAATACTTCAGGCGTCCAGCAGCCATGG  532

seq1  CAGTGATACCTTCTGTCTTATGGGACCACATTAATATCATTGTCTCCTAC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGATACCTTCTGTCTTATGGGACCACATTAATATCATTGTCTCCTAC  582

seq1  TGCCAATGGAATCATTGTTGATGTCTGTTATCAATGCGTCTGTCAAATTT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAATGGAATCATTGTTGATGTCTGTTATCAATGCGTCTGTCAAATTT  632

seq1  ATGTCAAGTATCCTTCTACCTGTAAACATTTTGATATCATGATTCAAAGC  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCAAGTATCCTTCTACCTGTAAACATTTTGATATCATGATTCAAAGC  682

seq1  GCCACTAGGGGAGTTTCTTTACATGGTCATATCTACCTTTGAAATTCTCT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACTAGGGGAGTTTCTTTACATGGTCATATCTACCTTTGAAATTCTCT  732

seq1  TGATATCCCTGGCAACTGATACCATGGCATATTTCAGATTCCTACTCACA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATATCCCTGGCAACTGATACCATGGCATATTTCAGATTCCTACTCACA  782

seq1  CAGGCAACCAGGCAGTGAGTGATCACTAATAACACTTTGGAACAAATTGG  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCAACCAGGCAGTGAGTGATCACTAATAACACTTTGGAACAAATTGG  832

seq1  TATCAGTGATACCAAATGCTAAGGAAACTGGCCAAGGAAATTGGGAAATT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAGTGATACCAAATGCTAAGGAAACTGGCCAAGGAAATTGGGAAATT  882

seq1  GATGTCACTCATCCATGCTGCCAGTGGTAACCATGTTGAAATCCTCAGTC  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTCACTCATCCATGCTGCCAGTGGTAACCATGTTGAAATCCTCAGTC  932

seq1  AGTGTCTTTGAAGAGGTCGTGATGTCTGTGATAACTCAACAAGAATAATG  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTCTTTGAAGAGGTCGTGATGTCTGTGATAACTCAACAAGAATAATG  982

seq1  TGTTGTGAAGTTCATTGTCAGTACTGGTGCCTAAGGTCATAATGATATAA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGTGAAGTTCATTGTCAGTACTGGTGCCTAAGGTCATAATGATATAA  1032

seq1  GCGCTGTGTGCTGCTACTGGACACATGTTTGATGATACTGAACATATTTG  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGCTGTGTGCTGCTACTGGACACATGTTTGATGATACTGAACATATTTG  1082

seq1  CAACCTGAAGCTATGTTGAGGTCAGTGTTGTATTCTGCAACCAGAAATCA  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCTGAAGCTATGTTGAGGTCAGTGTTGTATTCTGCAACCAGAAATCA  1132

seq1: chrX_25002721_25003807
seq2: B6Ng01-349L06.g_68_1150

seq1  GAATTCCATCAAATCTCCAAACTCACAAGTTATCAATGAGTAGTCCACTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATCAAATCTCCAAACTCACAAGTTATCAATGAGTAGTCCACTG  50

seq1  ATTCCTATGTCTTTCTGTGGTGCTTTTTAACAATTGGAAAAGATTGACAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCTATGTCTTTCTGTGGTGCTTTTTAACAATTGGAAAAGATTGACAA  100

seq1  TCCATGTGTAATCTCTATCAATCATGGTCTAATCTCTCAGTAAGAAAAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATGTGTAATCTCTATCAATCATGGTCTAATCTCTCAGTAAGAAAAAT  150

seq1  GCATGAGTGGTATTTGGATACTCAGTCTTTATCCCCTACTATCTTTTTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGAGTGGTATTTGGATACTCAGTCTTTATCCCCTACTATCTTTTTAT  200

seq1  CTTCTATTTTTATTTTATACCAACCCCAATTCCCCTTCTAGCTTTTGCAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTATTTTTATTTTATACCAACCCCAATTCCCCTTCTAGCTTTTGCAC  250

seq1  CAGTCACAATGTATTATGATGCAATCCTCCTAAGGCCAATGATACTCAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCACAATGTATTATGATGCAATCCTCCTAAGGCCAATGATACTCAGG  300

seq1  CTTTTATGTCTCCAGGAACACACTATTTTAACTGTTTGGTCTTTTGTTAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTATGTCTCCAGGAACACACTATTTTAACTGTTTGGTCTTTTGTTAC  350

seq1  CTTATCTGCCTAAAAATTAATAATCATTATTTCATATCAATTGGTTCTAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATCTGCCTAAAAATTAATAATCATTATTTCATATCAATTGGTTCTAT  400

seq1  TTATACACACTGTGCATATATGTTATGTGATTATTATTATTAAAAAGGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATACACACTGTGCATATATGTTATGTGATTATTATTATTAAAAAGGCA  450

seq1  TAATTTTTATATTTTCAAAGGACTCTGTTGGATAAAGGTGAAGAGTAGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTTTATATTTTCAAAGGACTCTGTTGGATAAAGGTGAAGAGTAGAT  500

seq1  TCCCCCAGAAATGATCATGTATGACACAGCAGAAATATACTGAGACTTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCCAGAAATGATCATGTATGACACAGCAGAAATATACTGAGACTTCA  550

seq1  AAGTCTCCAGCTGTGCCAACCAAGTTCTCTTTTACACATAGTCTGTCTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCTCCAGCTGTGCCAACCAAGTTCTCTTTTACACATAGTCTGTCTTT  600

seq1  CTATGTTTCCATAATATTTTCATATTCTTTTTTCATTGATCCTTTTTTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGTTTCCATAATATTTTCATATTCTTTTTTCATTGATCCTTTTTTTT  650

seq1  CCTTTGTTCTGAGATCCAGTGAAGTCAGAAAAATGTTATTTTTCATC-TT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CCTTTGTTCTGAGATCCAGTGAAGTCAGAAAAATGTTATTTTTCATCTTT  700

seq1  TATTTAAAGAGCATATTATTATTATTACCA-TTATCATTGTTTTATTTAC  748
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TATTTAAAGAGCATATTATTATTATTACCATTTATCATTGTTTTATTTAC  750

seq1  ATCTCAAATACTGTCCTGCTCCTGCACCCCCTTGCACAGTTCTTCACCTT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCAAATACTGTCCTGCTCCTGCACCCCCTTGCACAGTTCTTCACCTT  800

seq1  ATTCCCTCTCACTTTGCCTCTGAGATGGGTATCACCATGGGCATCCCCCT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCCTCTCACTTTGCCTCTGAGATGGGTATCACCATGGGCATCCCCCT  850

seq1  TCCCTGGGTCTGCAACTCTTTACAGGATTAGGCAGAACCTCTCCCACTAA  898
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCT-GGTCTGCAACTCTTTACAGGATTAGGCAGAACCTCTCCCACTAA  899

seq1  GGCCAGTCGAGGCAGTCCACTGCTACATATATA-TTGGTGGCCTCAGACC  947
      || |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||   | |
seq2  GG-CAGTCGAGGCAGTCCACTGCTACATATATATTTGGTGGCCT--AAAC  946

seq1  AGACTTATTTGCTCTTTGATTGGTGACCTAGTCTTTGGGAGCTCCCAGTG  997
      |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||||   ||
seq2  AGACTTATTTGCTC-TTGATTGGTGACCTA-TCTTTTGGAGCTCCAGATG  994

seq1  GTACACATTAGTTGACACTGTTGGTCTTCCATGTTGCCAACCCCTTCAGT  1047
       ||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| 
seq2  TTACACTTTAATTGACACTGTT-GTCTTCCATGTTGCCAA-CCCTTCAG-  1041

seq1  TTTTTCATTCCT--CCCCCTAAATCTTCCAT-ACATGTCTCTG  1087
       |||||||||||  |||| |||||||||||| |||||| ||||
seq2  -TTTTCATTCCTCACCCCTTAAATCTTCCATAACATGTTTCTG  1083